genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.201.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65779914--65780193	70	4.0	70	98	0	533	40	7	15	36	1.76
65782564--65783032	110	4.4	110	81	9	635	34	7	4	53	1.50
65782452--65783043	319	1.9	319	99	0	1166	34	8	4	53	1.50
65783052--65783159	9	13.1	9	74	13	74	49	13	0	36	1.49
65783060--65783202	16	9.1	16	72	13	91	48	14	1	34	1.53
65783047--65783186	30	4.4	32	76	15	121	47	15	1	35	1.54
65783078--65783186	30	3.5	30	78	14	139	47	14	1	35	1.55
65783047--65783202	64	2.5	64	89	2	244	48	15	1	34	1.53
65783129--65783224	46	2.1	46	98	0	183	48	15	2	33	1.57
65786915--65786978	32	2.0	31	87	3	92	21	18	31	26	1.96
65789351--65789694	46	7.5	46	98	0	652	30	28	20	20	1.98
65797908--65798079	40	4.3	40	87	2	213	25	27	21	25	1.99
65797908--65798132	80	2.8	78	78	8	220	25	27	21	25	1.99
65798064--65798141	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
65800104--65800408	40	7.6	40	90	1	468	23	28	20	27	1.99
65802951--65803009	25	2.4	24	83	13	75	27	22	20	30	1.98
65802962--65803033	24	2.9	24	83	6	81	26	20	25	27	1.99
65803080--65803127	11	4.6	11	80	12	57	33	18	12	35	1.89
65806886--65806942	23	2.5	22	81	13	62	33	19	3	43	1.68
65807213--65807371	42	3.6	42	86	7	194	28	26	15	30	1.96
65807283--65807539	48	5.2	49	75	12	199	31	26	12	29	1.93
65809166--65809688	261	2.0	264	93	1	910	37	17	8	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65815415--65815475	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65816718--65816892	50	3.5	49	87	3	244	26	16	26	30	1.97
65816718--65816901	99	1.9	100	88	1	280	26	16	25	30	1.97
65816991--65817042	25	2.0	26	81	11	61	40	1	21	36	1.64
65828574--65828674	39	2.6	39	82	3	123	23	24	26	24	2.00
65836350--65836439	29	3.1	29	88	1	128	30	26	13	30	1.94
65841915--65841944	15	2.0	15	93	0	51	20	23	6	50	1.71
65852128--65853031	93	9.7	93	99	0	1781	30	29	18	22	1.97
65856062--65856099	19	2.0	19	94	0	67	55	10	18	15	1.68
65866148--65866325	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
65866149--65866304	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
65866145--65866325	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
65869626--65869795	46	3.7	46	76	12	127	24	30	18	27	1.98
65875381--65875417	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
65875979--65876802	93	8.9	93	100	0	1648	22	18	29	30	1.97
65879455--65879615	46	3.6	45	80	8	175	27	20	29	22	1.99
65879452--65879658	46	4.6	44	79	12	154	26	20	29	23	1.99
65882425--65882461	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
65883016--65883373	47	7.7	47	73	15	332	22	18	29	29	1.98
65883072--65883326	46	5.5	46	73	15	256	21	18	28	30	1.97
65883023--65883381	93	3.9	93	100	0	718	22	18	29	30	1.97
65886965--65887379	95	4.4	96	76	15	352	24	29	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65886966--65887236	48	5.7	47	76	14	229	25	30	18	25	1.98
65886965--65887328	46	7.7	47	74	14	259	25	30	18	26	1.98
65905253--65905579	81	4.0	81	86	4	381	38	18	8	34	1.82
65905265--65905604	27	12.6	26	80	6	302	39	18	8	32	1.82
65905608--65905659	27	1.9	27	84	0	68	36	25	9	28	1.87
65905650--65905807	27	5.9	28	78	11	136	33	18	21	25	1.97
65905644--65905811	54	3.1	54	73	15	159	33	19	20	26	1.96
65906241--65906302	22	2.9	21	80	7	70	20	22	22	33	1.97
65906461--65906562	27	3.8	27	80	5	98	19	21	21	37	1.95
65906699--65906818	6	19.3	6	69	19	77	19	18	14	48	1.81
65906699--65906814	31	3.7	31	86	5	144	18	18	13	48	1.81
65908757--65908991	27	8.7	27	86	0	290	40	19	6	34	1.78
65908757--65909069	81	3.9	81	83	3	335	39	19	7	33	1.81
65908757--65909069	27	11.6	26	81	4	284	39	19	7	33	1.81
65908757--65908991	54	4.3	54	92	0	362	40	19	6	34	1.78
65909109--65909275	27	6.2	27	83	7	164	33	19	20	25	1.97
65916724--65916763	18	2.2	18	95	0	71	25	32	10	32	1.89
65917494--65917518	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
65918597--65918780	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
65918597--65918780	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
65918649--65918813	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
65922267--65922312	23	2.0	23	91	0	74	52	21	4	21	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65934780--65935013	49	4.7	50	80	6	217	27	18	24	28	1.98
65936867--65936914	24	2.0	24	100	0	96	45	8	16	29	1.76
65942011--65942049	14	2.8	14	92	7	62	23	25	7	43	1.80
65943808--65943981	49	3.5	49	80	6	206	26	19	24	29	1.99
65943808--65943994	100	1.9	100	89	0	293	27	19	24	28	1.99
65951057--65951240	49	3.7	49	81	2	233	27	25	20	27	1.99
65951062--65951249	100	1.9	100	94	0	331	27	25	20	26	1.99
65954441--65954478	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
65956380--65956519	46	3.0	46	86	2	183	40	14	23	21	1.90
65960659--65960708	20	2.5	20	96	0	91	20	28	34	18	1.95
65973238--65973302	34	1.9	34	81	6	78	26	21	24	27	1.99
65974729--65974856	47	2.7	47	80	5	154	25	17	32	24	1.97
65974924--65975013	47	1.9	47	84	4	119	25	15	33	25	1.95
65974753--65975074	161	2.0	161	100	0	644	24	19	28	27	1.98
65976088--65976131	21	2.2	21	92	8	74	9	29	31	29	1.88
65979177--65979235	28	2.1	28	100	0	118	32	0	25	42	1.55
65979177--65979243	28	2.4	28	92	5	100	35	0	23	40	1.55
65980627--65980756	43	3.0	43	83	10	167	23	19	26	30	1.98
65982332--65982414	43	2.0	42	92	0	130	22	10	34	30	1.89
65982678--65982728	18	2.8	18	81	16	61	5	31	0	62	1.19
65984668--65984699	16	2.0	16	93	0	55	28	0	15	56	1.40
65985126--65985458	24	13.9	24	75	10	261	25	11	27	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65985126--65985458	48	6.9	48	76	4	314	25	11	27	36	1.90
65985127--65985429	96	3.2	96	96	0	543	25	11	27	36	1.90
65987445--65987682	47	5.1	47	93	0	377	27	28	10	33	1.90
65987492--65987613	22	5.3	22	63	27	65	25	29	13	31	1.93
65997139--65997471	24	13.9	24	74	10	270	25	12	27	35	1.91
65997140--65997442	96	3.2	96	97	0	552	25	11	27	35	1.91
65997140--65997470	48	6.9	48	78	3	335	25	12	27	34	1.91
65999122--65999233	28	4.0	28	84	1	154	16	24	20	38	1.93
66000919--66001097	27	6.6	27	82	6	200	30	27	15	27	1.96
66000940--66001095	82	1.9	81	87	6	226	29	27	15	27	1.96
66009640--66009702	27	2.3	27	89	5	92	36	25	20	17	1.94
66009940--66010202	81	3.2	81	84	3	350	27	18	16	37	1.93
66009927--66010229	27	11.2	27	81	6	294	27	18	16	37	1.92
66009954--66010390	54	8.1	54	76	10	245	28	14	17	38	1.89
66010186--66010471	27	10.7	27	81	6	307	30	9	19	40	1.84
66010186--66010476	80	3.6	81	83	5	360	30	9	19	39	1.83
66010189--66010471	107	2.7	106	87	3	399	30	9	19	40	1.83
66010676--66010783	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
66026980--66027119	40	3.5	40	84	3	147	25	17	25	32	1.96
66027007--66027132	40	3.0	41	79	8	132	26	15	25	32	1.96
66039807--66039852	20	2.3	21	82	14	62	26	17	28	28	1.98
66039845--66039979	60	2.2	60	83	6	157	27	20	25	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66044415--66044440	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
66048353--66048452	40	2.5	41	91	4	159	36	15	24	25	1.94
66048355--66048493	41	3.4	40	83	6	138	37	16	22	23	1.94
66048358--66048512	41	3.8	41	82	0	114	38	18	20	21	1.93
66049080--66049584	114	4.4	113	78	7	450	25	14	23	36	1.93
66049653--66049782	59	2.2	59	88	0	188	20	40	3	36	1.70
66052170--66052200	9	3.4	9	90	0	53	51	19	0	29	1.47
66052203--66052232	13	2.3	13	100	0	60	53	10	0	36	1.35
66052178--66052390	56	3.8	56	89	5	338	48	16	0	33	1.50
66052178--66052390	115	1.9	112	91	4	347	48	16	0	33	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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