genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19952648--19952909	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
19963213--19963356	40	3.6	40	87	1	173	23	22	29	25	1.99
19965115--19965171	15	3.7	15	73	17	53	43	0	1	54	1.10
19965095--19965169	32	2.4	32	88	4	109	46	0	1	52	1.09
19975206--19975234	13	2.2	13	100	0	58	44	0	20	34	1.52
19978038--19978253	93	2.3	93	99	0	423	36	25	9	29	1.87
19987030--19987066	17	2.2	17	100	0	74	21	24	13	40	1.89
20000484--20000530	6	7.7	6	81	11	51	21	2	2	74	1.03
20000487--20000530	19	2.3	19	92	0	70	22	2	2	72	1.07
20000484--20000531	13	3.8	13	82	15	57	22	2	2	72	1.05
20012453--20012553	50	2.0	50	82	0	121	25	24	15	33	1.95
20019574--20019815	135	1.8	133	89	1	385	25	23	21	28	1.99
20019574--20019814	45	5.4	44	71	13	154	25	24	21	28	1.99
20020017--20020045	11	2.6	11	100	0	58	31	17	20	31	1.96
20035610--20035648	13	2.9	13	84	3	51	28	2	10	58	1.44
20036551--20036756	40	5.2	40	89	0	297	24	22	27	26	2.00
20045633--20045726	40	2.3	40	87	3	136	21	22	26	29	1.99
20052885--20053019	48	2.8	48	84	4	155	24	33	14	27	1.95
20052843--20053198	46	7.5	48	73	11	202	24	30	17	28	1.97
20063273--20063309	18	2.1	18	100	0	74	37	5	18	37	1.74
20067398--20067462	28	2.3	29	76	19	68	47	4	0	47	1.22
20069509--20069556	25	1.9	25	87	8	71	33	25	12	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20070737--20070767	16	1.9	16	93	0	53	6	19	25	48	1.72
20072240--20072267	8	3.5	8	100	0	56	50	0	21	28	1.49
20073230--20073265	19	1.9	18	88	5	54	30	11	0	58	1.33
20081382--20081538	78	2.0	78	90	2	244	34	10	22	32	1.88
20091659--20091921	47	5.6	45	75	10	178	30	19	25	23	1.98
20091661--20091827	46	3.6	45	80	9	158	28	20	26	24	1.99
20091700--20091861	46	3.5	46	78	9	134	28	19	28	24	1.98
20097272--20097415	71	2.0	71	83	2	182	31	20	27	20	1.97
20099384--20099604	46	4.7	46	78	7	205	27	19	29	23	1.98
20106950--20106983	6	5.7	6	100	0	68	0	0	50	50	1.00
20108068--20108103	11	3.4	11	92	3	56	58	0	2	38	1.13
20110922--20110995	38	1.9	38	91	0	121	39	21	12	27	1.89
20116667--20116755	22	4.1	23	69	24	59	30	3	0	66	1.08
20119664--20119700	11	3.1	13	81	18	53	32	0	0	67	0.91
20125146--20125639	247	2.0	247	97	0	945	31	19	18	30	1.95
20133195--20133408	46	4.7	44	75	15	184	27	19	29	23	1.98
20138076--20138118	21	2.0	21	100	0	86	37	23	18	20	1.94
20142259--20142284	10	2.6	10	100	0	52	57	0	7	34	1.27
20142316--20142345	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
20148426--20148583	54	2.9	54	80	3	156	18	17	33	30	1.94
20154948--20155110	53	3.0	53	81	6	193	18	17	34	30	1.94
20162062--20162100	15	2.5	16	83	4	53	33	5	17	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20170469--20170723	55	4.8	54	80	9	278	36	17	25	21	1.95
20170476--20170676	108	1.8	110	90	4	327	34	17	25	22	1.96
20170797--20170841	23	1.9	24	86	4	65	42	8	24	24	1.83
20170920--20170950	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
20175972--20176079	53	2.0	53	98	0	207	38	22	12	26	1.89
20179012--20179073	31	2.0	31	87	0	88	27	20	14	37	1.92
20188822--20188900	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
20189831--20189907	40	1.9	40	89	0	118	41	10	12	35	1.78
20194620--20194644	13	1.9	13	100	0	50	40	36	0	24	1.55
20197504--20197675	86	2.0	86	96	0	317	37	8	5	48	1.57
20201904--20201950	19	2.5	19	82	0	58	38	8	2	51	1.45
20204065--20204108	23	1.9	23	85	0	61	25	27	18	29	1.98
20207077--20207464	131	3.0	130	81	5	460	37	12	15	34	1.86
20207187--20207386	64	3.1	65	64	17	144	37	12	16	33	1.86
20209231--20209402	59	2.9	59	100	0	344	34	20	15	30	1.93
20216451--20216622	47	3.7	47	75	10	190	22	20	27	29	1.98
20216501--20216654	46	3.3	46	73	8	141	22	22	27	28	1.99
20216454--20216654	93	2.2	93	90	0	321	22	20	27	28	1.99
20219216--20219257	18	2.3	19	83	4	50	35	0	0	64	0.94
20222670--20222748	37	2.1	37	95	0	140	34	24	16	25	1.95
20239325--20239381	3	19.0	3	89	7	89	1	33	1	63	1.15
20242604--20242887	46	6.0	46	83	8	291	39	15	25	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20242685--20242777	30	3.2	30	64	27	83	38	17	26	17	1.91
20242668--20242781	56	2.0	56	98	0	219	36	15	28	19	1.92
20242622--20242827	102	2.0	102	90	0	322	37	15	26	19	1.92
20256904--20258701	897	2.0	897	98	0	3470	26	18	21	33	1.96
20269424--20269456	6	5.5	6	100	0	66	18	0	48	33	1.48
20269969--20269993	6	4.2	6	100	0	50	36	48	0	16	1.46
20289301--20290523	77	15.4	77	83	11	1424	29	17	21	31	1.96
20289766--20290523	167	4.6	167	91	4	1154	29	18	21	30	1.97
20290088--20290229	74	1.9	75	89	2	223	31	16	21	29	1.96
20290088--20290403	74	4.0	74	68	20	217	30	18	19	31	1.96
20289458--20290523	334	3.3	318	87	7	1382	29	17	21	31	1.96
20290462--20290578	59	2.0	58	88	5	173	34	15	18	31	1.92
20289535--20291079	560	2.8	558	88	7	2142	29	17	20	31	1.96
20290648--20290790	74	1.9	75	88	2	216	31	16	21	30	1.96
20290128--20290912	393	2.0	392	95	0	1426	30	18	19	32	1.95
20290815--20290963	74	2.0	75	88	2	219	31	18	20	29	1.96
20290982--20291123	74	1.9	75	89	2	223	30	19	23	26	1.98
20290521--20291692	167	7.0	167	92	2	1657	28	18	19	33	1.96
20291148--20291289	74	1.9	75	89	2	223	31	18	21	28	1.97
20291205--20291380	91	1.9	90	86	5	248	25	19	19	35	1.96
20291294--20291468	77	2.3	77	89	0	260	26	21	18	33	1.96
20291371--20291552	94	2.0	94	83	5	237	27	19	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20291563--20292044	90	5.4	90	94	2	805	28	16	16	39	1.90
20294926--20294969	18	2.4	18	85	11	54	61	0	0	38	0.96
20294973--20295043	28	2.5	30	77	9	85	67	1	0	30	0.99
20294915--20295034	47	2.5	46	78	14	111	63	0	2	33	1.14
20294973--20295043	19	3.7	18	73	12	61	67	1	0	30	0.99
20294916--20295043	10	13.3	10	67	17	65	64	0	2	32	1.12
20294941--20295044	29	3.7	29	71	13	92	63	0	1	33	1.12
20295324--20295543	84	2.6	84	83	5	248	34	9	21	34	1.86
20295343--20295543	86	2.4	84	82	7	239	34	8	21	35	1.84
20297164--20297198	17	2.1	17	88	0	52	74	2	5	17	1.14
20310064--20310333	46	5.7	48	72	12	159	28	18	28	24	1.98
20317197--20317328	54	2.4	54	91	0	210	34	24	16	25	1.96
20325457--20325490	12	2.8	12	86	0	50	29	29	38	2	1.72
20325458--20325515	30	1.9	30	82	6	73	29	32	32	5	1.79
20329354--20329393	4	9.5	4	84	10	53	0	22	0	77	0.77
20330465--20330499	12	2.8	13	86	8	54	45	14	5	34	1.68
20331924--20331969	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
20335099--20335131	10	3.0	11	91	8	50	72	3	0	24	0.98
20335382--20335443	29	2.1	30	85	8	83	24	4	0	70	1.06
20336310--20336461	76	2.0	76	98	0	295	32	19	10	38	1.85
20344784--20344841	30	1.9	30	85	0	80	31	22	18	27	1.97
20350974--20351102	45	2.9	44	77	6	127	33	20	18	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20351167--20351437	88	3.1	88	69	10	237	30	23	17	28	1.97
20363854--20363972	54	2.2	54	84	3	150	14	21	28	36	1.92
20363908--20364081	37	4.6	37	78	2	161	15	17	28	37	1.91
20380937--20380969	16	2.1	16	100	0	66	36	12	12	39	1.80
20386269--20386313	6	7.7	6	95	5	83	84	0	15	0	0.62
20388048--20388143	9	10.8	9	71	9	63	68	4	4	22	1.24
20388054--20388172	60	2.0	61	80	8	136	68	3	8	20	1.31
20393222--20393363	37	3.9	36	77	5	142	17	16	30	34	1.93
20398524--20398569	21	2.2	21	100	0	92	26	17	23	32	1.97
20415731--20415864	39	3.5	39	87	6	193	29	3	22	44	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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