genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28285351--28285524	41	4.3	40	92	2	267	37	23	20	18	1.94
28285351--28285545	81	2.4	83	87	5	274	38	23	20	17	1.93
28285564--28285654	37	2.4	39	87	7	141	49	30	0	19	1.49
28285785--28285828	15	3.0	15	83	3	54	20	2	29	47	1.62
28286819--28286874	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
28288884--28288945	3	21.0	3	75	18	51	29	4	3	62	1.31
28296666--28297467	68	11.8	68	91	0	1185	25	22	24	27	2.00
28297489--28297793	94	3.3	94	76	9	351	32	18	20	27	1.97
28297490--28297833	179	1.9	179	90	0	553	31	19	21	27	1.98
28297624--28297967	135	2.5	135	90	1	537	32	19	20	27	1.97
28297888--28298152	89	3.0	85	75	13	277	33	17	20	28	1.96
28297802--28298152	178	2.0	178	87	2	508	33	17	20	28	1.96
28297494--28298134	313	2.0	313	88	1	953	33	18	20	27	1.96
28299811--28299875	3	22.0	3	74	14	55	29	4	4	61	1.36
28301269--28301608	171	2.0	170	98	0	662	32	19	14	33	1.92
28317734--28317780	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
28317926--28318030	52	2.0	53	94	1	185	20	20	35	22	1.96
28318702--28318757	22	2.5	22	85	5	78	35	17	25	21	1.95
28320079--28320147	36	2.0	34	85	5	93	42	13	17	27	1.86
28320103--28320147	17	2.6	17	96	0	81	46	11	15	26	1.79
28321890--28322007	55	2.2	54	86	4	157	20	27	30	22	1.98
28321912--28322027	55	2.1	55	85	0	151	16	25	31	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28328832--28328962	38	3.2	38	70	17	118	30	22	15	32	1.94
28331008--28331037	11	2.9	10	90	9	51	70	13	6	10	1.34
28333918--28333957	19	2.0	20	85	4	55	27	27	0	45	1.54
28335065--28335131	28	2.3	29	77	10	75	19	11	23	44	1.84
28337924--28337953	12	2.5	12	94	0	51	53	0	10	36	1.35
28342852--28343018	35	4.6	35	83	7	183	33	23	11	31	1.90
28342847--28343018	75	2.4	73	81	8	208	33	22	11	31	1.90
28350343--28350509	35	4.6	35	83	7	183	33	23	11	31	1.90
28350338--28350509	75	2.4	73	81	8	208	33	22	11	31	1.90
28353372--28353527	43	3.6	43	84	1	170	32	24	12	30	1.93
28355723--28355756	17	2.0	17	88	0	50	23	8	2	64	1.36
28357008--28357050	22	2.0	22	81	9	52	46	30	9	13	1.75
28370750--28370783	5	6.8	5	96	0	50	32	0	5	61	1.20
28370953--28371013	18	3.3	18	74	17	54	49	6	3	40	1.45
28372557--28372659	53	1.9	53	92	3	172	33	15	24	26	1.95
28372790--28373289	57	8.8	58	81	3	525	35	16	22	26	1.94
28372779--28373289	171	3.0	171	82	2	616	35	16	22	26	1.95
28372791--28373362	114	5.0	114	80	6	331	35	16	21	26	1.94
28375970--28376059	45	2.0	45	89	4	137	36	10	25	27	1.88
28378499--28378539	18	2.3	18	100	0	82	39	17	17	26	1.91
28380681--28380855	46	3.8	45	80	10	210	20	21	30	28	1.98
28380677--28380849	93	1.9	93	96	0	319	20	21	31	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28385246--28385407	81	2.0	80	87	5	238	43	9	17	29	1.80
28386092--28386309	108	2.0	108	99	0	427	26	8	15	49	1.73
28387739--28387839	39	2.6	39	90	0	148	13	23	22	39	1.90
28389092--28389220	50	2.5	51	86	2	179	37	17	20	24	1.94
28389196--28389313	31	3.8	31	87	0	173	25	17	28	27	1.98
28389196--28389313	62	1.9	62	91	0	191	25	17	28	27	1.98
28392629--28392729	39	2.6	39	93	0	166	12	22	23	40	1.89
28392647--28392711	21	3.2	21	72	12	73	12	24	21	41	1.87
28396296--28396448	79	1.9	79	100	0	306	24	30	15	30	1.96
28400469--28400544	27	2.8	27	85	2	89	36	21	17	25	1.94
28400669--28400727	27	2.2	26	82	5	73	13	20	22	44	1.86
28406394--28406428	14	2.5	14	95	0	61	34	14	20	31	1.92
28408421--28408486	28	2.4	27	89	2	96	36	18	19	25	1.94
28417084--28417346	40	6.6	40	88	3	343	26	27	20	25	1.99
28421621--28421704	42	2.0	42	97	0	159	34	29	19	16	1.94
28440836--28440998	43	3.9	42	75	10	154	30	26	17	25	1.98
28442514--28442590	33	2.3	34	80	10	88	32	22	0	45	1.53
28443744--28443773	3	10.0	3	92	0	51	33	63	0	3	1.11
28443745--28443775	15	2.1	15	100	0	62	35	58	0	6	1.24
28447951--28447975	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
28448325--28448359	17	2.0	18	88	5	54	22	5	14	57	1.59
28449089--28449247	43	3.7	44	70	10	121	25	16	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28451180--28451210	16	2.0	16	93	6	55	19	0	0	80	0.71
28451180--28451210	5	6.0	5	92	7	53	19	0	0	80	0.71
28451750--28451777	12	2.3	12	100	0	56	14	28	28	28	1.95
28470150--28470249	29	3.5	29	79	5	107	26	34	14	26	1.94
28470179--28470300	28	4.3	29	72	13	85	27	28	13	30	1.94
28472276--28472315	18	2.2	18	86	4	53	22	12	10	55	1.67
28487592--28487696	39	2.6	39	86	5	122	24	22	27	24	2.00
28487552--28487715	40	4.1	40	80	12	169	25	23	27	24	2.00
28487552--28487702	79	1.9	80	82	6	191	25	23	27	23	2.00
28494851--28495034	79	2.3	81	82	7	225	24	22	27	25	2.00
28494850--28495034	40	4.7	40	83	6	225	24	22	27	25	2.00
28494903--28495067	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	26	1.99
28497925--28497958	16	2.2	15	89	5	50	85	0	8	5	0.75
28507548--28507765	39	5.5	39	89	3	321	20	22	27	28	1.98
28519752--28519810	29	2.0	29	100	0	118	27	20	13	38	1.90
28520333--28520405	35	2.1	35	97	0	137	26	28	5	39	1.78
28522070--28522115	23	2.0	23	100	0	92	21	17	34	26	1.95
28522445--28523303	108	8.0	108	93	1	1149	27	20	9	42	1.83
28522442--28523303	27	31.9	27	82	5	911	27	20	9	41	1.84
28523315--28523511	27	7.3	27	85	0	241	37	19	17	24	1.94
28523490--28523553	27	2.4	28	78	7	69	18	18	25	37	1.94
28523710--28523792	27	3.1	26	84	5	85	20	21	19	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28523880--28523938	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
28524118--28524176	27	2.2	26	85	5	82	15	23	23	37	1.93
28524313--28524463	6	24.8	6	74	15	132	19	17	14	49	1.80
28524294--28524415	31	4.0	30	92	1	181	19	17	15	47	1.83
28524313--28524463	79	2.0	74	84	10	198	19	17	14	49	1.80
28529765--28529816	26	2.0	26	96	0	95	32	23	17	26	1.96
28533367--28533802	83	5.2	83	91	1	658	27	19	19	33	1.96
28533726--28534177	119	3.8	119	94	0	735	30	18	16	34	1.93
28538959--28539081	28	4.4	28	86	2	158	33	28	12	26	1.92
28545456--28545485	14	2.1	15	93	6	53	60	0	10	30	1.30
28551976--28552040	34	1.9	33	100	0	121	35	18	13	30	1.90
28553843--28554027	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
28553824--28554027	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
28564443--28564581	34	4.1	34	74	3	129	33	12	11	42	1.79
28572401--28572487	43	2.0	43	97	0	165	40	13	16	29	1.87
28576470--28576550	7	11.3	7	72	22	53	17	3	0	79	0.88
28576471--28576566	20	4.9	19	76	15	72	17	4	0	78	0.91
28576471--28576546	5	15.4	5	77	15	70	17	3	0	78	0.89
28576485--28576563	25	3.2	25	94	0	131	20	3	0	75	0.95
28576501--28576561	30	1.9	33	90	9	101	22	3	0	73	0.97
28576491--28576561	7	8.9	7	77	18	52	22	2	0	74	0.94
28576516--28576561	15	3.4	15	72	27	57	23	4	0	71	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28577893--28577925	17	1.9	17	100	0	66	81	6	12	0	0.85
28580391--28580530	57	2.4	58	88	3	203	33	21	17	27	1.95
28582773--28582816	23	2.0	22	90	4	70	27	13	27	31	1.94
28582880--28582928	17	2.9	17	93	0	80	38	6	12	42	1.67
28582883--28582947	17	3.9	16	88	8	69	35	9	9	46	1.68
28587566--28587637	30	2.4	31	81	6	85	30	2	1	65	1.15
28589414--28589600	33	5.6	33	73	6	137	29	16	25	29	1.96
28589421--28589650	101	2.3	101	92	0	379	30	15	25	29	1.96
28592547--28592728	59	3.1	59	85	2	233	35	5	8	50	1.57
28594767--28594858	46	2.0	46	93	0	157	29	17	27	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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