Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  2  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.4
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2.4
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2
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19
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3
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2.4
26
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302718--302781
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2.4
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16
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20
24
21
33
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.1
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18
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0
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21
0
0
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2.2
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1
119
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24
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19
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13
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2.1
30
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5
101
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4
25
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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16
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129
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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1
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0
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1
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22
2.2
22
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7
62
40
2
0
57
1.11
492520--492592
29
2.6
29
82
8
89
64
1
0
34
1.02
492520--492591
28
2.6
29
82
10
87
63
1
0
34
1.03
492513--492685
9
19.0
9
65
21
58
63
2
3
31
1.24
492513--492685
19
9.5
18
64
21
58
63
2
3
31
1.24
493835--493907
29
2.6
29
82
8
89
64
1
0
34
1.02
493835--493906
28
2.6
29
82
10
87
63
1
0
34
1.03
493828--494000
9
19.0
9
65
21
58
63
2
3
31
1.24
493828--494000
19
9.5
18
64
21
58
63
2
3
31
1.24
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
494210--494887
338
2.0
338
100
0
1356
38
11
8
42
1.71
494672--495545
437
2.0
437
100
0
1748
40
7
11
40
1.70
496097--496163
19
3.4
18
82
12
71
40
0
1
58
1.07
497244--497303
3
19.0
3
86
10
68
63
5
0
31
1.16
497375--497454
3
26.3
3
72
20
53
65
1
3
30
1.18
497373--497455
12
6.6
12
76
16
71
65
1
3
30
1.17
497375--497436
18
3.3
18
81
14
72
62
1
3
32
1.20
497373--497462
27
3.4
27
72
15
73
66
1
3
28
1.14
497956--498047
30
3.1
30
87
3
132
26
5
48
19
1.70
500623--500734
36
3.0
36
92
3
170
35
25
16
22
1.95
501822--501906
42
2.0
42
100
0
170
32
22
4
40
1.75
504155--504407
3
85.0
3
68
14
114
30
6
1
60
1.32
504302--504386
17
4.6
17
73
16
71
28
3
2
65
1.21
504302--504386
20
4.5
20
74
12
81
28
3
2
65
1.21
512055--512101
24
2.0
24
83
8
60
53
4
2
40
1.32
512623--512763
39
3.6
39
86
0
176
29
17
5
47
1.70
515040--515082
16
2.8
16
86
6
63
41
0
58
0
0.98
516895--516979
45
1.9
44
90
2
134
27
31
12
28
1.93
516889--516998
44
2.5
45
83
2
143
23
31
12
31
1.92
516889--517110
44
5.1
44
71
10
134
26
28
13
31
1.94
517073--518073
210
4.8
205
86
4
1182
30
22
18
29
1.97
525994--526024
15
2.1
15
100
0
62
6
38
0
54
1.26
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
526068--526117
15
3.5
14
79
15
50
42
8
24
26
1.82
529925--530021
38
2.5
39
89
6
151
55
3
3
38
1.31
530535--530692
39
4.1
39
85
3
194
29
22
3
44
1.70
530553--530690
39
3.6
39
88
1
199
30
18
3
47
1.66
530537--530690
77
2.0
78
85
3
213
29
21
3
45
1.69
554858--554904
18
2.5
19
86
13
62
31
6
2
59
1.34
555181--555219
20
2.0
20
94
0
69
12
23
41
23
1.88
559042--559161
3
39.7
3
72
8
64
28
8
3
60
1.42
559036--559063
12
2.3
12
100
0
56
32
0
0
67
0.91
559069--559125
25
2.3
24
87
3
78
26
10
3
59
1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
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          305   306   307   308   309   310