genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67126240--67126274	18	1.9	18	88	0	52	8	17	0	74	1.06
67148193--67148230	16	2.3	17	81	4	51	55	0	2	42	1.14
67152756--67152820	25	2.6	25	97	0	121	43	12	20	24	1.86
67158291--67158463	49	3.6	49	80	9	178	24	31	19	24	1.98
67158291--67158419	47	2.7	47	86	4	170	24	31	20	23	1.98
67162825--67162865	20	2.0	20	100	0	82	39	29	0	31	1.57
67169748--67169794	20	2.3	20	81	3	58	36	6	0	57	1.24
67169776--67169822	24	1.9	25	91	4	78	29	0	4	65	1.11
67170098--67170165	3	24.0	3	74	16	65	38	0	1	60	1.06
67170206--67170246	21	2.0	21	85	4	57	51	4	7	36	1.51
67172016--67172311	146	2.0	146	98	0	576	46	4	18	30	1.68
67172654--67172784	64	2.0	64	98	0	253	31	11	16	41	1.83
67176032--67176152	39	3.1	39	87	2	181	21	21	29	27	1.98
67183400--67183468	25	2.8	25	78	8	72	36	20	21	21	1.95
67185051--67185111	24	2.5	26	76	10	67	13	14	26	45	1.81
67198237--67198295	19	3.1	19	73	22	59	13	23	22	40	1.89
67198235--67198374	39	3.6	39	88	0	190	14	24	22	39	1.91
67205158--67205261	20	5.2	20	69	13	81	13	25	21	40	1.89
67205140--67205279	39	3.6	39	88	0	199	13	25	22	38	1.91
67219252--67219300	25	2.0	25	87	0	71	32	20	14	32	1.92
67220047--67220086	20	2.1	19	85	4	53	37	15	0	47	1.45
67221423--67221568	23	6.4	23	76	10	138	33	20	23	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67221424--67221568	46	3.2	45	91	1	218	33	20	24	22	1.97
67221437--67221568	69	1.9	68	83	4	167	33	21	24	21	1.97
67223747--67223785	18	2.2	18	86	9	53	15	48	23	12	1.79
67236861--67236909	25	2.0	24	84	4	62	36	6	20	36	1.78
67241821--67241888	34	2.0	34	85	5	93	29	23	26	20	1.99
67243628--67243667	13	3.1	13	77	0	53	35	27	5	32	1.79
67246363--67246404	17	2.4	18	84	11	52	45	16	0	38	1.48
67249589--67249631	3	14.0	3	81	13	52	0	32	2	65	1.06
67250437--67250466	15	1.9	16	93	6	53	50	0	0	50	1.00
67250426--67250503	32	2.4	33	76	6	79	33	1	3	61	1.22
67251144--67251187	18	2.4	18	80	0	52	59	18	4	18	1.55
67251704--67251767	25	2.3	29	75	24	68	45	7	6	40	1.58
67255640--67255682	21	2.0	21	100	0	86	48	13	18	18	1.80
67258261--67258303	21	2.0	22	82	13	54	16	20	25	37	1.93
67260585--67260691	42	2.5	42	77	3	108	28	14	27	29	1.95
67262470--67262556	43	2.0	43	86	0	120	45	2	16	35	1.60
67265236--67265275	21	1.9	21	89	0	62	42	0	2	55	1.13
67267050--67267394	93	3.7	92	87	1	501	40	14	24	20	1.90
67267050--67267402	139	2.5	139	97	0	652	39	14	24	20	1.91
67267050--67267394	46	7.5	46	87	1	501	40	14	24	20	1.90
67267451--67267588	46	3.0	46	88	1	195	40	15	22	21	1.90
67278089--67278156	10	6.7	10	71	20	52	61	0	4	33	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67278310--67278362	12	4.2	13	81	11	58	62	0	1	35	1.06
67278332--67278391	27	2.2	27	82	5	68	61	0	6	31	1.22
67280807--67280984	27	6.6	27	83	5	180	29	28	15	26	1.96
67280828--67280983	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.97
67283264--67283447	44	4.3	44	78	6	171	27	27	14	30	1.95
67283264--67283428	84	2.0	84	83	4	208	28	27	14	29	1.95
67283326--67283851	220	2.4	221	86	4	689	30	23	14	30	1.95
67283421--67283851	220	2.0	218	91	1	702	30	23	15	31	1.95
67287620--67287687	10	6.7	10	75	20	61	63	0	4	32	1.14
67287628--67287708	15	5.2	16	73	20	59	62	2	3	30	1.25
67287859--67287921	24	2.7	23	80	9	65	61	0	4	33	1.17
67287825--67287916	45	2.0	46	83	10	116	59	1	4	34	1.24
67290230--67290269	21	1.9	21	89	0	62	42	0	2	55	1.13
67290226--67290279	21	2.3	23	75	18	58	44	0	1	53	1.11
67292266--67292471	93	2.2	92	90	0	322	40	14	24	19	1.89
67292266--67292471	46	4.5	46	88	2	297	40	14	24	19	1.89
67305713--67305754	21	2.0	21	95	0	75	14	16	47	21	1.82
67306573--67306685	45	2.5	45	85	2	147	17	18	21	42	1.89
67315646--67317028	694	2.0	694	94	0	2403	32	20	12	34	1.90
67318712--67318740	13	2.2	13	100	0	58	31	20	0	48	1.50
67319643--67319680	18	2.1	18	85	9	51	44	0	0	55	0.99
67327047--67327562	258	2.0	258	100	0	1032	30	22	11	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67330952--67331106	72	2.2	72	93	0	265	34	10	25	28	1.90
67336695--67336724	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
67338413--67338518	46	2.2	44	82	11	113	40	2	2	53	1.30
67339970--67340032	32	2.0	32	96	0	117	46	14	23	15	1.83
67341911--67341980	31	2.3	30	82	4	79	30	4	10	55	1.52
67342845--67342906	19	3.2	19	88	4	88	37	8	17	37	1.80
67348385--67348423	17	2.2	17	90	4	60	79	0	10	10	0.94
67349314--67349853	44	12.3	44	72	9	404	32	17	23	26	1.97
67349319--67349838	88	5.9	87	78	6	448	31	17	24	26	1.97
67349318--67349801	220	2.2	219	82	5	557	31	17	24	26	1.97
67349407--67349839	132	3.3	132	96	0	776	31	16	24	27	1.96
67350426--67350487	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
67354885--67354920	16	2.2	16	95	0	63	27	0	36	36	1.57
67354901--67355010	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
67355121--67355162	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
67355130--67355171	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
67355156--67355343	61	3.1	61	70	14	208	48	7	1	42	1.40
67355240--67355291	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
67355124--67355353	120	1.9	120	100	0	460	49	6	1	41	1.40
67355159--67355342	59	3.1	59	67	22	175	48	7	1	41	1.41
67365654--67365714	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
67378647--67378683	8	4.6	8	93	0	65	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67378773--67378805	6	5.3	6	96	3	57	81	0	18	0	0.68
67380267--67380415	45	3.3	45	93	0	246	18	19	20	41	1.90
67381761--67381820	22	2.7	22	81	0	75	28	16	26	28	1.97
67384280--67384336	30	1.9	30	82	13	73	36	19	1	42	1.62
67387166--67387213	21	2.3	21	78	7	53	31	4	2	62	1.26
67387241--67387300	20	3.1	20	88	7	88	38	0	6	55	1.27
67388451--67388494	23	1.9	23	86	9	63	50	11	0	38	1.39
67395590--67396197	301	2.0	303	96	0	1130	30	10	21	37	1.87
67396393--67396651	44	5.8	44	82	7	283	22	17	28	30	1.97
67396393--67396651	89	2.9	89	90	3	382	22	17	28	30	1.97
67398981--67399013	5	6.6	5	92	0	57	39	0	3	57	1.14
67401444--67401494	25	2.0	25	96	0	93	21	29	11	37	1.89
67406784--67406821	19	2.1	19	85	5	51	36	7	13	42	1.73
67407509--67407533	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
67419805--67419963	43	3.7	41	77	9	149	30	26	20	22	1.98
67419792--67419969	85	2.1	86	83	9	222	32	25	19	23	1.97
67424428--67424483	28	2.0	29	89	3	87	16	21	41	21	1.90
67440877--67441017	51	2.8	51	68	12	126	27	0	12	60	1.32
67440880--67441140	110	2.4	105	81	14	325	28	1	11	58	1.42
67440927--67441129	110	1.8	113	89	8	326	25	1	13	60	1.42
67444442--67444489	25	1.9	25	83	8	62	39	2	2	56	1.23
67444442--67444489	12	3.8	12	86	8	60	39	2	2	56	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67445119--67445147	12	2.5	12	94	5	51	48	0	0	51	1.00
67445121--67445151	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
67445255--67445288	12	2.8	12	95	0	59	55	0	2	41	1.15
67445303--67445343	21	1.9	22	85	5	57	43	2	2	51	1.28
67446670--67446704	18	1.9	18	88	0	52	11	40	31	17	1.85
67446786--67446815	12	2.5	12	94	0	51	30	50	13	6	1.67
67457792--67459423	652	2.5	654	92	2	2677	41	13	17	27	1.86
67460695--67460769	39	1.9	39	97	0	141	37	13	12	37	1.82
67464303--67464372	28	2.8	23	75	19	77	17	4	34	44	1.68
67464276--67464359	28	3.0	28	91	1	132	19	3	30	46	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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