genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98552203--98552251	22	2.2	22	89	10	82	67	2	4	26	1.19
98560475--98560529	17	3.1	17	80	10	65	25	12	12	49	1.76
98560485--98560521	19	1.9	19	94	0	65	27	13	10	48	1.75
98562093--98562172	35	2.3	35	86	4	108	22	22	22	32	1.98
98563950--98564004	17	3.1	17	80	10	65	25	12	12	49	1.76
98563960--98563996	19	1.9	19	94	0	65	27	13	10	48	1.75
98565568--98565647	35	2.3	35	86	4	108	22	22	22	32	1.98
98577867--98577916	20	2.5	20	90	3	75	40	0	4	56	1.18
98579019--98579071	25	2.1	25	100	0	106	33	33	7	24	1.84
98581581--98581683	52	2.0	52	100	0	206	51	21	11	15	1.75
98581676--98581806	63	2.1	62	98	1	253	42	19	6	32	1.75
98585017--98585080	30	2.1	30	85	2	83	50	12	1	35	1.50
98585827--98585878	20	2.6	19	88	11	70	32	9	9	48	1.69
98587122--98587169	24	2.0	24	100	0	96	54	4	12	29	1.56
98591029--98591076	20	2.4	20	89	6	71	41	6	10	41	1.64
98593256--98593307	20	2.6	19	85	14	70	32	11	9	46	1.73
98595237--98595378	43	3.3	43	86	0	176	31	25	15	27	1.96
98598625--98598661	18	2.1	18	94	0	65	13	0	0	86	0.57
98598624--98598661	8	4.9	8	90	6	51	15	0	0	84	0.63
98598691--98598715	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
98598749--98598776	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
98598781--98598836	7	7.7	7	92	4	76	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98598808--98598843	8	4.6	8	86	6	56	30	0	0	69	0.89
98598782--98598843	14	4.3	14	78	15	63	22	0	0	77	0.77
98599054--98599102	24	2.0	24	100	0	98	42	4	0	53	1.20
98599061--98599106	12	3.9	12	80	2	58	43	4	0	52	1.21
98599715--98599850	41	3.3	40	90	1	200	21	25	21	32	1.98
98599828--98599875	23	2.1	23	92	0	78	8	16	25	50	1.73
98601504--98601746	46	5.2	46	77	11	140	22	27	18	30	1.98
98601579--98601751	46	3.7	45	81	9	154	21	28	20	29	1.98
98603270--98603324	27	2.1	26	86	3	74	7	16	3	72	1.21
98603955--98604109	63	2.5	63	89	2	222	24	22	27	25	2.00
98605804--98605864	10	5.9	10	79	11	61	31	0	4	63	1.15
98605817--98605850	11	3.2	11	91	8	61	26	0	8	64	1.22
98605812--98605864	21	2.5	22	84	6	72	32	0	5	62	1.19
98605799--98605925	19	6.7	19	71	16	77	36	0	4	59	1.19
98615129--98615330	40	5.1	40	81	3	192	17	30	15	36	1.91
98615245--98615309	20	3.2	20	63	16	53	18	38	12	30	1.88
98624353--98624402	26	1.9	26	84	8	66	24	14	22	40	1.90
98624513--98624573	31	2.0	31	100	0	122	9	26	26	37	1.87
98625691--98625788	24	4.0	24	88	6	153	20	37	5	36	1.75
98628870--98629045	96	1.8	96	91	4	293	27	32	15	24	1.95
98628874--98629052	48	3.7	48	89	3	263	27	31	16	24	1.96
98631055--98631103	21	2.3	22	80	16	59	51	0	2	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98632975--98633068	45	2.1	45	91	0	152	44	11	21	22	1.84
98632981--98633097	45	2.6	45	86	0	144	45	12	23	18	1.84
98638861--98638949	29	3.0	29	79	9	99	38	6	21	33	1.80
98652298--98652330	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
98653636--98653814	59	3.1	59	82	0	216	51	8	5	34	1.54
98658292--98658356	28	2.4	27	86	2	94	33	23	24	18	1.96
98660529--98660577	18	2.7	17	81	12	53	67	0	0	32	0.91
98663045--98663069	8	3.1	8	100	0	50	48	0	0	52	1.00
98664242--98664320	39	2.0	39	95	0	140	24	18	12	44	1.85
98668645--98668685	22	1.9	22	90	5	66	36	9	0	53	1.34
98669248--98669294	15	3.1	15	81	6	58	82	0	10	6	0.82
98669251--98669294	8	5.5	8	86	8	54	81	0	11	6	0.86
98673266--98673309	21	2.1	21	91	0	70	40	43	2	13	1.57
98677770--98677954	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
98677771--98677954	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
98677823--98677987	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
98679872--98680088	46	4.7	46	77	9	201	26	19	29	23	1.98
98697756--98697843	26	3.6	25	71	8	74	39	19	18	22	1.92
98702763--98702802	21	2.0	21	90	5	64	20	27	42	10	1.83
98704141--98704308	91	1.8	92	84	5	232	22	27	20	29	1.98
98719977--98720001	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
98729218--98729636	49	8.8	49	94	2	669	32	7	29	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98729755--98729833	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
98747120--98747170	26	2.0	26	88	0	75	17	31	23	27	1.97
98760727--98760886	26	6.4	26	65	15	68	40	20	18	21	1.92
98771204--98771466	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
98771204--98771466	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
98771398--98771475	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
98779150--98779452	40	7.6	40	87	4	344	26	27	21	25	1.99
98779384--98779461	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
98782472--98782524	27	2.0	27	84	0	70	33	18	13	33	1.90
98790397--98790430	17	1.9	17	88	5	50	14	44	26	14	1.84
98799140--98799228	45	2.0	45	90	0	142	24	11	24	39	1.88
98799141--98799211	21	3.2	21	66	24	56	23	12	23	39	1.89
98801472--98801598	44	2.8	45	78	10	134	32	22	13	31	1.93
98805370--98805415	20	2.3	20	96	0	83	23	36	26	13	1.91
98812287--98812377	39	2.3	39	100	0	182	17	23	29	29	1.97
98817070--98817193	39	3.2	39	90	0	185	27	20	27	24	1.99
98840426--98840641	39	5.5	39	88	1	299	30	26	22	20	1.98
98846833--98846999	39	4.3	39	89	0	246	31	28	21	18	1.97
98847560--98847853	150	2.0	150	99	0	579	39	14	16	29	1.88
98848489--98848593	37	2.8	37	92	0	174	27	31	17	23	1.97
98848804--98848996	47	4.1	47	90	0	287	26	29	11	32	1.91
98850165--98850261	51	1.9	51	100	0	194	38	20	5	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98853083--98853594	40	12.8	40	92	0	835	25	27	21	24	1.99
98853234--98853340	23	5.2	23	60	25	67	25	27	22	25	2.00
98853394--98853460	23	3.2	23	60	24	56	23	26	23	25	2.00
98854865--98854973	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
98855180--98855373	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	34	1.90
98855226--98855344	23	5.1	22	62	28	59	23	31	13	31	1.93
98861818--98861922	53	2.0	53	98	0	201	29	20	15	34	1.94
98865528--98865561	17	2.0	17	100	0	68	5	11	35	47	1.65
98875394--98875490	42	2.3	42	83	5	115	34	23	17	24	1.96
98875375--98875490	43	2.7	43	76	6	119	33	25	17	24	1.96
98877225--98877294	26	2.7	26	86	4	88	37	24	20	18	1.94
98877304--98877462	20	7.9	20	86	0	120	35	25	24	14	1.94
98877330--98877463	40	3.3	40	87	0	196	37	26	22	14	1.92
98877330--98877463	60	2.2	60	87	0	196	37	26	22	14	1.92
98877330--98877469	20	7.0	20	81	11	128	37	27	21	14	1.92
98877629--98877682	27	2.0	28	89	7	85	31	18	18	31	1.95
98880153--98880328	46	3.8	45	73	11	160	22	19	28	30	1.98
98880149--98880320	93	1.8	93	87	2	256	22	19	29	29	1.98
98883620--98883673	26	2.1	26	96	0	99	35	9	16	38	1.81
98885808--98885849	21	2.0	21	95	0	75	30	19	26	23	1.98
98886266--98886319	22	2.5	20	80	13	63	35	5	7	51	1.53
98889965--98890142	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98889966--98890121	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
98889962--98890142	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
98895490--98895647	68	2.3	69	79	7	169	34	16	27	21	1.95
98898010--98898192	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
98897989--98898192	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
98906597--98906683	43	2.0	43	93	0	147	21	19	31	27	1.98
98910198--98910261	28	2.4	27	79	10	69	34	3	15	46	1.62
98926282--98926311	15	2.0	15	100	0	60	53	6	20	20	1.67
98929069--98929403	167	2.0	167	99	0	661	28	19	12	39	1.88
98929961--98930106	73	2.0	73	97	0	274	35	23	17	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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