genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28005428--28005490	27	2.3	27	80	0	72	34	17	20	26	1.95
28005695--28005764	25	2.8	25	86	0	104	30	24	20	25	1.99
28005695--28005789	50	1.9	50	82	8	122	30	23	21	25	1.99
28012719--28013252	27	19.8	27	89	0	701	30	22	8	38	1.83
28013217--28013477	81	3.2	78	79	8	274	40	21	8	29	1.82
28013212--28013476	27	9.9	27	83	3	248	40	21	8	30	1.82
28013459--28013521	27	2.3	27	91	2	99	36	17	20	25	1.94
28019120--28019554	27	16.1	27	90	0	584	28	21	8	40	1.84
28019547--28019833	54	5.3	53	84	2	331	40	20	8	30	1.82
28019547--28019833	27	10.6	27	82	1	297	40	20	8	30	1.82
28019817--28019879	27	2.3	27	86	2	81	38	17	22	22	1.93
28020084--28020153	25	2.8	25	93	0	113	25	24	22	27	2.00
28020109--28020180	25	3.0	24	78	13	67	29	23	22	25	1.99
28021798--28021904	43	2.5	42	79	5	126	30	22	19	27	1.98
28023216--28023387	95	1.8	95	80	9	208	43	13	9	32	1.78
28035340--28035402	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
28037378--28037639	40	6.6	40	95	1	456	27	26	22	23	2.00
28042751--28042879	40	3.2	40	85	2	161	27	20	25	25	1.99
28042767--28042889	39	3.1	39	86	1	156	26	20	27	25	1.99
28049324--28049449	39	3.2	39	85	1	162	27	23	24	24	2.00
28049374--28049459	39	2.2	39	89	0	127	26	20	26	25	1.99
28055652--28055738	26	3.4	25	86	9	122	26	22	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28055665--28055737	26	2.8	27	89	6	123	27	23	21	27	1.99
28056275--28057168	447	2.0	447	100	0	1788	31	26	14	27	1.94
28070217--28070245	7	4.1	7	100	0	58	44	0	27	27	1.54
28072890--28072932	19	2.3	18	80	11	50	55	0	11	32	1.36
28073581--28073655	26	2.9	26	84	4	89	20	21	22	36	1.96
28073706--28073787	24	3.4	25	75	11	64	20	25	19	34	1.96
28081179--28081328	26	6.0	26	74	10	107	20	22	19	38	1.94
28081172--28081299	52	2.6	48	78	10	123	19	22	20	37	1.94
28081233--28081326	25	3.8	25	73	10	88	21	24	17	37	1.94
28088391--28088463	26	2.8	26	83	2	94	16	27	23	32	1.96
28088380--28088513	48	2.7	51	75	11	132	18	25	20	35	1.96
28088400--28088580	73	2.5	72	75	4	182	19	24	20	35	1.96
28088826--28088929	32	3.2	32	97	0	190	34	8	18	38	1.81
28089618--28089674	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
28090136--28090240	42	2.5	42	74	10	97	26	20	25	26	1.99
28091143--28091191	22	2.2	22	96	0	89	8	34	16	40	1.78
28098616--28098640	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
28105392--28105532	48	2.9	48	82	9	171	31	27	19	20	1.97
28110247--28110312	33	2.0	33	100	0	132	33	27	9	30	1.88
28112634--28112737	23	4.4	23	78	9	86	21	26	20	31	1.98
28112634--28112713	22	3.5	22	80	10	81	18	27	18	35	1.95
28112634--28112737	45	2.2	48	81	10	117	21	26	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28112895--28112945	27	2.0	27	92	7	88	35	7	15	41	1.76
28112896--28112945	9	5.8	9	76	9	50	36	8	16	40	1.77
28112916--28112956	18	2.3	18	82	0	55	39	4	17	39	1.71
28120693--28120781	27	3.3	27	81	6	101	41	15	10	32	1.81
28120776--28120837	27	2.3	27	82	0	70	35	24	8	32	1.85
28120787--28120854	27	2.5	27	87	0	100	27	25	7	39	1.82
28120850--28120901	27	1.9	27	88	0	77	25	26	9	38	1.86
28120848--28120937	46	2.0	46	90	0	144	27	24	8	38	1.85
28120896--28120948	27	2.0	27	84	0	70	33	22	3	39	1.72
28120925--28121177	27	9.3	27	75	6	161	37	19	9	32	1.85
28120925--28121177	81	3.1	79	75	7	213	37	19	9	32	1.85
28121195--28121273	27	2.9	27	79	9	88	34	18	21	25	1.96
28122524--28122562	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
28122614--28122658	23	2.0	23	100	0	90	26	22	22	28	1.99
28124170--28124232	22	2.8	22	80	2	72	14	26	23	34	1.93
28136286--28136373	45	2.0	44	95	2	158	36	26	13	23	1.92
28137531--28137556	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
28138980--28139170	47	4.0	47	94	2	337	30	29	7	32	1.85
28138980--28139170	96	2.0	95	94	4	341	30	29	7	32	1.85
28140679--28140765	41	2.1	41	91	4	140	48	19	12	19	1.80
28140797--28140852	28	2.0	28	100	0	112	35	0	21	42	1.53
28146358--28146427	30	2.3	30	92	2	113	30	25	17	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28146455--28146546	42	2.2	42	84	0	121	34	18	14	32	1.91
28146691--28146814	26	4.8	26	88	1	187	29	22	20	27	1.99
28146781--28146851	37	1.9	37	94	0	124	21	25	19	33	1.97
28166527--28166570	23	2.0	22	86	13	63	38	6	11	43	1.67
28166740--28166901	29	5.5	29	86	5	200	37	11	26	25	1.89
28166740--28166901	59	2.8	58	85	3	216	37	11	26	25	1.89
28167534--28167587	18	3.1	17	92	5	83	14	35	31	18	1.91
28168912--28169094	48	4.0	46	72	16	162	26	25	21	26	2.00
28172279--28172320	16	2.8	16	89	7	61	40	4	0	54	1.21
28178202--28178243	12	3.5	12	83	6	50	9	40	21	28	1.84
28186887--28187033	76	1.9	75	100	0	285	27	23	21	26	1.99
28186901--28187018	37	3.1	37	62	21	91	29	21	22	26	1.98
28187032--28187093	31	2.0	31	93	0	106	35	32	9	22	1.87
28192802--28192839	17	2.1	19	90	9	62	60	10	7	21	1.54
28192879--28192941	30	2.1	31	85	5	85	74	6	6	12	1.20
28195850--28195911	30	2.1	30	96	0	115	25	4	12	56	1.56
28201538--28201562	13	1.9	13	100	0	50	32	28	24	16	1.96
28205820--28206029	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
28205767--28206029	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
28205768--28206064	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
28214404--28214792	40	9.7	40	99	0	760	30	20	27	21	1.98
28217307--28217482	46	3.7	47	80	5	196	21	30	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28217307--28217526	46	4.7	47	79	9	193	22	29	20	28	1.98
28217307--28217526	94	2.3	91	80	10	230	22	29	20	28	1.98
28223218--28223252	14	2.4	15	85	4	54	14	5	5	74	1.19
28223438--28223474	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
28224509--28224683	69	2.5	69	96	0	314	37	13	9	39	1.77
28227808--28227872	31	2.1	31	97	0	121	36	12	18	32	1.88
28227818--28227873	19	3.3	19	63	31	54	39	10	17	32	1.84
28228101--28228131	14	2.2	14	94	0	53	25	6	6	61	1.45
28230200--28230379	88	2.0	88	97	0	342	32	8	19	40	1.81
28231581--28231648	19	3.3	20	85	8	75	35	16	23	25	1.95
28231632--28231764	50	2.7	48	77	7	140	35	15	17	32	1.91
28231723--28231830	51	2.2	49	80	12	114	39	19	12	28	1.87
28242310--28242363	26	2.1	26	92	0	90	14	11	27	46	1.79
28243147--28243197	22	2.4	22	78	21	63	37	3	0	58	1.16
28245379--28245435	18	3.2	18	94	0	96	26	26	17	29	1.97
28258072--28258215	41	3.5	41	93	0	236	31	22	23	22	1.99
28258231--28258347	54	2.2	53	81	6	137	49	28	0	22	1.50
28258308--28258348	14	2.8	15	85	3	57	51	29	0	19	1.47
28258517--28258552	15	2.5	15	90	4	56	22	0	33	44	1.53
28258769--28258819	22	2.4	22	83	9	70	27	1	21	49	1.60
28259197--28259237	13	3.4	12	87	9	57	78	2	0	19	0.87
28259197--28259235	18	2.1	19	90	4	62	79	2	0	17	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28263042--28263185	43	3.3	42	85	4	180	25	15	27	31	1.96
28264100--28264151	23	2.3	23	90	6	79	55	19	9	15	1.67
28264109--28264155	23	2.0	23	100	0	94	53	21	12	12	1.72
28271753--28271793	19	2.2	19	95	0	73	24	19	19	36	1.95
28272142--28272287	54	2.7	55	81	8	149	54	4	3	36	1.38
28276050--28276101	25	2.1	24	89	3	77	40	21	23	15	1.91
28278776--28278907	53	2.5	53	79	0	165	35	9	25	28	1.88
28279024--28279289	28	9.5	28	75	1	210	24	14	24	36	1.93
28279024--28279264	84	2.9	84	81	1	250	24	14	24	36	1.93
28281116--28281215	40	2.5	40	100	0	200	33	31	19	17	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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