genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6081919--6081945	12	2.2	12	100	0	54	7	0	33	59	1.25
6082149--6082211	32	2.0	32	96	0	117	52	7	22	17	1.70
6082599--6082809	105	2.0	106	97	0	397	37	9	6	46	1.62
6086588--6086620	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
6086823--6086893	16	4.4	16	84	7	83	30	25	8	35	1.86
6090631--6090662	16	2.0	16	100	0	64	25	18	31	25	1.98
6091742--6091836	47	2.0	47	100	0	190	35	21	14	28	1.93
6101607--6101641	3	11.7	3	87	0	52	31	5	0	62	1.18
6101760--6101799	21	1.9	21	85	10	55	35	7	10	47	1.65
6102107--6102167	28	2.2	29	83	13	85	40	6	4	47	1.51
6104781--6104851	33	2.2	32	82	9	83	59	5	4	30	1.40
6107262--6107328	31	2.2	30	81	5	80	37	11	10	40	1.77
6114343--6114407	5	13.2	5	98	1	123	38	20	0	41	1.52
6116799--6116936	46	3.0	46	100	0	276	34	6	21	36	1.80
6116803--6116922	23	5.2	23	65	15	86	34	5	21	38	1.78
6118719--6118756	6	6.3	6	100	0	76	50	0	15	34	1.45
6131469--6131496	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
6132628--6132669	21	2.0	22	86	9	61	40	9	7	42	1.65
6135687--6135718	15	2.1	15	94	0	55	71	0	28	0	0.86
6137583--6137700	43	2.8	42	78	11	141	33	25	16	24	1.96
6153693--6153719	12	2.2	12	100	0	54	14	22	14	48	1.81
6165878--6165914	5	7.0	5	88	11	56	78	2	0	18	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6172852--6173116	47	5.6	47	75	10	170	24	30	18	26	1.98
6172905--6173121	47	4.7	46	77	5	188	25	30	18	24	1.98
6172856--6173126	94	2.9	93	76	9	273	25	30	18	25	1.98
6180343--6180608	47	5.6	47	75	12	215	23	28	19	28	1.98
6180343--6180652	94	3.3	94	74	12	242	24	28	19	27	1.98
6180343--6180652	141	2.2	140	80	8	324	24	28	19	27	1.98
6180442--6180652	47	4.6	46	78	11	166	25	29	18	26	1.98
6181378--6181402	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
6182410--6182439	7	4.3	7	95	0	51	16	40	10	33	1.82
6185804--6185841	18	2.1	18	90	9	60	47	5	2	44	1.39
6196258--6196297	13	3.2	13	92	3	64	20	27	20	32	1.97
6198754--6198894	46	3.0	47	78	6	144	21	29	19	29	1.98
6198764--6198937	94	1.9	92	84	4	233	21	28	21	29	1.98
6209043--6209072	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
6210209--6210275	25	2.7	25	79	4	73	35	25	14	23	1.94
6217286--6217600	157	2.0	157	99	0	621	30	11	25	32	1.91
6223513--6223684	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
6223505--6223680	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
6227202--6227421	44	4.7	45	78	10	169	22	29	20	28	1.98
6227203--6227373	92	1.8	94	87	7	260	22	30	19	27	1.98
6227211--6227423	94	2.3	92	83	7	243	22	28	20	28	1.98
6227763--6227821	30	2.0	30	93	0	100	28	25	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6230080--6230162	42	2.0	42	95	0	148	28	25	9	36	1.88
6231491--6231558	29	2.3	30	82	7	95	27	29	13	29	1.94
6231380--6231707	174	1.9	174	92	0	557	30	24	14	30	1.94
6231660--6231738	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
6238458--6238525	29	2.3	29	85	5	93	27	29	14	27	1.95
6238632--6238699	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
6238801--6238879	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
6238347--6238848	174	2.9	174	97	0	950	31	24	14	29	1.95
6243848--6243902	6	9.2	6	86	7	76	80	0	3	16	0.86
6243828--6243902	18	4.2	17	78	13	71	77	0	4	18	0.92
6245262--6245296	13	2.8	13	95	4	63	48	20	0	31	1.50
6251152--6251176	11	2.3	11	100	0	50	60	8	0	32	1.26
6251209--6251249	6	6.7	6	83	5	55	75	0	4	19	0.98
6253638--6253762	48	2.6	48	94	0	223	25	24	24	24	2.00
6253812--6253903	48	1.9	48	86	4	132	32	26	17	23	1.97
6256037--6256079	21	2.0	21	86	0	59	37	11	0	51	1.39
6264278--6264318	20	2.0	20	95	0	73	41	31	14	12	1.83
6264256--6264461	98	2.1	98	93	0	358	33	29	19	17	1.95
6264467--6264533	27	2.5	27	81	11	84	38	16	19	25	1.92
6265689--6265729	20	2.0	20	95	0	73	41	31	14	12	1.83
6265675--6265868	98	2.0	98	93	0	334	34	29	18	17	1.94
6265878--6265956	27	3.0	26	83	5	86	37	18	21	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6266130--6266432	27	11.2	27	85	0	372	25	18	17	38	1.92
6266416--6266675	27	9.7	27	79	8	246	30	9	20	40	1.84
6266130--6266513	54	7.1	52	80	6	234	27	16	17	38	1.92
6266157--6266429	81	3.4	81	93	0	429	25	17	17	39	1.91
6266418--6266675	80	3.2	79	86	5	322	29	9	19	40	1.84
6269145--6269362	79	2.7	79	80	12	248	25	25	21	27	1.99
6269145--6269369	119	1.9	120	82	11	284	24	26	22	26	2.00
6269145--6269369	40	5.7	39	83	8	235	24	26	22	26	2.00
6271994--6272074	27	3.0	27	82	8	94	37	22	22	18	1.95
6272104--6272334	98	2.4	98	89	0	345	34	25	19	20	1.96
6272385--6272467	27	3.1	26	83	8	96	36	20	22	20	1.95
6272638--6272965	27	12.2	27	83	0	334	27	19	16	37	1.92
6272638--6272965	54	6.1	55	84	4	375	27	19	16	37	1.92
6272636--6272992	81	4.4	81	86	1	475	27	18	16	37	1.92
6272665--6273046	54	7.1	52	82	4	248	28	17	17	37	1.91
6272636--6273075	81	5.5	79	80	8	318	27	17	17	37	1.91
6272949--6273128	27	6.7	27	81	9	208	30	9	20	40	1.84
6272949--6273128	53	3.4	54	84	5	224	30	9	20	40	1.84
6274825--6274866	22	2.0	22	85	4	59	19	26	38	16	1.92
6276743--6276787	20	2.2	20	84	0	54	37	13	2	46	1.55
6280035--6280110	34	2.2	34	86	4	100	22	22	25	30	1.99
6282179--6282307	67	1.9	66	81	4	152	31	17	29	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6285797--6285948	32	4.8	32	83	1	198	44	9	12	33	1.74
6285797--6285947	63	2.4	63	88	3	223	44	9	12	33	1.74
6287164--6287199	18	2.0	18	100	0	72	44	11	16	27	1.82
6288239--6288274	19	1.9	19	94	5	65	38	13	19	27	1.90
6290689--6290849	80	2.0	81	96	2	297	37	16	15	29	1.90
6305814--6305900	20	4.3	20	88	2	131	35	13	19	31	1.91
6305825--6305900	11	7.5	11	74	16	83	35	14	19	30	1.92
6305950--6306021	25	2.8	26	85	4	110	26	25	22	26	2.00
6306243--6306306	31	2.1	31	87	0	92	37	15	23	23	1.93
6316677--6316813	47	2.9	47	84	2	159	45	24	16	13	1.82
6316699--6316786	22	3.9	22	72	10	79	45	23	15	14	1.84
6317203--6317239	15	2.5	15	86	0	56	37	24	8	29	1.84
6324096--6324143	12	3.8	12	76	15	51	56	18	4	20	1.58
6324090--6324146	27	2.1	27	96	0	105	52	19	3	24	1.61
6340396--6340430	18	1.9	18	88	0	52	71	2	17	8	1.23
6342323--6342410	37	2.4	37	90	1	142	15	12	30	40	1.85
6348839--6348872	9	3.7	9	88	7	50	82	0	14	2	0.79
6349008--6349107	49	2.0	50	86	5	141	41	13	14	32	1.83
6351403--6351433	16	1.9	16	93	0	53	32	6	6	54	1.51
6351538--6351570	17	1.9	17	93	0	57	27	6	9	57	1.53
6357709--6358289	205	2.8	203	89	3	844	29	17	23	29	1.97
6358357--6358861	44	11.5	44	76	9	412	30	17	25	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6358387--6358861	133	3.6	132	92	1	749	30	18	25	26	1.98
6359753--6359906	39	3.9	40	94	3	251	47	3	19	29	1.65
6359753--6359906	79	2.0	80	90	5	251	47	3	19	29	1.65
6364382--6364412	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
6381562--6381637	39	2.0	39	82	7	95	61	0	36	1	1.04
6389209--6389265	9	6.2	9	74	9	53	35	3	0	61	1.13
6389247--6389287	22	2.0	22	85	9	59	41	0	2	56	1.13
6389206--6389297	29	3.2	28	80	9	96	41	2	1	55	1.19
6389255--6389304	15	3.4	15	71	13	50	44	0	2	54	1.11
6391131--6391164	15	2.4	14	85	9	50	61	2	5	29	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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