genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.260.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  260  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85812117--85812341	40	5.7	40	84	5	278	24	21	28	25	1.99
85812117--85812374	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	24	1.99
85815316--85816287	137	7.1	137	99	0	1917	31	24	18	24	1.98
85819713--85819788	30	2.6	30	77	8	84	42	10	1	46	1.46
85820754--85820804	17	2.7	20	76	17	63	37	0	3	58	1.16
85835306--85835483	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
85835307--85835462	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
85835303--85835483	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
85835936--85835995	10	5.9	10	84	2	57	25	6	1	66	1.25
85835936--85835993	20	2.9	20	81	0	71	24	6	1	67	1.25
85836429--85836468	18	2.2	18	100	0	80	47	15	7	30	1.72
85837189--85837320	50	2.6	51	85	3	185	36	12	15	35	1.85
85841017--85841239	40	5.6	40	86	3	236	24	21	27	26	1.99
85841092--85841274	79	2.3	80	82	1	226	25	20	27	25	1.99
85858955--85859268	46	6.6	45	73	9	202	23	30	19	26	1.98
85859098--85859271	94	1.9	92	86	4	251	22	31	20	25	1.98
85858955--85859268	140	2.2	142	84	6	395	23	30	19	26	1.98
85859141--85861679	954	2.7	955	96	0	4570	30	22	13	33	1.92
85861057--85861178	46	2.7	45	74	15	124	25	26	18	30	1.98
85868385--85868704	46	6.8	49	72	14	165	24	30	19	26	1.98
85868531--85868701	46	3.7	45	79	6	180	22	30	19	26	1.98
85868394--85868701	140	2.2	142	83	5	374	24	29	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85870527--85870643	46	2.5	46	82	6	121	23	30	18	27	1.98
85880022--85880145	47	2.6	47	96	0	221	29	30	18	20	1.97
85881909--85882222	47	6.7	46	73	13	189	24	28	17	28	1.97
85881911--85882221	93	3.3	93	80	6	301	25	29	17	28	1.97
85882101--85882220	46	2.6	46	82	7	136	25	30	17	26	1.97
85887800--85887965	67	2.5	67	94	0	287	21	28	14	35	1.93
85887748--85888036	67	4.4	64	79	10	228	23	28	15	32	1.95
85887938--85888064	68	1.9	68	81	6	159	22	28	15	33	1.95
85890197--85890272	38	2.0	38	100	0	152	39	18	5	36	1.73
85893124--85893162	6	6.5	6	100	0	78	84	0	15	0	0.62
85896493--85896518	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
85899569--85899648	26	3.1	26	85	0	106	27	23	18	30	1.98
85899579--85899638	13	4.6	13	71	8	50	25	23	18	33	1.97
85906472--85906507	14	2.6	14	90	0	54	80	0	19	0	0.71
85908687--85908829	44	3.3	43	75	9	141	30	18	18	31	1.96
85908687--85908842	43	3.7	42	79	6	145	29	18	21	30	1.97
85916747--85916780	17	2.0	17	88	0	50	23	14	20	41	1.89
85918876--85918930	27	2.0	27	92	0	92	32	12	3	50	1.58
85919725--85920087	180	2.0	180	100	0	726	27	12	19	40	1.88
85920511--85920714	94	2.2	94	83	3	259	31	17	13	37	1.89
85920996--85921138	10	14.6	10	66	19	61	31	1	4	62	1.22
85920984--85921028	20	2.2	20	84	7	56	28	2	8	60	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85920996--85921036	19	2.2	19	91	4	66	31	0	2	65	1.05
85920996--85921065	29	2.4	29	85	2	88	30	2	2	64	1.22
85921063--85921139	40	1.9	41	84	7	104	31	0	5	63	1.16
85921025--85921129	30	3.5	30	76	12	92	30	1	3	63	1.22
85921273--85921590	87	3.6	87	86	7	390	33	10	19	36	1.86
85923460--85923512	27	2.0	27	88	0	79	26	18	13	41	1.87
85923860--85923918	25	2.4	25	97	0	109	37	25	6	30	1.82
85924858--85925006	74	2.0	74	98	0	289	66	7	4	22	1.34
85927519--85927546	12	2.3	12	100	0	56	32	28	32	7	1.84
85932097--85932177	43	1.9	42	85	7	110	20	27	35	16	1.94
85934171--85934261	43	2.1	43	93	0	155	23	18	31	26	1.97
85940130--85940277	9	17.0	9	78	6	144	36	1	15	46	1.55
85940127--85940277	18	8.7	18	78	7	159	37	1	15	46	1.54
85940130--85940276	27	5.6	27	81	11	171	36	1	14	46	1.54
85940382--85940437	15	3.8	15	76	21	64	51	0	1	46	1.11
85940642--85941359	290	2.5	290	99	0	1418	37	12	13	36	1.83
85954655--85954836	62	3.0	62	99	0	357	54	18	7	19	1.66
85957176--85957225	25	2.0	25	84	11	66	40	26	4	30	1.74
85957243--85957282	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
85957439--85957822	41	9.4	41	89	0	527	19	19	27	33	1.96
85959969--85960058	45	2.0	44	81	8	103	28	16	24	30	1.97
85961871--85961938	21	3.1	21	64	15	57	33	8	25	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85961850--85961938	44	2.0	44	100	0	178	31	8	22	37	1.85
85965887--85965919	10	3.4	10	91	4	50	63	0	0	36	0.95
85965885--85966000	45	2.6	44	79	8	126	59	1	0	38	1.08
85972969--85973070	53	1.9	53	89	0	159	46	19	13	20	1.84
85975270--85975466	40	4.9	41	80	5	199	24	26	22	26	2.00
85975773--85975846	29	2.6	29	87	8	98	24	33	16	25	1.95
85977755--85977833	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
85977954--85978082	49	2.7	49	78	7	124	26	31	10	32	1.89
85987604--85987773	93	1.8	93	93	2	297	28	29	21	21	1.98
85987596--85987776	46	3.9	46	79	5	213	28	29	20	22	1.98
85994246--85994292	21	2.2	22	77	11	53	51	12	17	19	1.77
85998653--85998682	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
85999027--85999090	28	2.3	28	88	0	101	15	31	26	26	1.96
86000670--86000865	55	3.6	54	79	7	211	22	22	17	37	1.94
86008431--86008514	25	3.2	25	64	26	64	29	26	22	21	1.99
86008424--86008532	55	2.0	55	96	0	200	32	22	22	22	1.98
86009149--86009373	40	5.6	40	80	2	254	25	24	26	23	2.00
86009149--86009373	120	1.9	121	83	4	294	25	24	26	23	2.00
86017307--86017531	40	5.6	40	78	5	213	26	23	25	24	2.00
86017307--86017567	80	3.3	80	78	5	260	26	22	25	24	2.00
86031755--86031816	22	2.9	22	88	7	83	20	27	40	11	1.87
86035752--86035995	122	2.0	122	98	0	470	38	11	16	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86045723--86046454	366	2.0	366	99	0	1455	29	20	15	35	1.93
86050324--86050465	74	1.9	72	90	5	223	42	12	5	39	1.67
86053640--86054198	49	11.6	49	76	12	448	27	19	29	23	1.98
86053640--86054198	99	5.8	99	80	9	504	27	19	29	23	1.98
86053923--86054198	148	1.9	148	89	3	430	26	19	30	23	1.98
86061662--86061746	22	3.9	22	78	4	91	42	16	22	18	1.89
86062245--86062571	54	6.1	54	93	1	487	30	14	21	34	1.93
86062241--86062564	27	12.0	27	79	5	305	30	13	20	34	1.92
86063467--86063491	10	2.5	10	100	0	50	48	32	20	0	1.50
86071627--86071660	18	1.9	17	94	5	59	23	5	5	64	1.38
86071627--86071664	18	2.3	17	86	13	53	26	5	5	63	1.37
86087037--86087072	18	2.0	18	94	0	63	58	0	8	33	1.28
86089837--86089874	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
86092565--86092607	22	2.0	22	95	0	77	44	25	16	13	1.85
86092673--86092758	27	3.2	27	73	6	84	39	18	20	20	1.93
86093128--86093216	27	3.3	27	85	0	115	31	12	19	37	1.88
86093236--86093395	27	6.0	27	76	7	155	33	10	18	37	1.86
86093238--86093393	80	1.9	81	84	3	208	33	10	17	37	1.85
86093183--86093394	54	3.9	54	82	4	196	33	9	17	38	1.83
86093220--86093399	80	2.2	79	80	5	200	34	10	18	37	1.84
86105074--86105149	29	2.6	30	82	2	100	38	9	30	22	1.85
86105139--86105208	29	2.4	30	90	2	106	34	11	30	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86105195--86105266	30	2.4	30	83	0	81	43	11	26	19	1.84
86105634--86105667	13	2.5	13	90	9	50	35	2	14	47	1.60
86106957--86107054	40	2.5	40	86	5	137	24	24	25	25	2.00
86107109--86107214	40	2.7	40	88	1	151	22	23	27	26	2.00
86106972--86107268	160	1.9	160	98	0	576	25	20	23	29	1.99
86114439--86114513	28	2.7	28	87	0	105	36	13	22	28	1.92
86121181--86121262	28	3.0	28	85	3	105	37	10	23	28	1.88
86147375--86147520	29	5.1	28	75	6	116	26	14	31	27	1.95
86155168--86155318	29	5.4	28	76	3	126	27	13	31	27	1.94
86160704--86160741	20	1.9	20	84	10	51	65	0	7	26	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310