genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78479271--78479359	27	3.3	27	82	3	99	32	6	17	42	1.76
78479286--78479364	27	2.9	27	84	0	104	34	5	18	41	1.73
78479353--78479575	27	8.3	27	87	2	277	40	8	21	30	1.82
78479353--78479573	81	2.7	81	89	0	334	40	7	21	29	1.81
78479590--78479674	27	3.2	25	77	12	80	30	8	21	40	1.82
78486119--78486229	27	4.2	26	75	5	105	34	22	24	18	1.96
78486119--78486229	54	2.1	53	80	11	120	34	22	24	18	1.96
78486708--78486749	17	2.4	18	80	4	50	38	28	0	33	1.58
78487624--78487724	24	4.2	24	93	0	166	20	39	3	35	1.72
78488560--78488746	94	2.0	94	95	0	338	17	33	14	34	1.90
78488922--78489151	116	2.0	116	99	0	451	29	27	13	30	1.94
78496218--78496242	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
78500584--78500664	40	2.0	40	95	0	144	44	12	16	27	1.83
78500903--78501753	79	10.8	79	97	0	1571	23	23	25	26	2.00
78508722--78509693	40	24.4	40	98	0	1794	22	20	25	31	1.98
78517761--78517792	16	2.0	16	100	0	64	50	12	6	31	1.65
78518749--78518954	53	3.8	53	79	9	220	23	23	17	34	1.96
78522462--78522556	25	3.8	25	76	1	84	20	24	24	31	1.98
78532019--78532197	47	3.8	46	80	5	164	25	15	27	31	1.95
78532048--78532228	94	1.9	96	80	3	215	23	15	29	31	1.95
78536453--78536478	11	2.4	11	100	0	52	38	38	7	15	1.76
78546844--78546935	39	2.4	39	90	0	139	23	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78548071--78548112	22	1.9	22	90	0	66	50	11	2	35	1.52
78549705--78549796	32	2.9	32	88	3	123	30	23	9	35	1.87
78549874--78549975	28	3.6	28	73	10	82	25	27	17	29	1.98
78549863--78550000	56	2.5	56	78	4	145	23	29	18	28	1.98
78552110--78552220	27	4.2	26	82	5	123	39	20	22	17	1.92
78553628--78553728	24	4.2	24	87	2	132	23	40	2	32	1.70
78559509--78559616	27	4.0	27	85	5	139	38	22	23	15	1.92
78559509--78559616	54	2.0	53	87	1	153	38	22	23	15	1.92
78561018--78561119	24	4.2	24	86	2	89	23	39	2	34	1.70
78562182--78562239	30	1.9	30	92	0	98	32	10	25	31	1.89
78567355--78567538	67	2.8	64	75	8	176	29	16	30	23	1.96
78569943--78570347	201	2.0	201	88	1	607	34	14	22	28	1.94
78575820--78576082	40	6.6	39	86	4	278	25	27	21	25	1.99
78575820--78576082	120	2.2	119	82	4	307	25	27	21	25	1.99
78576014--78576091	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
78583766--78583909	40	3.6	40	82	10	152	27	27	20	24	1.99
78587011--78587167	46	3.4	44	78	13	140	28	19	28	24	1.99
78596978--78597003	8	3.2	8	100	0	52	26	26	0	46	1.53
78599534--78599601	34	2.0	34	85	0	91	38	27	8	25	1.85
78604621--78604675	18	3.2	17	76	19	60	3	34	0	61	1.13
78606686--78606895	27	7.8	27	89	1	323	28	23	9	39	1.85
78606686--78606895	80	2.6	81	90	0	341	28	23	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78606673--78606937	81	3.3	81	83	1	271	32	23	8	36	1.85
78606888--78607123	27	8.8	27	79	2	215	39	20	10	29	1.86
78607086--78607193	27	4.0	27	86	2	137	37	17	19	25	1.94
78607397--78607467	24	3.0	23	83	6	70	29	22	22	25	1.99
78608420--78608495	26	2.9	26	86	5	100	25	26	18	30	1.98
78608415--78608493	27	3.0	27	85	5	108	24	26	17	31	1.97
78615078--78615107	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
78617835--78617971	43	3.3	42	79	10	147	24	16	26	32	1.96
78617849--78617971	43	2.9	43	81	4	153	26	16	26	30	1.96
78619692--78619806	46	2.5	46	88	4	162	24	31	18	26	1.97
78619731--78619903	46	3.7	45	78	11	147	24	31	17	26	1.97
78621581--78621647	25	2.7	25	81	4	91	46	16	19	17	1.85
78621765--78621857	27	3.5	26	83	5	96	35	23	21	19	1.96
78621765--78621872	27	4.0	27	78	5	94	36	24	21	18	1.95
78622014--78622505	247	2.0	246	90	0	768	29	28	18	24	1.98
78622467--78622497	16	1.9	16	93	0	53	35	12	22	29	1.91
78623046--78623186	27	5.2	27	86	0	174	28	20	14	36	1.92
78623171--78623428	27	9.6	26	75	9	103	29	8	23	39	1.83
78623225--78623428	27	7.7	26	75	12	121	27	8	24	40	1.83
78623171--78623407	107	2.2	108	80	7	270	29	8	23	38	1.83
78623251--78623428	54	3.3	54	75	8	157	27	8	23	40	1.84
78623224--78623437	107	2.0	107	82	7	265	28	8	24	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78623385--78623438	27	2.0	26	92	3	90	35	7	20	37	1.81
78623391--78623444	27	2.0	27	89	3	83	35	7	16	40	1.77
78624479--78624571	46	2.0	46	97	0	177	52	23	0	23	1.47
78625452--78625518	25	2.7	25	81	4	82	46	14	20	17	1.84
78625640--78625743	27	3.9	26	81	6	109	38	21	21	19	1.94
78626263--78626392	53	2.4	54	83	1	163	24	20	19	35	1.96
78626261--78626395	27	5.0	27	80	1	146	23	20	19	37	1.95
78626439--78626619	27	6.7	26	79	9	91	28	9	23	38	1.86
78626435--78626645	54	3.9	52	73	10	158	29	9	22	37	1.87
78626602--78626652	27	1.9	27	92	4	86	33	9	21	35	1.86
78626608--78626661	27	2.0	27	85	3	74	37	9	16	37	1.81
78628610--78628697	6	14.3	6	71	17	65	48	15	18	17	1.81
78628631--78628697	25	2.7	25	85	0	98	47	16	19	16	1.82
78632137--78632321	40	4.7	40	82	6	216	25	28	22	24	1.99
78632139--78632319	79	2.3	80	81	8	208	24	28	22	24	1.99
78633449--78633568	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
78634057--78634122	22	3.0	22	73	8	62	33	21	25	19	1.97
78634636--78634713	27	2.9	27	86	0	93	26	20	16	35	1.94
78634706--78634830	27	4.6	27	73	4	90	32	8	21	38	1.83
78634798--78634937	54	2.6	53	74	9	149	28	7	22	41	1.81
78634814--78634911	27	3.6	27	94	0	160	28	7	22	41	1.80
78634759--78634912	27	5.7	27	80	7	127	28	7	22	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78634923--78634980	27	2.2	27	87	6	84	36	8	17	37	1.80
78637965--78638136	67	2.7	64	74	11	170	27	16	30	24	1.97
78640605--78640663	27	2.2	26	88	5	91	37	22	23	16	1.94
78640629--78640694	26	2.5	27	80	9	73	36	21	21	21	1.95
78640869--78640933	22	3.0	22	80	17	89	32	21	23	23	1.98
78641447--78641581	27	5.0	27	83	0	153	23	22	20	33	1.97
78641621--78641795	27	6.5	26	82	8	163	29	9	22	38	1.85
78641788--78641838	27	1.9	27	88	4	77	35	11	17	35	1.87
78641794--78641847	27	2.0	27	82	3	65	37	11	12	38	1.79
78649017--78649290	46	5.8	48	78	12	248	26	30	17	25	1.97
78649017--78649238	48	4.6	48	80	12	226	27	30	17	24	1.97
78659724--78659871	41	3.6	40	77	7	109	32	26	15	25	1.95
78668887--78668951	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
78669057--78669138	28	3.0	26	78	7	83	20	23	21	34	1.97
78669067--78669138	27	2.6	27	86	4	99	22	25	19	33	1.97
78674827--78674856	14	2.1	14	93	0	51	46	13	0	40	1.43
78676409--78676437	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
78682626--78682896	49	5.7	48	70	12	175	26	21	29	22	1.99
78684925--78685093	46	3.7	45	76	16	175	31	27	18	22	1.97
78684930--78685098	93	1.8	93	89	2	268	30	27	18	22	1.98
78686832--78686860	14	2.0	15	93	6	51	24	0	20	55	1.44
78692186--78692333	55	2.7	54	77	2	170	36	19	23	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78704090--78704354	40	6.7	40	92	2	446	21	26	20	30	1.98
78704096--78704354	117	2.2	118	92	2	430	22	26	20	30	1.98
78708278--78708453	93	1.9	94	82	11	227	26	17	31	25	1.97
78717231--78717506	39	7.1	39	92	0	453	21	25	28	24	1.99
78728034--78728164	46	2.8	47	79	14	155	21	19	29	29	1.98
78728032--78728157	47	2.7	46	83	13	152	21	20	29	28	1.98
78729938--78730004	34	2.0	34	82	5	82	26	25	22	25	2.00
78730260--78730320	26	2.3	26	83	5	79	32	16	19	31	1.94
78739153--78739395	47	5.1	49	81	5	291	30	9	32	27	1.89
78739171--78739395	96	2.4	94	93	3	378	31	8	32	27	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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