genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61163917--61163984	25	2.5	28	76	16	79	36	7	8	47	1.63
61165726--61165770	22	2.1	21	83	4	54	44	20	4	31	1.71
61169096--61169209	43	2.7	43	93	1	185	28	24	28	18	1.98
61171467--61171532	28	2.4	28	81	0	69	16	16	16	50	1.79
61171521--61171648	33	3.9	32	75	9	114	17	22	14	44	1.86
61171517--61171658	66	2.2	66	87	2	196	17	20	14	47	1.83
61171537--61171649	33	3.4	33	77	2	129	17	23	15	44	1.86
61171550--61171681	66	2.0	66	86	0	183	18	21	14	46	1.84
61175376--61175437	20	3.1	20	79	9	72	20	11	8	59	1.57
61175474--61175516	20	2.2	20	91	4	70	30	9	9	51	1.65
61175903--61175943	20	2.0	21	90	4	66	53	14	12	19	1.72
61176028--61176104	20	3.9	20	74	16	79	57	6	15	20	1.61
61176070--61176147	20	3.6	21	80	15	88	56	6	14	23	1.61
61176092--61176141	25	2.0	25	100	0	100	56	8	12	24	1.62
61176135--61176241	20	5.3	20	74	14	103	55	11	15	17	1.69
61176072--61176162	45	2.0	44	81	12	105	56	7	14	21	1.63
61176135--61176242	40	2.7	40	76	15	123	55	11	15	17	1.68
61180359--61180699	46	7.4	47	82	3	435	20	24	13	40	1.89
61180359--61180699	138	2.5	138	87	1	479	20	24	13	40	1.89
61182541--61182623	31	2.7	32	81	12	102	57	4	0	37	1.20
61195298--61195341	16	2.8	16	82	0	52	56	0	15	27	1.40
61195318--61195348	16	1.9	16	93	0	53	54	3	12	29	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61195375--61195471	44	2.4	41	80	13	112	39	2	17	41	1.61
61198109--61198143	19	1.9	17	88	11	52	22	8	0	68	1.16
61199633--61199675	22	2.0	22	81	9	52	25	9	4	60	1.47
61199672--61199734	30	2.2	28	85	5	81	34	4	0	60	1.18
61199673--61199733	28	2.1	27	82	8	68	36	4	0	59	1.19
61199751--61199801	21	2.3	23	80	6	61	29	0	7	62	1.23
61199761--61199816	11	5.0	11	80	8	51	33	3	3	58	1.32
61200493--61200528	16	2.2	16	90	0	54	13	8	11	66	1.44
61202769--61202828	27	2.2	27	87	0	84	15	25	21	38	1.92
61204237--61204298	31	2.0	31	90	0	97	40	12	17	29	1.87
61211919--61212010	46	2.0	46	95	0	166	25	18	35	20	1.95
61218030--61218081	14	3.2	16	74	17	54	57	0	0	42	0.98
61219765--61219917	46	3.3	46	75	3	146	26	18	22	32	1.97
61220098--61220162	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
61220124--61220162	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
61227050--61227075	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
61231405--61231464	18	3.3	18	75	9	59	43	11	13	31	1.80
61234567--61234591	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
61235794--61235826	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
61235950--61236013	30	2.1	31	88	2	94	60	10	3	25	1.44
61236051--61236100	22	2.3	22	79	6	57	58	6	18	18	1.59
61237252--61237286	18	1.9	18	88	0	52	28	48	5	17	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61238339--61238367	15	1.9	15	100	0	58	51	6	34	6	1.55
61238529--61238567	18	2.2	17	90	9	60	64	5	17	12	1.46
61238532--61238568	19	2.0	18	94	5	65	59	5	18	16	1.55
61247783--61247876	48	2.0	48	93	0	161	30	24	20	24	1.98
61248625--61248668	21	2.0	23	86	8	65	43	4	0	52	1.22
61253925--61253973	27	1.9	26	88	12	75	30	0	18	51	1.47
61253967--61254047	9	8.6	9	71	15	56	30	2	14	51	1.55
61253930--61254005	40	1.9	39	86	7	109	28	1	17	52	1.52
61253977--61254035	27	2.2	27	96	0	109	30	3	15	50	1.60
61253925--61254054	67	1.9	66	83	6	163	30	1	17	50	1.55
61256834--61256902	25	2.8	25	84	4	86	20	26	20	33	1.97
61260295--61260351	30	1.9	30	85	7	80	42	21	10	26	1.85
61260302--61260361	31	1.9	31	83	6	77	45	16	10	28	1.80
61268748--61269279	266	2.0	266	97	0	1001	32	18	25	23	1.97
61269397--61269580	62	3.0	62	95	0	323	41	20	4	33	1.74
61271343--61271400	6	9.0	6	80	17	55	81	1	13	3	0.91
61271339--61271399	7	8.9	7	76	16	65	81	1	13	3	0.88
61271339--61271393	15	3.9	15	72	18	55	81	1	12	3	0.89
61271343--61271400	13	4.5	12	75	23	55	81	1	13	3	0.91
61272625--61272974	86	4.1	86	91	0	520	26	22	24	27	2.00
61273030--61273262	46	5.2	46	70	9	183	26	21	23	29	1.99
61272922--61274411	134	10.8	134	77	10	1301	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61273233--61273903	95	7.0	95	95	0	1153	29	20	22	27	1.98
61274005--61274335	46	7.4	46	64	13	170	26	20	23	29	1.99
61274419--61274667	44	5.6	45	78	4	265	28	16	25	28	1.97
61274419--61274667	132	1.9	132	92	0	417	28	16	25	28	1.97
61274419--61274706	132	2.2	131	86	3	400	28	16	26	29	1.97
61275811--61275841	3	10.3	3	92	0	53	32	0	0	67	0.91
61276045--61276176	64	2.1	64	83	11	164	37	4	2	56	1.33
61276107--61276166	20	3.0	18	76	21	57	35	5	1	58	1.30
61290806--61290853	21	2.4	21	86	13	66	58	2	0	39	1.10
61291604--61291634	8	3.8	8	95	4	53	32	0	0	67	0.91
61291601--61291640	16	2.5	15	80	11	53	27	0	0	72	0.85
61291743--61291775	16	2.1	16	88	11	50	66	0	0	33	0.92
61297222--61297265	22	2.0	23	81	4	54	13	9	6	70	1.33
61299535--61299567	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
61300257--61300290	17	1.9	17	88	5	50	17	0	8	73	1.08
61303570--61304443	30	29.1	30	99	0	1712	26	23	6	43	1.78
61309009--61309882	30	29.1	30	99	0	1712	26	23	6	43	1.78
61315137--61315177	21	2.0	21	85	0	55	39	19	24	17	1.92
61319591--61319625	15	2.2	16	90	5	54	51	0	8	40	1.33
61319591--61319628	16	2.5	15	91	4	58	52	0	7	39	1.31
61323050--61323322	46	6.0	46	86	2	336	41	14	24	19	1.89
61323060--61323317	92	2.8	92	90	1	385	41	15	24	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61323603--61323635	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
61325075--61325101	6	4.5	6	100	0	54	48	0	18	33	1.49
61325849--61325926	39	2.0	39	97	0	147	42	10	8	38	1.70
61327268--61327311	23	2.0	22	86	13	63	43	11	6	38	1.67
61331717--61331762	20	2.3	20	82	14	60	30	28	15	26	1.96
61331729--61331772	19	2.2	20	84	4	54	36	25	15	22	1.94
61332939--61333149	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
61332905--61333191	137	2.1	137	98	0	547	31	24	19	24	1.98
61334977--61335060	26	3.2	26	94	0	141	35	25	5	33	1.80
61341578--61341699	40	3.0	40	84	4	165	23	18	22	36	1.95
61351109--61351152	17	2.6	17	92	7	72	52	9	9	29	1.64
61351109--61351200	17	5.1	18	70	21	59	50	10	9	29	1.70
61351172--61351205	17	1.9	18	88	5	52	55	11	11	20	1.67
61351752--61351783	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
61352292--61352333	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
61352770--61352812	20	2.2	20	100	0	86	4	0	27	67	1.10
61353684--61353869	74	2.5	76	91	4	297	31	21	16	30	1.95
61353806--61353968	83	1.9	86	93	5	287	36	19	15	28	1.92
61355548--61355602	4	14.8	4	80	19	66	0	20	0	80	0.72
61355548--61355602	14	3.9	14	86	13	78	0	20	0	80	0.72
61355548--61355595	18	2.6	18	96	3	87	0	20	0	79	0.74
61356184--61356252	1	69.0	1	76	0	66	4	1	5	88	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61356184--61356246	26	2.5	26	94	2	110	4	0	6	88	0.61
61359838--61359871	17	1.9	18	88	5	52	55	11	11	20	1.67
61360394--61360421	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
61361545--61361923	56	7.0	54	90	5	588	37	18	15	28	1.91
61361545--61361923	110	3.5	110	93	3	612	37	18	15	28	1.91
61361902--61361952	14	3.6	14	92	5	84	62	5	15	15	1.50
61361922--61362358	87	5.0	86	85	7	471	37	19	17	25	1.94
61362283--61363156	73	11.0	75	72	15	568	33	19	17	29	1.95
61362591--61362625	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
61362589--61362766	86	2.0	88	92	2	297	35	17	19	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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