genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27715938--27716011	26	2.8	26	85	6	87	24	24	16	35	1.95
27715942--27716026	27	3.2	27	81	1	64	27	23	15	34	1.95
27720147--27720185	20	1.9	20	85	15	53	38	5	48	7	1.54
27723383--27723460	29	2.7	29	84	6	95	26	33	14	25	1.94
27723443--27723475	15	2.2	15	94	0	57	18	42	18	21	1.89
27723449--27723560	43	2.6	43	100	0	224	26	34	14	24	1.93
27725632--27725799	44	3.9	43	85	3	212	30	28	14	26	1.95
27725632--27725794	87	1.9	88	85	3	231	30	28	15	25	1.96
27726027--27726061	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
27726361--27726421	30	2.0	30	100	0	122	57	13	13	16	1.66
27726361--27726408	15	3.2	15	75	19	55	58	10	14	16	1.63
27726361--27726411	16	3.3	16	74	20	63	56	9	15	17	1.65
27726998--27727023	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
27727605--27727635	15	2.0	16	93	6	55	38	6	3	51	1.44
27728394--27728425	17	1.9	16	93	6	55	68	0	15	15	1.21
27735391--27735464	37	2.0	37	100	0	148	51	13	0	35	1.41
27748708--27748758	26	2.0	26	96	0	93	47	23	11	17	1.81
27752557--27752679	39	3.2	39	98	0	237	43	5	12	39	1.66
27752674--27752734	7	8.6	7	87	3	77	32	0	3	63	1.10
27752664--27752734	14	5.0	14	86	3	70	33	1	5	59	1.30
27752688--27752758	8	8.9	8	80	20	78	35	0	2	61	1.10
27752674--27752734	22	2.9	21	85	2	77	32	0	3	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27753588--27753657	21	3.3	21	74	4	59	47	34	1	17	1.56
27753839--27753880	14	3.0	14	79	10	50	47	33	0	19	1.49
27753839--27753898	21	2.9	21	80	9	61	50	30	1	18	1.57
27754197--27754329	40	3.3	40	80	2	151	24	21	20	34	1.96
27754385--27754465	40	2.0	40	85	0	108	20	18	25	34	1.96
27759716--27759766	26	2.0	26	92	0	84	31	7	35	25	1.85
27762523--27763471	46	20.6	46	98	0	1693	18	24	14	42	1.88
27765271--27765326	11	5.2	11	78	4	60	64	1	0	33	1.04
27771111--27771295	40	4.7	40	80	6	207	24	27	22	24	2.00
27771111--27771293	79	2.3	81	81	7	205	24	27	22	25	2.00
27775249--27775287	21	1.9	20	89	5	60	46	20	0	33	1.51
27783101--27783139	21	1.9	20	89	5	60	48	17	0	33	1.48
27788354--27788400	22	2.2	20	82	10	58	46	0	0	53	1.00
27788870--27788936	34	1.9	35	85	8	93	59	5	2	31	1.36
27789046--27789074	10	2.7	11	94	5	51	17	0	3	79	0.87
27795164--27795195	11	3.0	11	95	4	57	18	0	6	75	1.01
27795165--27795195	5	6.0	5	92	7	53	19	0	3	77	0.90
27795165--27795195	16	2.0	16	93	6	55	19	0	3	77	0.90
27795431--27795473	22	2.0	22	90	0	68	23	11	20	44	1.84
27797658--27797704	7	6.7	7	100	0	94	42	0	14	42	1.46
27807424--27807484	22	2.8	22	92	5	97	45	6	1	45	1.39
27807424--27807494	22	3.2	22	88	7	83	46	7	1	45	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27809909--27809956	15	3.3	15	72	27	50	25	4	4	66	1.27
27833768--27833808	12	3.8	12	75	24	54	29	0	14	56	1.39
27833769--27833808	20	2.0	20	100	0	80	30	0	15	55	1.41
27846110--27846152	20	2.2	20	100	0	86	25	23	4	46	1.71
27846337--27846364	14	2.0	14	100	0	56	42	7	28	21	1.79
27857323--27857362	20	2.1	19	86	13	55	37	7	10	45	1.66
27860307--27860351	10	4.5	10	86	8	56	15	8	2	73	1.18
27860939--27860989	26	1.9	28	88	11	81	52	15	11	19	1.73
27861177--27861212	13	2.6	14	86	8	56	69	0	0	30	0.89
27861177--27861220	3	16.0	3	81	13	51	70	0	0	29	0.88
27861185--27861220	11	3.4	11	96	3	65	75	0	0	25	0.81
27861177--27861220	8	5.3	9	79	17	51	70	0	0	29	0.88
27863110--27863150	21	2.0	21	90	0	64	58	0	9	31	1.31
27863102--27863144	15	2.9	15	89	0	59	62	0	9	27	1.25
27864597--27864721	44	2.8	43	80	4	142	27	20	18	34	1.95
27864998--27865264	99	2.7	96	76	7	252	29	20	16	33	1.94
27873992--27874078	22	3.9	22	84	1	111	24	25	18	32	1.97
27873992--27874078	44	2.0	45	88	2	131	24	25	18	32	1.97
27873984--27874085	45	2.3	44	82	3	132	24	24	16	34	1.95
27873992--27874102	45	2.5	44	80	4	107	24	23	18	33	1.97
27881205--27881289	6	14.3	6	76	11	59	76	1	8	14	1.07
27881227--27881276	25	2.0	26	96	4	93	76	0	6	18	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27890793--27890901	45	2.4	45	86	3	148	25	22	19	33	1.97
27890815--27890913	45	2.2	44	83	5	128	27	23	19	30	1.98
27890793--27890915	22	5.5	22	79	8	124	26	21	20	32	1.97
27895137--27895215	21	3.5	21	70	20	61	72	5	5	17	1.22
27895289--27895331	15	2.9	15	89	0	59	62	0	9	27	1.25
27898303--27898366	25	2.6	26	83	11	73	37	1	4	56	1.30
27898303--27898346	13	3.8	12	82	11	56	38	0	2	59	1.10
27898913--27898940	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
27900754--27900804	26	2.0	26	88	0	75	27	11	17	43	1.84
27905388--27905430	21	1.9	23	86	13	63	39	0	2	58	1.11
27906848--27906908	30	2.0	30	100	0	122	19	13	21	45	1.84
27921945--27922043	43	2.3	41	78	10	117	30	17	28	24	1.97
27925570--27925599	5	6.0	5	100	0	60	60	20	0	20	1.37
27929028--27929074	9	5.0	9	76	19	51	55	0	0	44	0.99
27929404--27929439	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
27932383--27932454	30	2.5	28	80	12	83	41	4	1	52	1.29
27932383--27932461	29	2.7	27	81	12	86	39	5	1	54	1.30
27932713--27932796	38	2.2	38	82	4	98	33	15	23	27	1.95
27932802--27932955	35	4.2	36	76	6	141	40	16	19	24	1.91
27932802--27932955	37	4.2	37	77	7	138	40	16	19	24	1.91
27932802--27933080	73	3.9	70	71	11	199	41	16	17	25	1.89
27933764--27933797	15	2.3	15	89	0	50	61	5	11	20	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27933795--27933825	16	1.9	16	93	0	53	61	9	6	22	1.50
27936154--27936182	15	1.9	15	100	0	58	48	20	3	27	1.66
27937710--27937771	21	3.0	20	77	17	63	54	19	0	25	1.44
27937697--27937742	14	3.3	14	81	0	56	56	17	0	26	1.41
27937732--27937770	14	2.8	14	81	14	53	56	20	0	23	1.42
27938842--27939244	126	3.1	126	78	9	455	33	20	19	27	1.96
27938713--27939244	267	2.0	266	84	2	692	32	20	19	27	1.97
27938968--27939256	141	2.1	140	90	2	445	32	19	20	27	1.97
27939734--27939778	11	3.9	11	80	11	54	37	0	0	62	0.96
27941867--27941987	46	2.6	46	89	2	181	42	14	23	19	1.88
27948197--27948278	26	3.2	26	89	0	137	36	24	6	32	1.80
27955272--27955332	26	2.4	25	89	5	95	44	6	16	32	1.73
27957111--27957277	46	3.6	46	77	7	153	29	25	16	27	1.97
27960409--27960451	8	5.4	8	85	0	59	55	18	20	4	1.60
27961416--27961482	33	2.0	33	94	0	116	19	7	16	56	1.63
27965328--27965472	40	3.6	40	90	5	222	22	22	28	26	1.99
27965328--27965495	80	2.1	80	87	5	243	24	22	27	26	2.00
27965331--27965495	40	4.2	39	89	5	217	24	21	27	26	1.99
27973380--27973557	40	4.5	40	87	3	218	25	23	26	24	2.00
27983900--27983994	38	2.4	38	80	8	109	31	22	18	27	1.97
27983931--27984008	38	2.1	38	87	4	113	32	21	20	25	1.98
27988910--27989056	51	2.9	51	83	2	181	27	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28001661--28001690	13	2.3	13	100	0	60	20	26	26	26	1.99
28002791--28002925	70	1.9	70	89	0	207	34	22	11	31	1.90
28004936--28005227	27	10.8	27	88	0	404	29	21	9	40	1.84
28004911--28005128	54	4.0	54	87	0	121	30	22	9	38	1.85
28004936--28005228	54	5.4	54	91	0	460	29	21	9	40	1.84
28005206--28005419	27	8.0	27	78	4	157	41	20	8	29	1.82
28004923--28005265	108	3.2	108	90	1	483	31	21	8	38	1.84
28005208--28005372	81	2.0	81	88	1	240	41	22	6	29	1.79
28004943--28005228	108	2.6	108	96	0	518	29	20	9	40	1.83
28005247--28005419	54	3.2	53	78	5	186	42	20	8	28	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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