genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14296195--14296366	48	3.6	48	87	3	249	35	27	16	19	1.94
14300644--14300699	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
14308404--14308458	22	2.5	22	100	0	110	9	34	34	21	1.85
14319616--14319786	62	2.8	61	81	1	207	29	29	19	20	1.97
14319893--14319924	12	2.7	12	95	0	55	56	3	9	31	1.47
14320688--14320712	7	3.6	7	100	0	50	0	16	0	84	0.63
14328328--14328386	29	2.0	29	90	0	91	22	23	23	30	1.99
14332589--14332691	53	2.0	50	84	5	134	39	18	7	33	1.79
14332589--14332691	26	4.0	25	80	9	118	39	18	7	33	1.79
14336064--14336163	27	3.8	26	82	4	128	38	15	13	34	1.85
14337180--14337367	40	4.7	40	89	1	234	27	28	19	24	1.99
14337176--14337367	80	2.4	80	86	3	287	27	28	19	23	1.99
14340525--14340565	17	2.3	18	87	4	57	36	7	21	34	1.82
14341998--14342027	16	1.9	15	93	6	51	30	23	0	46	1.52
14345200--14345317	40	2.9	40	84	3	139	29	7	12	50	1.68
14347468--14347510	16	2.6	16	81	3	50	74	0	16	9	1.06
14349254--14349348	40	2.4	40	85	0	136	26	13	10	49	1.74
14351656--14351958	56	5.4	56	88	0	426	26	13	24	34	1.93
14352518--14352577	29	2.1	29	100	0	120	26	18	16	38	1.92
14353750--14353782	9	3.8	9	88	4	50	24	0	6	69	1.10
14354856--14354920	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
14356765--14356820	26	2.2	26	96	0	103	37	25	7	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14361916--14361980	34	2.0	34	81	6	80	32	26	15	26	1.95
14362245--14362298	22	2.5	22	96	0	99	50	20	14	14	1.78
14363855--14363910	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
14364560--14364585	5	5.2	5	100	0	52	76	0	23	0	0.78
14367914--14367980	33	2.0	33	97	0	125	26	17	25	29	1.98
14370376--14370490	43	2.7	43	74	5	115	32	26	14	26	1.95
14382532--14382562	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
14383174--14383221	20	2.5	20	78	18	57	29	18	25	27	1.98
14384977--14385071	42	2.3	42	94	0	172	20	43	20	16	1.88
14386014--14386329	46	6.7	46	74	13	227	25	30	17	25	1.97
14386114--14386376	94	2.8	91	78	13	266	24	30	18	26	1.98
14390968--14390994	13	2.1	13	100	0	54	55	7	14	22	1.64
14391701--14391921	35	6.2	35	80	8	239	39	16	21	22	1.92
14391701--14391921	71	3.1	71	83	5	261	39	16	21	22	1.92
14397590--14397632	20	2.2	20	83	8	52	46	2	16	34	1.60
14397691--14397728	20	1.9	20	88	0	58	55	2	10	31	1.48
14398275--14398424	57	2.6	58	78	7	162	28	19	22	29	1.98
14398410--14398493	42	2.0	42	88	0	123	26	10	30	32	1.90
14402945--14402977	5	6.6	5	96	0	57	0	36	21	42	1.53
14403677--14403702	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
14405683--14405714	12	2.4	14	85	15	50	46	9	0	43	1.35
14405698--14405756	23	2.7	21	77	20	59	40	6	3	49	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14411497--14411530	10	3.4	10	100	0	68	44	0	0	55	0.99
14411524--14411571	19	2.5	19	83	16	64	72	0	4	22	1.01
14411537--14411628	28	3.3	28	73	8	80	65	0	3	31	1.09
14411558--14411635	9	8.3	10	72	17	60	60	0	2	37	1.11
14411582--14411635	19	2.9	19	83	2	74	61	0	1	37	1.07
14411830--14411885	19	3.1	19	70	19	55	28	1	3	66	1.19
14411916--14411964	18	2.6	19	83	6	64	30	2	0	67	1.02
14411918--14411973	18	2.9	19	78	5	60	32	3	0	64	1.11
14412001--14412167	88	1.9	88	83	1	219	34	7	19	37	1.81
14414887--14414941	26	2.1	26	96	0	101	36	10	25	27	1.89
14417162--14417220	24	2.6	22	76	7	66	42	3	22	32	1.70
14418132--14418204	32	2.3	30	80	11	83	47	13	15	23	1.80
14418145--14418205	32	1.9	32	89	0	95	45	16	14	22	1.84
14418895--14418934	20	2.0	20	90	0	62	50	5	5	40	1.46
14419996--14420045	18	2.7	20	79	14	63	32	0	6	62	1.20
14420003--14420045	19	2.3	19	88	4	61	27	0	6	65	1.18
14431321--14431389	21	3.3	21	67	15	61	37	20	0	42	1.52
14431320--14431400	42	1.9	42	94	0	144	37	20	0	41	1.53
14437547--14437648	40	2.6	40	89	4	145	27	23	26	22	2.00
14443241--14443272	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
14443238--14443671	50	8.6	50	80	2	429	25	17	25	30	1.97
14443284--14443688	101	4.0	101	80	1	427	26	18	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14443242--14443690	151	3.0	151	89	0	655	25	17	26	30	1.97
14445173--14445223	25	2.0	25	100	0	102	52	0	15	31	1.43
14445492--14445525	13	2.6	13	100	0	68	8	23	38	29	1.85
14448736--14448802	27	2.4	26	88	11	98	61	34	1	2	1.20
14449034--14449058	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
14456891--14456934	21	2.0	21	83	12	54	47	4	2	45	1.35
14459697--14459850	39	3.9	39	83	2	175	31	30	20	17	1.95
14459697--14459849	78	2.0	78	85	2	209	32	30	20	17	1.96
14464362--14464445	9	9.0	9	71	21	57	61	1	4	32	1.24
14480476--14480506	15	2.1	15	100	0	62	54	0	38	6	1.26
14488428--14489199	205	3.8	203	92	2	1217	29	17	22	29	1.97
14489297--14489382	44	2.0	43	84	6	111	30	17	27	24	1.97
14492331--14492358	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
14493758--14493800	22	1.9	23	85	4	61	53	4	4	37	1.43
14494749--14494788	20	2.0	21	85	14	57	52	10	0	37	1.35
14495985--14496037	24	2.1	26	86	13	76	24	3	16	54	1.59
14497499--14497721	77	2.9	77	100	0	446	39	13	13	33	1.84
14497892--14497956	34	1.9	33	87	3	94	43	4	9	43	1.57
14498784--14498908	46	2.7	46	85	2	171	42	12	24	21	1.86
14502408--14502467	13	4.7	13	78	10	70	36	25	5	33	1.78
14506085--14506119	11	3.1	11	88	8	52	14	2	20	62	1.43
14506119--14506177	21	2.9	20	74	18	59	25	3	3	67	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14506187--14506244	19	3.1	18	87	12	73	46	0	5	48	1.24
14523653--14523709	11	5.2	11	84	0	78	42	0	36	21	1.53
14523379--14523688	164	1.9	164	91	1	514	52	5	16	26	1.65
14524046--14524080	17	2.1	17	89	5	54	54	0	0	45	0.99
14533273--14533390	25	4.8	24	75	14	89	22	27	17	31	1.97
14535048--14535099	21	2.5	20	84	6	77	38	13	17	30	1.88
14535182--14535250	31	2.2	32	84	2	86	30	5	20	43	1.75
14536977--14537037	21	3.0	21	80	4	70	44	19	22	13	1.85
14536980--14537073	41	2.3	42	81	5	111	47	19	20	12	1.81
14536977--14537036	20	3.0	20	82	2	66	43	20	23	13	1.86
14537008--14537116	42	2.6	41	84	7	123	46	16	18	18	1.84
14541791--14541826	18	2.0	18	100	0	72	27	16	22	33	1.95
14543130--14543565	221	2.0	220	98	0	836	35	20	13	30	1.92
14545163--14545222	15	4.1	14	82	8	66	53	13	20	13	1.72
14545164--14545222	30	2.0	30	83	6	75	52	13	20	13	1.74
14547166--14547205	19	2.0	20	90	4	64	27	42	22	7	1.80
14548515--14548546	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
14550828--14550867	21	1.9	21	84	0	53	50	20	12	17	1.78
14550856--14550909	21	2.7	20	71	5	54	40	16	25	16	1.89
14550856--14550957	42	2.5	42	83	4	118	42	14	22	20	1.89
14552859--14553742	250	3.6	249	87	2	1190	43	11	13	31	1.79
14560182--14560237	28	2.0	28	89	0	85	44	1	0	53	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14561448--14561491	3	14.7	3	100	0	88	34	34	0	31	1.58
14563607--14563651	21	2.1	21	84	8	56	0	57	2	40	1.11
14564209--14564239	13	2.3	14	94	5	55	41	0	6	51	1.27
14564477--14564501	13	1.9	13	100	0	50	24	8	40	28	1.83
14569455--14569494	21	2.0	21	85	5	55	60	7	0	32	1.25
14569992--14570205	9	22.7	9	68	18	73	60	5	2	30	1.34
14569983--14570206	19	11.8	19	66	19	76	61	5	2	30	1.33
14570121--14570214	21	4.8	20	76	19	65	63	5	0	30	1.16
14570047--14570206	10	16.6	10	69	17	72	62	5	1	30	1.27
14570154--14570187	15	2.1	15	89	10	50	73	2	0	23	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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