genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.118.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37814402--37814484	27	3.0	27	85	5	87	30	13	25	31	1.93
37819391--37819419	15	2.0	15	93	6	51	82	0	13	3	0.79
37819503--37819544	22	1.9	22	90	0	66	38	21	9	30	1.85
37831340--37831376	20	1.9	18	89	10	56	37	2	5	54	1.38
37837540--37837645	43	2.5	43	85	3	133	21	30	21	26	1.99
37837575--37837680	43	2.4	43	84	7	117	26	27	19	26	1.99
37840046--37840342	40	7.5	40	90	1	431	23	23	27	25	2.00
37843409--37843695	50	5.7	50	81	4	371	31	27	15	25	1.96
37843399--37843743	101	3.4	101	99	0	672	31	26	15	25	1.96
37847987--37848028	16	2.6	17	81	11	52	54	9	2	33	1.46
37849909--37850018	56	1.9	57	87	5	161	31	28	14	25	1.95
37851881--37851948	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
37851770--37852097	174	1.9	174	96	0	611	31	24	14	29	1.94
37852050--37852128	29	2.7	30	80	13	101	29	31	15	24	1.95
37856105--37856519	206	2.0	206	100	0	830	27	23	19	30	1.98
37856572--37856713	71	2.0	71	98	0	275	26	26	21	26	1.99
37870980--37871156	43	4.2	41	78	9	160	22	15	29	33	1.94
37885810--37885963	24	6.4	24	88	0	227	27	21	19	31	1.97
37886013--37886070	11	5.6	11	72	15	61	31	18	13	36	1.90
37886013--37886068	20	2.8	20	97	0	103	32	19	12	35	1.89
37888954--37889074	48	2.5	49	82	8	140	31	28	16	23	1.96
37888987--37889118	48	2.7	49	84	2	160	26	31	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37896607--37896711	55	1.9	55	82	9	133	23	27	23	24	2.00
37896604--37896725	56	2.2	55	77	12	124	25	26	22	25	2.00
37897688--37897841	23	6.6	23	74	10	125	36	20	19	24	1.95
37899987--37900092	43	2.5	43	77	0	113	31	22	16	30	1.95
37912341--37912824	121	4.0	121	99	0	959	27	13	17	41	1.87
37914703--37914819	40	3.0	40	92	1	191	23	17	29	29	1.97
37919807--37919976	47	3.6	46	75	11	150	24	26	17	31	1.97
37922584--37922876	148	2.0	149	93	0	507	33	11	19	34	1.89
37924369--37924397	13	2.3	13	94	5	51	37	0	17	44	1.49
37924420--37924463	10	4.3	10	83	13	54	25	6	2	65	1.28
37925780--37925910	23	5.7	23	70	7	77	22	12	22	41	1.88
37928410--37928457	21	2.4	21	83	13	57	52	0	6	41	1.27
37930561--37930587	7	3.9	7	100	0	54	14	29	29	25	1.95
37936090--37936143	27	2.0	27	92	0	90	29	22	18	29	1.97
37936558--37936583	13	2.0	13	100	0	52	30	0	15	53	1.42
37954982--37955010	14	2.1	14	100	0	58	58	0	20	20	1.39
37966743--37966783	22	1.9	21	85	5	55	21	26	39	12	1.89
37971765--37971830	28	2.3	29	82	7	73	69	3	19	7	1.26
37979292--37979485	47	4.1	47	89	2	291	32	10	29	26	1.90
37979321--37979392	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
37979366--37979441	23	3.2	25	60	17	61	30	13	32	23	1.93
37979321--37979589	94	2.8	95	85	7	309	33	10	28	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37979455--37979589	48	2.8	48	97	0	252	34	7	27	30	1.84
37979736--37979880	37	3.9	37	95	0	254	24	19	31	25	1.98
37981145--37981211	23	3.2	23	60	24	56	23	23	28	23	2.00
37981138--37981682	40	13.6	40	92	0	874	24	22	28	25	1.99
37985047--37985223	46	3.8	45	72	12	117	28	20	28	22	1.98
38001518--38001739	46	4.7	48	77	14	189	28	18	28	24	1.98
38008101--38008149	26	2.0	24	84	8	62	57	2	6	34	1.35
38010216--38010980	177	4.3	177	90	0	1190	26	23	20	29	1.99
38010231--38010978	88	8.4	89	63	12	243	25	23	20	29	1.99
38010239--38010911	44	15.2	44	70	5	284	26	23	20	29	1.99
38012605--38012653	26	2.0	24	84	8	62	57	2	6	34	1.35
38020603--38020644	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
38025218--38025263	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
38026296--38026337	17	2.5	16	82	17	50	28	0	2	69	1.01
38032166--38032224	20	3.0	20	89	0	82	11	28	20	38	1.88
38035863--38035950	45	2.0	45	93	0	149	23	12	23	39	1.89
38042155--38042257	51	2.0	52	96	1	190	32	19	8	39	1.82
38042657--38042715	31	1.9	31	89	0	91	42	1	6	49	1.39
38043107--38043157	25	2.0	25	81	7	59	9	5	29	54	1.56
38043890--38043934	19	2.5	17	82	10	63	46	2	2	48	1.26
38043892--38043931	18	2.2	18	90	4	62	45	2	2	50	1.28
38044208--38044249	21	2.0	22	86	13	61	47	0	4	47	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38044788--38044841	20	2.6	20	80	13	56	46	5	0	48	1.25
38046056--38046082	12	2.2	12	100	0	54	51	0	14	33	1.43
38060941--38061114	47	3.7	47	85	5	219	26	18	31	23	1.98
38060941--38061114	93	1.9	93	87	2	260	26	18	31	23	1.98
38061948--38062082	55	2.5	55	84	8	186	20	18	31	30	1.96
38066325--38066363	18	2.2	18	100	0	78	58	30	0	10	1.31
38066347--38066379	11	2.8	12	86	13	50	48	36	0	15	1.45
38071898--38071937	9	4.6	9	90	3	64	22	27	12	37	1.90
38071896--38071937	18	2.4	18	96	4	77	21	26	11	40	1.88
38079977--38080063	43	2.0	44	88	2	131	36	21	19	21	1.95
38081022--38081063	18	2.3	18	91	0	75	54	33	0	11	1.37
38081047--38081079	11	2.8	12	86	13	50	48	36	0	15	1.45
38082066--38082112	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
38085276--38085322	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
38088486--38088553	21	3.2	21	95	2	118	20	20	38	20	1.94
38091719--38091765	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
38092610--38092639	15	2.0	15	93	0	51	40	16	0	43	1.48
38096755--38096867	40	2.8	40	74	11	106	27	14	28	30	1.95
38102184--38102238	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
38104348--38104392	12	3.5	12	84	9	54	82	2	11	4	0.91
38104401--38104432	10	3.3	10	95	4	57	90	0	9	0	0.45
38104401--38104433	9	3.6	9	92	8	57	87	0	12	0	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38107125--38107179	20	2.8	20	88	0	83	25	29	16	29	1.97
38108374--38108398	11	2.3	11	100	0	50	8	8	16	68	1.38
38109064--38109209	50	2.9	50	76	6	141	32	14	13	40	1.84
38109051--38109182	50	2.6	51	80	3	149	34	14	12	37	1.84
38111429--38111555	29	4.4	29	92	1	211	25	16	30	27	1.97
38115864--38115966	38	2.7	38	87	0	143	23	23	26	27	2.00
38115964--38116290	43	7.6	43	92	0	528	11	24	33	30	1.91
38121026--38121151	39	3.2	39	86	2	171	31	10	15	42	1.80
38121035--38121146	40	2.8	39	90	1	170	33	11	14	41	1.82
38121172--38121290	50	2.3	52	86	2	170	33	15	12	37	1.86
38127374--38127421	20	2.4	20	75	0	60	25	29	14	31	1.95
38127886--38128054	85	2.0	85	98	0	329	23	18	24	33	1.97
38129953--38130020	21	3.2	21	65	8	57	58	7	22	11	1.57
38129931--38130019	42	2.1	42	93	0	151	56	5	23	14	1.60
38130031--38130078	18	2.8	17	84	6	62	58	0	29	12	1.35
38130096--38130134	18	2.1	19	85	4	53	66	2	23	7	1.30
38136445--38136487	22	2.0	22	86	9	61	32	11	18	37	1.87
38138980--38139027	20	2.4	20	71	0	51	22	29	16	31	1.96
38139741--38139785	18	2.3	20	82	17	60	28	13	11	46	1.77
38140843--38140869	10	2.7	10	100	0	54	40	29	11	18	1.85
38141316--38141421	42	2.5	42	98	1	203	33	12	14	39	1.83
38142083--38142142	29	2.1	29	93	0	102	41	30	0	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38142089--38142136	15	3.3	15	73	5	53	43	27	0	29	1.55
38149326--38149369	22	2.0	22	90	0	70	27	36	2	34	1.70
38151500--38151596	30	3.2	30	71	8	81	27	15	27	28	1.96
38155084--38155123	19	2.1	19	85	0	53	25	35	17	22	1.95
38156365--38156412	14	3.4	14	85	0	60	18	31	6	43	1.75
38158163--38158340	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
38158164--38158319	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
38158160--38158340	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
38159421--38159550	64	2.0	64	93	0	224	36	22	16	25	1.94
38174081--38174114	10	3.3	10	88	8	50	50	8	0	41	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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