genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23292540--23292608	21	3.2	21	66	11	59	18	26	39	15	1.91
23294032--23294201	46	3.7	46	75	14	179	30	28	20	21	1.98
23294040--23294211	93	1.8	93	92	2	292	28	28	20	22	1.99
23303019--23303116	50	2.0	50	81	0	115	41	14	13	30	1.84
23304664--23304732	23	3.0	23	74	14	61	43	2	0	53	1.15
23305424--23305453	15	2.0	15	93	0	51	33	16	6	43	1.74
23305740--23305800	32	1.9	32	83	6	79	42	8	8	40	1.64
23309155--23309199	21	2.1	22	87	4	65	22	6	11	60	1.54
23311822--23311890	26	2.7	26	97	0	129	26	18	23	31	1.97
23313507--23313608	28	3.7	28	80	2	116	27	33	12	26	1.93
23313501--23313608	55	1.9	56	86	1	155	25	34	12	27	1.92
23317418--23317576	27	5.9	27	78	11	157	34	20	24	20	1.96
23317436--23317579	54	2.7	54	91	2	218	34	21	24	19	1.96
23317682--23317755	26	2.7	27	87	4	96	32	9	22	35	1.87
23319199--23319306	26	4.2	26	90	4	173	37	23	7	32	1.82
23324562--23324648	27	3.2	27	85	9	124	33	24	25	17	1.96
23324753--23324827	26	2.8	27	79	4	80	33	9	20	37	1.84
23326255--23326362	26	4.2	26	90	4	173	37	23	7	32	1.82
23328411--23328447	18	2.1	18	100	0	74	16	16	32	35	1.91
23328921--23329033	28	4.0	28	77	11	97	24	32	13	29	1.93
23329208--23329243	16	2.2	16	90	0	54	8	27	19	44	1.79
23343706--23343849	74	1.9	74	97	0	270	33	11	22	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23344376--23344420	23	2.0	23	90	0	72	22	20	31	26	1.98
23344404--23344436	16	2.1	16	100	0	66	30	18	27	24	1.98
23344420--23344536	40	2.9	40	94	2	200	24	20	27	27	1.99
23344420--23344569	80	1.9	79	82	6	187	26	20	27	26	1.99
23344985--23345209	40	5.7	40	87	5	296	24	22	27	25	2.00
23344985--23345242	119	2.2	119	81	8	285	25	21	27	25	2.00
23348356--23348915	282	2.0	282	97	0	1048	27	18	26	26	1.98
23349679--23349822	72	2.0	72	94	0	252	34	18	17	29	1.94
23351597--23351819	39	5.7	40	84	8	248	25	26	21	25	2.00
23351597--23351780	79	2.3	80	85	6	241	25	26	22	25	2.00
23351597--23351819	79	2.8	78	83	9	224	25	26	21	25	2.00
23362701--23362736	13	2.8	13	100	0	72	50	8	13	27	1.71
23363043--23363112	34	2.1	34	100	0	140	28	8	14	48	1.73
23363055--23363117	20	3.5	20	64	31	59	28	9	14	47	1.75
23371718--23371753	18	2.0	18	88	0	54	55	11	5	27	1.57
23374157--23374217	27	2.3	27	85	0	77	42	13	14	29	1.84
23376237--23376279	22	1.9	23	85	4	61	18	13	0	67	1.23
23377735--23377968	117	2.0	117	94	1	416	45	14	16	23	1.84
23378249--23378419	93	1.8	93	92	5	292	28	28	21	22	1.99
23378246--23378416	46	3.7	46	79	16	194	29	27	21	22	1.99
23378839--23378898	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
23379656--23379712	29	2.0	29	96	0	105	26	24	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23385079--23385108	15	2.0	15	93	0	51	43	16	0	40	1.48
23389709--23389859	45	3.2	46	81	8	153	23	22	19	33	1.97
23389734--23389859	23	5.4	23	82	7	130	23	23	19	34	1.97
23390055--23390108	20	2.8	20	80	2	56	38	11	14	35	1.82
23390450--23390497	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
23390605--23390632	11	2.5	11	100	0	56	14	28	17	39	1.89
23392305--23392418	28	3.9	27	72	19	79	25	27	21	26	1.99
23392282--23392426	61	2.3	60	85	8	177	26	26	20	26	1.99
23392447--23392502	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
23397154--23397196	18	2.4	18	80	3	52	23	2	16	58	1.50
23397654--23397702	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
23403096--23403182	40	2.2	40	89	4	131	6	35	14	42	1.73
23416786--23416863	37	2.1	37	97	2	149	38	26	5	29	1.78
23432725--23432786	30	2.1	29	96	3	115	29	25	20	24	1.99
23438808--23438841	17	1.9	18	94	5	61	17	0	44	38	1.49
23440544--23440571	14	2.0	14	100	0	56	50	0	14	35	1.43
23441024--23441064	17	2.4	17	95	0	73	51	26	0	21	1.48
23447214--23447265	26	2.0	26	96	0	95	40	7	15	36	1.76
23453591--23453621	16	1.9	16	100	0	62	38	22	0	38	1.54
23454126--23454229	43	2.4	43	87	1	147	27	29	13	28	1.94
23454210--23454279	27	2.6	27	88	0	104	22	32	12	31	1.92
23464032--23464210	49	3.7	48	82	7	184	25	16	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23463986--23464210	96	2.4	98	82	10	263	25	16	31	27	1.96
23469722--23469925	110	1.9	110	85	6	288	50	20	2	25	1.60
23484154--23484223	22	3.2	21	77	18	63	47	0	2	50	1.16
23484804--23484912	55	2.0	55	85	3	148	26	11	14	47	1.77
23484989--23485030	21	2.0	21	90	0	66	33	11	19	35	1.88
23485616--23485698	41	2.0	41	100	0	166	37	4	21	36	1.75
23487061--23487193	54	2.5	54	82	11	166	33	12	24	30	1.92
23487179--23487243	26	2.5	27	75	5	71	32	13	24	29	1.94
23490032--23490074	21	2.0	21	82	8	52	69	11	9	9	1.36
23493747--23493965	50	4.5	49	78	10	211	25	29	18	27	1.98
23493747--23493965	98	2.3	94	82	7	244	25	29	18	27	1.98
23500737--23500794	29	2.0	29	96	0	107	34	8	24	32	1.86
23501556--23501722	46	3.6	45	75	10	158	25	30	16	27	1.97
23502045--23502092	23	2.1	23	100	0	96	35	20	4	39	1.72
23507038--23507092	19	3.1	17	80	12	65	43	10	20	25	1.84
23507038--23507089	17	2.9	17	83	10	68	44	11	19	25	1.84
23512416--23512467	21	2.5	21	83	0	77	26	26	30	15	1.96
23513337--23513458	46	2.6	46	80	6	120	22	31	19	26	1.98
23519701--23519753	21	2.5	21	78	0	61	22	26	33	16	1.96
23520013--23520147	67	2.0	67	91	0	216	30	25	21	22	1.99
23522218--23522401	79	2.3	81	82	11	222	25	27	22	25	2.00
23522218--23522401	40	4.6	41	83	12	199	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23524021--23524191	46	3.7	44	80	13	168	21	29	21	27	1.98
23528071--23528111	18	2.3	18	86	0	55	39	12	9	39	1.76
23528857--23528897	20	2.2	19	91	8	66	0	26	0	73	0.84
23539505--23539692	40	4.7	40	95	0	322	21	26	20	31	1.98
23548752--23548953	100	2.0	100	97	0	377	45	11	11	31	1.77
23549677--23549907	40	5.8	40	89	0	336	24	22	29	23	1.99
23551492--23551663	29	6.0	28	87	6	229	27	30	15	26	1.96
23551492--23551660	87	2.0	86	90	3	268	28	30	15	25	1.96
23551875--23551910	16	2.2	16	95	0	63	11	16	19	52	1.73
23570956--23570984	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
23579367--23579395	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
23581669--23581840	47	3.7	47	100	0	344	22	19	29	27	1.98
23586722--23586774	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
23590608--23590633	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
23607659--23607742	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
23612017--23612062	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
23613838--23613880	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
23617072--23617115	21	2.1	22	83	8	56	72	0	2	25	0.96
23625136--23625173	19	2.0	19	94	0	67	34	21	7	36	1.82
23628586--23628671	25	3.5	25	79	1	84	22	22	19	36	1.96
23634878--23634981	53	2.0	53	90	0	163	25	15	17	41	1.89
23635315--23635362	25	2.0	24	84	8	62	29	16	0	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23637628--23637662	17	2.0	18	88	5	54	22	5	14	57	1.59
23638811--23638897	45	1.9	45	97	0	165	32	9	14	43	1.77
23638822--23638893	24	3.1	24	63	25	64	31	11	15	41	1.82
23639081--23639160	40	2.0	40	97	0	151	32	12	16	38	1.86
23643527--23643565	19	2.1	19	95	0	69	35	25	17	20	1.95
23645646--23645680	17	2.0	18	88	5	54	22	5	14	57	1.59
23648921--23649008	28	3.1	27	77	15	72	37	5	1	55	1.31
23648954--23649014	17	3.9	17	73	20	69	39	4	0	55	1.21
23648963--23649021	29	2.0	29	100	0	118	37	6	0	55	1.26
23649068--23649229	81	2.0	80	80	3	182	28	8	4	58	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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