genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80126448--80126492	22	2.0	22	91	0	72	53	6	17	22	1.67
80141590--80141715	36	3.5	36	76	14	109	17	11	28	42	1.83
80144902--80144950	16	3.0	16	87	3	62	57	14	14	14	1.66
80144909--80144958	17	3.0	17	91	2	75	56	16	12	16	1.68
80145887--80146083	29	6.8	29	82	6	193	27	12	22	37	1.91
80145883--80146081	87	2.3	87	81	5	231	27	12	22	37	1.90
80148245--80148503	46	5.5	47	79	10	257	28	16	30	23	1.96
80148245--80148511	94	2.9	93	80	9	287	28	17	31	23	1.97
80183191--80183219	13	2.2	13	100	0	58	24	31	31	13	1.94
80184850--80184926	38	2.0	38	97	0	145	33	18	10	37	1.85
80193398--80193426	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
80195832--80195929	40	2.5	40	85	5	128	24	24	28	22	1.99
80200639--80200821	27	6.9	27	88	3	246	41	19	13	25	1.88
80200651--80200810	52	3.0	52	87	3	230	41	19	13	25	1.87
80200639--80200821	79	2.3	81	86	2	255	41	19	13	25	1.88
80212345--80212471	64	2.0	64	96	0	236	40	12	22	24	1.89
80212844--80213065	40	5.6	40	84	7	249	27	28	22	21	1.99
80212845--80213065	80	2.8	79	87	4	302	26	28	22	21	1.99
80213795--80213990	100	2.0	100	91	0	320	31	20	9	38	1.84
80221672--80221892	40	5.6	40	84	6	247	26	28	22	21	1.99
80221682--80221892	80	2.7	80	88	2	293	27	28	22	21	1.99
80223659--80223739	40	2.0	40	95	0	144	38	17	13	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80240914--80241033	61	2.0	61	88	3	179	31	17	8	42	1.79
80255562--80255659	27	3.5	28	90	2	135	26	14	27	31	1.95
80255590--80255672	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
80255562--80255673	28	4.0	27	81	9	100	28	13	25	33	1.93
80257686--80257985	47	6.4	47	89	0	447	32	8	31	28	1.87
80257686--80257985	94	3.2	94	94	0	501	32	8	31	28	1.87
80260742--80260918	51	3.5	51	86	3	232	28	15	30	24	1.96
80269200--80269296	39	2.5	38	84	1	113	50	7	5	37	1.52
80270809--80270845	13	2.8	13	95	0	65	10	29	43	16	1.82
80283391--80283471	32	2.5	32	80	11	94	30	20	23	24	1.99
80294883--80294995	40	2.8	40	83	0	145	20	22	23	33	1.97
80296190--80296233	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
80296460--80297401	40	23.6	40	98	0	1762	28	27	22	22	1.99
80301389--80301596	27	7.7	27	83	0	272	30	8	20	40	1.82
80301391--80301596	54	3.8	54	90	0	322	30	8	20	40	1.82
80308410--80308454	18	2.6	17	86	10	56	48	0	28	22	1.50
80311019--80311057	20	2.0	20	89	0	60	23	12	23	41	1.88
80322679--80322863	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
80322660--80322863	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
80330664--80330847	40	4.6	40	80	10	207	25	27	22	24	2.00
80330631--80330848	79	2.8	81	80	11	238	25	27	21	25	1.99
80331978--80332209	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80334658--80334698	21	2.0	21	85	0	55	36	2	9	51	1.48
80335174--80335204	15	2.1	15	93	0	53	35	22	0	41	1.54
80336135--80336166	16	2.0	16	93	0	55	53	6	12	28	1.62
80346505--80346761	47	5.4	46	84	6	300	33	10	29	26	1.89
80346511--80346761	94	2.6	93	84	6	333	33	10	29	26	1.89
80349343--80349384	22	1.9	22	85	9	59	14	19	19	47	1.82
80350957--80350997	21	2.0	21	85	0	55	24	26	31	17	1.97
80350965--80351004	21	1.9	21	89	0	62	20	27	37	15	1.92
80351868--80352137	46	5.8	48	78	9	238	23	31	18	27	1.97
80351907--80352134	94	2.4	92	83	10	252	23	30	18	27	1.98
80354176--80354205	10	3.0	10	95	0	51	36	0	10	53	1.35
80358976--80359030	21	2.6	21	79	0	65	29	23	27	20	1.99
80359251--80359326	26	2.8	27	78	4	73	22	13	22	42	1.88
80359720--80359749	10	2.9	10	95	5	51	10	30	20	40	1.85
80364061--80364282	40	5.6	40	90	1	288	23	22	26	27	2.00
80366936--80367150	46	4.6	46	75	11	168	28	20	28	22	1.98
80366934--80367191	140	1.8	140	86	4	378	29	18	28	23	1.98
80371436--80371623	55	3.5	53	77	9	175	23	22	17	36	1.94
80371436--80371632	54	3.6	54	78	8	188	23	22	16	37	1.94
80371822--80371908	44	2.0	44	84	4	113	24	26	12	36	1.91
80381318--80381357	21	1.9	21	94	0	71	25	27	35	12	1.92
80382591--80382763	46	3.8	44	79	13	154	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80385078--80385108	8	3.9	8	91	0	53	35	0	12	51	1.40
80385075--80385160	10	8.6	10	76	0	82	45	6	4	43	1.51
80385103--80385157	8	6.9	8	100	0	110	50	10	0	38	1.37
80389135--80389289	84	1.8	84	85	8	217	34	22	11	31	1.90
80390452--80390655	40	5.1	40	80	8	229	25	26	22	25	2.00
80390499--80390650	79	1.9	80	85	6	211	26	25	21	26	1.99
80393440--80393495	27	2.1	27	82	0	67	60	3	1	33	1.24
80409468--80409513	23	2.0	23	83	12	58	45	0	4	50	1.21
80411198--80411442	84	2.9	84	92	3	399	26	20	18	34	1.96
80411198--80411442	83	2.9	83	92	2	402	26	20	18	34	1.96
80411366--80411598	119	2.0	119	85	3	317	29	18	18	33	1.95
80423378--80423771	198	2.0	198	97	0	752	33	17	15	33	1.91
80424501--80424561	21	2.9	21	76	13	63	63	1	3	31	1.20
80424680--80424726	17	2.8	16	81	9	58	70	2	0	27	0.99
80424677--80424723	18	2.7	18	87	9	62	65	2	0	31	1.04
80430750--80430828	19	4.2	19	90	9	126	37	8	16	36	1.80
80430740--80430831	36	2.6	34	82	14	116	36	9	15	38	1.80
80430750--80430845	19	4.9	20	83	11	94	35	9	17	37	1.82
80435233--80435347	47	2.4	47	82	0	149	33	9	31	26	1.88
80440494--80440564	1	71.0	1	71	0	52	85	0	11	2	0.69
80440494--80440564	11	6.5	10	78	15	70	85	0	11	2	0.69
80440494--80440564	29	2.5	28	81	4	90	85	0	11	2	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80441507--80442669	205	5.7	205	92	0	1879	31	18	21	28	1.97
80442526--80443013	261	1.9	261	86	1	701	32	16	23	27	1.96
80443298--80443358	19	3.3	19	93	6	108	37	8	16	37	1.78
80447220--80447475	55	4.8	54	78	9	235	35	17	25	22	1.95
80447228--80447428	108	1.8	110	85	4	282	33	16	25	23	1.96
80454744--80454999	55	4.8	54	78	9	235	35	17	25	22	1.95
80454752--80454952	108	1.8	110	85	4	282	33	16	25	23	1.96
80455196--80455226	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
80456822--80456867	18	2.7	18	93	6	78	47	0	4	47	1.21
80459336--80459600	89	3.0	89	88	2	379	24	19	11	44	1.83
80459336--80459602	45	6.0	45	87	1	349	24	19	11	44	1.83
80462127--80462166	17	2.3	18	83	12	57	47	0	10	42	1.37
80468138--80468190	27	2.0	27	92	0	88	41	18	11	28	1.85
80469074--80469534	226	2.0	226	93	0	778	35	18	11	35	1.86
80471354--80471523	40	4.3	40	88	0	207	24	21	28	25	1.99
80471301--80471523	80	2.8	79	82	3	241	24	21	28	25	1.99
80471376--80471558	79	2.3	80	82	1	226	25	21	28	24	1.99
80479303--80479512	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
80479250--80479512	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
80479251--80479547	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
80484916--80485023	40	2.7	40	85	1	144	24	28	22	25	1.99
80484998--80485048	26	2.0	25	92	3	84	19	29	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80484959--80485088	66	2.0	65	96	1	242	23	29	23	24	1.99
80485024--80485250	40	5.7	40	94	1	402	25	29	21	24	1.99
80484922--80485128	106	2.0	105	90	2	326	25	28	21	23	1.99
80486521--80486629	37	2.9	37	95	0	191	27	30	19	22	1.98
80486776--80486897	48	2.5	48	94	0	208	29	28	8	33	1.86
80486880--80486997	47	2.5	47	92	0	200	26	29	12	31	1.93
80493634--80493703	30	2.4	30	82	2	88	25	17	20	37	1.94
80499292--80499411	60	2.0	60	95	3	215	37	13	20	28	1.91
80501709--80501751	22	2.0	22	95	0	77	25	16	23	34	1.95
80501923--80501957	17	2.1	17	100	0	70	28	0	17	54	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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