genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.234.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77130112--77130298	48	3.8	48	85	5	250	29	25	7	36	1.84
77130291--77130385	47	2.0	47	91	0	154	25	30	12	31	1.93
77130305--77130414	47	2.3	47	85	0	148	27	30	9	32	1.88
77139736--77140621	40	22.2	40	99	0	1720	22	22	27	27	1.99
77148410--77148495	40	2.2	40	87	6	122	23	22	27	26	1.99
77170515--77170598	42	2.0	44	85	4	118	33	22	17	26	1.96
77172979--77173007	12	2.4	12	100	0	58	34	27	31	6	1.83
77187170--77187261	27	3.4	27	79	8	107	29	22	8	39	1.84
77187293--77187388	27	3.6	26	78	10	95	45	20	7	26	1.77
77187398--77187454	27	2.1	27	83	6	71	38	12	12	36	1.80
77187499--77187550	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
77188364--77188432	25	2.8	25	84	0	84	23	27	26	23	2.00
77188580--77188671	42	2.2	42	90	0	139	29	15	20	34	1.93
77191001--77191106	27	3.9	27	81	0	122	33	21	6	38	1.80
77191002--77191106	54	1.9	54	86	3	149	33	21	6	38	1.80
77191138--77191233	27	3.6	27	81	8	90	45	21	6	26	1.75
77191212--77191299	27	3.1	27	77	8	77	42	12	9	36	1.75
77192215--77192284	25	2.8	24	86	4	86	25	25	22	25	2.00
77192432--77192523	42	2.2	42	90	0	139	29	15	20	34	1.93
77196408--77196566	35	4.5	35	79	0	165	28	8	20	42	1.80
77196783--77196902	59	2.0	59	93	0	204	39	6	16	37	1.75
77201789--77201904	28	4.2	28	85	2	155	18	24	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77202467--77202518	26	2.0	26	100	0	104	38	26	15	19	1.91
77208293--77208470	27	6.6	27	83	3	205	30	27	15	26	1.96
77218674--77218705	3	10.7	3	93	0	55	3	31	0	65	1.08
77224152--77224568	27	15.4	27	88	1	505	41	17	22	18	1.90
77243551--77243575	13	1.9	13	100	0	50	52	8	16	24	1.70
77243862--77243976	57	2.0	57	100	0	230	41	16	10	31	1.82
77245753--77245787	18	1.9	18	100	0	70	17	20	28	34	1.95
77245771--77245884	27	4.2	27	89	2	167	19	19	21	40	1.92
77246019--77246060	22	1.9	22	85	9	59	47	14	4	33	1.65
77246611--77246666	27	2.1	27	89	0	85	35	23	23	17	1.95
77246818--77246869	26	2.0	26	88	3	79	42	17	19	21	1.89
77247109--77247225	27	4.3	27	80	6	103	29	11	22	36	1.89
77255100--77255436	169	2.0	169	99	0	665	27	21	20	29	1.98
77255364--77255546	40	4.6	40	80	13	193	24	27	22	25	2.00
77255364--77255547	79	2.3	81	81	13	206	25	27	22	25	2.00
77256700--77257017	27	11.8	27	82	6	297	39	18	11	31	1.85
77256701--77256992	54	5.4	53	83	5	327	39	19	10	31	1.85
77257383--77257445	22	2.9	22	76	7	65	19	17	23	39	1.92
77257436--77257511	27	2.9	27	78	2	82	26	19	14	39	1.90
77257803--77257871	27	2.6	27	74	2	68	21	18	30	28	1.97
77258620--77258739	44	2.8	44	83	2	154	32	24	20	23	1.98
77261267--77261486	48	4.6	48	83	0	251	25	18	28	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77261269--77261573	48	6.5	47	78	5	136	26	18	28	27	1.98
77266669--77266706	16	2.4	16	86	4	51	42	0	18	39	1.50
77270578--77270761	40	4.7	40	81	11	186	25	26	21	26	2.00
77270578--77270761	79	2.3	81	81	11	195	25	26	21	26	2.00
77271561--77271641	42	1.9	42	92	0	135	24	35	9	29	1.88
77275857--77276011	78	2.0	78	98	0	301	19	28	18	34	1.95
77277531--77277678	74	2.0	74	93	0	251	20	26	17	35	1.95
77278674--77278851	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
77278695--77278850	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
77281511--77281618	57	1.9	57	84	5	148	26	32	12	27	1.93
77281505--77281616	28	4.0	28	81	4	127	26	31	14	27	1.95
77287789--77287830	17	2.5	17	100	0	84	35	11	23	28	1.91
77291964--77292018	26	2.2	25	84	12	69	47	9	1	41	1.46
77307968--77308205	28	8.5	28	91	1	345	31	28	13	25	1.94
77311778--77311863	27	3.2	27	86	6	129	30	13	19	36	1.91
77311871--77311976	27	4.0	27	91	2	151	28	14	17	39	1.89
77311871--77311976	53	2.0	54	86	1	151	28	14	17	39	1.89
77312291--77312360	18	3.9	18	83	3	88	21	18	12	47	1.82
77326284--77326377	28	3.3	28	79	2	107	27	31	12	27	1.93
77326595--77326625	16	1.9	16	93	0	53	12	19	16	51	1.76
77330688--77330761	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
77334043--77334131	28	3.1	28	83	3	115	25	31	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77346074--77346219	27	5.4	27	81	3	150	34	18	20	26	1.95
77346074--77346220	54	2.7	54	86	2	197	35	18	20	25	1.95
77346994--77347050	21	2.7	21	72	5	62	26	21	15	36	1.93
77347213--77347268	28	2.0	28	96	0	103	25	28	26	19	1.99
77348339--77348547	105	2.0	105	93	0	355	22	25	29	22	1.99
77355562--77355688	27	4.7	27	86	3	175	37	20	19	22	1.95
77355563--77355707	54	2.7	54	84	1	193	36	19	19	24	1.95
77356426--77356485	27	2.3	26	80	8	68	21	23	21	33	1.97
77364976--77365005	15	2.1	15	93	6	53	40	30	10	20	1.85
77377205--77377254	7	7.1	7	88	6	75	12	0	42	46	1.41
77381416--77381469	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
77381716--77381961	49	4.9	50	83	2	307	26	17	27	28	1.98
77381718--77381961	100	2.5	98	83	2	326	26	18	26	29	1.98
77402927--77402968	22	1.9	22	100	0	84	45	19	14	21	1.85
77409747--77409788	7	5.6	7	84	15	57	38	2	26	33	1.69
77409747--77409788	17	2.8	14	89	10	57	38	2	26	33	1.69
77417957--77418218	46	5.7	45	75	11	237	29	17	27	25	1.98
77417957--77418218	94	2.8	92	84	2	294	29	17	27	25	1.98
77429960--77430005	22	2.1	22	95	0	83	32	28	8	30	1.87
77436331--77436674	174	2.0	174	91	1	564	34	25	13	26	1.93
77454293--77454339	2	23.5	2	95	0	85	0	46	2	51	1.13
77456873--77456918	24	1.9	24	90	0	74	34	4	10	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77456871--77456924	24	2.2	24	83	0	72	33	3	9	53	1.50
77461809--77461862	24	2.2	24	93	0	90	55	7	1	35	1.39
77466558--77466778	49	4.6	48	78	13	160	26	19	30	23	1.98
77466555--77466780	46	4.8	48	77	11	175	26	20	30	23	1.99
77468139--77468203	33	2.0	32	85	5	87	24	26	13	35	1.93
77468394--77468511	23	5.0	24	87	5	161	27	22	21	28	1.99
77468564--77468627	20	3.2	20	79	0	83	32	15	12	39	1.85
77470052--77470116	33	2.0	32	85	5	87	24	26	13	35	1.93
77470309--77470480	25	7.0	24	91	4	238	28	23	19	28	1.98
77470530--77470596	20	3.3	20	85	0	98	32	20	11	34	1.90
77475877--77475918	20	2.0	22	86	9	61	9	28	2	59	1.41
77480128--77480318	94	2.0	93	97	1	364	29	10	19	40	1.85
77480596--77480685	46	2.0	46	88	4	137	27	18	28	24	1.98
77501152--77501213	27	2.3	27	85	0	79	37	17	19	25	1.94
77501359--77501562	95	2.1	96	85	5	272	16	20	22	41	1.90
77521767--77521951	27	6.8	27	86	1	244	22	14	22	40	1.90
77523310--77523384	20	3.8	19	75	15	62	32	22	24	21	1.98
77523294--77523384	40	2.3	40	77	7	103	35	20	24	19	1.96
77526573--77526726	84	1.8	84	81	5	195	29	24	16	30	1.96
77530228--77530265	20	1.9	20	89	10	60	55	23	0	21	1.44
77530520--77530689	39	4.4	39	82	5	218	43	22	4	29	1.72
77534831--77534889	30	2.0	30	86	0	82	37	13	22	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77539278--77539462	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
77539279--77539462	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
77539279--77539495	79	2.7	79	81	7	201	25	22	27	24	2.00
77553134--77553188	20	2.8	20	94	0	101	34	10	20	34	1.87
77553245--77553339	23	4.1	23	95	0	163	28	22	20	29	1.98
77553245--77553356	23	4.8	23	89	6	129	27	23	22	26	1.99
77557369--77557435	20	3.3	20	91	0	107	32	11	22	32	1.90
77557486--77558317	23	36.1	23	99	0	1621	26	21	21	30	1.99
77561440--77561509	28	2.4	29	92	2	124	30	11	28	30	1.92
77563175--77563351	55	3.3	53	79	6	194	20	24	18	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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