genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80925340--80925388	25	1.9	26	87	4	73	6	34	0	59	1.22
80925437--80925463	8	3.4	8	100	0	54	0	40	0	59	0.98
80926116--80926301	91	2.0	92	98	1	365	26	12	13	46	1.80
80934899--80934944	22	2.2	21	84	7	58	69	2	0	28	1.00
80939062--80939173	49	2.2	51	82	6	129	30	35	17	16	1.92
80939595--80939644	14	3.8	14	74	15	61	4	16	0	80	0.87
80939595--80939645	25	2.0	25	92	0	84	3	15	0	80	0.86
80946860--80946916	23	2.7	21	77	15	55	40	0	3	56	1.17
80947092--80947130	21	2.0	19	85	14	53	53	2	0	43	1.14
80947147--80947190	20	2.2	20	80	4	54	47	0	11	40	1.39
80947195--80947249	21	2.6	21	85	0	83	67	0	1	30	1.01
80947809--80947854	22	2.1	22	100	0	92	17	8	8	65	1.45
80950979--80951022	22	2.0	22	95	0	79	18	29	27	25	1.98
80953536--80953618	31	2.7	30	81	5	78	59	2	0	38	1.11
80953663--80953715	9	5.8	9	76	12	54	71	0	0	28	0.86
80953662--80953715	10	5.7	10	79	16	62	70	0	0	29	0.88
80953674--80953715	21	2.0	20	90	4	66	73	0	0	26	0.83
80953663--80953750	16	5.0	16	71	17	59	67	1	0	31	0.99
80953787--80953903	21	5.3	22	74	19	84	56	2	0	41	1.13
80953786--80953870	42	2.0	42	88	8	129	60	1	0	38	1.05
80953797--80953904	23	4.8	24	76	20	92	54	1	0	43	1.11
80953799--80953904	22	4.9	21	75	15	60	54	1	0	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80953899--80953946	23	2.2	22	85	10	64	70	6	4	18	1.25
80959163--80959260	33	2.9	35	73	19	91	46	4	0	48	1.20
80959211--80959267	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
80960565--80960662	33	2.9	35	73	19	91	46	4	0	48	1.20
80960613--80960669	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
80967503--80967542	17	2.4	16	84	12	53	65	0	0	35	0.93
80967508--80967545	15	2.4	16	86	8	51	65	0	0	34	0.93
80968933--80968975	22	1.9	23	85	4	61	44	13	4	37	1.65
80969629--80969751	61	2.0	61	98	0	237	34	9	17	38	1.82
80980546--80980590	24	2.0	23	86	8	65	64	0	31	4	1.13
80989409--80989460	22	2.3	23	81	15	65	40	3	0	55	1.18
80990105--80990161	25	2.3	24	87	3	78	29	3	5	61	1.35
81001503--81001546	23	2.0	22	86	13	63	68	0	27	4	1.09
81005159--81005192	6	5.7	6	100	0	68	17	14	0	67	1.23
81013071--81013104	16	2.1	16	88	0	50	17	17	11	52	1.73
81014224--81014357	65	2.1	65	95	0	241	41	15	11	30	1.83
81023133--81023234	42	2.4	43	83	6	127	28	24	18	28	1.98
81023166--81023280	44	2.7	44	81	6	128	29	27	18	24	1.98
81030422--81030523	42	2.4	43	83	6	127	28	23	18	29	1.98
81031869--81031895	11	2.5	11	100	0	54	29	7	29	33	1.85
81033773--81033835	30	2.1	30	93	0	108	28	3	11	57	1.49
81035174--81035217	23	1.9	23	100	0	88	45	4	22	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81038060--81038100	12	3.2	12	83	10	55	41	14	0	43	1.45
81041168--81041203	19	1.9	19	88	5	56	75	0	25	0	0.81
81054106--81054188	26	3.2	26	79	6	105	36	18	7	38	1.78
81057832--81057870	19	2.1	18	95	4	69	43	10	25	20	1.83
81066036--81066085	25	2.0	25	100	0	100	36	4	24	36	1.74
81066470--81066530	31	2.0	31	96	0	113	18	31	21	29	1.96
81072125--81072172	22	2.2	22	96	0	87	41	12	27	18	1.86
81076027--81076088	3	21.0	3	82	9	74	32	0	4	62	1.16
81076980--81077007	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
81077604--81077650	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
81077911--81078078	46	3.6	47	87	3	234	19	23	15	41	1.89
81077911--81078129	46	5.0	46	81	10	233	21	23	15	39	1.91
81078044--81078118	38	2.0	37	92	2	123	25	25	17	32	1.97
81085544--81085603	31	1.9	31	86	6	86	76	1	0	21	0.87
81086622--81086651	10	2.9	10	95	5	51	16	60	23	0	1.36
81092453--81092505	20	2.7	20	84	0	70	39	3	9	47	1.54
81092471--81092527	20	2.8	19	84	10	60	33	5	12	49	1.63
81093698--81093730	18	1.9	17	88	11	50	45	3	0	51	1.16
81097097--81097129	15	2.2	16	89	10	52	18	0	33	48	1.48
81097145--81097198	20	2.7	19	83	13	65	24	3	1	70	1.13
81097160--81097203	22	2.0	22	86	0	61	27	2	4	65	1.23
81108432--81108466	13	2.7	13	90	0	52	62	2	2	31	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81108446--81108489	24	1.9	23	81	9	54	59	0	2	38	1.10
81116927--81116964	19	2.0	19	94	0	67	36	28	5	28	1.79
81121211--81121288	30	2.6	30	85	2	104	53	1	32	12	1.47
81121361--81121385	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
81121974--81122009	15	2.4	15	95	0	63	36	13	5	44	1.68
81123921--81123993	37	2.0	37	91	0	119	56	15	19	9	1.66
81124597--81124635	13	2.7	15	80	11	55	33	0	7	58	1.26
81124764--81124812	21	2.4	20	80	10	55	42	2	18	36	1.62
81129411--81129442	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
81129412--81129452	9	4.4	9	87	3	55	75	2	2	19	1.03
81129411--81129442	14	2.2	14	94	5	55	81	0	0	18	0.70
81133821--81133851	9	3.3	9	91	8	53	77	3	0	19	0.90
81138463--81138599	67	2.0	67	95	0	247	24	10	31	32	1.90
81140939--81141003	30	2.2	30	86	5	87	12	21	29	36	1.90
81143373--81143463	45	2.0	45	100	0	182	27	26	15	30	1.96
81147489--81147798	47	6.7	45	78	12	274	21	29	21	26	1.99
81147435--81147795	94	3.9	93	82	7	410	21	29	21	27	1.98
81147435--81147808	141	2.7	137	79	11	398	22	29	21	27	1.99
81150650--81150729	30	2.7	30	88	3	108	10	22	31	36	1.87
81150745--81150774	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
81151897--81152026	23	5.1	24	68	26	90	36	1	2	59	1.20
81153722--81153794	29	2.4	31	80	8	80	50	1	6	41	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81156492--81156549	23	2.5	23	82	2	71	51	1	3	43	1.28
81158611--81158708	51	1.9	51	95	0	178	35	9	13	41	1.76
81158790--81158832	20	2.2	20	84	12	54	34	2	0	62	1.08
81167623--81167751	64	2.0	64	96	0	240	48	17	5	28	1.69
81169648--81169706	30	2.0	30	96	0	109	25	3	13	57	1.52
81173603--81173680	31	2.5	31	80	10	88	43	25	0	30	1.55
81174321--81174365	17	2.5	18	82	10	56	0	22	2	75	0.91
81174362--81174406	22	2.2	20	84	8	54	6	24	4	64	1.37
81174324--81174406	21	4.0	20	75	17	64	3	24	3	68	1.21
81180174--81180218	19	2.4	19	96	0	81	28	31	20	20	1.97
81188747--81188781	12	3.0	12	91	4	54	48	14	8	28	1.73
81193859--81193901	22	2.0	22	95	0	77	20	9	9	60	1.55
81193931--81193993	30	2.1	30	90	0	99	26	3	12	57	1.51
81194851--81194944	42	2.2	42	81	7	111	19	30	24	25	1.98
81196556--81196600	21	2.1	21	95	0	81	24	22	37	15	1.93
81197777--81198045	47	5.7	48	76	10	245	21	29	19	29	1.98
81197823--81197946	50	2.6	50	81	12	129	24	28	17	29	1.97
81197773--81198087	94	3.4	94	74	13	260	22	28	19	29	1.98
81197771--81198089	47	6.8	46	72	14	203	22	28	19	29	1.98
81199583--81199648	21	3.2	21	74	18	66	37	18	21	22	1.94
81199535--81199666	42	3.2	41	78	6	117	40	17	21	21	1.92
81199595--81199677	20	4.1	20	74	10	69	33	15	22	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81203934--81204018	38	2.2	38	89	0	125	29	27	21	22	1.99
81208496--81208546	20	2.5	20	93	0	84	29	35	0	35	1.58
81208569--81208727	33	4.8	32	77	3	147	17	45	6	29	1.74
81208569--81208744	66	2.7	66	82	3	212	18	45	6	28	1.75
81208725--81208806	42	2.0	42	90	0	128	36	30	4	28	1.78
81209696--81209771	32	2.3	31	80	10	80	25	6	25	43	1.78
81209712--81209771	32	1.9	31	89	3	93	23	5	26	45	1.73
81210025--81210078	22	2.5	22	96	0	99	27	11	11	50	1.72
81212842--81212935	49	1.9	49	85	8	129	27	17	17	38	1.91
81215024--81215104	39	2.1	39	100	0	162	22	19	17	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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