genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84078020--84078046	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
84078101--84078294	9	22.0	9	77	10	125	47	17	0	35	1.48
84078110--84078294	43	4.4	43	87	10	285	47	16	0	35	1.47
84078119--84078254	36	3.6	36	82	14	177	48	16	0	34	1.47
84078099--84078294	88	2.2	88	87	5	281	47	16	0	35	1.47
84078160--84078263	52	2.0	52	81	7	122	48	17	0	34	1.48
84078111--84078290	79	2.3	79	89	3	256	48	16	0	35	1.46
84083845--84084048	66	3.1	66	92	2	313	41	19	26	13	1.88
84084348--84084435	43	2.0	43	82	4	106	36	19	20	23	1.95
84084379--84084536	43	3.7	42	79	3	138	29	20	25	25	1.99
84084406--84084545	43	3.3	43	80	2	158	25	18	26	30	1.98
84085377--84085405	12	2.4	12	100	0	58	24	34	6	34	1.82
84088458--84088493	15	2.3	16	90	4	56	33	2	0	63	1.08
84088688--84088720	15	2.2	15	100	0	66	36	0	18	45	1.49
84088777--84088833	27	2.1	27	96	0	105	10	15	19	54	1.70
84091050--84091093	2	22.0	2	95	0	79	0	47	2	50	1.13
84091633--84091663	15	2.1	15	93	0	53	51	0	35	12	1.40
84091633--84091672	18	2.2	19	90	4	64	52	0	35	12	1.39
84094166--84094245	31	2.6	31	78	11	85	30	2	15	52	1.55
84094706--84094750	22	2.2	20	84	15	56	42	2	0	55	1.12
84095477--84095893	212	2.0	212	93	0	708	47	15	11	25	1.80
84097060--84097111	24	2.5	20	76	17	52	55	1	1	40	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84101268--84101429	30	5.4	30	74	6	105	25	24	11	38	1.89
84101331--84101462	30	4.5	31	78	11	118	24	25	12	37	1.91
84101353--84101482	29	4.4	29	79	6	136	23	29	13	34	1.92
84113891--84114068	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
84113892--84114047	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
84113888--84114068	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
84121582--84121625	22	2.0	22	100	0	88	13	22	9	54	1.67
84122777--84122849	28	2.6	28	93	0	101	30	0	35	34	1.58
84122801--84122894	29	3.3	27	86	7	116	28	2	35	34	1.69
84122805--84122884	14	5.6	14	72	8	72	26	2	36	35	1.70
84122954--84123080	7	17.6	7	68	15	53	19	0	31	48	1.55
84122954--84123008	21	2.5	22	77	8	60	21	0	25	52	1.47
84122996--84123035	21	1.9	21	89	0	62	15	0	42	42	1.46
84123315--84123389	26	2.9	27	88	4	109	44	6	4	45	1.48
84123503--84123537	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
84124043--84124081	13	2.9	14	84	7	62	25	33	0	41	1.56
84126439--84126488	23	2.2	23	100	0	100	34	16	16	34	1.90
84126518--84127506	514	1.9	514	97	0	1879	35	11	10	41	1.77
84127819--84127946	9	13.6	9	76	9	121	46	21	0	31	1.57
84127836--84127913	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
84127832--84127944	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
84133382--84133429	21	2.3	21	92	0	78	22	20	56	0	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84134819--84134845	14	1.9	14	100	0	54	14	14	22	48	1.81
84139551--84139598	18	2.8	18	81	6	64	25	2	2	70	1.09
84143141--84143189	22	2.2	23	85	10	66	38	6	28	26	1.80
84151603--84151864	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
84157759--84157854	49	2.0	49	85	2	131	37	17	10	34	1.84
84170354--84170424	16	4.4	16	81	0	88	33	7	29	29	1.84
84170354--84170424	32	2.2	32	89	0	106	33	7	29	29	1.84
84170406--84170499	44	2.1	44	84	4	116	32	6	25	35	1.81
84173906--84174070	40	4.1	40	81	6	183	25	27	22	24	2.00
84190482--84190511	11	2.6	12	94	5	53	16	26	3	53	1.59
84195184--84195339	40	3.9	40	81	8	183	23	29	23	24	1.99
84201619--84202029	48	8.6	48	89	1	576	27	32	15	23	1.95
84201641--84201982	95	3.6	95	98	0	648	28	33	14	22	1.94
84204407--84204446	18	2.1	20	90	9	66	47	0	2	50	1.14
84204442--84204489	17	2.8	17	80	20	55	75	0	4	20	0.97
84204551--84204586	16	2.2	17	90	5	56	27	0	0	72	0.85
84204609--84204648	21	1.9	21	89	0	62	42	2	0	55	1.13
84214914--84214958	21	2.1	21	87	0	63	40	51	8	0	1.33
84218443--84218512	29	2.3	30	85	4	88	34	12	12	40	1.82
84223440--84223473	17	1.9	18	94	5	61	32	5	29	32	1.81
84223569--84223609	18	2.4	17	84	11	57	24	17	17	41	1.89
84223875--84223910	16	2.2	16	90	0	54	33	16	0	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84225503--84225590	3	29.3	3	75	8	72	29	7	2	60	1.37
84225508--84225590	12	6.6	12	81	8	85	30	8	2	59	1.40
84237603--84237931	44	7.6	44	73	12	211	31	21	20	26	1.98
84237606--84237932	46	7.5	46	72	13	180	31	21	21	25	1.98
84239500--84239587	3	29.3	3	75	8	72	29	7	2	60	1.37
84239505--84239587	12	6.6	12	81	8	85	30	8	2	59	1.40
84240287--84240369	3	27.3	3	75	7	69	30	8	2	59	1.40
84240287--84240369	12	6.6	12	81	8	85	30	8	2	59	1.40
84240505--84240573	34	2.0	34	85	5	93	36	5	1	56	1.32
84244576--84244620	17	2.5	18	85	7	56	46	4	8	40	1.55
84244940--84245102	72	2.3	72	91	2	274	14	32	2	50	1.56
84248111--84248173	33	1.9	33	90	0	99	25	9	23	41	1.85
84248192--84248276	43	2.0	43	92	0	143	31	10	25	31	1.90
84257364--84257536	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
84257361--84257531	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
84264921--84265093	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
84264918--84265088	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
84272878--84273097	48	4.7	48	77	8	220	28	24	20	26	1.99
84287277--84287442	38	4.3	38	85	1	197	21	20	25	33	1.97
84295173--84295208	12	2.8	13	83	8	56	75	2	5	16	1.12
84297040--84297237	50	4.0	50	86	2	247	28	25	19	27	1.98
84297053--84297237	101	1.8	99	86	2	262	28	25	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84298043--84298103	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
84300835--84300954	55	2.2	55	80	3	134	20	25	30	24	1.98
84310518--84310573	29	2.0	28	86	10	78	14	19	44	21	1.86
84312143--84312295	48	3.3	48	68	15	122	28	23	22	26	1.99
84324239--84324269	13	2.4	13	100	0	62	22	29	0	48	1.51
84325545--84325650	52	2.0	52	100	0	212	28	22	18	30	1.98
84331143--84331184	21	2.0	21	90	0	66	45	16	2	35	1.61
84334206--84334230	13	1.9	13	100	0	50	0	28	16	56	1.41
84339845--84340083	48	5.0	48	77	10	245	27	20	27	24	1.99
84339845--84340083	96	2.5	96	86	6	331	27	20	27	24	1.99
84342754--84342931	47	3.8	47	85	5	227	22	20	25	32	1.98
84344600--84344630	13	2.4	13	100	0	62	54	0	22	22	1.44
84348747--84348788	20	2.1	20	100	0	84	42	4	14	38	1.66
84352165--84352236	35	2.1	35	100	0	144	31	20	8	38	1.83
84354356--84354441	14	6.1	14	81	0	82	33	15	18	32	1.92
84354356--84354446	28	3.2	28	84	0	110	34	15	18	31	1.92
84357025--84357180	28	5.6	28	80	7	124	27	13	23	35	1.92
84357049--84357181	56	2.4	56	82	5	144	27	15	22	35	1.94
84371599--84371718	42	2.8	42	79	8	127	29	28	18	24	1.98
84373448--84373495	14	3.4	14	80	11	53	33	0	0	66	0.92
84373849--84373900	13	4.0	12	79	16	50	71	0	26	1	0.97
84376785--84376829	22	2.1	21	91	4	72	15	4	42	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84377211--84377258	21	2.3	21	88	0	69	39	0	41	18	1.51
84379101--84379140	12	3.1	13	85	10	55	45	2	2	50	1.28
84379621--84379658	19	2.0	19	89	0	58	42	0	0	57	0.98
84381591--84381631	21	2.0	21	86	9	59	48	2	17	31	1.60
84381793--84381850	29	2.0	30	83	10	75	46	5	13	34	1.66
84382575--84382603	7	4.3	7	95	4	51	0	10	0	89	0.48
84386666--84386711	21	2.1	22	88	4	67	43	0	2	54	1.12
84386679--84386711	12	3.0	11	91	8	50	45	0	0	54	0.99
84387235--84387303	25	2.7	26	73	13	72	50	2	2	43	1.32
84393970--84394260	146	2.0	146	97	0	555	34	16	13	36	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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