genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.254.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83730158--83730346	43	4.5	42	78	10	152	24	14	26	33	1.94
83730190--83730363	42	4.1	42	76	8	145	25	13	27	33	1.93
83734638--83735000	46	7.7	45	74	13	211	24	30	19	26	1.98
83738650--83738725	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
83738622--83738728	47	2.3	47	95	0	187	28	30	7	33	1.85
83738830--83738918	44	2.0	44	97	0	169	37	13	14	34	1.86
83740208--83740327	56	2.1	56	95	0	222	22	22	9	45	1.80
83752749--83752800	26	2.0	26	96	0	95	36	19	17	26	1.94
83763950--83764018	30	2.3	30	84	0	93	23	23	31	21	1.98
83765525--83765902	48	7.8	47	73	4	288	28	19	26	25	1.98
83765526--83765902	96	3.9	96	91	0	547	28	19	26	25	1.98
83768963--83769104	64	2.2	64	87	0	212	31	25	18	24	1.97
83772951--83773134	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
83772951--83773134	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
83773003--83773167	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
83779485--83779626	63	2.2	64	87	3	198	29	24	20	25	1.99
83790922--83791092	93	1.8	93	91	0	279	22	21	28	27	1.99
83790923--83791097	46	3.8	46	77	10	203	22	21	27	28	1.99
83793785--83793866	43	1.9	43	85	5	112	21	17	29	31	1.96
83800325--83800500	48	3.6	48	74	7	158	30	19	25	25	1.98
83800325--83800503	98	1.8	96	86	2	259	30	19	25	24	1.98
83807820--83808127	40	7.7	40	88	0	429	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83808181--83808255	38	2.0	38	86	5	107	24	26	18	30	1.98
83810688--83810983	47	6.3	47	91	1	421	27	30	8	33	1.86
83813582--83813687	40	2.7	39	85	4	133	24	25	22	27	2.00
83822085--83822261	40	4.4	40	87	4	225	24	28	22	24	2.00
83827158--83827191	13	2.5	13	95	4	59	20	26	5	47	1.73
83835699--83835925	43	5.3	43	77	7	228	32	30	15	21	1.95
83835699--83835925	86	2.7	83	82	7	258	32	30	15	21	1.95
83841664--83841712	7	7.0	7	90	0	62	48	30	0	20	1.50
83841664--83841712	14	3.5	14	85	0	71	48	30	0	20	1.50
83841664--83841729	7	9.6	7	82	9	55	48	31	0	19	1.49
83841664--83841729	14	4.8	14	76	10	64	48	31	0	19	1.49
83841897--83841947	14	3.7	14	84	2	68	54	33	0	11	1.37
83841890--83841943	28	1.9	28	84	0	72	57	31	0	11	1.34
83842066--83842099	7	4.9	7	92	0	50	61	23	0	14	1.33
83842669--83842778	40	2.7	40	87	1	157	27	20	20	30	1.98
83843103--83843237	40	3.3	40	86	3	173	25	20	20	34	1.96
83843293--83843435	23	6.2	23	85	8	87	24	23	18	32	1.97
83843301--83843452	45	3.3	44	79	10	144	23	22	21	32	1.98
83845024--83846031	93	10.8	93	99	0	1935	29	26	18	24	1.98
83846451--83846510	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
83847825--83847911	35	2.4	36	80	1	95	42	16	6	34	1.74
83847825--83847932	18	6.1	18	79	2	101	41	15	5	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83849592--83849638	22	2.0	24	88	8	71	31	17	6	44	1.73
83850641--83850723	43	1.9	43	95	0	148	20	28	25	25	1.99
83865695--83865808	40	2.8	41	86	2	142	23	23	29	22	1.99
83865690--83865834	40	3.7	40	80	6	98	25	23	27	23	2.00
83866651--83866758	54	2.0	54	96	0	198	42	3	22	31	1.71
83873726--83873915	40	4.8	40	84	3	242	23	21	28	26	1.99
83873729--83873915	78	2.4	79	84	2	241	23	20	28	26	1.99
83875677--83875724	25	1.9	25	86	0	69	43	20	18	16	1.88
83877864--83877921	26	2.2	26	85	11	75	29	15	12	43	1.83
83881163--83881222	13	4.2	14	72	17	52	16	26	25	31	1.96
83884419--83884764	48	7.0	48	89	3	458	35	5	26	32	1.79
83884419--83884761	102	3.4	100	85	7	464	35	5	26	32	1.79
83884419--83884761	150	2.3	151	86	6	466	35	5	26	32	1.79
83884910--83885018	37	2.9	37	91	0	164	22	18	31	27	1.97
83885468--83885568	51	2.0	51	96	0	184	17	19	22	39	1.92
83887382--83887414	11	3.1	11	91	4	50	21	3	0	75	0.93
83890009--83890135	59	2.2	59	80	4	150	26	14	11	47	1.78
83890718--83891528	67	12.1	67	99	0	1604	37	10	9	43	1.71
83902528--83902613	36	2.5	34	88	7	145	40	10	11	37	1.76
83903989--83904014	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
83923810--83923921	27	4.1	27	82	7	120	17	23	23	35	1.95
83923810--83923921	54	2.1	54	86	6	156	17	23	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83931816--83931927	27	4.1	27	83	3	118	16	23	23	36	1.94
83931816--83931927	54	2.1	54	86	3	154	16	23	23	36	1.94
83936220--83936256	17	2.2	17	90	0	56	62	0	16	21	1.33
83947883--83947933	20	2.5	20	93	0	84	15	33	33	17	1.92
83957825--83957939	57	2.0	57	89	0	176	40	11	22	25	1.87
83963165--83963337	46	3.7	46	79	10	208	29	29	19	21	1.98
83963172--83963343	93	1.8	93	96	0	317	28	29	20	21	1.98
83976157--83976232	38	2.0	38	94	0	134	40	13	18	27	1.88
83976722--83976952	115	2.0	115	95	0	417	29	18	9	41	1.82
83978252--83978290	20	2.0	20	85	10	53	35	23	0	41	1.55
83983030--83983089	27	2.3	27	91	2	104	36	18	16	28	1.93
83989081--83989120	19	2.1	19	90	0	62	57	5	2	35	1.34
83989497--83989588	39	2.4	37	82	14	98	42	3	4	50	1.38
83989506--83989639	68	2.0	68	85	5	182	41	3	4	50	1.40
83990983--83991089	53	2.0	53	88	0	160	19	14	18	46	1.84
83991799--83991959	38	4.0	38	78	13	160	30	25	14	29	1.95
83993279--83994314	40	25.9	40	96	0	1829	21	21	29	27	1.99
83994478--83994528	25	2.0	25	81	7	59	33	13	31	21	1.92
83998131--83998239	45	2.4	45	86	7	139	33	9	29	28	1.88
83998125--83998239	47	2.5	46	84	7	144	33	8	28	28	1.87
84008043--84008579	273	2.0	273	84	1	700	29	17	24	27	1.97
84009492--84009598	48	2.2	49	89	3	162	36	14	24	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84009492--84009615	50	2.5	48	86	2	158	36	14	22	26	1.93
84016416--84016537	50	2.6	46	83	10	131	36	14	21	27	1.92
84023755--84023817	33	1.9	33	100	0	126	33	6	11	49	1.64
84024920--84024951	5	6.4	5	96	0	55	62	3	0	34	1.11
84029254--84029427	46	3.8	46	76	10	183	28	28	21	21	1.99
84029261--84029432	93	1.8	93	89	0	272	27	28	22	21	1.99
84031846--84031903	27	2.2	26	84	3	80	31	13	22	32	1.93
84032605--84033168	281	2.0	280	88	3	832	36	16	14	31	1.90
84036191--84036262	37	1.9	37	86	5	101	23	26	23	26	2.00
84040788--84040817	14	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
84040966--84041023	30	1.9	30	100	0	116	20	27	5	46	1.72
84044076--84044188	43	2.7	42	79	8	122	22	20	26	30	1.98
84050508--84050770	40	6.6	39	85	4	269	25	27	21	25	1.99
84050508--84050770	120	2.2	119	81	6	300	25	27	21	25	1.99
84050702--84050779	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
84055435--84055490	24	2.3	24	87	0	85	32	10	25	32	1.90
84055767--84056220	44	10.2	44	76	7	337	32	18	21	27	1.97
84055767--84056207	45	10.0	44	75	7	284	32	18	21	27	1.97
84055796--84056201	177	2.3	178	88	3	613	31	18	22	26	1.97
84056329--84056878	44	12.7	42	69	14	206	32	18	20	28	1.96
84056231--84056676	225	2.0	223	81	2	527	32	18	20	27	1.96
84056853--84057145	89	3.3	89	81	1	329	27	22	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84057711--84057768	19	2.7	22	84	10	68	36	10	17	36	1.84
84060183--84060634	125	3.6	125	94	0	760	34	16	18	31	1.93
84061525--84061549	8	3.1	8	100	0	50	12	40	0	48	1.40
84063584--84063618	17	2.0	18	88	5	54	25	2	5	65	1.28
84071740--84072397	44	15.1	44	73	10	446	31	15	23	29	1.95
84071695--84072345	126	5.0	126	88	4	917	30	15	24	29	1.95
84071918--84072081	82	2.0	81	83	3	204	30	14	23	31	1.95
84072449--84072778	44	7.6	43	70	12	181	31	20	20	27	1.97
84074314--84074343	13	2.2	14	94	5	53	33	0	0	66	0.92
84076741--84076770	12	2.5	12	94	0	51	36	0	43	20	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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