genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82914439--82914501	21	2.9	22	85	2	83	31	3	31	33	1.74
82917996--82918060	21	3.3	21	64	16	57	33	9	23	33	1.86
82917997--82918072	38	2.0	38	97	0	143	34	6	23	35	1.81
82919078--82919209	42	3.2	42	91	4	214	25	18	21	34	1.96
82919082--82919209	40	3.2	40	91	4	202	24	19	22	33	1.97
82920101--82920161	18	3.4	17	74	17	52	77	3	16	3	1.04
82920102--82920172	36	1.9	37	83	8	92	74	4	18	2	1.10
82920138--82920174	20	2.0	20	89	10	60	78	2	18	0	0.87
82924991--82925092	27	3.8	26	82	8	123	38	20	24	16	1.93
82925761--82925807	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
82932062--82932173	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
82932062--82932173	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
82933591--82933661	24	3.0	24	95	0	124	25	38	1	35	1.65
82936357--82936467	43	2.6	43	71	8	109	33	24	13	28	1.93
82936424--82936645	50	4.6	49	75	10	163	25	28	17	28	1.97
82939516--82939602	44	2.0	44	84	4	113	37	12	24	25	1.90
82939739--82939859	47	2.6	47	89	0	188	35	14	23	26	1.93
82939846--82940031	55	3.4	54	81	7	207	34	17	24	23	1.95
82942707--82942739	18	1.9	17	88	11	50	27	6	21	45	1.75
82943663--82943735	37	2.0	37	97	0	137	21	6	21	49	1.73
82946193--82946277	44	1.9	44	83	9	111	35	14	23	27	1.93
82946281--82946503	47	4.8	44	72	11	151	33	17	26	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82946281--82946443	47	3.5	46	77	10	154	34	18	25	22	1.96
82946471--82946675	53	3.8	54	74	4	162	35	18	23	22	1.95
82954933--82955069	67	2.0	67	94	0	238	18	18	28	33	1.95
82955133--82955207	23	3.3	23	79	7	82	22	24	20	33	1.97
82962070--82962253	40	4.6	40	83	13	193	32	26	15	26	1.96
82962427--82962467	21	1.9	22	90	5	66	17	9	14	58	1.62
82968873--82968921	25	2.0	25	87	0	71	32	22	18	26	1.97
82968958--82969005	20	2.3	21	89	3	71	33	10	22	33	1.88
82969053--82969120	26	2.7	25	88	2	91	32	25	20	22	1.98
82969053--82969123	25	2.8	26	89	2	99	30	23	21	23	1.99
82969344--82969427	29	2.8	29	84	13	109	28	19	23	28	1.98
82969714--82972497	927	3.0	927	99	0	5498	31	17	19	31	1.95
82975732--82975852	58	2.1	58	96	1	226	31	14	28	24	1.95
82977477--82977522	9	4.7	10	82	10	51	34	8	19	36	1.83
82977578--82977649	25	2.8	26	85	4	92	29	23	20	26	1.99
82977604--82977676	25	3.0	23	82	11	74	30	21	20	27	1.98
82977871--82977952	29	2.7	30	81	9	96	31	19	21	26	1.97
82980760--82980856	48	2.0	48	95	0	176	32	6	28	31	1.82
82980990--82981061	37	1.9	37	94	0	126	22	20	34	22	1.97
82985977--82986128	43	3.6	41	73	11	128	23	18	29	28	1.98
82988343--82988446	39	2.7	39	83	7	122	24	28	26	20	1.99
82990371--82990548	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82990372--82990527	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
82990368--82990548	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
83002302--83002445	40	3.6	40	86	1	182	26	28	21	23	1.99
83002446--83002526	39	2.1	39	100	0	162	22	28	24	24	1.99
83006072--83006211	40	3.5	39	88	0	172	26	28	20	24	1.99
83006070--83006331	39	6.3	40	80	11	197	25	27	21	24	1.99
83006129--83006303	91	1.9	91	87	2	253	24	29	22	24	1.99
83006213--83006380	78	2.1	78	85	9	218	23	27	22	26	1.99
83008847--83008950	47	2.2	47	78	0	118	34	29	14	21	1.93
83009776--83009946	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.99
83009780--83009951	46	3.7	46	77	13	190	22	21	27	28	1.99
83011342--83011513	40	4.3	40	87	2	213	26	27	20	25	1.99
83018144--83018210	33	2.0	35	94	5	120	31	23	8	35	1.86
83018205--83018295	46	2.0	46	86	0	128	27	31	6	34	1.83
83018312--83018387	22	3.3	22	66	28	59	23	27	13	35	1.92
83018275--83018553	47	5.9	47	86	0	306	26	29	10	32	1.90
83019601--83019776	56	3.1	56	98	0	334	44	9	23	22	1.81
83020905--83021088	40	4.6	39	82	9	203	24	23	27	24	2.00
83020957--83021121	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
83021389--83021644	128	2.0	129	96	0	478	19	22	19	38	1.94
83022227--83022387	83	1.9	83	96	2	297	32	19	21	26	1.97
83024761--83024801	12	3.4	13	83	16	61	48	19	17	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83024768--83024920	6	24.8	6	71	15	107	47	14	18	20	1.83
83024779--83024920	31	4.6	31	86	0	185	46	14	18	20	1.84
83024779--83024920	62	2.3	62	88	0	212	46	14	18	20	1.84
83025052--83025125	27	2.8	27	85	2	96	35	21	25	17	1.95
83025284--83025348	22	3.0	22	75	8	60	35	23	20	21	1.96
83025775--83026023	27	9.3	27	88	0	356	24	20	21	33	1.97
83025800--83026053	81	3.1	81	77	7	264	25	19	22	33	1.97
83026060--83026291	27	8.6	27	81	3	252	31	9	21	37	1.87
83026019--83026242	81	2.8	81	80	4	184	31	9	21	37	1.85
83029702--83029900	38	5.2	38	85	2	229	34	24	19	22	1.97
83035799--83035976	45	4.0	45	89	0	275	21	21	28	28	1.99
83035953--83036051	41	2.4	42	79	6	112	28	21	28	22	1.99
83042165--83042292	49	2.6	49	81	2	141	28	21	26	22	1.99
83047404--83048322	43	21.4	43	99	0	1802	25	14	32	27	1.94
83048304--83048377	29	2.6	29	84	4	96	25	16	31	27	1.96
83048688--83048908	40	5.5	40	81	4	234	24	23	27	23	2.00
83050259--83050322	31	2.1	31	96	0	119	31	6	26	35	1.81
83051791--83052908	49	22.9	49	85	0	1492	30	10	32	27	1.90
83051806--83052912	98	11.4	98	97	0	1866	30	10	31	27	1.89
83054980--83055053	29	2.6	29	84	4	96	25	14	32	27	1.95
83055366--83055548	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
83055367--83055550	40	4.6	39	82	9	203	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83055419--83055573	79	2.0	79	83	7	199	25	21	27	25	1.99
83055916--83056007	48	1.9	48	91	4	150	16	16	25	42	1.88
83060335--83060431	31	3.1	31	80	12	101	56	8	2	32	1.40
83060799--83061223	27	15.6	27	84	1	481	40	20	8	31	1.82
83060799--83061280	81	5.9	81	83	2	491	39	20	8	31	1.83
83060799--83061284	27	17.9	27	82	2	335	39	20	8	31	1.83
83061316--83061546	27	8.6	27	87	1	311	35	20	20	23	1.96
83061991--83062055	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
83062214--83062315	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
83062447--83062534	6	14.3	6	72	13	72	17	18	17	47	1.83
83062454--83062514	25	2.4	25	86	0	86	18	19	14	47	1.82
83064488--83064806	27	11.7	27	80	3	318	39	21	8	31	1.83
83064488--83064847	54	6.6	54	83	1	317	39	20	8	31	1.82
83064842--83065072	27	8.6	27	87	1	311	35	20	20	23	1.96
83065483--83065547	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
83065705--83065806	27	3.8	26	84	7	98	18	24	20	36	1.95
83065705--83065806	54	1.9	53	82	6	125	18	24	20	36	1.95
83065954--83066011	19	3.4	19	65	30	58	18	17	17	46	1.84
83065943--83066068	6	20.3	6	72	18	98	19	17	15	48	1.81
83065943--83066054	31	3.6	31	93	1	170	18	17	15	48	1.82
83066791--83066854	29	2.2	29	97	0	119	23	0	40	35	1.55
83067504--83067538	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83067558--83067933	75	4.8	75	76	13	350	33	18	15	32	1.92
83067763--83067953	73	2.6	73	80	4	224	31	19	17	31	1.95
83070195--83070508	25	13.4	25	66	25	75	56	5	4	34	1.42
83070269--83070347	31	2.5	30	84	11	97	55	5	2	36	1.35
83070338--83070517	25	7.6	24	76	15	144	57	5	3	33	1.38
83070388--83070516	46	2.8	46	81	13	140	58	4	2	34	1.31
83070386--83070516	47	2.8	48	81	13	148	58	4	2	34	1.31
83070842--83070897	23	2.5	22	79	2	58	51	7	5	35	1.52
83070987--83071028	14	3.2	13	80	12	50	59	7	0	33	1.25
83072250--83072313	29	2.2	29	91	0	110	23	0	39	37	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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