genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68190061--68190090	13	2.3	13	94	0	51	26	3	0	70	1.03
68203138--68203174	9	3.9	10	82	13	51	83	0	0	16	0.64
68203136--68203170	18	1.9	18	94	0	61	85	0	0	14	0.59
68203148--68203172	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
68205598--68205653	3	18.7	3	78	7	60	30	1	0	67	1.01
68205624--68206860	133	8.8	134	84	10	1117	30	4	5	59	1.38
68205630--68206859	141	8.8	140	87	7	1365	30	4	5	59	1.39
68210630--68210658	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
68210567--68211587	141	7.3	140	86	7	1276	30	3	5	60	1.36
68210523--68211591	281	3.8	282	87	7	1371	30	3	5	60	1.37
68211140--68211498	6	59.5	6	66	18	53	30	3	5	61	1.33
68224098--68224215	38	3.2	37	67	13	107	42	16	7	33	1.77
68224083--68224194	36	3.1	36	68	11	93	44	14	8	33	1.74
68224075--68224227	74	2.1	74	94	0	270	43	13	9	33	1.76
68247198--68247224	8	3.4	8	100	0	54	74	0	0	25	0.83
68248354--68248535	10	19.6	9	66	20	65	62	1	2	33	1.20
68248419--68248535	10	12.2	10	68	16	70	64	0	4	30	1.19
68248351--68248488	74	1.9	71	82	10	172	60	2	2	35	1.21
68248801--68248854	28	2.0	28	85	7	76	38	0	0	61	0.96
68248797--68248894	10	10.3	10	66	14	55	36	1	0	62	1.02
68248815--68248873	20	3.0	19	82	7	73	38	0	0	61	0.96
68255140--68255231	43	2.1	42	83	15	109	27	29	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68256102--68256148	17	2.8	16	84	9	58	27	4	8	59	1.45
68256717--68256760	23	2.0	22	86	13	63	38	11	11	38	1.77
68261546--68261598	18	3.0	18	97	2	99	11	49	28	11	1.73
68262235--68262292	29	2.0	29	100	0	116	37	6	41	13	1.72
68265794--68265818	7	3.6	7	100	0	50	12	0	40	48	1.40
68267533--68267755	110	2.0	110	98	0	428	36	16	11	36	1.84
68268054--68268100	20	2.4	19	76	16	51	46	17	6	29	1.72
68278745--68279319	46	13.4	46	80	14	638	37	16	24	21	1.93
68278741--68279229	130	3.8	130	86	8	668	35	17	24	22	1.95
68278905--68279297	84	4.7	84	92	0	581	37	16	24	21	1.93
68278745--68279319	168	3.4	167	84	6	619	37	16	24	21	1.93
68278745--68279319	130	4.5	130	81	11	628	37	16	24	21	1.93
68286921--68287107	94	2.0	94	98	0	365	25	22	8	43	1.81
68287386--68287413	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
68298661--68299096	217	2.0	217	93	3	739	36	15	15	32	1.89
68304721--68304765	18	2.3	20	81	7	58	57	0	2	40	1.11
68313020--68313110	48	2.0	48	89	8	145	38	23	8	29	1.85
68327538--68327606	35	2.0	35	82	5	86	34	21	11	31	1.89
68329016--68329132	25	4.7	25	82	0	126	29	19	22	29	1.98
68329016--68329132	50	2.3	50	83	2	146	29	19	22	29	1.98
68333842--68334046	27	7.6	27	85	3	241	30	27	15	26	1.96
68334596--68334620	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68342742--68342787	8	6.1	8	80	14	53	58	0	0	41	0.98
68343657--68343741	44	1.9	44	85	4	118	22	22	22	32	1.98
68352006--68352049	22	2.2	19	88	12	61	45	2	0	52	1.13
68355006--68355061	2	28.0	2	92	0	94	0	50	0	50	1.00
68361015--68361108	47	2.0	47	100	0	188	31	12	17	38	1.87
68361496--68361533	18	2.1	18	90	0	58	55	2	0	42	1.14
68364738--68364767	12	2.5	12	94	0	51	23	43	26	6	1.78
68368875--68368919	14	3.4	13	79	14	56	77	2	0	20	0.87
68368869--68368919	8	6.4	8	78	17	52	74	1	0	23	0.92
68368878--68368919	18	2.4	17	84	4	57	78	2	0	19	0.86
68371757--68371798	20	2.1	20	82	8	50	40	9	14	35	1.78
68375678--68375747	35	2.0	35	94	0	122	37	14	11	37	1.82
68377761--68377787	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
68387443--68387519	36	2.2	36	83	2	93	55	14	11	18	1.68
68390336--68390379	21	2.1	21	83	8	54	31	15	20	31	1.94
68391343--68391373	14	2.1	15	94	5	55	83	0	16	0	0.64
68392272--68392669	204	2.0	197	82	6	487	30	6	6	56	1.51
68396741--68396787	19	2.5	19	86	6	60	27	19	8	44	1.79
68405330--68406204	177	5.0	177	84	2	1121	29	18	24	28	1.98
68405578--68405673	44	2.2	46	81	9	110	29	13	27	30	1.94
68405843--68406114	88	3.1	86	65	20	200	28	19	23	28	1.99
68405336--68406204	353	2.5	352	83	3	1091	29	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68412990--68413066	38	2.0	38	94	0	136	41	9	16	32	1.80
68413946--68414008	34	1.9	34	83	6	85	30	23	17	28	1.97
68415853--68415960	26	4.2	26	96	0	198	36	27	6	29	1.82
68419485--68419586	31	3.3	31	91	1	159	35	8	18	37	1.82
68420610--68420667	28	2.1	28	100	0	116	46	3	10	39	1.55
68424185--68424233	24	2.1	22	85	11	62	65	6	0	28	1.16
68424444--68424492	15	3.1	15	88	8	62	65	0	8	26	1.20
68424411--68424477	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
68425074--68425100	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
68425529--68426068	263	2.0	264	88	1	805	20	23	22	32	1.98
68425944--68426141	44	4.5	43	72	15	154	18	23	24	33	1.97
68425459--68426068	88	6.9	88	86	1	776	21	23	22	33	1.98
68425944--68426116	45	3.9	44	73	15	158	19	23	24	33	1.97
68425945--68426200	133	1.9	132	92	3	435	19	22	24	33	1.97
68425762--68426379	308	2.0	308	88	1	918	20	23	22	33	1.98
68426078--68427850	88	20.2	87	84	2	2071	22	22	21	33	1.97
68426179--68426316	44	3.1	44	68	12	129	21	25	21	31	1.98
68426360--68426491	43	3.0	43	64	18	101	24	24	20	31	1.98
68427797--68427903	44	2.5	45	87	7	159	26	19	20	33	1.97
68427978--68428102	64	2.0	64	88	0	187	36	15	16	32	1.89
68434583--68434703	25	4.9	22	71	18	80	59	3	4	32	1.35
68434805--68434948	44	3.3	42	80	13	148	62	1	7	28	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68434843--68434948	29	3.7	28	72	18	92	62	1	7	28	1.33
68434840--68434905	15	4.5	15	83	14	84	63	0	6	30	1.18
68435839--68438274	88	27.7	87	85	3	2900	22	23	20	33	1.97
68436779--68437004	44	5.2	42	64	15	118	19	23	23	34	1.97
68436816--68438327	44	34.5	44	62	15	211	22	22	21	33	1.97
68444873--68445330	44	10.4	44	100	0	916	59	8	8	22	1.56
68445864--68445920	29	1.9	30	85	3	80	28	8	15	47	1.75
68445863--68445935	29	2.4	30	80	11	78	28	10	15	45	1.80
68445874--68445935	30	2.1	30	82	11	74	27	11	14	46	1.78
68446303--68446352	10	4.7	11	81	13	61	22	0	2	76	0.89
68446517--68446546	13	2.2	14	94	5	53	20	3	0	76	0.92
68448393--68448419	9	3.0	9	100	0	54	55	0	33	11	1.35
68449960--68450042	41	2.0	41	95	0	148	27	12	14	45	1.80
68471693--68471776	26	3.2	26	93	0	141	33	5	25	35	1.80
68476196--68476235	21	1.9	21	85	10	55	2	22	12	62	1.42
68476672--68477159	45	10.9	45	72	7	305	30	18	15	35	1.92
68476669--68477159	134	3.7	134	80	4	524	30	17	15	35	1.92
68476957--68477160	89	2.3	89	76	4	214	31	18	15	33	1.93
68477215--68477394	94	1.9	94	86	0	252	31	21	17	30	1.96
68477516--68477849	94	3.6	94	85	0	445	27	21	17	33	1.96
68490303--68490346	18	2.5	19	89	10	67	68	0	0	31	0.90
68490371--68490420	19	2.5	20	84	9	59	74	2	4	20	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68490366--68490427	23	2.9	22	75	22	60	72	3	4	19	1.17
68494642--68494751	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
68495074--68495120	24	1.9	25	86	4	69	61	6	0	31	1.21
68495104--68495129	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
68495948--68496024	22	3.5	22	75	8	68	38	16	10	33	1.83
68500136--68500194	29	2.0	30	86	3	84	28	6	15	49	1.70
68501491--68501595	42	2.5	42	88	0	147	23	10	35	30	1.89
68501702--68501774	5	13.8	5	77	11	58	76	0	4	19	0.94
68501718--68501774	30	1.9	29	86	10	71	77	0	5	17	0.95
68507285--68507343	29	2.0	30	86	3	84	28	6	15	49	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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