genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67464563--67464605	22	2.0	22	100	0	86	18	18	25	37	1.94
67472275--67472323	6	7.8	6	84	8	53	22	2	0	75	0.90
67473438--67473470	14	2.4	14	94	0	57	36	24	6	33	1.80
67473446--67473481	18	2.0	18	88	0	54	44	22	2	30	1.67
67480340--67480413	38	1.9	38	97	0	139	40	9	17	32	1.82
67481478--67481693	46	4.6	47	78	11	167	23	30	17	28	1.97
67481480--67481700	94	2.3	95	83	6	270	23	30	17	28	1.97
67481478--67481704	47	4.8	45	79	14	203	24	30	17	28	1.97
67489233--67489424	96	2.0	96	98	0	375	36	24	20	18	1.95
67492783--67492820	20	2.1	19	85	14	53	39	10	26	23	1.87
67498612--67498679	34	2.0	34	100	0	136	35	14	2	47	1.60
67499652--67499681	15	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
67505918--67505965	19	2.6	18	90	9	78	72	0	10	16	1.10
67506854--67506901	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
67506845--67506915	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
67516270--67516317	19	2.6	18	90	9	78	72	0	10	16	1.10
67517209--67517256	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
67517200--67517270	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
67526499--67526530	16	2.0	16	100	0	64	12	12	37	37	1.81
67529104--67529170	17	3.6	17	70	26	55	52	5	17	23	1.67
67529486--67529519	16	2.1	16	94	0	59	67	20	0	11	1.21
67530441--67530481	21	2.0	21	90	0	64	51	9	12	26	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67531232--67531259	14	2.0	14	100	0	56	35	0	14	50	1.43
67531604--67531646	22	2.0	21	82	13	52	4	11	2	81	0.93
67538682--67538729	22	2.1	23	81	11	55	12	10	2	75	1.14
67538697--67538726	14	2.2	14	94	5	53	13	13	0	73	1.10
67539541--67539649	42	2.6	42	83	2	130	21	19	39	20	1.93
67540169--67540236	22	3.0	24	68	25	65	32	13	16	38	1.87
67548945--67548969	9	2.8	9	100	0	50	52	0	24	24	1.48
67568171--67568283	43	2.7	42	78	5	120	25	20	26	27	1.99
67568125--67568283	85	1.9	86	86	6	234	26	18	26	28	1.98
67571220--67571373	43	3.6	43	79	8	161	25	18	27	28	1.98
67571220--67571355	42	3.2	42	81	6	148	24	19	27	27	1.99
67598150--67598202	17	3.1	17	77	0	61	32	9	16	41	1.81
67606197--67606231	5	6.8	5	96	3	61	20	0	0	80	0.72
67610565--67610593	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
67610652--67610691	21	1.9	21	89	0	62	17	32	20	30	1.95
67643287--67643549	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
67643287--67643549	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
67643481--67643558	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
67651226--67651491	40	6.7	40	92	0	433	22	27	20	30	1.98
67667576--67667654	34	2.5	31	80	13	81	43	6	10	40	1.64
67667592--67667673	34	2.4	34	95	0	146	39	7	12	41	1.70
67683759--67683825	20	3.4	20	77	6	66	43	20	25	10	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67683850--67683960	20	5.6	20	72	0	69	33	18	25	23	1.97
67683859--67684075	40	5.4	40	83	1	247	34	17	25	23	1.96
67685042--67685156	54	2.1	54	86	0	167	57	6	6	28	1.51
67686211--67686273	26	2.5	25	76	20	69	63	0	4	31	1.15
67703419--67703479	25	2.4	27	76	18	67	4	36	3	55	1.38
67703972--67703997	13	2.0	13	100	0	52	15	7	7	69	1.35
67707383--67707435	21	2.5	21	90	0	79	32	37	7	22	1.82
67727386--67727536	27	5.4	29	69	22	74	0	31	0	68	0.89
67727416--67727606	40	4.7	41	76	17	177	0	32	0	67	0.91
67727420--67727597	4	44.8	4	72	17	115	0	31	0	68	0.90
67727420--67727597	45	4.0	45	77	13	138	0	31	0	68	0.90
67727512--67727594	18	4.5	17	70	21	53	0	34	0	65	0.93
67727393--67727608	114	1.9	110	80	16	248	0	33	0	66	0.92
67727637--67727697	27	2.3	27	85	0	86	14	27	26	31	1.95
67727743--67727814	26	2.7	27	95	4	128	48	0	9	41	1.36
67732827--67732896	35	2.0	35	97	0	131	25	10	30	34	1.89
67735554--67735579	6	4.3	6	100	0	52	30	19	19	30	1.96
67738067--67738130	30	2.1	31	83	11	80	35	12	12	39	1.81
67738233--67738277	21	2.1	22	87	4	65	31	0	2	66	1.04
67748783--67748809	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
67752056--67752084	9	3.3	9	95	4	51	0	6	0	93	0.36
67752055--67752084	15	1.9	15	93	6	51	0	10	0	90	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67754651--67754693	21	2.0	22	90	4	70	69	0	0	30	0.88
67757953--67757993	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
67759899--67759932	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
67761677--67761714	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
67762578--67762617	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
67762861--67762900	18	2.3	17	91	4	62	5	10	0	85	0.75
67762861--67762900	9	4.4	9	83	0	53	5	10	0	85	0.75
67766511--67766553	23	2.0	21	81	9	50	34	6	2	55	1.39
67784288--67784348	13	4.7	13	77	0	68	26	6	27	39	1.81
67786034--67786204	72	2.4	71	84	4	236	54	13	7	25	1.64
67786629--67786676	18	2.7	18	96	0	87	39	12	12	35	1.81
67789722--67789777	21	2.6	21	85	2	67	16	33	26	23	1.95
67789741--67789785	21	2.1	21	100	0	90	13	35	26	24	1.92
67790790--67790846	28	2.0	28	86	0	78	38	15	3	42	1.65
67790877--67790917	18	2.3	18	86	0	55	41	17	9	31	1.82
67790886--67790920	18	1.9	18	94	0	61	37	17	14	31	1.89
67792289--67792317	9	3.3	9	90	9	51	34	0	0	65	0.93
67799366--67799475	48	2.3	48	90	0	157	29	4	7	59	1.44
67800996--67801032	18	2.1	18	94	0	65	24	16	16	43	1.87
67802724--67802779	17	3.4	17	72	18	64	66	0	0	33	0.92
67802722--67802781	8	7.6	8	75	15	54	66	0	0	33	0.92
67809044--67809077	18	1.9	17	88	5	50	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67809037--67809092	27	2.0	28	89	3	87	48	0	0	51	1.00
67811740--67811870	66	2.0	65	95	1	235	47	5	4	42	1.46
67812601--67812653	22	2.3	23	77	3	63	64	1	0	33	1.05
67812811--67812869	29	2.0	30	86	6	84	27	13	15	44	1.84
67815875--67816003	54	2.4	55	79	6	131	25	24	16	34	1.95
67844911--67844969	31	1.9	30	93	3	100	44	8	5	42	1.57
67849616--67849889	124	2.2	124	83	3	320	24	20	18	36	1.95
67850333--67850371	14	2.8	14	88	0	60	56	38	0	5	1.22
67850410--67850450	7	5.9	7	85	0	55	53	29	0	17	1.44
67855636--67855719	40	2.1	39	84	2	105	25	13	29	32	1.93
67858825--67858907	35	2.3	35	85	10	105	39	6	13	40	1.69
67859419--67859548	55	2.5	51	81	9	170	47	13	13	26	1.78
67859432--67859542	55	2.0	55	91	0	177	45	13	13	27	1.81
67863135--67863177	10	4.3	10	82	11	61	20	6	2	69	1.23
67873315--67873375	30	2.0	30	84	6	79	27	4	24	42	1.75
67873667--67873722	28	2.0	28	92	0	94	23	12	23	41	1.88
67878691--67878778	45	2.0	45	95	0	158	34	19	18	28	1.95
67885687--67885719	5	6.8	5	93	6	59	18	0	0	81	0.68
67885680--67885721	15	2.8	16	85	10	61	21	0	2	76	0.90
67889322--67889361	20	2.0	20	100	0	80	35	10	25	30	1.88
67891540--67891634	45	2.1	45	84	7	122	31	17	22	28	1.97
67891510--67891947	178	2.5	178	88	0	662	30	18	21	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67891785--67892080	133	2.2	131	86	4	382	29	18	21	30	1.97
67891871--67892234	178	2.0	179	86	5	515	29	18	22	29	1.98
67891605--67892236	311	2.0	311	88	1	937	29	19	21	29	1.98
67891916--67892236	178	1.8	178	93	0	552	28	19	22	29	1.98
67892243--67892462	44	5.0	44	68	16	168	30	21	27	20	1.98
67892213--67892462	88	2.8	88	93	0	419	30	22	25	22	1.99
67892388--67892535	73	2.0	73	97	0	278	30	24	25	20	1.99
67892484--67892891	44	9.3	44	65	13	205	31	23	24	20	1.98
67892461--67893118	88	7.5	88	87	1	865	32	22	24	21	1.98
67892794--67893022	44	5.2	44	67	4	138	32	21	23	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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