genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21766895--21767115	24	9.3	24	66	21	76	33	3	2	61	1.24
21766983--21767175	27	7.1	27	68	20	93	34	3	2	60	1.24
21766999--21767102	30	3.4	30	81	9	95	35	1	1	60	1.19
21766966--21767111	54	2.8	53	79	13	155	34	2	2	60	1.20
21766978--21767176	21	9.9	20	70	20	89	34	3	2	60	1.24
21767046--21767155	37	3.0	37	75	15	104	37	1	1	59	1.19
21766975--21767156	54	3.3	55	77	12	137	35	2	1	59	1.21
21767167--21767200	14	2.5	14	85	4	52	32	11	0	55	1.36
21766989--21767247	132	2.0	132	80	6	301	33	4	2	59	1.31
21770587--21770634	19	2.9	16	82	14	53	70	4	8	16	1.27
21770646--21771023	3	126.0	3	67	15	140	60	3	8	28	1.42
21770880--21770920	22	1.9	21	85	5	55	58	2	12	26	1.46
21771451--21771510	26	2.2	25	80	13	66	30	16	1	51	1.54
21778832--21778882	6	8.5	6	86	0	75	80	5	0	13	0.89
21782937--21783084	28	5.3	28	90	3	228	31	28	12	27	1.93
21796343--21796386	21	2.1	21	91	0	70	29	20	29	20	1.98
21811703--21811869	84	2.0	83	98	1	325	38	20	14	26	1.91
21815480--21815636	43	3.7	43	80	10	160	23	17	26	32	1.97
21821963--21822107	66	2.2	66	83	2	193	23	25	22	28	1.99
21823750--21823858	21	5.3	21	76	2	105	44	20	22	13	1.86
21823764--21823919	42	3.7	42	84	5	181	46	17	19	16	1.85
21823766--21823941	21	8.4	21	73	5	106	46	18	20	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21831109--21831197	34	2.6	33	80	7	106	22	24	25	26	2.00
21832123--21832313	66	2.9	66	77	3	161	22	27	24	25	2.00
21836873--21836904	15	2.1	15	100	0	64	31	6	25	37	1.81
21841433--21841559	43	2.8	45	85	8	170	30	31	18	19	1.96
21844217--21844294	34	2.3	35	86	4	106	26	0	24	48	1.51
21844220--21844295	28	2.4	32	75	12	79	27	0	25	47	1.52
21844311--21844433	34	3.6	34	83	8	133	40	0	14	43	1.51
21844510--21844762	126	2.0	126	84	1	328	36	17	17	28	1.92
21848924--21849053	45	2.9	44	81	3	145	26	23	20	30	1.98
21848935--21849048	44	2.6	45	81	4	133	28	23	19	28	1.98
21849038--21849393	44	8.1	43	67	14	174	21	21	23	33	1.97
21849065--21849826	87	8.7	86	86	3	812	20	23	21	34	1.97
21849065--21849833	261	2.9	261	83	3	933	20	23	21	34	1.97
21849372--21849787	43	9.5	44	70	7	274	19	24	21	35	1.96
21856861--21856933	38	1.9	38	100	0	146	20	34	20	24	1.97
21857892--21857924	9	3.7	9	88	11	50	45	12	21	21	1.84
21857896--21857925	10	3.1	10	95	4	53	50	10	20	20	1.76
21869310--21869355	23	2.0	23	100	0	92	30	30	13	26	1.93
21869851--21870072	3	73.7	3	68	12	80	59	1	9	29	1.40
21870233--21870332	3	34.3	3	75	11	84	59	0	7	34	1.25
21872704--21872746	22	2.0	22	86	4	61	53	11	0	34	1.37
21872750--21872799	21	2.4	21	86	0	64	36	16	18	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21875663--21875736	36	2.1	36	100	0	148	54	16	8	21	1.68
21876232--21876325	46	2.0	46	100	0	188	45	8	14	30	1.75
21876271--21876381	57	2.0	53	82	10	132	44	10	13	31	1.78
21876351--21876423	36	2.0	36	91	0	119	47	9	9	32	1.68
21876467--21876603	43	3.4	41	80	9	140	43	10	13	32	1.78
21876535--21876607	36	2.0	36	91	0	119	47	9	9	32	1.68
21876607--21876697	45	2.0	45	93	0	155	39	12	14	34	1.83
21876775--21876806	16	2.0	16	93	0	55	53	18	15	12	1.73
21877150--21877190	21	2.0	21	95	0	73	9	12	36	41	1.76
21877307--21877378	36	2.0	36	100	0	144	30	2	50	16	1.60
21880776--21880856	18	4.6	18	69	18	62	62	3	0	33	1.12
21880734--21880829	25	3.8	24	70	17	77	64	4	1	30	1.19
21880755--21880838	25	3.2	24	71	15	78	64	3	1	30	1.18
21880749--21880861	52	2.1	53	95	3	201	62	3	0	32	1.18
21881017--21881066	21	2.4	21	82	0	55	42	2	22	34	1.65
21881145--21881459	156	2.0	157	96	0	578	30	23	22	23	1.99
21882256--21882315	30	2.0	30	96	0	111	46	10	5	38	1.59
21886592--21886629	19	2.0	19	100	0	76	26	15	10	47	1.78
21886883--21886907	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
21888025--21888407	153	2.5	150	85	4	495	31	23	20	25	1.98
21892160--21892193	15	2.3	15	89	0	50	35	23	0	41	1.55
21892654--21892684	16	1.9	16	100	0	62	45	16	6	32	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21892812--21892863	17	3.0	17	76	20	54	11	11	3	73	1.23
21898625--21898661	14	2.6	14	100	0	74	45	0	35	18	1.50
21904648--21904678	15	2.1	15	100	0	62	48	6	19	25	1.72
21906295--21906340	14	3.4	14	78	6	58	19	8	10	60	1.55
21908450--21908489	20	2.0	20	90	4	64	57	0	0	42	0.98
21908614--21908657	18	2.6	16	80	13	52	68	0	0	31	0.90
21909722--21909772	24	2.1	24	88	0	75	35	3	39	21	1.72
21911189--21911300	27	4.1	27	83	7	129	16	24	22	37	1.93
21911189--21911300	54	2.1	54	86	3	154	16	24	22	37	1.93
21912356--21912389	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
21929670--21929720	24	2.1	24	85	0	66	35	1	37	25	1.67
21931389--21931430	18	2.5	17	84	7	59	28	0	7	64	1.20
21933542--21933628	40	2.1	41	82	2	104	65	8	2	24	1.31
21936589--21936746	40	4.0	40	84	1	210	34	15	29	20	1.93
21936671--21936732	20	3.1	20	67	17	56	35	12	32	19	1.90
21944582--21944637	26	2.2	26	93	6	96	37	23	7	32	1.82
21948659--21948723	32	2.0	32	96	0	121	30	7	23	38	1.83
21954833--21955042	103	2.0	103	95	0	375	28	13	16	41	1.86
21955606--21955640	17	2.1	17	100	0	70	40	11	17	31	1.85
21955732--21955779	20	2.3	20	78	7	51	58	6	16	18	1.59
21957125--21957194	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
21957852--21957929	20	4.0	19	67	21	54	57	2	7	32	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21959102--21959146	14	3.4	14	70	17	51	17	0	40	42	1.50
21959098--21959152	25	2.2	25	100	0	110	27	0	32	40	1.57
21959915--21960154	75	3.3	74	84	4	317	35	20	15	29	1.93
21965945--21966351	44	9.2	44	90	0	643	28	15	31	25	1.96
21979014--21980011	499	2.0	499	100	0	1996	30	20	23	25	1.99
21981461--21981883	44	9.6	44	86	2	535	29	14	30	25	1.95
21981461--21981883	132	3.2	132	90	0	632	29	14	30	25	1.95
21985722--21985747	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21986401--21986478	20	4.0	19	67	21	54	57	2	7	32	1.40
21986957--21986984	9	3.1	9	100	0	56	89	0	10	0	0.49
21987940--21988004	28	2.3	28	76	5	69	26	1	6	66	1.24
21987977--21988012	16	2.2	16	90	0	54	30	5	0	63	1.17
21988023--21988061	18	2.2	18	90	0	60	56	2	0	41	1.13
21990815--21991162	49	7.1	49	78	3	297	25	22	15	36	1.94
21990781--21991134	98	3.6	98	80	4	408	25	23	15	35	1.94
21990781--21991162	147	2.6	147	77	0	388	25	23	15	35	1.95
21995998--21996032	18	1.9	18	88	0	52	40	2	2	54	1.30
21998030--21998086	20	2.9	21	84	7	66	33	12	1	52	1.49
21998210--21998244	17	1.9	18	88	11	54	65	0	2	31	1.07
21998278--21998321	20	2.1	21	91	4	72	20	15	9	54	1.68
22000652--22000694	22	2.0	21	90	4	68	62	4	0	32	1.15
22000652--22000707	21	2.6	22	88	2	78	57	3	0	39	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22003029--22003084	26	2.2	25	81	6	67	57	1	0	41	1.09
22014908--22015049	43	3.4	43	79	11	159	26	30	19	23	1.98
22014916--22015020	40	2.5	41	83	7	124	23	30	19	26	1.98
22015146--22015216	30	2.3	29	81	11	81	50	7	0	42	1.29
22017053--22017077	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22020155--22020199	17	2.6	17	100	0	90	20	4	0	75	0.97
22020258--22020375	7	14.9	8	77	13	68	27	0	1	70	0.97
22020258--22020375	15	7.5	15	74	12	94	27	0	1	70	0.97
22020251--22020375	37	3.4	37	84	6	130	29	0	1	68	0.99
22020246--22020348	44	2.3	45	91	1	163	31	0	0	67	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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