Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  11  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2765735--2765784
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26
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0
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2.6
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0
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2773233--2773391
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3.7
43
74
7
153
27
19
22
30
1.98
2782796--2782892
19
5.1
19
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2782785--2782892
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1.9
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16
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24
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25
26
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6.4
10
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27
1
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2817658--2817722
22
3.0
22
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26
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1.66
2817872--2817970
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2.0
49
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1.9
18
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28
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3.6
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5
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2.4
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2823258--2823606
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2.8
126
84
0
448
29
17
17
35
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2823258--2823650
126
3.1
124
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3
437
30
16
16
35
1.92
2823776--2823839
26
2.5
26
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0
110
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1.54
2823852--2823962
16
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15
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19
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35
0
14
1.43
2823855--2823954
22
4.4
22
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20
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48
37
0
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1.45
2824415--2824465
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17
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0
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0.90
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5.1
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207
16
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1.83
2827425--2827592
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2.5
66
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255
16
42
11
29
1.83
2827425--2827635
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3.2
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80
2
233
16
41
11
30
1.83
2828969--2829122
38
4.0
38
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1
182
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23
22
22
1.98
2828969--2829122
76
2.0
78
85
2
213
32
23
22
22
1.98
2833679--2833737
27
2.2
27
84
6
75
18
25
35
20
1.95
2834345--2834396
6
7.6
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79
18
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1
25
0
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0.94
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4.1
13
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21
63
0
22
0
78
0.76
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16
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12
56
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0.80
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4
11.0
4
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5
70
79
0
0
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2.6
16
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13
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0
0
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1.00
2840809--2840846
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0
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0
0
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19
2.3
20
92
3
76
47
15
10
26
1.78
2846026--2846071
19
2.5
19
86
10
60
32
4
2
60
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2846006--2846172
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10.3
15
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32
3
2
61
1.29
2846146--2846196
27
1.9
26
84
11
68
31
3
1
62
1.24
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18
2.2
18
88
12
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34
2
9
53
1.46
2846524--2846582
3
19.7
3
73
13
50
30
5
3
61
1.34
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27
2.7
26
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10
87
33
6
5
54
1.50
2846732--2846765
15
2.2
16
89
5
52
32
0
2
64
1.08
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53
2.1
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133
33
0
7
58
1.31
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2.2
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6
4
54
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1.9
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100
0
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2.1
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4.8
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18
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1.97
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10
247
28
15
19
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1.93
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21
2.6
21
78
0
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25
12
35
25
1.92
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22
2.5
22
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60
32
3
1
61
1.24
2861451--2861510
22
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22
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12
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31
3
3
61
1.28
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28
1.9
28
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7
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5
5
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1.50
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2.5
15
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0
0
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4
2
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1.31
2862047--2862120
27
2.7
28
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10
82
33
4
6
55
1.45
2862116--2862210
20
4.5
20
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32
1
8
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1.35
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62
2.7
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15
158
33
1
7
57
1.36
2862112--2862210
43
2.2
45
80
18
111
33
1
8
57
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2862219--2862259
11
3.9
11
78
12
50
36
2
7
53
1.42
2862230--2862273
21
2.1
21
95
4
81
34
6
4
54
1.47
2864532--2864557
13
2.0
13
100
0
52
30
7
7
53
1.57
2865504--2865625
61
2.1
57
90
6
190
13
30
6
50
1.66
2868846--2868882
17
2.2
18
90
9
60
54
5
0
40
1.24
2873339--2873395
28
2.0
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3
80
52
12
0
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1.39
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21
4.1
21
84
5
90
53
10
23
12
1.68
2879005--2879073
21
3.3
21
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2
95
55
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24
11
1.64
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2.3
30
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2
1
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1.25
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5
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0
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0
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17
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17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
2902393--2902426
17
2.0
17
94
0
59
44
50
0
5
1.26
2903773--2903869
23
4.2
24
73
12
78
57
1
0
41
1.05
2905955--2906015
29
2.1
29
93
0
104
24
14
14
45
1.83
2909800--2909832
17
1.9
17
93
0
57
51
0
9
39
1.34
2909819--2909851
4
8.0
4
93
6
57
48
0
0
51
1.00
2916247--2916330
26
3.2
26
96
0
150
33
4
25
36
1.77
2920379--2920557
3
59.7
3
70
8
98
61
4
5
28
1.38
2920604--2920661
20
2.8
20
77
12
64
55
0
12
32
1.37
2920604--2920653
23
2.2
23
85
7
66
60
0
8
32
1.26
2920844--2920941
19
5.2
19
90
7
155
36
10
17
35
1.84
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
2920844--2920941
36
2.6
37
88
9
144
36
10
17
35
1.84
2929828--2929876
13
3.5
13
81
10
53
81
0
16
2
0.78
2929836--2929876
14
2.8
15
85
7
66
80
0
17
2
0.82
2929828--2929874
21
2.2
21
88
7
69
82
0
14
2
0.75
2929826--2929874
22
2.2
21
85
7
62
83
0
14
2
0.73
2930754--2930933
44
4.1
44
74
11
179
29
16
25
28
1.96
2930925--2931399
119
4.0
119
97
0
869
32
18
19
29
1.95
2931541--2931738
18
10.9
18
96
2
353
35
11
15
37
1.83
2932224--2932280
15
3.3
18
70
25
52
31
1
0
66
1.02
2933175--2933453
3
93.7
3
69
14
168
59
3
6
30
1.41
2948157--2948256
51
2.0
51
95
0
182
35
22
12
31
1.90
2953313--2953338
3
8.7
3
100
0
52
30
0
0
69
0.89
2957117--2957157
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
2975073--2975118
23
2.0
23
83
8
58
63
4
4
28
1.33
2981777--2981841
30
2.1
31
85
2
87
47
1
6
44
1.37
2982151--2982195
21
2.2
20
84
7
56
22
0
24
53
1.46
2984361--2984471
55
2.0
55
92
0
186
30
11
13
44
1.80
2997378--2997422
20
2.2
20
84
7
56
71
2
2
24
1.09
2997377--2997449
33
2.2
34
78
14
80
67
4
4
24
1.26
2997692--2997753
22
2.8
23
75
20
60
41
3
1
53
1.27
2997693--2997753
23
2.7
23
72
18
56
42
3
1
52
1.27
3007107--3007189
29
2.9
28
70
16
71
44
6
9
39
1.62
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
3012362--3012455
39
2.4
39
80
5
102
26
29
23
20
1.99
3015557--3015616
31
1.9
31
96
0
111
33
28
16
21
1.95
3038492--3038558
26
2.6
26
83
9
84
41
23
19
14
1.89
3041198--3041227
12
2.6
12
94
5
53
6
0
10
83
0.81
3042526--3042567
22
1.9
22
85
9
59
19
7
7
66
1.39
3053415--3053571
54
2.9
53
83
7
183
47
17
21
14
1.83
3054503--3054628
64
2.0
64
88
3
191
30
14
15
38
1.88
3054693--3055458
180
4.3
180
85
2
952
31
16
22
29
1.96
3061924--3061986
30
2.1
30
90
0
99
31
17
6
44
1.74
3061928--3061997
30
2.3
30
87
0
95
32
14
8
44
1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310