genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6391416--6391463	21	2.4	19	77	12	51	29	2	2	66	1.14
6392627--6392660	8	4.2	8	100	0	68	88	0	11	0	0.52
6396027--6396343	158	2.0	158	99	0	625	23	23	27	26	2.00
6397439--6397467	6	4.8	6	100	0	58	86	0	0	13	0.58
6397691--6397739	24	2.0	24	100	0	98	32	42	8	16	1.77
6404098--6404139	13	3.3	13	96	3	77	85	0	0	14	0.59
6404098--6404139	6	6.7	6	89	10	66	85	0	0	14	0.59
6405019--6405054	12	3.1	12	92	8	65	44	0	0	55	0.99
6405019--6405050	11	2.8	11	95	4	55	40	0	0	59	0.97
6405851--6405877	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
6407067--6407101	16	2.1	17	89	5	54	25	2	2	68	1.17
6409868--6409923	20	2.8	20	86	8	69	44	35	1	17	1.60
6412181--6412241	29	2.2	28	82	8	72	29	4	14	50	1.64
6412303--6412356	21	2.5	22	80	19	62	68	1	1	27	1.10
6412719--6412758	21	1.9	21	90	10	64	22	12	10	55	1.67
6413058--6413163	19	5.2	19	66	23	63	39	0	1	57	1.16
6413132--6413191	20	3.1	19	83	9	59	45	1	3	50	1.28
6414397--6414465	26	2.7	26	81	2	86	15	26	24	33	1.95
6421949--6422017	24	2.9	24	74	10	61	20	20	20	39	1.93
6422014--6422083	25	2.8	25	78	8	79	21	28	17	32	1.96
6425459--6425502	21	2.1	21	86	0	61	52	18	4	25	1.64
6428828--6428928	23	4.4	23	77	3	87	22	20	18	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6429103--6429198	20	4.8	19	78	8	84	31	8	20	39	1.82
6429103--6429206	40	2.6	37	78	13	100	30	7	20	41	1.80
6431242--6431283	21	1.9	23	85	9	61	30	4	21	42	1.73
6440801--6440937	68	2.0	68	95	0	247	43	18	4	34	1.70
6441084--6441109	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
6446217--6446542	131	2.5	131	83	2	404	39	13	15	31	1.86
6450747--6450856	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
6451737--6451786	21	2.4	21	80	6	57	14	26	30	30	1.94
6452751--6452775	12	2.1	12	100	0	50	20	0	32	48	1.50
6453180--6453243	25	2.5	24	78	9	65	26	7	0	65	1.19
6453304--6453351	26	1.9	26	91	8	82	31	0	4	64	1.12
6454070--6454219	68	2.2	68	86	2	203	30	12	16	40	1.86
6468291--6468327	12	3.2	12	85	11	51	56	0	0	43	0.99
6471138--6471212	39	1.9	39	100	0	150	26	9	6	57	1.55
6480984--6481065	42	1.9	43	82	2	103	23	25	34	17	1.96
6482897--6482941	23	2.0	23	86	4	65	4	22	0	73	1.01
6482908--6482941	11	3.0	11	91	8	59	0	20	0	79	0.73
6482914--6482966	19	2.8	18	77	5	52	5	18	0	75	0.99
6486189--6486241	26	2.0	26	96	0	97	33	22	3	39	1.72
6487113--6487158	19	2.4	19	81	0	56	58	0	4	36	1.18
6489092--6489236	61	2.3	60	85	8	177	28	26	18	26	1.98
6489126--6489236	28	3.8	28	74	22	86	27	27	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6489338--6489379	22	1.9	22	85	9	59	16	54	2	26	1.54
6491855--6491894	20	1.9	22	85	10	57	42	10	0	47	1.37
6495315--6495363	25	2.0	25	84	8	64	36	12	10	40	1.77
6495326--6495375	25	2.0	25	84	3	66	38	12	6	44	1.66
6496711--6496758	23	2.1	23	92	0	78	31	2	8	58	1.39
6499246--6499376	64	2.0	64	98	0	253	29	12	20	37	1.89
6500900--6501065	38	4.3	38	82	4	172	32	27	20	19	1.97
6500900--6501065	78	2.1	78	82	6	194	32	27	20	19	1.97
6505938--6506048	54	2.1	54	86	3	152	20	31	23	24	1.98
6507870--6507919	27	1.9	26	88	8	75	46	6	2	46	1.39
6508304--6508350	22	2.1	23	84	4	60	34	2	8	55	1.42
6511314--6511353	20	2.1	19	90	4	62	47	7	0	45	1.31
6511315--6511355	11	4.0	11	84	15	52	51	7	0	41	1.30
6516573--6516659	40	2.2	40	91	0	147	28	26	21	22	1.99
6526284--6526324	10	4.1	10	84	9	57	0	19	0	80	0.71
6528762--6529093	164	2.0	165	96	0	612	35	12	12	38	1.82
6529822--6529903	26	3.2	26	96	0	146	31	7	24	36	1.83
6531389--6531441	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
6531689--6531975	137	2.1	137	97	0	538	24	19	25	31	1.98
6535032--6535086	20	2.7	21	76	21	62	45	7	3	43	1.49
6535936--6535961	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
6539628--6539765	63	2.2	63	81	5	163	27	25	24	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6544536--6544560	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
6548866--6548908	12	3.8	11	81	12	52	76	2	0	20	0.89
6548866--6548909	16	2.6	16	80	20	54	77	2	0	20	0.88
6548866--6548920	18	2.8	20	72	27	55	72	3	0	23	1.00
6548882--6548906	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
6549153--6549190	20	1.9	20	84	10	51	50	7	5	36	1.54
6549436--6549473	14	2.7	14	84	11	51	60	10	0	28	1.30
6551112--6551791	178	4.0	168	80	7	604	26	26	18	29	1.98
6551546--6551709	45	3.7	45	76	8	140	23	26	18	31	1.98
6551462--6551709	44	5.6	45	70	11	145	25	26	17	29	1.98
6552495--6552523	11	2.6	11	100	0	58	31	27	17	24	1.97
6553148--6553239	46	2.0	46	100	0	184	21	34	10	32	1.88
6560286--6560332	19	2.5	20	86	6	62	44	8	19	27	1.79
6564012--6564049	14	2.7	14	84	11	51	60	10	0	28	1.30
6566371--6566427	5	10.6	5	80	10	60	40	1	1	56	1.20
6567246--6567579	130	2.6	130	82	5	360	34	17	18	29	1.94
6573480--6573516	5	7.8	5	87	6	51	16	0	0	83	0.64
6573478--6573516	18	2.2	17	95	4	69	15	0	0	84	0.62
6577917--6577952	11	3.3	11	85	14	56	16	0	0	83	0.65
6577917--6577951	5	6.6	5	93	6	52	17	0	0	82	0.66
6577917--6577952	16	2.2	17	95	5	65	16	0	0	83	0.65
6580238--6580338	43	2.3	43	82	15	129	28	24	17	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6591579--6591651	24	3.0	24	93	0	119	31	5	41	21	1.76
6593082--6593194	27	4.2	26	80	8	118	17	24	21	36	1.95
6593082--6593194	55	2.1	54	83	5	138	17	24	21	36	1.95
6599950--6599989	18	2.2	18	86	0	53	57	2	12	27	1.48
6601821--6601858	18	2.1	19	85	9	53	71	7	2	18	1.23
6601951--6602007	28	2.0	29	89	6	89	45	3	0	50	1.18
6612326--6612384	23	2.6	23	83	0	73	32	18	32	16	1.94
6613690--6613729	21	2.0	20	85	5	53	60	7	0	32	1.25
6615494--6616045	276	2.0	276	99	0	1095	30	19	24	26	1.98
6619981--6620041	10	6.5	10	70	21	51	36	1	1	60	1.16
6619989--6620060	18	4.0	17	75	10	63	33	1	2	62	1.18
6619998--6620060	28	2.3	27	86	5	83	33	0	3	63	1.10
6619972--6620060	46	2.0	45	84	2	115	31	1	3	64	1.17
6620487--6620554	9	7.6	9	81	0	73	44	20	7	27	1.78
6620637--6620661	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
6620638--6620675	18	2.1	18	95	0	67	7	2	47	42	1.46
6624381--6624462	26	3.2	27	78	11	75	36	1	2	59	1.18
6624381--6624468	25	3.4	26	77	13	76	36	1	2	60	1.17
6624421--6624536	26	4.8	24	75	18	89	33	4	0	61	1.22
6624417--6624498	5	16.4	5	75	15	55	35	1	1	62	1.11
6624514--6624664	44	3.5	42	70	17	114	38	6	0	54	1.26
6624816--6624859	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6635369--6635442	22	3.7	21	75	12	75	83	5	8	2	0.88
6635370--6635426	21	2.7	21	84	10	80	82	7	8	1	0.91
6635369--6635444	23	3.3	21	73	24	57	82	5	9	2	0.90
6636343--6636890	206	2.7	206	89	1	864	31	17	21	29	1.97
6638481--6638553	25	2.7	27	79	12	80	38	1	1	58	1.15
6645564--6645688	6	20.3	6	68	16	69	48	13	18	20	1.81
6645624--6645688	25	2.6	25	82	0	76	46	12	20	21	1.83
6645573--6645666	37	2.5	37	87	0	134	47	13	19	19	1.82
6645806--6645885	27	3.0	26	87	5	106	35	20	23	21	1.96
6645842--6645929	44	2.0	44	84	4	115	37	21	21	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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