genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57939874--57939949	31	2.5	31	89	4	109	18	28	40	11	1.86
57940672--57940855	43	4.3	43	82	6	183	28	27	17	26	1.97
57940927--57940960	16	2.1	16	88	0	50	61	2	0	35	1.11
57941194--57941223	15	2.0	15	93	0	51	16	33	0	50	1.46
57942389--57942418	14	2.1	14	100	0	60	33	0	43	23	1.54
57945533--57945633	47	2.2	46	90	3	157	43	0	7	48	1.32
57946130--57946167	14	2.7	15	84	12	53	44	28	0	26	1.54
57946402--57946444	22	2.0	21	81	4	50	32	44	2	20	1.65
57946448--57946491	17	2.7	17	89	6	65	43	27	0	29	1.55
57945959--57946549	323	1.8	312	81	9	717	40	28	2	28	1.70
57946845--57947003	73	2.2	73	89	0	237	28	24	21	25	1.99
57946903--57947229	115	2.9	113	90	3	503	27	26	20	25	1.99
57951724--57951772	11	4.6	11	78	19	50	77	0	4	18	0.92
57951739--57951780	15	2.7	15	78	14	50	76	2	7	14	1.10
57951714--57951772	5	11.2	5	76	20	50	76	0	6	16	1.00
57958335--57958370	18	1.9	19	88	5	56	63	0	5	30	1.17
57964845--57964920	40	1.9	40	86	0	107	15	15	35	32	1.90
57965703--57965778	35	2.2	35	81	9	84	55	5	0	39	1.23
57968503--57968550	22	2.2	22	82	10	62	16	2	35	45	1.59
57968511--57968646	23	5.9	22	76	10	119	19	2	35	41	1.67
57973210--57973238	13	2.2	13	100	0	58	41	0	6	51	1.28
57974228--57974350	61	2.0	61	93	3	212	39	5	14	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57974749--57974774	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
57974741--57974792	21	2.3	23	87	9	72	57	0	0	42	0.98
57974741--57974778	12	3.7	10	83	16	51	55	0	0	44	0.99
57974788--57974836	19	2.7	19	78	15	50	46	4	2	46	1.33
57978177--57978274	50	2.0	48	84	4	124	25	26	20	27	1.99
57978211--57978274	25	2.6	25	71	14	60	26	25	21	26	2.00
57978417--57978478	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
57979871--57979921	24	2.1	24	92	0	84	17	31	21	29	1.96
57984352--57984394	17	2.5	17	82	14	52	62	2	0	34	1.08
57985941--57986042	43	2.4	43	89	0	150	18	35	28	17	1.94
57986887--57987006	39	3.1	39	81	9	154	35	33	16	14	1.89
57988527--57988615	46	1.9	46	86	0	124	32	24	8	33	1.87
57991245--57991335	6	15.2	6	100	0	182	32	0	17	49	1.47
57994979--57995245	35	7.6	35	87	0	347	31	12	23	32	1.92
57998979--57999032	23	2.4	23	84	3	65	35	11	24	29	1.90
58000149--58000186	18	2.1	18	100	0	76	39	21	0	39	1.53
58016403--58016452	12	4.1	12	76	20	50	6	24	0	70	1.10
58017242--58017284	19	2.5	16	81	11	50	27	4	2	65	1.25
58017516--58017561	23	2.0	23	83	8	58	58	4	6	30	1.43
58025161--58025192	5	6.8	5	86	13	50	15	0	0	84	0.63
58026790--58026819	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
58028182--58028322	70	2.0	70	97	0	264	30	8	14	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58030582--58030648	31	2.3	28	82	12	73	52	5	8	32	1.57
58032559--58032617	19	3.0	21	68	12	52	18	20	0	61	1.35
58033368--58033437	22	3.1	21	80	10	77	60	1	1	37	1.15
58033355--58033437	22	3.7	22	78	15	75	61	1	2	34	1.17
58034295--58034359	10	6.4	10	72	10	51	33	1	1	63	1.13
58036083--58036108	3	8.7	3	100	0	52	34	65	0	0	0.93
58038777--58038849	36	2.0	37	94	2	130	42	27	15	15	1.86
58042714--58042755	20	2.0	20	86	4	57	38	0	0	61	0.96
58045042--58045072	15	2.0	15	93	6	53	6	48	6	38	1.55
58058088--58058259	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
58058081--58058256	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
58060745--58060866	55	2.2	55	77	8	124	32	27	17	22	1.96
58061623--58061892	49	5.7	48	73	14	204	22	28	21	27	1.99
58067851--58067972	55	2.2	55	88	4	185	31	31	17	20	1.95
58068779--58069047	89	3.0	91	76	13	266	23	28	19	28	1.98
58068874--58069045	47	3.8	45	73	18	151	23	29	19	26	1.98
58087386--58087466	13	6.2	13	79	0	81	45	1	19	33	1.59
58087386--58087466	26	3.1	26	81	0	90	45	1	19	33	1.59
58093053--58093093	21	1.9	22	95	5	75	36	17	9	36	1.82
58094937--58095020	35	2.4	34	79	13	98	19	13	33	34	1.90
58095846--58095972	45	2.9	45	85	8	147	23	28	23	24	2.00
58096303--58096413	43	2.6	43	92	0	177	32	32	25	9	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58096406--58096600	38	5.1	38	82	2	219	30	25	21	23	1.99
58098727--58098751	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
58098807--58098849	17	2.5	18	81	11	54	39	11	20	27	1.88
58099882--58100061	33	5.6	33	81	4	179	32	12	23	31	1.91
58099882--58100025	63	2.2	63	83	7	173	31	11	22	33	1.91
58105557--58105603	23	1.9	23	83	12	58	44	19	0	36	1.51
58106055--58106244	33	5.8	33	86	2	258	33	21	12	33	1.90
58106029--58106244	66	3.3	66	86	3	276	32	21	12	33	1.91
58112130--58112203	37	2.0	37	94	0	130	44	14	17	22	1.86
58119636--58119675	19	2.0	20	85	4	55	45	7	10	37	1.66
58124110--58124290	98	1.8	98	83	6	242	25	28	0	45	1.58
58124127--58124313	98	1.9	98	82	8	238	25	31	0	43	1.59
58124210--58124524	115	2.7	116	79	11	311	24	30	1	43	1.64
58124358--58124431	30	2.4	32	80	15	84	21	29	1	47	1.59
58124497--58124557	30	2.0	31	84	6	81	19	40	0	39	1.52
58124303--58124530	124	1.8	125	87	3	345	23	32	1	42	1.64
58126997--58127036	21	1.9	21	84	0	53	62	2	0	35	1.09
58127006--58127050	21	2.3	18	85	11	54	62	0	0	37	0.96
58127394--58127442	19	2.6	19	83	6	64	65	2	0	32	1.04
58127562--58127611	21	2.4	21	86	6	66	56	8	2	34	1.40
58131017--58131068	17	2.9	17	81	15	61	36	0	1	61	1.07
58131019--58131081	8	7.0	9	74	16	51	31	1	1	65	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58131049--58131194	10	14.3	10	68	13	50	29	2	3	64	1.24
58131440--58131479	19	2.1	19	86	9	55	55	0	2	42	1.13
58142055--58142114	30	2.0	30	100	0	120	23	6	10	60	1.52
58142659--58142726	27	2.5	27	92	0	109	23	20	30	25	1.98
58145633--58145667	18	1.9	18	88	0	52	31	0	11	57	1.34
58149218--58149315	33	3.0	33	84	3	117	24	14	46	14	1.81
58152586--58152645	14	4.6	13	80	12	52	0	31	1	66	1.01
58153062--58153112	23	2.2	24	82	10	61	52	13	3	29	1.58
58154062--58154157	50	1.9	48	82	14	115	61	20	0	17	1.35
58154132--58154169	15	2.4	16	82	13	51	47	28	0	23	1.52
58154136--58154169	15	2.2	16	89	5	52	50	26	0	23	1.50
58155710--58155743	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
58156151--58156181	14	2.1	15	94	5	55	3	19	9	67	1.33
58157279--58157371	39	2.3	41	80	14	113	39	3	4	52	1.37
58157429--58157461	16	2.0	17	94	5	59	54	0	0	45	0.99
58158606--58158654	22	2.2	23	82	7	57	59	8	0	32	1.27
58158651--58158721	25	2.8	26	77	12	67	59	1	8	30	1.36
58158827--58158908	35	2.4	34	78	14	87	65	0	6	28	1.16
58158855--58158902	21	2.3	20	89	3	69	68	0	6	25	1.12
58158863--58158905	15	2.7	15	82	7	50	69	0	4	25	1.07
58167160--58167193	14	2.4	14	90	0	50	23	5	5	64	1.38
58177410--58177515	43	2.5	43	78	6	124	30	23	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58180098--58180176	31	2.5	31	87	0	104	49	11	12	26	1.75
58184514--58184551	15	2.5	15	83	8	51	23	0	2	73	0.95
58184509--58184558	12	4.5	11	76	23	52	26	0	2	72	0.96
58184715--58184763	12	4.1	12	89	5	57	24	2	4	69	1.17
58184715--58184757	12	3.6	12	84	9	61	25	2	4	67	1.22
58187733--58187872	18	7.7	20	71	20	103	47	0	52	0	1.05
58187754--58187890	33	4.2	33	83	1	159	48	0	51	0	1.00
58187773--58187914	3	47.3	3	74	5	90	47	0	52	0	1.00
58187731--58187922	15	12.8	15	74	10	133	48	0	51	0	1.04
58187729--58187906	6	29.2	6	69	17	82	48	0	51	0	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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