genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10828465--10828592	66	1.9	66	98	0	247	41	17	25	15	1.89
10829037--10829214	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
10829058--10829213	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
10830837--10830889	28	1.9	27	85	11	72	20	11	5	62	1.49
10835375--10835432	30	1.9	30	96	0	107	39	20	12	27	1.88
10837873--10838048	47	3.7	47	78	11	182	28	18	28	23	1.98
10841766--10841908	60	2.3	63	75	14	138	26	25	20	27	1.99
10861105--10861192	27	3.3	27	80	4	106	29	13	17	39	1.88
10861117--10861521	54	7.5	53	77	9	345	31	9	19	39	1.83
10861117--10861522	27	15.0	27	74	10	269	31	9	19	39	1.83
10861146--10861521	81	4.6	79	80	7	355	31	9	19	39	1.83
10861118--10861521	107	3.7	106	82	6	438	31	9	19	39	1.84
10861105--10861519	134	3.1	134	81	6	437	31	10	19	39	1.84
10869109--10869189	24	3.3	26	84	10	91	29	22	24	23	1.99
10869133--10869189	24	2.3	25	90	6	98	31	19	28	21	1.97
10874436--10874465	15	2.0	15	93	0	51	46	6	10	36	1.64
10876436--10876492	27	2.1	27	87	3	80	50	5	5	38	1.47
10877916--10877962	24	2.0	24	91	8	78	51	2	2	44	1.25
10880933--10880970	16	2.4	16	95	0	67	42	15	7	34	1.76
10886354--10886538	40	4.7	40	83	3	196	27	26	23	23	2.00
10889315--10889510	40	4.9	40	86	1	241	25	21	27	25	2.00
10889314--10889530	80	2.7	80	85	3	276	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10907289--10907473	40	4.7	40	83	3	196	27	26	23	23	2.00
10910250--10910445	40	4.9	40	87	1	250	26	21	27	25	1.99
10910249--10910465	80	2.7	80	86	3	285	25	20	27	26	1.99
10918259--10918520	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
10919545--10919795	127	2.0	127	84	3	335	34	19	22	23	1.97
10925999--10926030	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
10926276--10926309	12	2.9	12	95	4	61	61	0	0	38	0.96
10927285--10927392	26	4.2	26	92	0	180	32	8	24	35	1.85
10929151--10929436	137	2.1	137	98	0	554	25	19	22	32	1.97
10930656--10930683	12	2.3	12	100	0	56	10	21	53	14	1.70
10935467--10935574	26	4.2	26	92	0	180	32	6	24	37	1.81
10937042--10937094	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
10937345--10938313	137	7.1	137	98	0	1832	25	19	23	31	1.98
10937345--10938471	274	4.0	274	94	2	1871	25	19	23	31	1.98
10937345--10938471	411	2.7	411	94	3	1871	25	19	23	31	1.98
10938171--10938485	158	2.0	158	96	1	578	23	19	26	31	1.98
10941962--10941996	18	1.9	18	88	0	52	45	2	2	48	1.32
10943219--10943257	17	2.3	16	86	8	51	20	2	0	76	0.90
10943219--10943257	18	2.2	18	86	13	55	20	2	0	76	0.90
10945124--10945350	7	31.4	7	91	4	346	45	40	0	14	1.44
10945124--10945347	72	3.1	72	94	1	387	46	39	0	14	1.44
10945715--10945851	51	2.7	51	79	0	175	40	13	6	39	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10955771--10955807	18	2.1	18	89	0	56	45	21	8	24	1.78
10957080--10957176	39	2.5	38	73	8	97	36	36	12	15	1.85
10957501--10957551	18	2.8	18	79	5	50	17	41	27	13	1.87
10959691--10959738	20	2.3	22	79	13	57	25	8	4	62	1.41
10963158--10963229	37	1.9	37	94	0	126	26	15	19	38	1.91
10964858--10964909	21	2.5	21	93	0	86	48	19	11	21	1.80
10977103--10977154	19	2.9	17	75	10	59	25	15	13	46	1.82
10977181--10977237	24	2.4	24	79	5	62	50	8	1	38	1.44
10977449--10977476	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
10977980--10978017	19	2.0	20	94	5	69	52	0	26	21	1.47
10982888--10982945	24	2.6	21	80	15	71	25	18	20	34	1.96
10982899--10982946	24	2.0	24	95	0	87	27	16	18	37	1.92
10987596--10987635	21	2.0	20	90	5	62	17	22	35	25	1.95
10992549--10992716	43	4.0	42	76	10	153	32	27	17	22	1.97
10993528--10993560	4	8.2	4	100	0	66	0	24	0	75	0.80
10994282--10994377	43	2.2	43	100	0	192	42	14	8	34	1.76
10994373--10994425	5	10.6	5	83	0	52	33	5	5	54	1.47
10994378--10994426	25	2.0	25	83	0	62	32	6	8	53	1.55
10998618--10998729	43	2.7	41	79	8	109	23	16	25	34	1.95
10998645--10998729	41	2.0	43	84	4	111	22	15	27	35	1.94
10998848--10998888	19	2.2	19	100	0	82	29	4	29	36	1.78
11001545--11001584	20	1.9	20	85	10	53	35	2	7	55	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11002342--11002412	9	7.9	9	87	0	70	66	19	1	12	1.32
11002357--11002397	3	13.7	3	89	0	64	65	29	2	2	1.18
11003415--11003455	6	7.0	6	83	5	57	78	0	4	17	0.93
11004091--11004262	44	3.9	44	83	1	193	28	20	19	31	1.97
11004469--11004587	44	2.7	45	77	12	145	31	23	15	30	1.95
11022516--11022552	16	2.2	17	90	4	58	72	0	0	27	0.84
11023424--11023461	20	2.0	20	89	5	60	50	0	7	42	1.31
11029282--11029395	41	2.8	41	90	0	165	46	7	23	22	1.76
11029282--11029412	41	3.2	41	86	2	120	48	7	22	20	1.74
11031200--11031238	19	2.1	19	85	4	53	25	15	5	53	1.62
11032515--11032562	22	2.2	22	92	0	78	56	2	0	41	1.11
11032961--11033034	16	4.6	16	78	9	71	41	4	28	25	1.73
11032965--11033043	32	2.5	32	79	8	97	39	3	29	27	1.74
11036074--11036106	15	2.2	15	100	0	66	6	27	0	66	1.15
11047262--11047287	12	2.2	12	100	0	52	50	34	0	15	1.45
11055902--11055949	25	1.9	25	86	0	69	33	20	16	29	1.95
11056081--11056216	26	5.3	26	88	5	199	28	21	23	26	1.99
11063120--11063201	43	1.9	43	92	0	137	25	12	26	35	1.91
11063122--11063288	43	3.9	43	75	8	126	30	11	22	34	1.91
11067345--11067377	17	1.9	17	93	0	57	27	3	30	39	1.72
11078228--11078272	21	2.2	21	92	4	74	37	4	17	40	1.70
11088240--11088283	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11088510--11088731	40	5.6	40	91	1	340	28	26	22	22	1.99
11091949--11092125	96	1.8	96	81	9	218	27	22	27	23	1.99
11094639--11094729	23	3.9	23	80	10	78	32	16	26	24	1.96
11094647--11094701	23	2.5	22	88	5	83	32	12	27	27	1.93
11094899--11094945	17	2.6	19	80	16	55	44	14	2	38	1.58
11098079--11098169	42	2.1	44	87	4	132	39	25	13	21	1.90
11102360--11102416	29	2.0	29	96	0	105	33	33	3	29	1.75
11110241--11110323	42	2.0	42	95	0	148	30	19	24	26	1.98
11118081--11118133	26	2.0	26	88	0	79	15	32	7	45	1.74
11120853--11120933	24	3.6	25	78	18	72	67	6	0	25	1.13
11122928--11122966	17	2.2	18	86	4	53	35	5	0	58	1.20
11124954--11125101	43	3.5	42	77	7	138	25	14	29	30	1.95
11124954--11125069	41	2.7	43	82	4	146	25	14	28	31	1.95
11126142--11126189	20	2.3	22	78	10	64	33	4	12	50	1.59
11130543--11130571	13	2.1	14	93	6	51	37	20	0	41	1.53
11144793--11144871	25	3.2	25	78	7	97	29	21	22	26	1.99
11145103--11145346	27	9.1	27	82	5	271	25	19	18	37	1.93
11145089--11145349	54	4.9	54	82	6	323	24	19	18	37	1.94
11145078--11145352	107	2.6	106	87	4	385	25	19	17	37	1.93
11145103--11145376	134	2.0	134	81	5	313	25	17	17	39	1.92
11145362--11145540	27	6.6	27	85	2	225	29	8	20	41	1.82
11145332--11145551	54	4.1	55	82	3	232	30	8	21	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11145307--11145551	81	3.0	81	82	3	262	29	9	21	39	1.85
11145532--11145848	27	11.7	27	90	0	445	39	8	22	29	1.83
11147795--11147846	15	3.5	15	78	0	59	19	11	42	26	1.85
11150910--11151087	29	6.1	29	89	0	248	21	25	14	37	1.92
11153073--11153118	24	1.9	24	86	8	67	28	21	2	47	1.62
11155696--11155990	5	59.0	5	100	0	590	20	0	20	60	1.37
11158364--11158577	72	3.0	72	98	0	410	35	12	21	31	1.90
11172927--11172972	24	1.9	24	86	8	67	69	2	2	26	1.11
11175007--11175064	1	58.0	1	80	0	62	89	1	5	3	0.63
11177040--11177093	28	1.9	28	84	0	72	50	7	16	25	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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