genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91007159--91007255	31	3.1	31	73	16	85	50	9	0	40	1.34
91010403--91010455	24	2.2	24	96	0	97	49	24	7	18	1.74
91012110--91012144	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
91012252--91012311	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
91012702--91012786	30	2.8	30	87	7	127	18	5	48	27	1.71
91016789--91016826	18	2.1	19	90	5	60	65	0	0	34	0.93
91018017--91018114	48	2.0	48	98	0	187	42	4	21	31	1.71
91019202--91019285	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
91025462--91025676	7	30.6	7	65	22	53	60	2	4	32	1.30
91025514--91025554	11	3.5	12	81	15	50	60	0	0	39	0.96
91025462--91025588	59	2.2	57	79	12	132	61	2	3	32	1.27
91025618--91025676	19	2.9	20	83	16	61	61	1	3	33	1.23
91025618--91025670	15	3.7	15	76	21	51	60	1	3	33	1.26
91025702--91025752	27	2.0	27	81	14	63	64	1	1	31	1.15
91027386--91027547	26	6.2	26	90	0	261	33	5	24	36	1.79
91029824--91029860	19	2.1	18	90	10	58	64	0	0	35	0.94
91034932--91035034	54	1.9	54	93	0	179	31	15	23	30	1.95
91054155--91054390	119	2.0	119	97	0	445	36	15	23	25	1.94
91057041--91057081	10	4.1	10	90	9	66	68	0	0	31	0.90
91057042--91057090	9	5.1	9	82	9	53	69	0	0	30	0.89
91057042--91057090	19	2.5	20	86	6	73	69	0	0	30	0.89
91062038--91062101	28	2.3	28	89	5	94	34	0	6	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91064399--91064478	5	15.0	5	81	11	54	18	5	0	76	0.97
91064398--91064477	13	6.3	12	70	17	56	17	5	0	77	0.94
91064433--91064478	20	2.2	21	88	3	67	21	2	0	76	0.90
91064438--91064475	8	4.9	8	81	18	53	23	0	0	76	0.79
91065424--91065654	118	2.0	118	90	0	363	23	17	30	28	1.97
91068069--91068127	21	2.8	22	80	12	70	23	37	16	22	1.94
91069084--91069125	17	2.3	18	88	12	59	59	0	0	40	0.97
91069080--91069120	21	2.0	20	85	4	55	53	0	0	46	1.00
91070217--91070331	58	2.0	57	83	6	144	42	17	5	34	1.72
91071952--91071992	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
91072909--91072998	28	3.2	27	68	22	78	30	7	5	56	1.50
91074500--91074536	16	2.3	16	100	0	74	83	5	10	0	0.79
91075602--91075655	26	2.1	25	82	3	63	53	5	7	33	1.52
91079455--91079491	10	3.7	10	85	0	56	70	0	2	27	1.01
91080296--91080351	28	2.0	29	96	3	105	53	3	10	32	1.53
91081433--91081464	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
91084910--91084941	14	2.3	14	100	0	64	6	15	46	31	1.71
91085932--91086017	35	2.3	37	86	7	113	63	0	0	36	0.94
91085943--91086011	27	2.5	28	78	17	58	59	0	0	40	0.97
91085961--91086018	10	6.6	8	78	21	55	62	0	0	37	0.96
91085961--91086018	17	3.3	17	79	13	64	62	0	0	37	0.96
91086744--91086793	10	5.0	10	76	13	50	22	8	4	66	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91087506--91087545	18	2.2	18	91	8	64	27	10	5	57	1.52
91088545--91088592	25	1.9	25	87	8	71	25	2	2	70	1.09
91091561--91091596	16	2.2	16	90	0	54	55	11	5	27	1.57
91093806--91093844	17	2.2	18	86	4	53	43	25	7	23	1.80
91096943--91097010	33	2.1	33	97	0	127	41	5	1	51	1.35
91101088--91101113	12	2.2	12	100	0	52	7	15	0	76	0.99
91102855--91102911	30	2.0	30	86	6	82	43	3	0	52	1.18
91106781--91106850	34	2.0	35	81	8	81	50	7	2	40	1.45
91106850--91107278	223	1.9	229	83	8	567	45	6	11	37	1.65
91107798--91107847	9	5.7	9	77	11	50	58	0	4	38	1.17
91109536--91109697	26	6.2	26	92	0	261	33	5	24	36	1.79
91109536--91109697	78	2.1	78	96	0	297	33	5	24	36	1.79
91116381--91116436	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
91120747--91120788	22	2.0	21	85	4	57	59	2	14	23	1.47
91120841--91120894	24	2.2	26	83	9	69	59	3	5	31	1.38
91120937--91121063	24	5.2	25	71	17	81	53	4	8	33	1.52
91121045--91121092	21	2.3	20	82	3	51	52	10	6	31	1.60
91121475--91121516	3	13.7	3	85	14	59	64	2	0	33	1.07
91121358--91121649	133	2.2	133	98	1	568	59	8	3	29	1.43
91121608--91121663	3	18.3	3	96	3	103	64	1	0	33	1.04
91123531--91123572	3	13.7	3	85	14	59	64	2	0	33	1.07
91123414--91123705	133	2.2	133	98	1	568	59	8	3	29	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91123664--91123719	3	18.3	3	96	3	103	64	1	0	33	1.04
91125203--91125236	17	2.0	17	100	0	68	35	23	17	23	1.95
91125545--91125908	54	6.7	54	91	1	557	39	17	13	30	1.88
91125545--91125908	110	3.3	109	93	1	595	39	17	13	30	1.88
91125876--91125943	34	2.0	34	94	0	118	22	22	13	42	1.87
91125910--91126235	55	5.9	55	92	3	521	37	17	13	30	1.89
91125822--91125997	89	2.0	88	94	1	307	32	19	13	34	1.91
91125767--91126052	143	2.0	143	93	1	493	36	18	12	31	1.89
91125712--91126108	198	2.0	198	97	1	742	36	18	13	31	1.89
91125910--91126235	109	2.9	109	90	4	526	37	17	13	30	1.89
91126184--91126385	73	2.8	71	87	6	262	34	21	15	28	1.94
91126302--91126568	91	2.9	90	81	8	342	40	18	16	25	1.91
91126461--91126492	14	2.3	14	94	0	55	65	6	15	12	1.44
91126559--91126596	14	2.7	14	87	0	58	65	5	13	15	1.43
91126645--91126695	14	3.6	14	89	0	66	54	5	17	21	1.63
91126747--91126781	14	2.5	14	90	0	52	60	5	14	20	1.54
91135297--91135338	22	2.0	21	85	4	57	59	2	14	23	1.47
91135391--91135444	24	2.2	26	83	9	69	59	3	5	31	1.38
91135487--91135613	24	5.2	25	71	17	81	53	4	8	33	1.52
91135595--91135642	21	2.3	20	82	3	51	52	10	6	31	1.60
91135908--91135940	12	2.7	13	90	9	52	63	0	0	36	0.95
91136031--91136064	3	11.0	3	93	6	59	64	2	0	32	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91136621--91136659	18	2.1	19	90	4	62	12	7	0	79	0.93
91140694--91140732	17	2.3	17	95	0	69	28	0	17	53	1.44
91142073--91142187	57	2.1	54	91	4	185	33	12	10	44	1.76
91143110--91143268	80	2.0	82	81	7	191	39	5	2	52	1.39
91147446--91147486	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
91152260--91152293	18	2.0	17	88	11	52	52	0	0	47	1.00
91152723--91152765	16	2.6	17	82	14	54	46	6	0	46	1.30
91153373--91153400	13	2.2	13	100	0	56	32	7	14	46	1.71
91153665--91153760	48	2.0	48	97	0	183	35	22	15	26	1.94
91158038--91158075	17	2.2	18	95	4	69	28	5	5	60	1.40
91158623--91158665	16	2.6	17	82	14	54	46	6	0	46	1.30
91158888--91158933	18	2.6	17	79	3	56	13	8	0	78	0.97
91165858--91165993	26	5.2	26	96	0	236	36	25	5	33	1.78
91166636--91166732	46	2.1	47	96	1	178	31	7	10	50	1.64
91167549--91167586	16	2.4	17	82	13	53	47	7	0	44	1.32
91167712--91167777	33	2.0	33	100	0	132	27	15	21	36	1.93
91168072--91168136	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
91170647--91170677	12	2.6	12	94	0	53	12	25	48	12	1.77
91175528--91175582	26	2.1	26	96	0	101	30	7	25	36	1.83
91178418--91178473	26	2.2	26	96	0	103	30	5	26	37	1.79
91181346--91181394	24	2.0	25	96	4	91	36	8	2	53	1.43
91182506--91182548	16	2.6	17	82	14	54	46	6	0	46	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91182296--91182722	227	1.9	231	83	4	569	45	6	10	37	1.64
91182296--91182773	227	2.1	231	82	7	544	45	6	9	38	1.63
91182812--91182860	16	3.1	16	85	2	64	8	10	0	81	0.87
91186101--91186138	18	2.0	20	85	15	53	26	10	5	57	1.53
91186172--91186205	11	3.1	11	91	0	50	35	2	0	61	1.11
91188110--91188243	66	2.0	66	95	0	241	55	15	10	18	1.68
91188803--91188846	21	2.1	21	83	8	54	59	6	4	29	1.44
91194040--91194078	18	2.1	19	85	4	53	25	12	7	53	1.65
91194199--91194265	24	3.1	22	81	10	68	44	1	0	53	1.09
91194205--91194260	24	2.5	23	82	11	71	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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