genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54421112--54421277	42	4.0	39	78	12	113	28	17	19	34	1.94
54421122--54421263	42	3.4	41	82	9	155	28	16	19	35	1.93
54430152--54430236	34	2.4	34	82	13	100	43	1	2	52	1.21
54430152--54430228	36	2.0	40	85	9	108	42	1	2	53	1.23
54442444--54442796	46	7.6	45	69	19	192	28	17	29	24	1.97
54442444--54442903	47	9.8	47	73	13	240	28	18	28	25	1.98
54442444--54442708	93	2.9	92	86	3	338	27	18	29	24	1.98
54450608--54450820	46	4.6	46	77	10	195	30	18	27	23	1.97
54450585--54450827	94	2.6	93	83	7	273	31	18	27	23	1.97
54450843--54451021	47	3.7	47	76	13	177	27	18	29	24	1.98
54453355--54453633	50	5.5	50	83	2	317	23	16	27	32	1.96
54453355--54453636	151	1.9	152	85	3	397	23	17	27	32	1.96
54459309--54459486	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54459330--54459485	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54467372--54467549	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54467393--54467548	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54471719--54471865	50	3.0	49	84	8	183	25	14	27	31	1.95
54474791--54474859	34	2.0	34	97	0	129	33	11	23	31	1.90
54477100--54477349	125	2.0	125	95	0	446	41	4	16	38	1.67
54478080--54478158	39	2.0	39	100	0	158	44	2	17	35	1.63
54484132--54484217	45	1.9	44	88	2	127	24	10	25	39	1.87
54486029--54486061	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54491354--54491437	6	14.7	6	82	7	59	15	8	1	75	1.10
54501335--54501368	15	2.3	15	100	0	68	38	17	26	17	1.92
54520666--54520719	3	18.3	3	88	3	83	62	1	1	33	1.16
54521050--54521093	23	1.9	23	90	0	70	36	18	20	25	1.95
54525956--54525991	18	2.1	18	89	5	56	13	33	41	11	1.80
54528738--54528856	43	2.8	41	80	12	125	27	16	25	30	1.97
54540063--54540623	280	2.0	280	98	0	1095	26	16	26	31	1.96
54546787--54546826	19	2.2	19	86	4	55	55	15	5	25	1.60
54546781--54546918	17	8.0	17	76	7	127	48	10	11	29	1.72
54547235--54547286	18	2.7	18	77	11	59	0	19	0	80	0.71
54547763--54547879	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
54547778--54547879	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
54548156--54548373	54	4.1	55	85	10	299	36	16	16	30	1.91
54548159--54548365	105	2.0	104	90	3	326	35	17	15	30	1.91
54548352--54548386	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
54548452--54548484	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
54548445--54548492	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
54562417--54562863	17	25.1	17	70	14	181	44	10	11	33	1.74
54562625--54562690	21	3.0	21	88	4	87	40	7	7	43	1.61
54562808--54562863	18	3.1	19	76	7	62	41	14	10	33	1.80
54562858--54562908	18	2.9	17	77	8	57	47	7	9	35	1.66
54563413--54563482	15	4.7	15	85	5	88	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54563405--54563466	23	2.7	23	87	5	90	0	16	0	83	0.64
54563404--54563469	16	4.1	16	81	14	82	0	16	0	83	0.65
54563425--54563482	23	2.5	23	86	5	73	0	18	0	81	0.70
54563761--54563819	3	18.0	3	86	13	73	0	33	0	66	0.92
54563761--54563819	10	6.3	10	83	13	72	0	33	0	66	0.92
54564174--54564290	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
54564189--54564290	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
54569047--54569074	6	4.7	6	100	0	56	32	17	35	14	1.90
54579470--54579560	30	3.0	30	95	0	164	38	16	17	27	1.91
54584655--54584745	47	1.9	48	86	2	130	20	25	17	36	1.94
54590546--54590590	18	2.5	19	82	13	51	51	4	0	44	1.21
54590578--54590624	20	2.3	20	85	0	58	65	6	0	27	1.16
54596767--54596925	46	3.7	45	83	12	203	27	22	16	34	1.95
54596852--54596954	37	2.8	37	92	0	170	27	22	12	37	1.90
54599951--54600182	114	2.0	114	90	1	367	29	15	15	40	1.87
54606924--54606993	21	3.4	21	68	18	65	52	12	8	25	1.67
54610266--54610315	26	2.0	26	84	7	68	60	6	6	28	1.44
54610502--54610802	3	100.7	3	66	21	77	59	3	5	31	1.37
54610606--54610637	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
54616024--54616062	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
54616043--54616088	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
54622434--54622473	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54627353--54627458	49	2.2	49	83	6	126	31	18	26	23	1.98
54632167--54632232	29	2.2	30	78	10	73	28	22	7	40	1.81
54635249--54635277	10	2.9	10	100	0	58	51	10	6	31	1.62
54637149--54637907	378	2.0	377	94	0	1322	25	22	20	32	1.98
54638652--54638708	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
54639796--54639827	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
54642626--54642693	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
54642515--54642842	174	1.9	174	98	0	629	30	25	14	29	1.95
54642795--54642873	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
54649141--54649311	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
54649136--54649308	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
54649731--54649790	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
54651453--54651496	22	2.1	20	84	16	54	54	20	0	25	1.45
54655677--54655861	41	4.5	41	87	0	271	20	22	27	30	1.98
54656204--54656282	22	3.6	22	76	10	65	24	2	27	45	1.66
54656229--54656322	7	13.3	7	71	2	53	21	2	30	45	1.63
54656503--54656544	16	2.5	17	92	7	68	54	0	0	45	0.99
54656737--54656777	21	1.9	22	90	5	66	24	0	36	39	1.56
54657004--54657050	23	2.0	23	92	8	78	65	4	0	29	1.11
54657053--54657137	39	2.2	39	85	4	109	37	18	22	21	1.94
54657926--54658007	38	2.2	38	86	4	112	20	15	8	54	1.67
54662166--54662350	43	4.3	43	85	6	232	22	19	32	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54662166--54662350	86	2.2	86	86	5	259	22	19	32	25	1.97
54663973--54664065	5	17.6	5	73	22	75	76	0	2	21	0.89
54663988--54664053	7	8.9	7	82	14	71	74	0	1	24	0.91
54663974--54664054	32	2.5	32	95	2	144	75	0	1	23	0.88
54663973--54664065	22	4.4	20	75	16	82	76	0	2	21	0.89
54667658--54667706	10	4.9	10	82	9	64	67	0	10	22	1.20
54687288--54687329	21	2.0	22	86	13	61	33	16	9	40	1.81
54691945--54692107	39	4.2	39	85	3	195	33	18	24	23	1.97
54692325--54692382	2	29.0	2	96	0	107	1	0	48	50	1.11
54695432--54695490	28	2.2	26	85	11	75	40	1	3	54	1.27
54695436--54695515	27	2.8	28	79	14	83	42	1	2	53	1.22
54695500--54695529	8	3.8	8	100	0	60	46	0	0	53	1.00
54697266--54697308	14	3.1	14	86	10	61	53	0	0	46	1.00
54698116--54698184	29	2.3	29	82	5	75	56	8	7	27	1.56
54703032--54703189	82	1.9	82	97	0	298	22	23	13	40	1.90
54715306--54715331	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
54726932--54726993	31	2.1	30	82	17	76	29	17	8	45	1.77
54726984--54727016	10	3.4	10	95	4	59	21	15	9	54	1.68
54727205--54727269	24	2.6	26	77	18	75	30	24	21	23	1.99
54731186--54731297	4	28.2	4	67	8	50	21	11	2	64	1.39
54731186--54731272	41	2.1	41	85	8	115	20	13	2	63	1.41
54731609--54731642	6	5.3	6	89	6	50	17	2	0	79	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54731609--54731642	13	2.7	12	83	16	50	17	2	0	79	0.86
54732974--54733013	7	5.7	7	100	0	80	27	0	0	72	0.85
54739573--54739609	19	1.9	19	94	0	65	48	5	13	32	1.65
54746744--54746862	43	2.8	42	82	5	141	31	24	15	29	1.95
54762125--54762279	78	2.0	78	92	0	256	32	16	25	25	1.96
54762953--54763715	44	16.9	44	72	10	439	31	17	21	30	1.96
54763234--54763653	227	1.9	227	87	2	619	31	16	21	30	1.96
54763093--54763698	271	2.2	271	82	4	670	30	17	21	30	1.96
54766342--54766430	23	3.9	23	84	8	103	22	21	19	37	1.95
54766355--54766430	22	3.4	22	87	7	100	23	22	19	34	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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