genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.106.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33835548--33835649	31	3.3	31	94	0	168	48	14	17	19	1.82
33835582--33835639	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
33836058--33836299	27	9.0	27	84	3	290	25	21	18	34	1.96
33836054--33836293	81	3.0	80	85	3	320	25	21	18	35	1.96
33836281--33836651	27	13.7	27	82	2	336	32	8	19	39	1.82
33836075--33836329	81	3.1	81	82	4	221	27	18	18	35	1.94
33836390--33836651	27	9.7	27	88	0	344	31	7	19	40	1.80
33838592--33838704	6	18.3	6	69	18	72	48	14	17	19	1.81
33838603--33838704	31	3.3	31	91	0	150	49	13	17	19	1.80
33838628--33838700	37	2.0	37	81	10	87	50	15	15	19	1.78
33839108--33839382	27	10.2	27	81	4	241	25	20	17	36	1.94
33839106--33839382	54	5.1	54	86	0	356	25	20	18	36	1.94
33839122--33839382	81	3.2	81	86	1	371	25	19	18	36	1.95
33839366--33839761	27	14.7	27	80	4	284	31	8	20	39	1.82
33839427--33839761	81	4.1	81	85	1	323	31	8	19	40	1.81
33839475--33839761	27	10.6	27	87	0	367	31	8	19	40	1.81
33841163--33841207	23	2.0	23	81	0	54	28	20	24	26	1.99
33848547--33848668	48	2.7	46	79	11	128	28	18	25	27	1.98
33858567--33858591	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
33862181--33862217	20	1.9	18	89	10	56	16	29	35	18	1.93
33862634--33862689	23	2.4	23	96	0	103	26	3	19	50	1.64
33863475--33863604	65	2.0	65	84	3	172	48	4	12	34	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33863910--33864011	51	2.0	51	88	0	150	46	7	14	31	1.73
33864601--33864771	65	2.6	65	86	0	243	32	11	22	33	1.89
33864593--33864772	33	5.5	33	79	7	179	32	11	22	33	1.90
33869057--33869096	13	3.1	13	85	0	62	35	27	7	30	1.84
33872019--33872049	16	1.9	16	100	0	62	9	0	0	90	0.46
33874168--33874300	25	5.4	25	77	12	150	35	19	25	19	1.95
33874126--33874300	47	3.7	47	80	9	196	36	19	25	18	1.95
33874148--33874300	47	3.2	47	81	5	207	36	19	25	18	1.94
33876471--33876746	135	2.0	135	99	0	543	27	17	12	42	1.85
33877135--33877182	20	2.4	21	82	6	55	16	16	18	47	1.82
33877213--33877287	20	3.8	21	73	19	72	12	28	22	37	1.90
33877195--33877277	39	2.1	39	93	0	139	10	26	24	38	1.88
33877207--33877294	39	2.3	39	87	0	122	10	28	23	37	1.88
33883282--33883795	149	3.4	149	100	0	1028	31	17	14	35	1.90
33886339--33886546	69	3.0	69	99	0	407	26	12	32	28	1.93
33897235--33897263	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
33898253--33898278	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
33899480--33899535	23	2.4	23	84	0	67	60	0	37	1	1.07
33902114--33902189	37	2.0	38	94	2	136	36	13	19	30	1.90
33903844--33904356	112	4.7	112	82	9	495	26	1	14	57	1.48
33904069--33904356	102	2.8	102	87	4	407	28	2	14	54	1.53
33904680--33904709	12	2.5	12	94	0	51	6	3	13	76	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33904696--33904746	18	2.7	19	72	6	50	13	7	11	66	1.43
33915282--33915712	126	3.5	126	82	7	520	37	19	16	26	1.92
33916357--33916404	16	2.9	16	74	17	53	72	6	0	20	1.05
33916417--33916460	18	2.4	18	85	7	54	65	0	11	22	1.24
33916986--33917077	46	2.0	46	97	0	175	35	18	4	41	1.70
33917776--33918084	84	3.7	83	86	1	377	16	21	22	39	1.92
33917776--33918084	167	1.8	168	83	3	408	16	21	22	39	1.92
33929393--33929802	128	3.2	126	84	3	518	38	18	15	26	1.91
33930536--33930583	18	2.6	18	83	6	51	62	0	10	27	1.27
33930701--33930731	15	2.1	15	100	0	62	51	16	6	25	1.68
33930955--33930997	21	2.0	21	95	0	77	27	0	37	34	1.57
33930978--33931010	16	2.1	16	94	0	57	33	0	36	30	1.58
33930989--33931083	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
33931245--33931279	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
33931203--33931275	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
33939739--33939785	20	2.4	20	82	3	60	44	0	2	53	1.12
33941449--33941488	3	13.7	3	94	5	73	67	0	0	32	0.91
33945555--33945645	47	1.9	48	88	2	139	24	30	17	27	1.97
33945956--33946021	33	2.0	33	87	0	96	33	16	16	33	1.92
33948643--33948700	23	2.5	24	81	18	70	44	1	1	51	1.21
33951723--33951766	21	2.0	23	86	8	65	59	4	0	36	1.18
33953571--33953960	88	4.4	88	82	6	428	35	20	17	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33961191--33961235	22	2.0	22	91	0	72	48	4	17	28	1.66
33969133--33969220	22	3.9	23	74	12	85	61	6	0	31	1.22
33981443--33981687	3	78.3	3	66	23	57	60	2	6	30	1.34
33981520--33981567	20	2.3	21	83	16	57	56	4	0	39	1.19
33981762--33981872	3	38.7	3	73	10	90	59	0	6	33	1.29
33981833--33981896	27	2.4	27	81	0	74	59	1	9	29	1.38
33984397--33984821	41	10.4	41	91	0	636	32	29	19	18	1.96
33984978--33985016	14	2.8	14	88	0	51	30	0	20	48	1.50
33985903--33985953	24	2.1	24	82	7	59	58	1	1	37	1.20
33987346--33987465	62	2.0	62	96	1	224	19	7	17	55	1.65
33988156--33988187	15	2.1	15	100	0	64	31	28	6	34	1.82
33989342--33990347	289	3.5	289	99	0	1967	36	13	12	37	1.82
33990552--33990607	15	3.8	15	77	20	64	46	1	0	51	1.11
33990712--33990845	9	15.0	9	83	1	153	47	15	1	35	1.55
33996585--33996651	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
33997000--33997092	48	1.9	47	80	8	107	48	8	13	29	1.73
33997288--33997327	20	2.0	20	85	5	53	32	5	7	55	1.50
34008015--34008532	275	1.9	272	90	1	829	32	17	19	30	1.95
34013781--34014116	179	1.9	179	86	1	485	34	30	12	22	1.91
34028440--34028481	20	2.2	19	91	4	66	71	2	23	2	1.10
34028795--34028904	56	2.0	53	91	5	175	40	9	16	34	1.80
34029193--34029228	3	12.0	3	100	0	72	66	33	0	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34035608--34035675	29	2.3	30	73	17	70	26	22	1	50	1.58
34035618--34035676	29	2.1	27	84	6	73	25	23	1	49	1.60
34062860--34062917	25	2.3	25	85	5	73	25	20	24	29	1.99
34062880--34062954	25	3.0	25	75	11	64	30	18	18	32	1.95
34064674--34064790	25	4.7	25	79	4	83	27	23	23	26	2.00
34066948--34066991	21	2.1	21	87	8	63	18	0	6	75	1.02
34067814--34067859	21	2.2	21	88	0	65	15	30	30	23	1.95
34067849--34067888	21	1.9	21	89	0	62	15	25	32	27	1.95
34074016--34074082	19	3.5	19	89	4	98	37	0	2	59	1.13
34077028--34077072	19	2.3	19	80	3	54	60	6	2	31	1.35
34096462--34096527	29	2.3	29	81	5	71	33	24	1	40	1.64
34102862--34102918	24	2.4	24	93	0	96	38	1	14	45	1.55
34103849--34103942	47	2.0	47	97	0	179	31	20	12	35	1.90
34104513--34104549	13	2.8	13	91	0	65	21	37	24	16	1.93
34113033--34113082	25	2.0	25	92	0	82	16	28	24	32	1.96
34114916--34115026	43	2.6	43	82	5	118	29	15	19	35	1.93
34130284--34130322	20	2.0	20	89	0	60	38	30	12	17	1.88
34135422--34135566	40	3.6	40	83	4	166	24	26	23	25	2.00
34135462--34135566	41	2.6	40	82	7	140	23	26	24	24	2.00
34136753--34136964	38	5.6	38	100	0	424	29	24	12	33	1.92
34142169--34142264	42	2.3	43	81	5	115	27	17	25	30	1.97
34143521--34143558	20	1.9	20	94	0	67	36	7	10	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34146351--34146393	22	1.9	23	85	4	61	46	9	20	23	1.79
34157138--34157196	15	4.0	15	77	2	66	57	18	13	10	1.64
34157139--34157195	30	1.9	29	89	3	87	56	19	14	10	1.67
34162414--34162454	16	2.6	16	81	14	50	14	12	0	73	1.11
34173340--34173379	13	3.1	13	82	10	55	15	17	15	52	1.75
34176516--34176612	48	2.0	47	86	2	131	28	8	21	41	1.82
34176556--34177109	91	6.1	91	95	0	928	28	8	20	43	1.80
34183501--34184366	48	18.0	48	99	0	1678	33	6	28	31	1.82
34184507--34184609	37	2.8	37	89	0	161	24	21	30	24	1.99
34196091--34196224	43	3.1	44	83	7	184	23	17	29	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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