genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16990556--16990798	44	5.7	42	75	8	170	31	26	17	24	1.97
16990556--16990799	42	5.7	43	74	8	183	31	26	17	24	1.97
16990598--16990806	86	2.4	86	80	3	260	32	26	17	23	1.96
16993072--16993227	42	3.7	42	74	5	125	32	23	14	30	1.94
16999721--16999818	42	2.3	42	87	3	135	33	21	12	32	1.90
17000745--17000771	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
17003654--17003696	22	2.0	22	95	0	77	20	9	9	60	1.55
17004033--17004094	30	2.1	30	93	3	108	56	16	3	24	1.55
17004569--17004599	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
17004594--17004663	35	2.2	32	78	16	81	22	14	30	32	1.94
17004604--17004673	35	2.0	35	100	0	140	17	14	31	37	1.89
17009175--17009212	20	2.0	20	89	5	60	42	7	15	34	1.76
17016881--17017045	46	3.5	44	74	17	129	27	20	29	22	1.99
17017063--17017232	49	3.5	47	73	8	128	31	19	25	23	1.98
17017354--17018488	569	2.0	560	86	4	1562	37	10	18	33	1.85
17022902--17023029	28	4.5	28	88	2	175	28	12	25	32	1.92
17022902--17023029	57	2.2	57	88	2	186	28	12	25	32	1.92
17027165--17027305	72	2.0	72	88	2	212	36	12	22	29	1.90
17031344--17031458	43	2.8	42	78	12	130	23	15	28	32	1.95
17038870--17038960	43	2.1	42	94	4	164	31	2	23	42	1.66
17039514--17039677	43	3.7	42	72	18	152	22	20	28	29	1.98
17039514--17039632	41	2.9	41	81	10	136	23	20	26	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17044327--17044367	19	2.2	19	86	4	57	63	4	2	29	1.28
17046776--17046809	17	1.9	17	88	5	50	50	5	5	38	1.51
17049063--17049170	26	4.2	25	87	7	153	32	6	23	37	1.80
17049063--17049170	52	2.1	52	91	0	171	32	6	23	37	1.80
17056124--17056231	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
17062235--17062267	15	2.2	15	89	10	50	18	6	0	75	1.00
17068190--17068230	21	1.9	21	85	5	55	17	9	12	60	1.57
17069872--17069910	20	2.0	20	89	0	60	46	20	0	33	1.51
17072639--17072725	42	2.1	42	91	0	138	41	16	17	25	1.89
17074003--17074114	27	4.1	27	82	10	131	37	22	24	16	1.93
17074003--17074114	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
17077057--17077196	29	4.9	28	76	10	117	25	34	13	26	1.93
17077415--17077453	16	2.4	16	91	0	60	7	20	25	46	1.77
17087844--17087883	14	2.9	13	88	3	53	77	2	2	17	0.99
17100369--17100483	43	2.7	43	87	2	160	26	16	23	33	1.96
17102555--17102652	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
17102583--17102665	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
17102555--17102666	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
17121319--17121365	23	2.0	23	100	0	94	36	29	12	21	1.91
17126763--17126841	33	2.4	33	76	6	79	30	22	20	26	1.98
17126869--17126951	31	2.7	30	92	7	141	27	27	15	28	1.96
17127158--17127241	25	3.4	24	80	9	89	28	22	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17127171--17127240	25	2.8	25	86	4	97	28	22	22	25	1.99
17128168--17128253	27	3.1	27	82	14	86	36	9	12	41	1.75
17128255--17128387	27	4.9	27	78	5	144	28	10	21	39	1.86
17128386--17128477	27	3.4	27	90	0	130	39	8	26	26	1.85
17130523--17130605	31	2.7	31	96	3	152	27	26	16	28	1.97
17130825--17130894	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
17131822--17131907	27	3.1	27	76	17	95	34	9	16	39	1.80
17131886--17132008	27	4.6	27	81	6	133	30	6	19	43	1.76
17131826--17131988	54	3.0	55	82	7	156	33	7	17	41	1.78
17131913--17132035	27	4.6	27	81	8	108	29	8	19	42	1.82
17132047--17132185	27	5.1	27	87	0	188	41	9	23	26	1.84
17132056--17132212	81	1.9	81	84	0	206	38	11	22	27	1.88
17135152--17135299	40	3.7	40	85	5	181	35	27	13	23	1.93
17135477--17135531	28	2.0	28	92	3	94	41	12	3	41	1.60
17161831--17161881	25	2.0	25	100	0	102	62	11	0	25	1.29
17169778--17169860	34	2.5	34	86	2	105	28	24	24	22	1.99
17178193--17178298	52	2.0	53	94	3	187	33	24	1	39	1.66
17186149--17186722	44	13.0	44	77	4	492	31	15	22	30	1.95
17185924--17186722	133	6.0	132	78	4	566	31	16	21	30	1.95
17185923--17186722	177	4.5	177	81	5	722	31	16	21	30	1.95
17186921--17187084	44	3.7	44	82	1	177	34	18	18	27	1.95
17187118--17187203	44	2.0	44	81	4	102	38	17	16	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17191291--17191347	29	1.9	30	82	10	73	22	17	3	56	1.56
17191402--17191459	30	2.0	30	86	6	84	31	6	0	62	1.22
17191421--17191526	33	3.1	34	78	14	96	31	6	1	60	1.33
17191663--17191716	18	3.5	15	79	16	56	37	9	0	53	1.33
17194303--17194344	22	1.9	22	90	0	66	16	33	16	33	1.92
17194403--17194462	29	2.1	29	100	0	120	26	25	6	41	1.80
17200592--17200801	102	2.0	103	87	0	305	23	28	20	28	1.99
17203638--17203676	20	2.0	20	89	0	60	46	20	0	33	1.51
17212437--17212666	72	3.2	72	78	3	223	32	26	16	24	1.96
17222366--17222417	26	2.0	26	96	0	95	17	7	17	57	1.62
17227974--17228020	23	2.0	23	100	0	94	34	4	38	23	1.74
17232239--17232331	47	2.0	47	95	0	168	47	18	19	15	1.83
17239030--17239074	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
17244544--17244721	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
17244545--17244700	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
17244541--17244721	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
17276008--17276129	47	2.6	47	92	0	208	36	14	22	25	1.93
17275874--17276143	95	2.9	92	75	10	233	34	18	24	22	1.96
17276108--17276304	55	3.6	54	85	4	263	35	18	24	21	1.95
17279760--17279826	35	1.9	35	84	0	89	43	17	10	28	1.82
17279759--17279835	35	2.2	36	79	6	86	46	16	11	24	1.81
17283099--17283202	17	6.1	17	97	1	190	11	45	30	12	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17290915--17291005	43	2.1	42	81	2	101	32	24	15	27	1.95
17293498--17293557	11	5.6	10	84	5	66	33	20	13	33	1.91
17293496--17293564	22	3.2	21	85	6	86	36	20	13	30	1.90
17300666--17300742	33	2.3	33	91	4	129	22	25	28	23	1.99
17305590--17305777	40	4.7	40	96	0	331	29	20	28	21	1.98
17310897--17310930	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
17314272--17314319	23	2.1	23	96	0	87	45	4	16	33	1.67
17322275--17322311	18	2.1	18	100	0	74	24	16	37	21	1.93
17330162--17330198	18	2.1	18	94	0	65	24	13	37	24	1.91
17336306--17336538	28	8.3	28	75	2	200	40	10	21	27	1.86
17336318--17336534	84	2.6	85	86	5	273	42	10	21	25	1.84
17353534--17353637	54	1.9	54	100	0	208	46	13	5	34	1.67
17353659--17353686	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
17366927--17366979	9	5.6	9	84	8	52	64	0	3	32	1.12
17366938--17366995	9	6.3	9	78	11	55	60	0	1	37	1.07
17366997--17367056	20	3.0	20	71	11	61	58	5	6	30	1.45
17367182--17367250	30	2.3	31	85	10	97	33	2	2	60	1.26
17377842--17377990	25	6.0	25	78	3	138	34	21	22	22	1.97
17377830--17378021	50	3.8	50	78	0	168	33	21	21	23	1.97
17377873--17378015	75	1.9	75	81	2	171	30	21	22	25	1.99
17401391--17401418	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
17403236--17403350	37	3.1	37	94	1	194	20	20	6	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17410080--17410107	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
17410665--17410710	13	3.6	13	77	16	60	76	4	8	10	1.15
17410661--17410719	25	2.4	25	97	0	109	74	3	8	13	1.17
17416484--17416538	25	2.2	24	78	9	56	52	14	9	23	1.70
17417962--17418042	39	2.1	39	100	0	162	50	20	9	18	1.75
17420726--17420777	25	2.1	25	85	0	68	38	15	9	36	1.80
17422030--17422054	11	2.3	11	100	0	50	64	0	28	8	1.22
17426881--17426973	40	2.4	39	80	10	109	29	16	26	27	1.97
17428644--17428677	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
17429771--17429796	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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