genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.282.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92765242--92765307	6	11.0	6	70	0	51	22	4	15	57	1.56
92770067--92770617	85	6.6	84	73	12	383	43	9	13	32	1.77
92772631--92772788	43	3.7	43	83	4	185	25	17	25	31	1.97
92782253--92782292	20	2.0	20	95	0	71	37	15	22	25	1.93
92787016--92787081	23	2.8	22	77	11	69	54	0	24	21	1.45
92790411--92790459	24	2.1	23	85	11	64	44	24	0	30	1.54
92793239--92793382	41	3.6	41	86	2	204	27	14	25	32	1.95
92793410--92793509	28	3.6	28	80	0	128	27	12	31	30	1.92
92795312--92795393	39	2.1	39	93	0	137	20	25	31	21	1.98
92804862--92805010	44	3.5	42	78	9	142	30	26	18	24	1.98
92807724--92808028	152	2.0	152	89	2	470	36	22	8	32	1.84
92808476--92808512	17	2.2	18	85	9	51	27	16	8	48	1.74
92818265--92818311	22	2.1	22	100	0	94	51	17	4	27	1.64
92820107--92820179	36	2.0	36	86	0	101	35	27	8	28	1.86
92824428--92824497	27	2.5	28	93	2	115	30	30	14	25	1.95
92827541--92827863	48	6.8	48	77	2	254	23	30	19	26	1.98
92827541--92827863	96	3.4	96	80	3	321	23	30	19	26	1.98
92827541--92827863	143	2.2	144	81	1	362	23	30	19	26	1.98
92828303--92828360	26	2.2	26	96	0	107	36	34	5	24	1.78
92834659--92834779	43	2.9	42	84	7	172	28	23	16	31	1.96
92838128--92838157	12	2.5	12	94	0	51	16	30	30	23	1.96
92838441--92838499	30	2.0	30	89	0	91	33	11	22	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92838839--92839096	47	5.5	46	77	11	222	28	19	29	22	1.98
92838833--92839096	140	1.9	140	83	4	345	28	19	28	23	1.98
92838880--92839105	47	4.8	48	79	10	227	27	19	30	22	1.98
92840048--92840112	28	2.3	28	100	0	130	23	21	40	15	1.91
92840048--92840132	28	3.0	28	89	3	89	22	21	40	16	1.91
92847514--92847545	17	1.9	16	93	6	55	71	9	0	18	1.12
92854024--92854709	342	2.0	342	88	1	1025	38	15	20	24	1.92
92859884--92859943	28	2.1	28	87	6	86	66	3	5	25	1.27
92863265--92863297	15	2.2	16	89	10	52	48	0	9	42	1.35
92864061--92864247	69	2.7	68	80	5	187	26	22	13	37	1.91
92872385--92872655	69	3.9	69	99	0	524	42	23	11	22	1.87
92880137--92880321	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
92880118--92880321	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
92892468--92892532	34	1.9	34	87	9	98	24	20	23	32	1.98
92893475--92893659	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
92893476--92893659	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
92893528--92893692	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
92898617--92898857	49	4.9	49	83	3	302	29	26	18	25	1.98
92898617--92898857	100	2.4	99	85	2	322	29	26	18	25	1.98
92908011--92908155	53	2.7	53	82	2	155	20	24	18	36	1.95
92910475--92910625	29	5.2	29	82	6	180	38	15	25	21	1.92
92917377--92917547	93	1.8	93	91	0	279	22	22	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92917381--92917554	46	3.8	45	76	13	183	22	22	28	27	1.99
92924052--92924094	16	2.7	16	81	0	50	55	13	16	13	1.69
92924299--92924387	28	3.1	28	84	7	117	26	13	28	31	1.94
92926234--92926545	40	7.8	40	94	1	516	23	28	21	26	1.99
92926234--92926553	122	2.6	121	93	1	534	23	28	21	26	1.99
92932443--92932521	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
92932639--92933172	47	11.2	47	90	4	829	29	30	8	31	1.87
92932639--92933172	96	5.6	94	90	4	829	29	30	8	31	1.87
92932789--92932861	23	3.2	23	63	18	62	31	31	5	31	1.80
92932810--92932883	22	3.3	22	65	10	60	29	31	9	29	1.89
92936004--92936273	27	10.0	27	87	0	353	34	20	21	24	1.97
92936676--92936763	12	7.2	12	69	16	56	19	18	14	47	1.82
92936676--92936754	31	2.5	31	83	0	104	18	18	13	48	1.81
92936729--92936763	18	1.9	18	94	0	61	20	17	14	48	1.81
92938641--92938730	29	3.1	28	85	7	128	28	13	27	30	1.94
92940286--92940458	46	3.7	46	79	10	208	22	20	27	30	1.98
92940283--92940453	93	1.8	93	93	0	297	22	20	28	29	1.98
92944133--92944161	15	1.9	15	100	0	58	31	0	13	55	1.39
92944475--92944629	43	3.7	42	73	11	147	27	18	27	26	1.98
92959921--92960005	42	2.0	42	88	0	125	18	29	29	22	1.98
92970724--92970773	22	2.2	23	85	3	66	40	20	20	20	1.92
92971527--92971799	137	2.0	137	95	0	492	38	15	10	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92973205--92974113	46	19.7	46	97	1	1671	23	19	26	30	1.98
92974338--92974375	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
92981051--92981104	16	3.5	16	70	10	58	42	7	24	25	1.80
92981067--92981118	14	3.6	14	70	10	50	40	7	28	23	1.82
92981046--92981124	30	2.6	30	100	0	158	39	6	27	26	1.80
92981387--92981455	21	3.2	21	66	18	61	37	5	14	42	1.70
92981390--92981477	43	2.0	44	97	2	169	38	6	12	42	1.69
92981403--92981470	21	3.2	21	65	19	59	39	7	10	42	1.67
92981601--92982509	46	19.7	46	96	1	1671	23	19	26	30	1.98
92982734--92982771	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
92986124--92986170	12	4.2	11	79	12	51	72	2	0	25	0.96
92986405--92986493	44	2.0	44	97	0	169	46	3	4	46	1.40
92987827--92987948	57	2.1	57	83	3	147	32	15	18	33	1.92
92987844--92987974	57	2.3	57	82	0	154	30	16	20	32	1.94
92989448--92989504	22	2.6	22	85	0	78	19	29	31	19	1.96
92990654--92990757	52	2.0	52	96	0	190	30	19	11	38	1.87
92992543--92993375	40	20.9	40	92	0	1355	26	29	23	21	1.99
92992570--92993375	80	10.1	80	98	0	1513	26	29	22	20	1.99
92993633--92993730	50	2.0	50	100	0	196	32	20	14	32	1.92
93001543--93001939	80	5.0	80	98	0	740	26	28	23	21	1.99
93001516--93001939	40	10.6	40	90	0	663	25	28	23	22	1.99
93006702--93006744	21	2.1	20	86	4	59	37	0	16	46	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93007217--93007414	57	3.5	57	81	10	181	28	18	20	31	1.97
93010355--93010435	26	3.0	26	69	13	65	41	1	19	37	1.60
93012178--93012232	26	2.1	26	96	0	101	27	23	16	32	1.96
93012302--93012385	20	4.2	20	80	11	91	36	15	34	13	1.86
93012302--93012407	40	2.6	39	80	7	97	35	16	33	15	1.89
93019750--93019790	20	2.0	20	100	0	82	19	9	19	51	1.74
93029617--93029662	19	2.4	20	78	10	60	63	0	17	19	1.32
93029625--93029660	18	1.9	19	88	5	56	66	0	16	16	1.25
93035788--93035812	8	3.1	8	100	0	50	16	0	0	84	0.63
93037550--93037575	8	3.2	8	100	0	52	50	0	11	38	1.39
93040537--93040706	92	1.8	93	86	3	245	28	30	20	21	1.98
93066325--93066408	43	2.0	43	87	0	123	21	17	32	28	1.96
93070316--93070385	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
93070316--93070413	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
93077105--93077149	22	2.0	22	100	0	90	24	22	8	44	1.81
93084503--93084583	27	3.0	27	83	0	108	32	16	22	29	1.95
93084593--93084745	27	5.7	26	80	7	146	40	21	9	28	1.85
93084566--93084722	54	2.9	53	78	11	165	39	20	10	29	1.86
93084593--93084745	54	2.8	52	80	6	171	40	21	9	28	1.85
93084764--93084879	27	4.3	27	79	7	110	45	17	6	30	1.74
93084745--93084864	54	2.2	53	79	8	127	45	18	6	30	1.75
93084670--93084835	90	1.8	90	82	5	210	42	18	9	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93084774--93084916	55	2.6	54	79	9	139	44	16	7	32	1.76
93084868--93084924	27	2.1	28	90	3	89	40	12	7	40	1.70
93085186--93085309	41	3.0	41	81	0	167	18	20	32	28	1.97
93085449--93085513	22	3.0	22	75	8	60	21	24	23	30	1.99
93085716--93085763	22	2.2	22	88	0	69	10	20	27	41	1.85
93116167--93116196	13	2.3	13	100	0	60	46	0	6	46	1.29
93119089--93119119	15	2.1	15	93	0	53	12	83	3	0	0.75
93119131--93119187	30	1.9	30	92	0	96	21	59	7	12	1.56
93119212--93119388	60	3.0	60	88	0	237	18	56	10	14	1.66
93119293--93119388	30	3.2	29	67	26	74	19	59	8	12	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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