genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26794099--26794194	40	2.4	40	84	1	122	50	6	23	19	1.71
26795539--26795625	42	2.1	42	95	0	156	25	16	33	25	1.96
26796974--26797119	75	2.0	74	94	2	258	28	10	4	56	1.53
26797135--26797180	16	2.6	17	86	10	58	23	8	6	60	1.49
26797884--26798224	130	2.6	130	80	5	325	28	19	16	35	1.94
26797986--26798224	130	1.8	130	84	3	329	28	18	17	34	1.94
26809769--26810336	44	12.9	44	85	3	714	27	15	31	25	1.96
26809769--26810304	88	6.1	88	94	1	873	27	15	31	25	1.96
26813551--26813789	130	1.8	130	82	1	309	26	19	18	35	1.95
26819575--26819799	40	5.6	40	79	5	229	27	27	21	23	1.99
26819575--26819799	83	2.8	81	80	8	253	27	27	21	23	1.99
26819575--26819793	123	1.8	119	85	4	303	27	28	21	23	1.99
26827974--26828198	40	5.6	40	80	3	263	28	27	21	23	1.99
26828040--26828194	83	1.9	83	87	0	229	28	28	21	21	1.99
26829608--26829736	65	2.0	65	96	0	240	20	21	21	36	1.95
26853841--26853932	48	1.9	48	88	4	141	40	7	28	23	1.82
26858593--26858618	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
26858756--26858801	15	3.1	15	90	0	65	28	10	2	58	1.43
26861489--26861581	27	3.4	27	71	14	73	34	2	4	59	1.29
26864601--26864771	3	57.7	3	73	9	118	60	2	5	30	1.35
26864643--26864788	29	4.9	30	77	10	124	58	2	6	31	1.38
26866116--26866244	44	2.9	44	94	0	213	27	13	24	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26866187--26867201	275	3.7	273	85	3	1208	27	21	20	29	1.98
26866793--26867201	143	2.9	143	85	1	541	28	22	18	30	1.97
26867289--26867483	46	4.2	45	83	5	212	26	25	15	33	1.95
26868288--26868334	21	2.2	21	84	0	58	2	19	4	74	1.09
26874359--26874428	28	2.5	28	88	9	99	27	14	27	31	1.95
26881697--26881766	28	2.5	27	86	9	88	27	14	25	32	1.94
26883368--26883424	17	3.5	15	84	15	53	38	10	15	35	1.82
26883368--26883446	36	2.1	38	90	9	126	39	10	15	35	1.81
26883368--26883446	19	4.2	19	90	9	126	39	10	15	35	1.81
26885099--26885144	17	2.7	17	96	0	83	8	26	28	36	1.86
26889094--26889139	19	2.5	19	89	3	67	82	0	15	2	0.76
26889096--26889142	13	3.5	13	80	11	51	82	0	14	2	0.75
26890091--26890793	84	8.4	84	88	5	1054	30	22	22	25	1.99
26890091--26890793	167	4.2	165	90	4	1042	30	22	22	25	1.99
26890850--26891471	44	14.2	44	75	8	536	31	16	23	28	1.96
26890820--26891466	132	4.9	132	91	0	1008	32	16	23	28	1.96
26892044--26892105	19	3.2	19	95	4	106	37	9	17	35	1.83
26894572--26894612	19	2.2	19	86	8	57	68	0	7	24	1.15
26894885--26894914	5	6.0	5	92	0	51	76	0	0	23	0.78
26894982--26895107	3	42.3	3	74	1	101	63	1	6	28	1.28
26898854--26898904	18	2.6	21	85	11	65	72	0	27	0	0.85
26898864--26898906	16	2.8	15	82	6	59	74	0	25	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26898864--26898906	15	2.8	16	86	6	63	74	0	25	0	0.82
26901282--26901349	34	2.0	34	85	0	91	32	27	4	35	1.77
26902751--26902807	24	2.4	24	78	0	60	38	7	14	40	1.73
26904772--26904824	19	2.7	19	77	16	54	43	11	7	37	1.69
26905107--26905154	24	2.0	24	95	0	87	25	22	25	27	2.00
26906327--26906395	34	2.0	34	97	0	129	34	1	5	57	1.31
26911475--26911667	97	2.0	96	86	3	271	27	25	15	31	1.96
26911574--26911907	134	2.5	131	86	1	488	26	23	19	29	1.98
26924859--26924898	21	1.9	21	89	0	62	22	0	12	65	1.26
26925229--26925283	27	2.0	27	82	6	67	50	1	3	43	1.30
26926648--26926719	36	2.0	36	94	0	126	29	12	15	43	1.83
26926661--26926729	36	1.9	36	87	0	102	31	13	10	44	1.76
26927173--26927239	6	11.0	6	87	3	80	35	16	16	31	1.91
26930148--26930257	39	2.8	39	87	0	157	27	27	20	24	1.99
26930401--26930514	39	2.9	39	86	0	156	26	27	20	26	1.99
26930135--26930656	257	2.0	257	97	0	990	33	23	13	28	1.93
26936721--26936950	46	5.0	46	91	0	325	38	13	25	22	1.91
26947860--26947932	19	3.5	19	68	20	56	41	36	1	20	1.61
26948309--26948352	21	2.1	20	87	8	61	27	13	4	54	1.58
26948475--26948514	8	4.9	8	93	6	71	27	10	25	37	1.88
26948475--26948513	17	2.4	17	95	4	71	28	10	25	35	1.89
26948993--26949032	20	2.0	21	85	5	55	85	5	2	7	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26949913--26949987	30	2.5	30	91	0	123	25	20	9	45	1.80
26954863--26955085	46	4.8	46	76	14	203	26	20	29	23	1.99
26961357--26961381	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
26962529--26962802	47	6.0	47	69	23	199	32	19	27	20	1.97
26962491--26962749	91	2.8	91	100	0	518	32	18	27	21	1.97
26964260--26964503	49	4.9	49	82	5	274	28	27	18	25	1.98
26964272--26964494	101	2.2	101	84	3	274	29	27	17	25	1.97
26973790--26973968	91	2.0	91	84	0	232	33	12	22	31	1.91
26973827--26973976	46	3.3	46	66	12	119	36	11	20	32	1.88
26974315--26974360	20	2.3	20	96	0	83	6	4	41	47	1.49
26976053--26976130	39	2.0	39	100	0	156	30	28	2	38	1.70
26976321--26976367	20	2.6	18	78	15	60	51	8	0	40	1.33
26977831--26977978	75	2.0	74	95	1	269	35	13	6	44	1.70
26988395--26988516	54	2.3	53	88	1	190	18	31	22	27	1.97
26988407--26988511	53	2.0	54	94	1	185	19	31	21	27	1.97
26997275--26997335	30	2.0	30	96	0	113	19	18	24	37	1.94
26997573--26997991	109	3.8	109	83	3	446	30	14	20	34	1.93
26997579--26997991	145	2.8	146	84	3	515	30	15	20	34	1.93
26997573--26997991	36	11.4	37	82	4	391	30	14	20	34	1.93
26998962--26998995	17	2.0	17	88	0	50	44	8	0	47	1.34
27025823--27026010	46	4.1	46	82	4	216	20	25	14	39	1.91
27025828--27026002	93	1.9	93	85	2	244	20	25	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27028090--27028141	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
27028634--27028693	28	2.1	28	93	0	102	16	53	18	11	1.72
27028641--27028699	28	2.1	28	100	0	118	16	50	16	15	1.78
27029653--27029776	47	2.7	46	82	10	130	25	29	16	29	1.96
27036861--27036888	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
27042037--27042071	14	2.5	14	90	0	52	22	8	22	45	1.79
27046842--27046877	18	2.0	18	100	0	72	33	0	11	55	1.35
27048427--27048538	40	2.8	40	88	0	152	23	30	25	20	1.98
27053344--27053538	96	2.0	96	98	0	381	30	13	20	35	1.91
27053537--27053629	47	2.0	47	100	0	186	32	2	27	37	1.69
27054765--27054915	27	5.6	27	84	7	171	27	15	28	28	1.96
27054765--27054915	82	1.9	81	87	4	223	27	15	28	28	1.96
27054764--27054941	27	6.6	27	80	5	162	27	14	28	29	1.95
27056053--27056423	197	1.9	197	99	0	733	38	14	19	27	1.90
27057331--27057447	23	5.0	23	79	9	103	31	17	24	25	1.97
27057402--27057640	73	3.3	73	99	0	469	34	17	20	27	1.95
27057403--27057640	50	4.9	49	72	16	183	34	16	21	27	1.95
27057346--27057640	23	12.3	23	72	17	194	34	16	22	27	1.95
27065014--27065069	28	2.0	27	89	3	85	21	12	23	41	1.87
27067609--27067669	30	2.0	30	90	0	95	13	29	32	24	1.93
27068464--27068490	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
27070894--27070925	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27070973--27071050	22	3.5	22	82	10	79	79	1	7	11	0.99
27070997--27071116	16	8.1	15	73	17	90	76	0	1	21	0.87
27070996--27071116	6	20.0	6	73	13	81	76	0	1	21	0.87
27071015--27071116	8	14.1	7	74	15	66	76	0	0	23	0.79
27071008--27071116	26	4.2	27	81	10	104	76	0	0	22	0.85
27071015--27071105	13	6.9	13	74	19	73	76	0	0	23	0.78
27071152--27071203	22	2.5	20	85	11	77	75	1	0	23	0.91
27071218--27071586	199	1.9	199	90	1	596	17	31	25	24	1.97
27074462--27074507	22	2.0	22	87	4	65	76	2	2	19	1.00
27080954--27081014	29	2.1	29	87	3	88	31	14	26	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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