Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  202  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66052361--66052447
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2.5
36
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3
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17
1
34
1.55
66052157--66052411
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2.3
107
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11
332
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0
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1.50
66052344--66052464
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1.61
66057988--66058018
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2.0
16
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32
12
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1.56
66057997--66058069
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3.5
21
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47
0
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24
2.00
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50
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88
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50
50
14
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0
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1.10
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18
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26
17
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2.0
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22
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18
20
30
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2.0
88
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15
18
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1.92
66105677--66106205
278
1.9
272
84
6
697
27
17
19
35
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66105951--66106404
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2.8
161
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4
603
30
16
19
33
1.94
66106113--66106281
74
2.3
74
88
4
252
31
17
17
33
1.93
66108209--66108291
3
28.0
3
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2
1
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1.13
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24
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24
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1
3
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66108211--66108278
21
3.2
21
85
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86
29
1
1
67
1.08
66108209--66108279
12
6.1
12
82
12
85
29
1
1
67
1.07
66116107--66116157
14
3.8
14
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10
52
35
5
21
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1.78
66116115--66116166
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2.0
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0
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27
2.0
28
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85
40
10
27
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1.87
66136297--66136468
46
3.7
46
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10
206
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21
27
29
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1.8
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93
0
297
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28
1.99
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3.8
53
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210
36
17
23
22
1.94
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42
2.0
44
91
4
144
21
21
27
29
1.99
66159987--66160105
63
1.9
63
92
0
202
29
17
16
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1.92
66161606--66161643
15
2.6
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84
16
53
15
0
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11.6
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74
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51
17
0
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43
1.49
66167518--66167564
24
2.0
24
95
0
85
23
4
21
51
1.65
66167698--66167741
22
1.9
22
86
9
61
56
4
0
38
1.20
66167753--66168004
43
5.9
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219
25
15
28
30
1.96
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84
2.8
83
81
7
260
24
14
29
30
1.95
66167923--66168016
43
2.2
42
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1
116
21
19
29
29
1.97
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85
2.0
83
80
4
188
23
18
28
30
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66173821--66174028
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1.9
107
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0
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31
20
18
29
1.96
66174297--66174342
21
2.2
21
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3
85
28
4
0
67
1.10
66174567--66174618
23
2.2
25
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13
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23
1
7
67
1.27
66176167--66176349
63
2.9
62
90
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276
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17
17
34
1.93
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100
0
58
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0
0
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0.93
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2.0
18
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10
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55
5
8
30
1.52
66181252--66181301
14
3.5
14
75
5
55
14
4
14
68
1.36
66181251--66181305
15
3.7
15
87
4
85
12
5
14
67
1.40
66181519--66181618
30
3.4
29
78
12
96
41
3
22
34
1.69
66181532--66181618
30
2.9
30
81
1
104
41
3
24
31
1.71
66182080--66182115
14
2.7
13
91
8
63
47
5
13
33
1.67
66182010--66182171
88
1.8
88
86
2
236
35
19
17
27
1.94
66182135--66182331
77
2.5
79
83
5
229
33
18
16
30
1.94
66181972--66182507
246
2.2
241
83
5
630
34
19
17
29
1.94
66182356--66182860
72
7.0
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84
8
464
31
18
16
32
1.94
66182508--66182861
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2
537
33
17
15
33
1.91
66182350--66182860
144
3.5
145
83
6
599
32
18
16
32
1.94
66194745--66194790
22
2.2
22
84
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60
56
8
4
30
1.49
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18
2.0
18
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55
5
8
30
1.52
66195709--66195765
26
2.2
26
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9
80
5
5
12
77
1.11
66195967--66196066
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3.4
30
83
1
121
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3
22
32
1.68
66198058--66198085
5
5.6
5
100
0
56
78
0
0
21
0.75
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66200861--66200914
26
2.1
26
89
0
81
29
3
5
61
1.36
66200861--66200945
24
3.5
26
75
13
74
25
5
5
62
1.41
66202149--66202210
26
2.4
26
97
0
115
56
9
11
22
1.63
66213350--66213394
13
3.3
13
79
11
54
51
28
2
17
1.58
66213353--66213400
15
3.3
15
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55
47
29
2
20
1.61
66213940--66213992
24
2.2
24
80
6
63
71
3
7
16
1.24
66214154--66214197
21
2.1
20
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8
61
52
2
0
45
1.13
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2.0
51
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118
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2
0
45
1.23
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7
100
0
50
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0
0
52
1.00
66214436--66214488
21
2.6
20
83
16
65
56
1
0
41
1.10
66214438--66214490
22
2.4
21
81
12
63
58
1
0
39
1.09
66214502--66214660
65
2.4
65
86
8
225
63
2
4
29
1.27
66214085--66214656
282
2.0
279
78
11
587
54
3
3
38
1.35
66216106--66216145
20
2.0
20
95
0
71
40
2
5
52
1.37
66222671--66222727
28
2.0
28
96
0
105
29
36
22
10
1.88
66234520--66234598
34
2.4
33
79
10
88
24
11
3
60
1.47
66236802--66236863
30
2.1
29
93
3
106
59
12
3
24
1.48
66246753--66246821
24
3.0
24
71
12
63
47
1
0
50
1.09
66253846--66253891
23
2.0
23
91
0
74
39
19
2
39
1.64
66261765--66262074
157
2.0
157
94
0
539
47
4
3
44
1.41
66262204--66262271
16
4.2
16
94
0
118
38
33
0
27
1.57
66273270--66273359
25
3.6
24
75
11
65
31
20
26
22
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66284896--66284956
30
2.0
30
83
0
77
31
22
8
37
1.84
66286572--66286596
13
1.9
13
100
0
50
40
48
0
12
1.40
66286558--66286595
18
2.1
18
100
0
76
42
47
0
10
1.38
66286616--66286655
20
2.0
20
90
5
62
70
5
0
25
1.08
66286681--66286739
9
6.6
9
84
7
75
25
6
22
45
1.76
66286681--66286740
27
2.2
27
91
5
95
25
6
21
46
1.75
66287956--66288005
21
2.4
21
93
0
91
54
4
8
34
1.49
66295273--66295440
41
4.1
40
88
7
198
38
24
21
16
1.93
66295432--66295469
18
2.1
18
100
0
76
42
26
10
21
1.85
66295437--66295476
18
2.2
18
90
0
62
52
22
7
17
1.69
66295704--66295740
15
2.5
15
86
4
58
18
5
32
43
1.73
66300546--66300592
19
2.5
19
76
10
51
21
2
4
72
1.12
66300860--66301043
85
2.2
86
86
1
253
25
17
29
27
1.98
66300860--66301043
43
4.3
43
88
1
253
25
17
29
27
1.98
66303830--66303985
27
5.8
27
77
11
142
35
19
23
21
1.96
66303848--66303985
54
2.6
54
88
2
188
35
21
23
20
1.96
66308880--66308937
30
1.9
30
89
0
89
41
3
24
31
1.71
66309149--66309180
13
2.5
13
94
0
55
31
0
12
56
1.37
66309275--66309516
50
4.7
50
85
4
288
26
23
29
20
1.99
66309275--66309524
100
2.4
103
87
6
355
26
23
29
21
1.99
66315178--66315504
48
6.8
48
83
3
320
29
15
28
25
1.96
66323744--66323783
21
1.9
21
94
0
71
55
10
12
22
1.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
66328053--66328090
18
2.1
19
85
14
53
52
0
2
44
1.14
66332621--66332660
19
2.1
19
90
0
62
12
12
7
67
1.41
66334889--66335780
132
6.8
132
87
3
1147
29
18
24
28
1.98
66334889--66335787
265
3.4
263
85
3
1180
29
18
24
27
1.98
66334865--66335755
397
2.2
398
86
3
1271
28
18
23
28
1.98
66337395--66337456
3
20.3
3
75
15
56
32
1
4
61
1.27
66337390--66337456
14
4.9
14
71
22
52
31
2
5
59
1.36
66337397--66337456
22
3.0
19
77
22
61
31
1
5
61
1.27
66338475--66338509
18
2.0
17
88
5
52
60
5
0
34
1.21
66346431--66346521
47
1.9
47
95
0
164
31
24
14
29
1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
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          305   306   307   308   309   310