genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83431136--83431202	25	2.7	24	81	4	71	28	25	20	25	1.99
83431136--83431218	25	3.4	24	80	8	69	30	21	21	26	1.99
83431353--83431444	42	2.2	42	98	0	175	31	13	20	34	1.91
83431468--83431551	31	2.7	31	92	1	143	28	17	26	27	1.98
83432731--83432790	31	1.9	31	89	0	93	25	23	18	33	1.97
83433012--83433793	46	17.0	46	99	0	1530	30	23	19	25	1.98
83433843--83433889	20	2.3	20	92	0	85	34	23	10	31	1.89
83436548--83436573	8	3.2	8	100	0	52	26	26	11	34	1.91
83438295--83438358	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
83438573--83438691	23	5.1	23	93	1	202	30	22	20	26	1.98
83438742--83438806	20	3.2	20	88	0	103	32	20	12	35	1.89
83443020--83443144	63	2.0	63	95	0	223	33	24	24	17	1.96
83443556--83443602	20	2.3	20	92	0	85	34	23	10	31	1.89
83443639--83443686	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
83451681--83451824	39	3.7	39	91	0	225	22	21	27	28	1.99
83469277--83469342	29	2.3	29	89	5	98	30	30	10	28	1.90
83469164--83469492	175	1.9	174	93	0	568	31	24	14	30	1.94
83469451--83469523	29	2.5	30	84	13	107	28	28	15	27	1.96
83477860--83477938	28	2.8	28	88	0	113	32	11	26	29	1.91
83486888--83486921	16	2.1	16	88	5	50	8	0	14	76	1.01
83488743--83488960	79	2.7	81	79	12	238	26	27	21	25	1.99
83488757--83488960	40	5.1	40	82	8	238	25	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83496284--83496353	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
83496283--83496366	25	3.4	24	83	8	98	29	22	22	25	1.99
83496573--83496655	31	2.7	31	88	3	125	33	16	21	27	1.95
83499715--83499834	46	2.6	44	84	7	143	28	18	30	23	1.98
83499888--83500007	49	2.4	49	84	2	143	30	20	26	22	1.98
83506761--83507009	27	9.4	27	75	8	181	28	28	16	25	1.97
83506783--83506930	74	2.0	74	97	0	278	27	31	17	24	1.97
83514292--83514343	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
83514337--83514375	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
83523305--83523368	29	2.2	29	83	2	76	26	12	25	35	1.91
83529573--83529750	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
83529574--83529729	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
83529570--83529750	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
83533408--83533439	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
83533690--83533750	28	2.2	28	87	0	86	31	29	9	29	1.89
83533866--83533956	27	3.2	28	75	4	67	21	26	19	31	1.98
83541547--83541611	28	2.3	28	89	0	94	32	29	9	29	1.88
83541717--83541806	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
83541727--83541817	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
83541717--83541831	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
83551698--83552406	246	2.9	246	99	0	1391	34	7	20	36	1.82
83554145--83554231	27	3.2	27	77	9	88	32	25	12	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83554158--83554254	27	3.6	27	94	1	158	30	28	13	26	1.94
83554157--83554282	27	4.5	28	89	2	130	30	29	13	26	1.94
83554729--83554755	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
83555278--83555417	61	2.3	61	100	0	280	17	17	20	45	1.86
83561513--83561596	44	1.9	44	85	0	114	32	26	17	23	1.97
83580429--83580638	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
83580376--83580638	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
83580429--83580673	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
83588367--83588590	40	5.6	40	91	1	308	24	20	28	26	1.99
83588328--83588590	80	3.3	80	85	3	318	23	20	28	26	1.99
83588328--83588590	120	2.2	120	82	4	318	23	20	28	26	1.99
83596051--83596255	42	4.9	42	90	2	279	26	13	26	33	1.93
83600445--83600654	40	5.3	39	87	5	233	24	21	28	25	1.99
83600392--83600654	120	2.2	120	81	4	300	25	21	27	25	1.99
83600445--83600689	80	3.1	80	81	3	228	25	21	28	24	1.99
83603111--83603237	45	2.7	46	75	7	132	25	18	17	37	1.93
83603114--83603243	68	1.9	69	81	7	158	25	19	16	38	1.92
83603114--83603251	23	5.9	23	76	13	104	25	20	16	37	1.93
83604563--83604644	43	1.9	43	94	0	146	21	29	29	19	1.98
83607588--83607747	43	3.7	43	71	11	130	25	16	23	34	1.96
83614628--83614709	21	3.8	21	71	15	67	39	26	13	20	1.90
83614619--83614705	45	1.9	45	95	0	156	39	26	12	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83617260--83617320	30	2.0	30	87	0	86	39	8	22	29	1.83
83616583--83618084	751	2.0	751	99	0	2977	35	9	20	34	1.85
83618011--83618071	30	2.0	30	87	0	86	39	8	22	29	1.83
83639190--83639364	94	1.9	93	83	7	230	24	26	18	30	1.98
83639237--83639352	47	2.5	47	80	17	134	22	26	20	30	1.98
83645044--83645074	8	3.9	8	95	0	53	54	6	12	25	1.62
83645449--83645605	43	3.7	42	79	7	156	26	18	23	31	1.97
83646121--83646166	23	2.0	24	82	4	58	17	4	28	50	1.65
83647649--83647764	58	2.0	58	94	0	205	36	12	16	34	1.87
83650470--83650499	15	2.0	15	100	0	60	60	6	20	13	1.55
83653161--83653260	42	2.3	43	81	8	125	30	19	20	31	1.96
83653122--83653278	43	3.7	43	74	9	133	26	19	24	29	1.99
83653793--83653837	23	1.9	24	86	4	65	15	2	28	53	1.54
83655746--83655805	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
83656547--83656664	27	4.4	27	90	0	155	26	21	17	34	1.95
83661623--83661794	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
83661616--83661791	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
83664789--83664928	67	2.1	67	87	2	199	30	22	27	19	1.98
83664859--83664909	27	1.9	26	84	4	66	35	17	27	19	1.94
83665539--83665651	54	2.1	54	79	0	118	26	19	21	32	1.97
83665551--83665694	27	5.3	27	86	1	164	26	19	16	37	1.93
83668670--83668803	56	2.4	56	93	0	223	27	12	24	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83668671--83668837	56	3.0	56	85	5	187	25	13	25	34	1.93
83672475--83672520	23	2.0	24	86	4	67	17	2	28	52	1.56
83674113--83674308	55	3.6	53	81	8	200	22	26	16	34	1.95
83674645--83674703	30	2.0	30	82	0	73	32	25	3	38	1.72
83678351--83678452	37	2.8	37	93	0	168	26	29	19	24	1.98
83678571--83679362	47	16.6	47	91	2	1206	29	28	8	33	1.86
83681560--83682407	85	10.0	85	100	0	1696	27	24	8	39	1.84
83684075--83684384	40	7.8	40	90	1	469	25	28	21	24	1.99
83684184--83684250	23	3.2	23	60	24	56	23	28	23	23	2.00
83688242--83688708	235	2.0	235	92	0	774	37	17	15	28	1.91
83690013--83690179	42	3.9	42	74	4	120	35	20	17	26	1.95
83693864--83694013	42	3.5	43	75	13	130	36	26	15	22	1.93
83695271--83695368	24	4.0	24	87	1	133	35	5	37	21	1.76
83696992--83697084	32	2.8	32	75	12	91	25	20	25	27	1.99
83697896--83697946	22	2.3	22	96	0	93	41	7	17	33	1.79
83699660--83699706	24	1.9	25	82	4	60	36	2	31	29	1.70
83703081--83703178	24	4.0	24	89	1	142	35	5	38	20	1.75
83710652--83710721	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
83711631--83711738	27	3.9	27	78	13	103	31	8	18	41	1.80
83711628--83711797	54	3.1	54	81	5	175	32	10	17	39	1.83
83711680--83711817	27	5.1	27	78	7	129	29	7	21	41	1.81
83711849--83711994	27	5.4	27	89	1	222	40	10	23	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83711839--83712019	81	2.2	80	80	8	213	37	11	23	28	1.89
83715707--83715743	15	2.5	15	100	0	74	5	40	27	27	1.78
83721362--83721413	14	3.6	14	78	2	50	15	0	26	57	1.38
83721369--83721432	21	3.0	22	74	17	55	15	0	26	57	1.38
83721581--83721653	7	10.6	7	77	11	53	13	1	35	49	1.51
83721599--83721653	14	3.9	14	86	9	67	14	0	34	50	1.43
83721599--83721653	21	2.7	20	83	8	65	14	0	34	50	1.43
83721846--83721879	18	1.9	17	88	5	50	52	2	0	44	1.16
83724330--83724434	29	3.7	29	72	6	88	25	27	14	32	1.94
83724507--83724553	19	2.5	19	86	3	60	19	36	17	27	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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