genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.105.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33513945--33513974	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
33513941--33514003	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
33514490--33514741	127	2.0	127	97	0	477	25	19	25	30	1.98
33514869--33514911	18	2.3	19	84	15	54	32	11	4	51	1.59
33519045--33519093	19	2.5	19	81	12	55	8	8	6	77	1.12
33522584--33522614	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
33523263--33523297	17	2.0	18	88	5	54	31	8	0	60	1.27
33527803--33527855	18	2.8	19	74	8	63	62	0	3	33	1.13
33527802--33527880	28	2.8	29	75	14	76	63	0	2	34	1.08
33527803--33527857	19	2.9	19	75	20	62	61	0	3	34	1.13
33527847--33527876	13	2.4	12	94	5	51	63	0	0	36	0.95
33527847--33527876	6	4.8	6	92	8	51	63	0	0	36	0.95
33528244--33528290	23	2.0	23	95	0	85	44	2	4	48	1.34
33533399--33533428	15	2.0	15	93	0	51	46	43	3	6	1.46
33535520--33535569	10	5.0	10	79	13	50	66	2	2	30	1.14
33535679--33535736	19	3.0	18	76	16	53	27	3	1	67	1.17
33535686--33535735	20	2.6	19	81	6	55	28	4	2	66	1.21
33535924--33535997	26	2.6	28	78	21	82	37	1	0	60	1.05
33538344--33538382	20	2.0	20	94	0	69	53	7	0	38	1.30
33538383--33538438	25	2.2	26	83	6	69	51	3	1	42	1.29
33544358--33544411	25	2.0	28	82	10	69	33	1	20	44	1.62
33544498--33544675	48	3.7	48	80	2	196	29	20	28	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33544638--33544770	71	1.9	71	80	3	160	31	17	29	21	1.96
33544709--33544841	48	2.8	47	82	3	158	28	17	30	23	1.97
33544580--33544818	119	2.0	119	100	0	478	30	18	28	22	1.97
33547716--33547941	48	4.7	47	75	14	176	29	19	27	22	1.98
33547713--33547941	96	2.4	94	81	5	244	29	20	27	22	1.98
33558987--33559210	40	5.6	40	89	3	301	29	25	20	23	1.99
33558989--33559210	80	2.8	80	91	2	340	29	26	20	23	1.99
33568518--33568817	150	2.0	150	99	0	591	35	21	13	29	1.92
33569867--33570048	45	4.1	45	76	3	170	20	20	14	43	1.87
33576929--33577134	114	1.8	114	85	0	295	43	21	14	20	1.87
33580533--33581378	47	18.0	47	98	0	1604	27	14	14	42	1.85
33582197--33582352	45	3.5	44	88	5	208	24	21	27	26	1.99
33583409--33583445	19	1.9	19	88	0	56	43	2	16	37	1.62
33583597--33583656	3	18.7	3	74	19	50	33	0	6	60	1.23
33583773--33583836	31	2.0	32	85	8	87	45	0	7	46	1.32
33584670--33584719	15	3.4	14	86	8	73	34	0	14	52	1.42
33586165--33586340	46	3.8	45	78	15	189	21	21	28	28	1.98
33586162--33586332	93	1.8	93	93	0	297	21	21	29	28	1.98
33593758--33593930	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
33593755--33593925	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
33594155--33594192	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
33598953--33599015	30	2.1	30	87	0	90	34	12	23	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33599355--33599716	47	7.7	46	69	13	197	27	20	29	22	1.99
33599355--33599567	93	2.3	93	82	5	259	27	21	28	22	1.99
33601886--33601926	21	2.0	21	90	0	64	51	24	9	14	1.72
33607247--33607352	50	2.1	50	96	0	194	31	17	15	35	1.91
33610613--33610657	22	2.0	22	86	0	63	13	24	24	37	1.91
33610636--33610677	19	2.2	19	86	0	57	11	30	23	33	1.91
33618032--33618188	66	2.4	66	84	2	208	28	26	25	20	1.99
33622510--33622549	19	2.1	19	85	0	53	52	0	10	37	1.35
33622639--33622670	15	2.2	14	94	5	55	46	0	0	53	1.00
33622710--33622742	15	2.2	15	94	0	57	42	0	0	57	0.98
33622710--33622740	12	2.6	12	94	0	53	41	0	0	58	0.98
33629311--33629353	13	3.5	13	78	18	56	34	2	16	46	1.60
33629309--33629355	23	2.0	23	95	0	85	36	2	17	44	1.60
33630255--33630322	28	2.3	29	92	5	111	19	11	1	67	1.29
33636021--33636055	16	2.2	16	100	0	70	48	20	5	25	1.71
33638537--33638591	25	2.2	25	87	12	78	54	0	1	43	1.10
33639309--33639368	11	5.2	11	72	23	52	61	1	1	35	1.16
33651389--33651431	18	2.4	18	80	3	61	20	44	20	13	1.86
33659433--33659458	13	2.0	13	100	0	52	30	7	30	30	1.85
33677486--33677528	17	2.6	17	82	10	54	34	0	4	60	1.17
33677527--33677578	18	2.9	18	74	8	61	53	0	1	44	1.11
33677970--33678015	21	2.1	23	88	8	69	32	0	4	63	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33687366--33687448	42	2.0	42	97	0	157	39	18	4	37	1.72
33689840--33689865	10	2.6	10	100	0	52	19	19	0	61	1.35
33690855--33690902	22	2.2	22	92	0	78	39	18	22	18	1.92
33696527--33696591	6	11.5	6	81	4	66	83	3	0	13	0.77
33696527--33696590	33	1.9	34	87	3	94	82	3	0	14	0.78
33696538--33696588	7	7.7	7	91	4	63	86	3	0	9	0.70
33696850--33696920	35	2.0	36	94	2	126	39	11	12	36	1.79
33696842--33696932	19	4.9	19	88	8	143	38	9	14	37	1.79
33699281--33699333	18	2.8	19	85	5	81	37	7	16	37	1.78
33699620--33699653	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
33708900--33709121	111	2.0	111	93	1	383	29	14	28	27	1.95
33714409--33714605	90	2.2	88	87	3	270	29	19	22	28	1.98
33714401--33714987	220	2.7	221	86	4	824	32	19	22	25	1.97
33714850--33715378	78	6.8	78	90	2	812	32	18	23	24	1.97
33714850--33715378	234	2.3	234	97	0	1004	32	18	23	24	1.97
33715401--33715592	45	4.3	46	82	7	223	33	13	27	25	1.93
33715390--33715592	90	2.3	90	86	4	268	33	14	27	24	1.94
33715943--33716040	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
33715943--33716033	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
33715943--33716056	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
33716323--33716356	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
33729056--33729218	81	2.0	81	96	0	299	47	16	9	26	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33732008--33732181	95	1.8	94	86	1	249	26	18	30	24	1.98
33732053--33732231	47	3.8	46	74	12	150	27	18	29	24	1.98
33732057--33732229	95	1.8	96	81	10	221	27	17	30	24	1.98
33733750--33733899	42	3.5	42	82	2	176	29	24	19	26	1.98
33739204--33739251	22	2.0	25	84	11	66	37	14	25	22	1.92
33744718--33744915	101	2.0	101	88	0	297	24	19	24	31	1.98
33747880--33747940	17	3.9	17	73	20	69	42	6	0	50	1.28
33747886--33747942	29	2.0	29	100	0	114	42	7	0	50	1.29
33758595--33758626	13	2.3	15	89	10	50	37	9	34	18	1.83
33761121--33761239	26	4.5	26	73	6	114	63	5	5	25	1.37
33761315--33761365	26	2.0	26	88	7	77	54	0	9	35	1.33
33761355--33761421	26	2.7	26	84	9	86	64	5	2	26	1.31
33764246--33764333	23	3.9	23	73	16	78	23	23	17	35	1.95
33782543--33782576	14	2.4	14	90	0	50	2	23	0	73	0.97
33785001--33785140	49	2.8	51	87	2	194	28	26	19	25	1.99
33785005--33785145	51	2.8	49	86	4	192	28	26	19	24	1.99
33790713--33790841	43	3.0	43	75	4	118	39	18	15	26	1.90
33791760--33791883	62	2.0	62	91	0	203	37	20	12	29	1.90
33794179--33794204	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
33794688--33794865	27	6.6	27	82	3	196	27	15	27	29	1.96
33794689--33794844	82	1.9	81	86	3	224	27	15	27	29	1.96
33794685--33794865	82	2.2	81	82	2	220	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33806838--33806862	13	1.9	13	100	0	50	64	0	8	28	1.22
33813773--33813871	50	2.0	49	100	0	189	36	10	26	26	1.88
33826073--33826195	33	3.8	33	78	7	117	31	23	13	31	1.93
33830504--33830617	48	2.4	48	95	0	201	35	7	28	29	1.83
33830587--33830648	31	2.0	31	96	0	115	33	6	30	29	1.83
33830539--33830696	79	2.0	79	96	0	289	34	6	29	29	1.84
33830618--33830711	48	2.0	48	95	0	170	34	8	29	27	1.87
33830860--33830962	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
33833326--33833383	13	4.4	13	82	8	55	32	22	1	43	1.64
33835537--33835649	6	18.3	6	71	18	81	47	15	17	19	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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