genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
559262--559313	20	2.4	21	78	18	54	17	9	5	67	1.38
559300--559338	15	2.6	14	84	8	51	28	15	0	56	1.40
570751--571100	134	2.6	134	81	7	374	29	20	25	25	1.99
570932--571167	89	2.6	90	79	5	226	29	20	24	25	1.99
571022--571366	45	7.8	45	69	5	191	30	18	24	27	1.98
571028--571318	88	3.3	89	83	2	329	29	19	24	26	1.98
571027--571432	133	3.1	131	74	8	356	30	19	22	27	1.98
571669--571720	24	2.2	24	83	13	63	48	40	7	3	1.50
572686--572847	3	54.7	3	72	7	98	27	6	4	61	1.41
572680--572729	18	2.8	18	90	6	75	30	0	2	68	1.01
572947--572998	20	2.4	21	78	18	54	19	7	5	67	1.36
572976--573023	15	3.3	14	85	5	60	27	12	2	58	1.46
580112--580163	25	2.1	25	82	7	61	32	0	3	63	1.12
582607--582649	20	2.2	20	83	8	52	30	4	0	65	1.13
582857--582950	3	31.0	3	70	14	59	28	5	3	62	1.32
582864--582913	24	2.1	23	92	3	82	32	4	0	64	1.12
582873--582957	17	5.0	16	70	17	64	27	4	4	63	1.34
582920--582971	23	2.2	24	83	10	63	26	9	3	59	1.46
585116--585174	26	2.3	26	87	0	82	38	8	20	32	1.83
587661--587714	26	2.1	26	100	0	108	29	11	14	44	1.80
595987--596033	23	2.0	23	88	8	69	12	27	6	53	1.63
603070--603094	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
610918--611029	59	1.9	57	85	8	156	33	13	16	36	1.88
611035--611100	33	2.0	33	87	0	96	34	18	12	34	1.88
613086--613128	18	2.3	19	92	4	70	46	9	9	34	1.68
613101--613135	18	1.9	18	88	0	52	42	17	5	34	1.73
615397--615485	26	3.6	24	75	11	74	12	25	22	39	1.89
615522--615589	24	2.9	24	74	10	68	23	25	14	36	1.93
615797--615822	10	2.6	10	100	0	52	23	7	7	61	1.49
623232--623313	29	2.8	29	94	0	137	47	4	0	47	1.23
627556--627606	24	2.1	24	100	0	102	27	7	3	60	1.42
628184--628223	19	2.1	19	90	0	62	32	0	0	67	0.91
631348--631394	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
634815--634856	21	2.0	22	85	4	59	54	0	9	35	1.33
636513--636708	91	2.2	91	88	1	295	27	16	23	31	1.96
636607--637349	132	5.5	131	88	3	887	25	16	25	33	1.96
636976--637332	141	2.5	141	93	0	615	24	16	25	33	1.96
637227--637467	130	1.9	130	87	1	358	27	17	22	32	1.96
637577--637634	7	8.0	7	80	5	62	18	1	37	41	1.61
637787--637884	15	6.6	14	74	13	63	18	2	31	47	1.60
637791--637864	29	2.6	29	73	16	80	18	1	35	44	1.59
637849--637902	15	3.7	15	79	13	51	18	1	33	46	1.60
648197--648229	17	1.9	17	93	0	57	6	3	24	66	1.28
651925--652307	37	10.5	37	71	12	174	29	20	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
651968--652128	75	2.1	75	80	2	189	27	21	14	36	1.92
659753--659800	25	2.0	24	83	4	60	22	4	8	64	1.38
661752--661816	28	2.3	27	79	7	76	61	0	9	29	1.27
674116--674148	4	8.2	4	100	0	66	24	24	0	51	1.48
674343--674395	22	2.4	22	75	6	54	15	9	15	60	1.58
676699--676779	39	2.1	39	97	0	153	43	12	17	27	1.84
677406--677432	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
681589--681614	13	2.0	13	100	0	52	0	0	23	76	0.78
683987--684021	12	2.9	12	91	0	52	68	0	0	31	0.90
689381--689451	21	3.5	20	80	18	67	21	16	15	46	1.84
689425--689521	42	2.3	44	80	7	103	19	19	15	45	1.86
690846--690920	16	5.1	14	70	12	53	37	4	29	29	1.75
690846--690935	44	2.0	44	100	0	180	35	4	28	31	1.77
705179--705216	3	12.7	3	89	10	60	31	0	0	68	0.90
705805--705952	50	3.0	50	96	0	269	33	13	19	33	1.91
709087--709125	14	2.7	14	88	11	53	28	0	2	69	1.02
709324--709398	30	2.5	29	81	10	87	29	4	8	58	1.45
720289--720321	14	2.4	14	90	10	50	81	0	0	18	0.68
722644--722673	9	3.3	9	95	0	51	63	0	0	36	0.95
731516--731667	4	38.0	4	100	0	304	50	25	0	25	1.50
739050--739079	15	2.0	15	100	0	60	40	6	0	53	1.27
739209--739256	26	2.0	25	88	12	73	62	0	2	35	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742508--742533	9	2.9	9	100	0	52	65	0	0	34	0.93
746934--747167	126	1.9	126	88	1	362	38	15	17	28	1.91
747682--747723	18	2.3	18	84	8	50	59	11	4	23	1.51
747742--747854	3	37.3	3	72	10	70	64	1	1	31	1.14
747742--747795	14	3.8	14	79	13	56	70	0	0	29	0.88
747737--747789	20	2.6	21	82	11	65	69	1	0	28	0.99
747755--747848	23	3.7	23	71	18	80	64	2	2	30	1.16
747801--747854	17	3.3	16	80	10	65	64	1	1	31	1.14
747949--747996	24	2.0	24	95	0	87	22	4	47	25	1.69
748022--748058	13	2.8	13	95	0	65	16	0	45	37	1.47
747977--748047	30	2.4	30	87	0	97	21	0	46	32	1.51
748345--748653	133	2.3	134	85	3	426	26	21	20	31	1.98
748693--749078	85	4.6	85	94	0	641	20	27	23	28	1.99
748693--749078	169	2.3	170	93	0	641	20	27	23	28	1.99
749101--749376	44	6.3	43	66	18	151	23	18	21	36	1.95
749126--749299	43	4.0	44	69	12	126	22	20	20	36	1.95
749173--749385	88	2.4	87	94	0	372	21	19	21	38	1.94
749981--750039	18	3.2	18	79	18	59	57	0	1	40	1.09
750225--750285	31	2.0	31	83	6	79	45	14	3	36	1.62
751129--751172	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
751196--751231	15	2.3	16	85	9	56	61	0	0	38	0.96
751264--751319	15	3.5	15	71	19	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751266--751302	19	1.9	19	88	0	56	48	0	0	51	1.00
752066--752299	126	1.9	126	91	1	389	38	16	17	27	1.91
752823--752864	18	2.3	18	84	8	50	59	11	4	23	1.51
752883--752995	3	37.3	3	72	10	70	64	1	1	31	1.14
752883--752936	14	3.8	14	79	13	56	70	0	0	29	0.88
752883--752930	20	2.4	21	86	6	64	70	0	0	29	0.87
752896--752989	23	3.7	23	71	18	80	64	2	2	30	1.16
752942--752995	17	3.3	16	80	10	65	64	1	1	31	1.14
755858--755904	7	6.4	7	85	9	67	17	0	40	42	1.49
755858--755904	15	3.2	15	93	3	78	17	0	40	42	1.49
755858--755901	22	2.0	22	90	4	70	15	0	38	45	1.47
756247--756279	17	1.9	17	88	11	50	3	9	3	84	0.82
758606--758652	19	2.5	20	86	6	62	40	10	23	25	1.87
760609--760650	18	2.3	18	84	8	50	59	11	4	23	1.51
760639--760823	3	61.7	3	71	13	89	63	3	3	28	1.29
760669--760722	14	3.8	14	79	13	56	70	0	0	29	0.88
760669--760716	20	2.4	21	86	6	64	70	0	0	29	0.87
761211--761277	30	2.2	30	86	0	89	19	1	46	32	1.59
761252--761288	13	2.8	13	95	0	65	16	0	45	37	1.47
764653--764836	3	59.7	3	68	10	77	58	4	7	30	1.44
764926--765031	3	34.7	3	68	12	56	56	2	8	32	1.44
764927--765031	44	2.5	42	76	10	115	57	2	8	31	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766239--766281	19	2.2	20	84	15	56	69	2	6	20	1.23
766280--766332	19	2.7	19	83	13	63	54	0	3	41	1.18
767889--768011	47	2.6	48	85	2	158	30	28	11	29	1.92
768030--768182	31	5.0	31	92	1	245	28	28	16	26	1.97
768171--769124	57	17.0	57	97	1	1744	24	22	15	37	1.93
768963--769124	50	3.3	48	86	6	211	25	22	14	37	1.92
784001--784082	41	2.0	41	92	4	139	40	9	20	29	1.85
784313--784531	109	2.0	109	98	0	420	33	13	18	34	1.90
785533--785584	13	4.1	13	95	2	79	67	0	0	32	0.91
785535--785587	3	17.0	3	84	7	70	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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