genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77563152--77563358	55	3.8	53	79	6	193	21	24	16	37	1.94
77565645--77565773	47	2.7	47	80	13	129	29	17	28	24	1.97
77565501--77565773	46	5.8	49	74	13	143	30	17	29	22	1.97
77570069--77572262	492	4.5	491	83	4	2726	28	19	16	35	1.93
77589891--77590007	56	2.1	56	91	0	189	41	7	24	25	1.81
77590760--77590984	40	5.6	41	81	6	232	25	21	26	26	1.99
77597555--77597587	17	1.9	18	88	11	52	30	9	21	39	1.84
77598173--77598231	30	2.0	30	86	0	82	44	6	22	27	1.78
77598861--77599248	50	7.7	50	76	2	355	26	18	25	29	1.98
77598866--77599047	101	1.8	101	88	0	283	24	19	26	29	1.99
77598861--77599253	151	2.6	151	88	0	570	25	18	25	30	1.98
77601772--77602177	47	8.6	47	91	1	614	32	8	29	29	1.88
77603944--77603975	16	2.0	16	93	0	55	46	3	18	31	1.65
77606953--77606996	20	2.2	20	100	0	88	47	9	29	13	1.74
77607920--77607991	36	2.0	36	91	0	117	33	6	20	38	1.80
77618066--77618140	37	2.0	37	81	0	87	36	20	18	25	1.95
77621911--77621974	34	1.9	33	84	9	85	26	18	26	28	1.98
77624644--77624751	27	4.0	26	83	8	126	37	21	23	18	1.95
77624644--77624751	54	2.0	54	85	3	146	37	21	23	18	1.95
77631813--77631864	27	2.0	26	84	3	68	17	26	19	36	1.94
77634266--77634317	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
77637058--77637129	24	3.0	24	87	0	117	36	6	6	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77644424--77644584	87	1.9	87	88	2	243	32	9	14	42	1.79
77645727--77645772	20	2.3	20	85	7	58	78	4	8	8	1.09
77648788--77648874	43	2.0	43	95	0	156	25	28	11	34	1.91
77649946--77650123	27	6.6	27	81	10	175	28	29	15	26	1.96
77667343--77667385	22	2.0	22	85	0	59	6	23	2	67	1.27
77668622--77668733	27	4.1	27	84	7	138	15	24	23	37	1.93
77668622--77668733	54	2.1	54	88	3	163	15	24	23	37	1.93
77677578--77677637	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
77678023--77678136	27	4.2	27	86	0	165	23	20	18	37	1.94
77687281--77687460	45	4.0	45	91	0	288	22	22	28	26	1.99
77694404--77694595	49	3.9	49	83	2	242	27	17	25	29	1.98
77694404--77694582	98	1.8	99	90	1	288	27	17	25	29	1.97
77696295--77696347	14	3.8	14	84	0	70	39	3	32	24	1.73
77696295--77696356	28	2.2	28	88	0	88	37	3	32	27	1.73
77701360--77701442	6	13.5	6	75	14	80	49	15	16	18	1.80
77701363--77701442	31	2.6	31	91	0	124	48	16	17	17	1.81
77701367--77701439	25	2.9	25	80	15	89	47	16	17	17	1.82
77701659--77701710	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
77701945--77702347	27	14.9	27	84	0	464	41	4	21	32	1.74
77702351--77702500	27	5.6	27	81	6	142	30	8	21	40	1.83
77702360--77702525	54	3.1	54	78	6	158	30	11	19	37	1.87
77702343--77702492	81	1.9	81	81	2	185	32	9	20	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77704373--77704454	6	13.3	6	71	19	62	48	14	17	19	1.81
77704384--77704454	31	2.3	31	92	0	115	49	14	16	19	1.80
77704956--77705527	27	21.2	26	81	6	457	40	5	21	31	1.77
77704956--77705500	54	10.1	54	86	1	626	41	5	21	31	1.76
77704956--77705500	81	6.7	81	86	2	657	41	5	21	31	1.76
77705495--77705646	27	5.6	27	82	6	164	31	8	20	39	1.83
77707731--77707902	93	1.8	93	89	0	272	27	27	21	22	1.99
77707724--77707895	46	3.7	46	77	10	179	29	28	20	22	1.98
77707775--77707918	46	3.1	45	72	18	127	29	27	20	23	1.99
77710295--77710335	15	2.7	15	78	14	57	60	9	17	12	1.57
77725308--77725484	27	6.5	27	83	3	187	25	15	29	29	1.96
77725308--77725463	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
77725300--77725484	82	2.3	81	80	2	228	25	15	28	30	1.96
77732806--77732844	15	2.4	17	87	12	55	5	17	2	74	1.12
77737093--77737143	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
77737811--77737933	46	2.6	48	85	2	160	30	19	29	21	1.97
77737954--77738083	49	2.6	49	76	7	122	29	23	26	20	1.99
77742433--77742559	46	2.8	46	85	3	175	26	19	30	22	1.98
77743608--77743666	21	2.9	20	82	5	73	22	27	16	33	1.95
77743608--77743668	10	6.0	10	75	11	52	21	26	16	36	1.94
77744502--77744662	81	2.0	81	98	0	313	27	19	21	31	1.97
77745639--77745816	27	6.6	27	84	3	196	29	27	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77745660--77745815	82	1.9	81	88	3	233	29	27	15	27	1.96
77745639--77745830	82	2.3	83	77	11	216	30	26	14	28	1.95
77749021--77749143	27	4.7	26	68	13	72	38	23	10	27	1.88
77749165--77749359	27	7.2	27	82	5	196	32	22	5	40	1.76
77749165--77749359	54	3.6	54	85	2	248	32	22	5	40	1.76
77749165--77749359	81	2.4	81	85	0	255	32	22	5	40	1.76
77749596--77749647	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
77749577--77749715	69	2.0	68	86	2	190	20	28	20	31	1.97
77749684--77749742	27	2.2	26	84	3	73	25	23	15	35	1.94
77749862--77749910	6	8.0	6	78	13	55	18	16	16	48	1.81
77749862--77749934	31	2.4	31	85	0	92	20	17	12	49	1.79
77753340--77753426	29	3.1	29	77	9	117	27	5	18	48	1.71
77753341--77753431	26	3.3	27	77	10	112	28	5	19	46	1.72
77754006--77754135	47	2.8	47	86	2	181	25	16	26	32	1.96
77771715--77771751	19	1.9	19	88	0	56	27	5	0	67	1.12
77771710--77771760	14	3.6	14	77	15	52	21	3	3	70	1.20
77772206--77772273	29	2.4	28	76	16	68	45	4	0	50	1.22
77772206--77772268	14	4.4	14	76	18	58	46	4	0	49	1.23
77784369--77784422	25	2.2	25	77	6	58	3	31	0	64	1.11
77788051--77788123	14	5.1	13	74	22	58	45	2	0	52	1.15
77788028--77788103	15	5.2	15	74	22	65	47	1	0	51	1.09
77788075--77788116	20	2.1	20	86	8	59	42	2	0	54	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77790862--77791079	40	5.5	40	88	2	298	24	24	26	24	2.00
77799118--77799335	40	5.5	40	88	2	298	23	23	27	25	2.00
77801276--77801301	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
77801781--77801958	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
77801782--77801937	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
77801778--77801958	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
77803715--77803906	105	1.9	103	85	5	271	38	5	18	38	1.73
77804731--77804852	46	2.8	42	83	10	131	22	19	26	31	1.98
77804778--77804873	42	2.3	43	87	1	140	25	17	26	31	1.97
77804740--77804896	43	3.6	42	76	10	138	22	19	25	31	1.98
77806650--77806824	49	3.5	49	80	6	235	31	26	17	24	1.97
77806644--77806829	100	1.9	100	96	0	345	31	26	17	24	1.97
77807078--77807131	27	2.0	27	88	0	81	37	14	7	40	1.74
77812175--77812286	27	4.2	26	82	7	125	39	23	22	15	1.91
77815574--77815748	46	3.8	45	79	7	199	28	30	20	21	1.98
77815582--77815753	93	1.8	93	92	0	290	27	30	20	20	1.98
77822215--77822314	34	2.9	35	77	14	100	29	23	24	24	1.99
77826242--77826336	47	2.0	47	95	0	172	40	21	8	30	1.83
77826777--77826871	49	1.9	49	97	0	181	42	17	16	23	1.89
77826885--77826995	6	17.8	6	70	17	75	48	13	18	19	1.80
77826885--77826995	31	3.5	31	91	1	159	48	13	18	19	1.80
77826928--77826984	19	3.4	19	64	31	56	47	15	17	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77827132--77827233	27	3.8	26	87	5	123	35	21	24	18	1.96
77827392--77827456	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
77827883--77827979	27	3.6	27	86	4	117	25	24	18	30	1.98
77828232--77828298	27	2.5	27	82	0	80	25	17	14	41	1.88
77828790--77828868	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
77828986--77829474	47	10.4	47	97	0	906	29	30	8	31	1.87
77833214--77833565	40	8.9	40	90	1	512	27	29	21	21	1.98
77833214--77833565	120	3.0	120	93	0	582	27	29	21	21	1.98
77834838--77834988	37	4.1	37	91	0	230	25	31	21	21	1.98
77835135--77835699	48	11.7	48	91	2	864	31	26	6	36	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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