genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27406128--27406162	14	2.5	14	90	0	52	8	0	51	40	1.33
27406197--27406250	18	3.4	17	70	29	55	27	27	29	14	1.95
27410442--27410599	27	5.9	27	83	0	118	35	20	7	36	1.82
27410442--27410585	54	2.7	54	76	0	162	34	20	7	36	1.82
27410536--27410841	27	11.3	27	75	6	172	39	19	9	31	1.85
27410550--27410740	80	2.4	80	79	4	206	41	20	8	28	1.82
27410859--27410924	27	2.4	27	78	14	73	34	24	19	21	1.96
27410880--27410931	27	1.9	27	84	7	70	30	25	23	21	1.99
27412130--27412204	31	2.4	31	90	0	123	28	26	16	29	1.96
27412228--27412319	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
27414019--27414196	40	4.5	39	85	4	198	26	20	27	25	1.99
27414025--27414196	80	2.2	79	85	3	229	25	21	27	25	1.99
27414052--27414229	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
27421936--27422145	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
27421883--27422145	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
27421884--27422180	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
27426810--27427066	27	9.4	27	80	4	151	35	8	18	37	1.82
27426787--27427039	54	4.6	54	76	5	213	33	9	19	37	1.84
27426888--27427066	81	2.2	81	78	4	198	34	7	20	37	1.80
27427016--27427201	27	6.9	27	85	2	196	40	6	23	29	1.80
27427017--27427201	81	2.3	81	81	5	221	40	6	23	29	1.80
27427197--27427272	27	2.8	27	83	0	89	31	9	19	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27427349--27427498	75	2.0	75	93	0	255	24	33	18	24	1.97
27428867--27428958	42	2.2	42	90	0	139	30	14	20	34	1.92
27429021--27429241	110	2.0	110	90	0	352	24	18	23	33	1.97
27430179--27430229	26	2.0	26	88	7	77	43	9	13	33	1.77
27437210--27437267	26	2.2	26	96	0	107	37	12	18	31	1.88
27449675--27449868	49	3.9	49	78	6	194	29	24	18	26	1.98
27452288--27452385	27	3.6	27	82	8	110	34	21	25	18	1.96
27452277--27452385	54	2.0	53	85	5	148	37	20	24	17	1.93
27459119--27459159	16	2.6	16	84	3	57	24	2	9	63	1.37
27460120--27460230	27	4.2	26	82	5	132	38	20	23	17	1.93
27461513--27461579	25	2.7	23	88	11	89	20	35	5	37	1.78
27461523--27461586	25	2.6	25	90	5	85	17	42	4	35	1.70
27463037--27463092	15	3.7	15	75	17	62	60	14	14	10	1.58
27466090--27466286	50	4.0	49	80	5	207	27	28	19	24	1.98
27466104--27466287	101	1.8	99	85	2	260	28	28	19	23	1.98
27466734--27466880	74	2.0	74	97	0	276	29	25	10	33	1.90
27469135--27469199	27	2.3	28	82	10	71	36	26	4	32	1.77
27470323--27470494	47	3.7	47	79	13	201	21	19	29	29	1.98
27470379--27470548	46	3.7	47	80	13	217	20	18	30	30	1.97
27470332--27470540	93	2.2	93	94	1	366	21	19	30	29	1.97
27475375--27475409	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
27478511--27478610	29	3.5	29	84	1	130	26	17	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27478496--27478610	29	4.0	29	82	6	128	27	15	27	28	1.96
27487814--27487968	43	3.6	42	82	9	181	23	18	28	30	1.97
27488264--27488295	13	2.3	15	89	10	50	28	0	12	59	1.34
27490003--27490060	30	1.9	30	89	0	89	34	10	27	27	1.89
27490385--27490558	46	3.7	46	73	17	144	29	20	29	21	1.98
27491734--27491775	22	2.0	22	86	13	61	14	35	23	26	1.93
27497680--27497810	47	2.8	47	80	10	160	29	20	28	21	1.98
27505763--27505880	41	2.8	43	80	7	143	26	17	24	31	1.97
27505894--27506084	56	3.4	56	90	2	278	27	13	25	34	1.93
27505932--27506111	56	3.2	56	88	4	204	26	15	25	33	1.95
27505893--27506111	112	2.0	112	81	7	257	26	14	24	34	1.94
27507415--27507447	13	2.4	14	90	5	50	24	0	12	63	1.28
27512613--27512757	40	3.6	40	85	4	184	24	26	24	25	2.00
27513615--27513717	53	1.9	53	100	0	206	36	16	12	33	1.87
27521214--27521534	48	6.8	47	85	1	435	32	21	13	32	1.92
27521214--27521535	95	3.4	95	98	0	617	32	21	13	32	1.92
27522797--27522830	13	2.6	13	95	0	59	41	14	8	35	1.77
27526749--27526929	93	1.9	93	86	2	256	13	28	33	24	1.94
27526738--27526931	31	6.3	31	85	2	228	13	31	31	22	1.93
27527966--27528005	20	2.0	20	100	0	80	45	5	10	40	1.60
27536886--27536992	56	1.9	56	96	0	196	29	9	19	41	1.83
27543606--27543788	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27543585--27543788	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
27544915--27545034	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
27557331--27557361	16	1.9	16	93	0	53	41	6	16	35	1.74
27557347--27557392	19	2.4	18	85	7	56	45	2	17	34	1.61
27564046--27564106	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27568493--27568553	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
27570499--27570604	53	2.0	53	92	0	176	24	18	29	27	1.98
27580071--27580126	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
27580774--27580814	21	2.0	21	90	4	66	39	0	19	41	1.52
27585168--27586451	583	2.2	583	85	2	1659	24	18	25	31	1.97
27590359--27590508	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
27590383--27590566	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
27594653--27594906	68	3.9	64	77	10	221	29	16	29	24	1.96
27599902--27599988	34	2.6	34	79	3	86	28	24	25	21	1.99
27601049--27601204	43	3.7	42	76	13	142	31	24	16	28	1.96
27614245--27614348	28	3.7	28	92	0	172	24	14	32	28	1.94
27621453--27621573	28	4.3	28	85	5	136	28	12	33	25	1.92
27622813--27622846	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
27625206--27625238	16	2.1	16	94	0	57	48	30	6	15	1.69
27626478--27626510	16	2.1	16	94	0	57	51	18	15	15	1.77
27626726--27626840	29	4.0	28	79	8	106	28	13	30	26	1.94
27638435--27638600	40	4.2	40	96	0	298	28	25	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27639974--27639999	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
27640496--27640528	16	2.1	16	100	0	66	48	27	6	18	1.71
27641912--27641947	18	1.9	19	88	5	56	25	19	38	16	1.92
27642027--27642124	28	3.4	29	76	4	83	25	13	31	29	1.93
27649673--27649782	29	3.9	28	77	4	112	26	15	30	28	1.96
27649683--27649791	57	1.9	58	88	1	166	26	15	30	27	1.96
27659243--27659278	18	2.0	18	100	0	72	44	16	16	22	1.86
27664891--27665069	61	3.1	58	80	10	143	42	1	2	53	1.22
27664928--27665067	61	2.4	57	83	6	154	45	0	2	51	1.21
27665030--27665080	26	2.0	25	88	3	75	50	3	0	45	1.20
27665161--27665253	44	2.1	44	85	4	123	35	27	5	31	1.80
27665235--27665305	16	4.4	16	87	0	106	29	28	5	36	1.80
27667258--27667299	6	6.8	6	86	13	59	80	0	19	0	0.70
27667260--27667293	10	3.6	10	84	15	54	82	0	17	0	0.67
27668160--27668350	40	4.8	40	75	5	163	24	23	26	26	2.00
27674125--27674171	14	3.1	16	76	17	55	34	2	0	63	1.06
27674180--27674218	19	2.1	19	85	0	51	38	5	0	56	1.22
27674131--27674258	56	2.4	52	79	12	118	33	5	0	60	1.25
27674757--27674824	23	3.0	23	65	8	57	33	4	17	44	1.69
27689032--27689569	44	12.2	44	89	0	788	30	14	26	28	1.95
27691238--27691294	19	2.8	20	81	13	71	36	7	0	56	1.27
27691287--27691348	24	2.6	24	76	0	61	29	8	0	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27691361--27691395	12	2.8	12	95	4	61	34	0	0	65	0.93
27697575--27697758	92	2.0	92	97	0	350	30	14	7	47	1.71
27699786--27699849	32	2.0	32	100	0	128	12	21	12	53	1.71
27705912--27706017	37	2.9	37	90	2	162	25	22	16	35	1.94
27705980--27706144	46	3.2	52	84	11	243	27	23	14	35	1.93
27708085--27708329	52	4.8	52	90	6	403	33	15	22	27	1.95
27708085--27708340	98	2.5	99	91	4	397	33	14	23	27	1.94
27708303--27708412	37	3.0	37	89	2	170	35	15	23	25	1.94
27709297--27709350	21	2.6	20	85	8	81	25	9	35	29	1.87
27710360--27710395	19	1.9	19	94	5	65	38	13	19	27	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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