genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87110237--87110310	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
87110261--87110318	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
87110475--87110533	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
87110621--87110730	27	4.1	27	85	8	127	38	20	21	19	1.94
87110929--87111179	27	9.3	27	91	0	385	23	21	20	35	1.96
87111161--87111233	27	2.7	26	72	8	74	31	9	24	34	1.88
87111229--87111293	27	2.4	27	86	0	94	32	10	18	38	1.85
87111272--87111693	27	15.6	27	92	0	664	30	9	21	38	1.84
87111200--87111693	54	9.1	54	90	0	657	30	9	21	38	1.85
87113624--87113680	6	9.3	6	77	11	62	47	17	17	17	1.83
87113798--87113863	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
87113798--87113871	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
87113822--87113879	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
87114036--87114094	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
87114182--87114264	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
87114466--87114657	81	2.4	80	84	2	233	26	18	18	37	1.93
87114463--87114649	27	7.0	27	83	1	205	25	18	19	36	1.94
87114667--87115049	108	3.6	107	87	2	493	40	10	22	26	1.86
87114662--87115049	27	14.4	27	83	4	433	40	10	21	26	1.86
87117348--87117800	47	9.6	47	91	2	669	29	28	8	33	1.86
87117684--87117762	25	3.3	25	66	16	76	31	30	5	32	1.79
87123794--87123826	15	2.2	16	89	10	52	30	0	15	54	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87124945--87125074	45	3.0	44	78	8	131	25	15	28	30	1.96
87127903--87127997	44	2.2	42	83	7	111	26	17	23	32	1.97
87129223--87129275	24	2.2	24	100	0	106	43	13	3	39	1.62
87141053--87141149	41	2.3	40	82	7	104	35	22	15	26	1.94
87141121--87141182	30	2.1	30	96	0	115	37	22	14	25	1.92
87172097--87172149	26	2.0	26	100	0	106	22	26	20	30	1.98
87174238--87174462	40	5.7	40	85	5	269	25	27	22	24	2.00
87174240--87174462	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	25	2.00
87175887--87176006	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
87182490--87182674	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
87182490--87182674	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
87192003--87192232	115	2.0	115	98	0	442	31	21	20	25	1.98
87196993--87197033	21	2.0	21	85	0	55	21	17	39	21	1.93
87211539--87211711	93	1.9	93	90	0	274	27	29	21	21	1.98
87211532--87211707	46	3.8	46	74	12	171	28	28	21	21	1.98
87211587--87211726	46	3.0	45	74	18	119	30	28	19	22	1.98
87218700--87218756	20	2.9	21	87	10	77	38	8	19	33	1.82
87218806--87218896	26	3.6	26	86	2	123	28	19	23	28	1.98
87225289--87225331	21	2.0	22	82	13	54	4	16	20	58	1.56
87225289--87225332	23	2.0	21	82	8	52	4	15	20	59	1.54
87226532--87226578	20	2.3	20	82	7	60	36	10	21	31	1.88
87226628--87226763	26	5.3	26	86	4	172	29	19	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87228994--87229322	92	3.6	92	87	0	433	32	20	21	25	1.97
87235940--87236163	96	2.3	97	83	4	285	25	19	29	25	1.99
87235940--87236160	48	4.6	48	83	4	257	25	19	28	26	1.99
87241098--87241149	20	2.6	20	100	0	104	19	36	32	11	1.87
87244618--87244700	41	2.0	41	100	0	166	24	40	13	21	1.89
87245860--87245967	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
87252884--87252991	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
87256347--87256521	45	4.0	45	92	3	268	24	28	22	24	1.99
87257931--87258099	41	4.1	41	79	8	157	26	29	21	23	1.99
87257953--87258100	41	3.6	41	81	7	185	27	28	21	22	1.99
87260386--87260591	25	8.2	25	90	0	322	46	11	12	29	1.76
87269767--87269908	41	3.4	41	78	9	155	22	22	27	27	1.99
87271462--87271670	41	5.2	40	87	3	125	25	27	23	23	2.00
87271485--87271670	41	4.6	41	89	3	261	24	26	24	24	2.00
87271485--87271668	81	2.3	82	84	5	257	23	26	25	24	2.00
87274935--87275064	42	3.1	42	84	0	170	19	29	24	26	1.98
87277509--87277553	19	2.3	21	82	14	53	64	4	4	26	1.32
87278048--87278344	124	2.4	122	88	5	431	27	18	7	46	1.76
87282047--87282152	53	2.0	53	100	0	212	30	11	16	41	1.84
87283054--87283101	25	1.9	25	83	8	62	47	4	4	43	1.41
87283098--87283123	8	3.2	8	100	0	52	50	0	0	50	1.00
87283208--87283262	27	2.0	27	100	0	110	30	21	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87284073--87284313	129	1.9	130	80	2	288	35	12	17	34	1.88
87289487--87289670	38	4.7	37	71	17	140	44	1	3	51	1.27
87289534--87289687	18	8.9	18	66	18	76	42	0	2	54	1.19
87289469--87289949	120	4.0	120	96	0	777	42	1	5	50	1.32
87289777--87289828	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
87289906--87289947	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
87289897--87289938	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
87290163--87290230	16	4.2	16	92	0	118	38	35	0	26	1.57
87294753--87294978	48	4.8	48	74	7	221	26	19	24	30	1.98
87308880--87309048	43	4.0	43	79	6	200	31	26	15	27	1.96
87311207--87311254	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
87311302--87311357	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
87311291--87311357	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
87311407--87311572	24	7.0	24	80	7	187	30	22	19	27	1.98
87311407--87311572	47	3.5	46	81	6	181	30	22	19	27	1.98
87311407--87311572	71	2.3	71	83	5	201	30	22	19	27	1.98
87314155--87314182	13	2.2	13	100	0	56	71	0	14	14	1.15
87326118--87326289	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
87326142--87326325	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
87329911--87329976	32	2.1	32	97	0	123	36	13	13	36	1.85
87331627--87331673	23	2.2	22	81	11	53	34	10	17	38	1.84
87332564--87332598	16	2.2	16	100	0	70	40	11	5	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87333397--87333446	25	1.9	27	88	8	77	36	4	22	38	1.73
87333522--87333893	48	7.8	48	85	4	464	27	17	29	25	1.97
87333522--87333952	96	4.5	97	82	5	491	27	18	29	25	1.98
87333532--87333952	144	2.9	141	82	6	472	27	18	28	24	1.98
87339072--87339401	48	6.9	48	78	3	270	25	18	27	28	1.98
87339070--87339401	144	2.3	144	80	5	350	25	18	28	28	1.98
87347753--87347821	15	4.6	15	88	0	102	11	14	15	57	1.64
87350584--87350723	52	3.0	44	77	14	154	20	18	28	32	1.96
87350629--87350730	52	2.0	52	92	0	168	21	17	27	33	1.96
87358336--87358506	41	4.2	41	81	0	189	22	26	16	34	1.95
87366029--87366336	40	7.4	40	70	11	197	25	20	27	26	1.99
87366014--87366336	133	2.5	133	89	6	492	25	19	28	26	1.99
87366162--87366336	80	2.2	80	91	0	287	24	21	28	26	1.99
87370497--87370610	31	3.7	31	95	2	196	28	26	16	28	1.97
87370620--87370710	42	2.2	42	97	0	173	32	20	14	31	1.93
87370858--87370927	25	2.8	25	91	0	104	25	24	27	22	2.00
87371742--87371814	27	2.7	27	77	12	69	20	20	21	36	1.95
87371855--87371904	26	1.9	26	84	8	66	38	12	12	38	1.80
87371852--87371986	55	2.5	54	80	8	141	33	8	17	40	1.80
87371915--87372036	26	4.6	27	82	8	135	30	7	21	40	1.80
87371944--87372057	27	4.3	26	82	8	97	29	9	20	40	1.84
87371944--87372071	53	2.4	53	81	7	134	31	10	18	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87372058--87372134	27	2.9	27	82	5	77	41	11	19	27	1.86
87372070--87372134	27	2.4	27	89	0	103	43	9	21	26	1.82
87391167--87391196	14	2.1	15	93	6	53	13	10	13	63	1.52
87415927--87415999	32	2.3	32	90	0	110	23	17	30	28	1.97
87424290--87424489	41	4.9	40	79	3	204	35	17	26	20	1.95
87424275--87424481	82	2.6	83	83	6	255	36	16	26	20	1.94
87426312--87426461	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
87426336--87426519	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
87434955--87435318	27	13.6	27	78	8	253	40	20	8	30	1.82
87435003--87435322	54	6.0	52	85	5	311	39	19	9	31	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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