genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24529497--24529621	65	1.9	65	83	0	160	52	10	18	19	1.74
24529930--24530000	8	8.6	8	75	14	56	0	8	7	84	0.78
24529915--24530005	39	2.3	40	83	12	116	0	12	5	82	0.83
24529930--24530008	19	4.1	19	86	13	117	0	8	7	83	0.81
24541784--24541816	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
24543467--24543692	46	4.9	46	87	3	303	41	14	24	20	1.89
24543481--24543692	92	2.3	92	92	0	343	41	15	24	19	1.89
24544515--24544646	46	2.8	47	87	3	178	21	23	25	30	1.99
24547434--24547481	25	1.9	25	83	8	62	35	0	8	56	1.30
24550160--24550194	3	11.7	3	87	0	52	28	2	2	65	1.21
24552498--24552622	63	2.0	61	95	3	223	24	22	28	25	2.00
24554939--24554965	13	2.1	13	100	0	54	22	44	0	33	1.53
24561449--24561537	44	2.0	44	89	4	135	29	30	20	20	1.97
24563391--24563434	18	2.5	17	77	3	52	13	38	27	20	1.90
24564621--24564672	24	2.2	25	82	6	63	44	13	0	42	1.44
24565052--24565087	16	2.2	16	100	0	72	58	0	0	41	0.98
24565052--24565093	16	2.6	16	92	3	57	59	0	0	40	0.97
24567867--24568256	131	3.0	130	82	2	440	30	18	16	34	1.94
24567909--24568256	132	2.6	131	83	1	410	28	20	16	34	1.95
24579937--24580602	44	15.1	44	83	4	819	29	13	30	27	1.94
24579938--24580609	88	7.7	88	91	0	1042	28	13	30	27	1.94
24583372--24583761	131	3.0	130	83	1	447	30	18	16	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24583414--24583761	132	2.6	131	84	0	417	28	19	16	34	1.94
24593834--24593871	18	2.1	18	85	9	51	71	2	7	18	1.23
24596367--24596395	14	2.1	14	100	0	58	34	6	6	51	1.55
24597166--24597323	35	4.5	35	82	7	151	31	20	20	27	1.97
24597267--24597323	17	3.1	19	71	23	59	35	24	14	26	1.93
24598919--24598959	21	2.0	21	85	0	55	29	21	29	19	1.98
24601223--24601294	27	2.8	25	81	8	90	33	22	26	18	1.96
24601154--24601316	24	6.6	25	70	15	81	34	19	25	20	1.96
24618124--24618165	21	2.0	20	86	4	57	40	9	2	47	1.49
24619027--24619070	21	2.1	21	95	0	79	20	18	52	9	1.72
24619719--24619816	49	2.0	49	97	0	187	50	18	13	18	1.78
24621988--24622121	67	2.0	67	98	0	259	22	11	14	51	1.74
24622013--24622151	67	2.1	66	81	5	154	23	11	18	46	1.81
24623702--24623824	43	2.9	43	85	8	171	27	17	26	28	1.97
24631071--24631095	10	2.5	10	100	0	50	32	0	8	60	1.26
24631401--24631484	43	2.0	43	87	0	123	29	17	26	26	1.98
24631408--24631503	43	2.2	43	83	0	111	34	17	25	22	1.96
24631708--24631885	91	2.0	91	94	0	311	28	8	16	46	1.78
24631906--24631946	19	2.2	19	95	0	73	9	7	24	58	1.55
24638857--24638895	10	3.8	10	86	3	51	71	5	2	20	1.17
24641507--24641548	4	10.8	4	80	14	52	71	4	0	23	1.05
24641507--24641543	19	2.0	18	89	5	56	72	5	0	21	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24648615--24648666	17	3.1	17	72	10	52	30	0	3	65	1.10
24650508--24650689	46	4.0	46	89	1	231	40	14	23	21	1.90
24650975--24651007	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
24653723--24653793	31	2.3	31	85	0	97	23	9	21	45	1.82
24654125--24654188	31	2.1	28	88	5	83	37	3	26	28	1.71
24672555--24672596	16	2.6	17	81	11	52	40	0	0	59	0.97
24673430--24673478	25	1.9	26	83	4	64	46	2	0	51	1.12
24673495--24673542	20	2.5	19	83	6	60	37	0	6	56	1.25
24673502--24673542	20	2.0	20	90	0	64	36	0	7	56	1.27
24673998--24674029	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
24677648--24677685	3	12.3	3	94	5	67	65	0	0	34	0.93
24677648--24677684	19	1.9	19	100	0	74	67	0	0	32	0.91
24678408--24678451	20	2.1	21	87	4	63	75	6	11	6	1.20
24679594--24679670	38	2.0	38	82	5	93	22	27	27	23	1.99
24682433--24682577	40	3.6	40	85	0	191	25	25	26	22	2.00
24684529--24684572	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
24684526--24684610	18	4.8	17	71	25	52	48	1	0	50	1.08
24684598--24684627	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
24684665--24684721	15	3.5	15	73	17	60	52	1	0	45	1.11
24684671--24684720	17	2.9	17	72	21	59	54	2	0	44	1.11
24714241--24714278	19	2.0	19	94	0	67	28	10	13	47	1.76
24715695--24715755	32	1.9	32	93	0	104	49	18	4	27	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24715695--24715768	32	2.5	30	85	10	91	50	18	4	27	1.65
24715728--24715782	27	2.0	27	86	6	76	49	18	5	27	1.69
24720932--24721037	55	2.0	53	84	3	140	45	6	32	16	1.73
24720966--24721006	22	2.0	22	85	9	59	53	0	31	14	1.41
24734884--24735056	46	3.7	46	75	13	183	22	21	26	28	1.99
24734881--24735051	93	1.8	93	92	0	288	22	22	27	28	1.99
24736946--24736970	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
24737549--24737589	6	6.8	6	85	0	55	2	34	12	51	1.52
24741439--24742338	46	19.5	46	94	2	1506	21	22	28	27	1.99
24747233--24747382	60	2.5	60	81	13	175	27	26	19	26	1.99
24749459--24749487	12	2.3	13	94	5	51	72	0	3	24	1.00
24752480--24752665	41	4.5	41	79	4	169	29	14	24	31	1.94
24754428--24754522	47	2.0	47	95	0	172	34	21	8	35	1.83
24756942--24756973	13	2.4	14	85	15	50	75	0	6	18	1.01
24771938--24772022	37	2.3	37	87	0	116	30	20	23	25	1.98
24772004--24772182	48	3.7	48	87	3	254	26	18	26	28	1.98
24776058--24776137	42	1.9	42	84	0	106	30	15	21	33	1.94
24777480--24777665	41	4.6	40	83	4	194	26	13	25	33	1.93
24787475--24787555	37	2.2	37	84	4	101	32	18	9	39	1.84
24791199--24791256	20	2.9	19	71	14	55	62	0	3	34	1.12
24791235--24791280	23	2.0	23	86	0	65	67	0	0	32	0.91
24796912--24796983	35	2.1	35	91	0	117	66	4	2	26	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24807478--24807661	72	2.6	72	98	0	350	41	23	7	27	1.80
24807662--24807702	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
24811920--24812247	72	4.6	72	99	0	647	42	24	6	27	1.78
24812248--24812291	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
24821986--24822025	20	2.0	20	90	0	62	17	12	35	35	1.88
24822004--24822042	13	2.9	13	82	17	53	12	10	38	38	1.78
24822010--24822051	15	2.9	14	89	7	57	14	9	38	38	1.78
24821970--24822041	34	2.1	34	85	10	94	15	8	38	37	1.77
24822712--24822838	60	2.1	61	82	10	154	44	9	4	40	1.58
24827816--24827883	28	2.4	28	85	0	91	16	25	22	36	1.94
24832255--24832312	28	2.1	28	83	0	71	22	18	20	37	1.94
24842006--24842088	24	3.4	25	73	17	77	24	24	20	31	1.98
24851101--24851141	16	2.6	16	84	0	64	46	14	0	39	1.45
24860422--24860484	30	2.1	30	96	0	117	36	6	3	53	1.42
24866174--24866227	27	2.1	26	89	6	83	37	22	11	29	1.89
24867733--24867776	22	2.0	22	81	4	52	22	20	2	54	1.56
24868341--24868372	17	1.9	17	93	6	57	56	9	3	31	1.47
24874731--24874829	40	2.4	41	81	11	112	29	18	25	27	1.98
24876212--24876291	39	2.1	39	82	0	97	30	10	20	40	1.85
24880207--24880246	21	1.9	21	85	10	55	25	17	20	37	1.94
24880433--24880478	21	2.1	22	88	4	67	60	13	6	19	1.54
24886582--24886616	16	2.2	16	90	10	54	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24887002--24887040	21	2.0	21	85	10	55	46	5	0	48	1.24
24890552--24890629	39	2.0	39	100	0	156	38	7	17	35	1.79
24901634--24901668	13	2.5	14	90	9	54	48	0	0	51	1.00
24907085--24907137	20	2.7	20	97	2	99	60	3	11	24	1.47
24911886--24912047	43	3.8	43	84	1	182	27	9	21	41	1.84
24913365--24913410	24	1.9	24	90	0	74	17	32	19	30	1.95
24913541--24913591	26	2.0	26	84	0	66	19	21	21	37	1.95
24915128--24915187	26	2.3	26	88	5	86	35	15	8	41	1.77
24917939--24918147	47	4.5	47	84	3	208	22	15	30	30	1.95
24925629--24925688	30	2.0	30	93	0	102	38	6	25	30	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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