genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.239.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78750581--78750745	56	2.9	57	87	2	226	29	13	24	32	1.94
78752840--78752865	5	5.2	5	100	0	52	76	0	23	0	0.78
78758003--78758149	43	3.5	42	82	4	154	24	15	26	33	1.95
78761106--78761404	29	10.3	29	75	6	167	37	12	25	25	1.90
78761106--78761404	58	5.1	58	72	6	201	37	12	25	25	1.90
78761187--78761358	87	2.0	87	82	4	213	36	15	25	22	1.93
78765602--78765866	40	6.7	40	84	6	263	24	27	21	25	1.99
78765798--78765875	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
78773567--78773831	40	6.7	40	84	6	263	24	27	21	25	1.99
78773763--78773840	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
78775346--78775443	28	3.5	28	95	1	171	26	12	28	32	1.92
78775346--78775456	28	4.0	27	90	3	116	28	11	26	33	1.91
78783499--78783620	55	2.2	56	88	2	174	26	12	27	33	1.92
78783499--78783620	28	4.4	28	90	2	174	26	12	27	33	1.92
78783524--78783634	28	4.0	27	90	3	116	29	11	25	33	1.91
78785697--78785812	55	2.1	55	93	1	198	39	11	33	15	1.83
78787039--78787133	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
78787064--78787146	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
78790905--78791018	28	4.0	30	76	10	114	27	29	14	28	1.95
78790911--78791018	57	1.9	57	84	7	148	25	30	14	28	1.95
78791091--78791136	19	2.5	19	85	3	58	21	36	13	28	1.91
78791234--78791280	8	5.9	8	80	9	51	6	21	23	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78797147--78797217	27	2.8	25	75	8	70	29	22	22	25	1.99
78800504--78800804	71	4.2	71	98	0	575	33	16	29	19	1.94
78801599--78801681	38	2.1	38	84	4	103	19	14	38	27	1.90
78813587--78813813	49	4.6	49	82	3	292	29	26	17	25	1.97
78814465--78814524	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
78816574--78816612	15	2.5	15	91	4	60	56	15	12	15	1.68
78819357--78819601	49	4.9	49	81	4	303	29	26	17	26	1.98
78819370--78819601	100	2.3	98	83	4	286	29	26	17	25	1.98
78820249--78820308	30	2.0	30	83	6	77	28	26	6	38	1.81
78822204--78822318	43	2.7	42	80	1	131	29	27	20	22	1.98
78823218--78823268	26	2.0	26	84	0	66	37	11	5	45	1.65
78824946--78825023	27	2.9	27	84	3	86	42	23	7	26	1.81
78824974--78825066	27	3.4	27	76	5	98	43	22	6	27	1.78
78825089--78825391	27	11.2	27	82	3	360	36	17	18	27	1.93
78825089--78825391	54	5.6	54	89	3	432	36	17	18	27	1.93
78825962--78826062	27	3.8	26	85	6	121	19	20	20	38	1.93
78826180--78826264	6	13.8	6	76	14	66	23	20	10	45	1.81
78826183--78826247	25	2.6	25	90	0	103	24	21	10	43	1.84
78826180--78826254	25	2.7	29	78	20	95	25	20	10	44	1.83
78828824--78828882	26	2.3	27	80	11	70	45	13	13	27	1.81
78832571--78832677	42	2.5	42	83	1	142	30	27	18	23	1.98
78834343--78834513	48	3.6	46	81	7	200	25	26	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78834343--78834529	96	1.9	96	90	0	293	26	27	19	27	1.99
78840229--78840411	48	3.8	48	81	2	208	23	30	19	26	1.98
78848579--78848754	46	3.8	46	74	14	173	22	20	26	30	1.98
78855791--78855919	46	2.8	46	91	0	213	20	20	27	31	1.98
78858182--78858330	47	3.1	47	85	2	147	32	26	14	26	1.95
78858231--78858330	47	2.1	47	94	0	173	34	22	14	30	1.93
78858307--78858498	54	3.6	54	84	2	228	33	27	14	25	1.94
78859106--78859527	105	4.0	105	98	0	808	42	17	8	31	1.80
78865728--78865801	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
78868423--78868552	45	2.9	45	88	0	197	27	27	21	23	1.99
78870446--78870471	13	2.0	13	100	0	52	69	7	15	7	1.35
78872113--78872175	29	2.2	29	94	0	108	12	23	44	19	1.85
78872512--78872694	48	3.8	48	87	2	217	27	30	19	22	1.98
78872560--78872695	48	2.8	48	94	0	236	30	30	16	22	1.96
78873959--78874004	20	2.3	20	80	0	56	15	30	34	19	1.93
78881737--78881794	29	2.0	29	96	0	107	44	6	15	32	1.73
78885396--78885456	27	2.3	27	82	0	68	31	29	6	32	1.83
78885407--78885564	54	2.9	54	80	0	165	31	20	6	41	1.78
78885407--78885589	27	6.8	27	83	1	134	32	20	7	40	1.79
78885541--78885873	27	12.3	27	77	4	242	38	20	9	31	1.85
78885555--78885761	80	2.6	81	82	3	231	40	21	9	29	1.84
78886689--78886719	16	1.9	16	93	0	53	29	19	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78886750--78886840	25	3.7	25	88	1	121	27	23	23	26	2.00
78886749--78886856	25	4.4	24	81	5	110	29	20	22	27	1.98
78889358--78889570	27	7.9	27	82	4	146	32	23	7	37	1.82
78889358--78889568	54	3.9	54	76	2	183	31	23	7	37	1.82
78889521--78889755	54	4.4	54	77	6	217	40	22	8	28	1.83
78889533--78889739	27	7.7	27	81	2	197	41	21	8	28	1.83
78889533--78889755	80	2.8	80	80	10	240	41	21	8	28	1.82
78889777--78889828	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
78889869--78889946	27	2.9	27	74	11	79	35	20	20	23	1.96
78890404--78890443	18	2.2	18	100	0	80	15	17	37	30	1.90
78890756--78890862	25	4.4	25	87	5	139	27	20	23	28	1.99
78893386--78893446	27	2.3	27	85	0	77	31	29	6	32	1.83
78893397--78893552	27	5.8	27	83	1	143	28	23	7	41	1.82
78893617--78893660	22	2.0	22	86	0	61	36	6	18	38	1.77
78893545--78893717	27	6.6	27	74	10	101	41	17	10	30	1.83
78893642--78893746	27	3.9	26	78	5	93	40	20	9	30	1.84
78893753--78893808	27	2.1	26	83	9	69	39	10	12	37	1.78
78893862--78893926	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
78894757--78894814	24	2.4	25	77	11	68	29	18	24	27	1.98
78895020--78895096	31	2.5	31	91	0	127	31	18	23	27	1.97
78898477--78899434	46	20.8	46	96	2	1773	30	28	19	21	1.98
78901114--78901484	27	13.7	27	88	0	499	30	22	7	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78901382--78901548	27	6.2	27	79	2	104	34	21	8	35	1.84
78901533--78901697	27	6.1	27	90	2	260	36	18	20	24	1.94
78901506--78901683	54	3.3	54	82	10	204	38	20	17	23	1.93
78901506--78901690	81	2.3	79	83	10	223	37	20	18	23	1.94
78901533--78901770	54	4.6	54	82	11	255	36	18	20	24	1.95
78901653--78901743	46	2.0	46	95	0	164	37	23	19	19	1.94
78901533--78901770	100	2.3	100	83	7	273	36	18	20	24	1.95
78901977--78902071	25	3.8	25	88	0	127	27	22	22	28	1.99
78902021--78902098	25	3.2	24	80	14	79	28	21	21	28	1.99
78902303--78902386	29	2.9	29	77	15	84	29	19	23	27	1.98
78903686--78903837	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
78903686--78903862	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
78904184--78904331	74	2.0	74	98	0	287	42	18	4	33	1.72
78906938--78907011	21	3.6	21	67	22	50	6	20	2	70	1.23
78909132--78909165	18	2.0	17	88	11	52	11	5	5	76	1.14
78909146--78909187	11	3.7	11	90	3	66	14	4	2	78	1.01
78909145--78909188	12	3.8	12	87	6	72	13	4	2	79	0.98
78910045--78910076	12	2.7	12	95	0	55	15	6	0	78	0.95
78916802--78917046	49	4.9	49	81	4	258	26	17	26	29	1.98
78920040--78920109	30	2.4	29	81	9	88	7	14	18	60	1.57
78920040--78920109	15	4.8	14	81	8	77	7	14	18	60	1.57
78921773--78921968	49	4.0	49	85	1	230	27	19	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78924322--78924381	26	2.3	26	85	0	75	35	26	11	26	1.91
78924485--78924599	27	4.3	26	84	5	131	20	23	20	34	1.96
78926225--78926275	11	4.9	11	83	9	63	31	11	27	29	1.92
78928189--78928222	15	2.1	16	89	10	52	14	29	0	55	1.40
78945043--78945179	56	2.4	56	95	0	238	34	24	14	27	1.94
78969059--78969126	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
78973960--78974047	45	2.0	43	93	2	140	28	26	14	29	1.95
78979265--78979351	43	2.0	43	97	0	165	16	31	17	35	1.92
78984127--78984281	42	3.6	43	83	5	172	25	19	30	25	1.98
78984172--78984361	42	4.6	40	76	7	150	26	19	30	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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