genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8125672--8125746	27	2.6	28	83	12	82	28	2	4	65	1.24
8127395--8127464	28	2.5	28	85	0	95	52	2	12	31	1.54
8130138--8130428	92	3.2	91	82	1	341	28	20	18	32	1.96
8134774--8134850	10	7.7	10	74	11	68	9	22	11	57	1.62
8134775--8134850	30	2.5	30	77	12	84	9	22	11	56	1.63
8134844--8134894	15	3.5	15	78	2	50	9	3	19	66	1.36
8136128--8136169	20	2.1	20	86	0	57	47	0	19	33	1.49
8136423--8136466	23	1.9	23	86	9	63	43	0	4	52	1.22
8137727--8137802	36	2.1	36	100	0	152	36	5	15	42	1.70
8143709--8143840	27	4.9	26	81	10	142	34	21	24	20	1.97
8143735--8143843	54	2.0	53	94	1	191	33	22	24	19	1.97
8144229--8144259	8	3.9	8	91	0	53	3	25	25	45	1.69
8152871--8152919	21	2.4	21	89	3	73	22	30	6	40	1.78
8156557--8156603	19	2.4	19	82	7	58	31	0	10	57	1.33
8156796--8157301	93	5.4	93	99	0	1003	21	18	30	30	1.97
8157302--8157716	223	1.9	223	90	1	661	29	15	24	30	1.95
8163318--8163416	50	2.0	50	93	0	171	31	26	12	30	1.92
8164082--8164167	43	2.0	44	90	6	140	52	11	4	31	1.58
8164564--8164604	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
8166346--8166386	19	2.2	19	95	0	73	19	4	17	58	1.56
8169876--8170150	133	2.1	133	98	0	532	45	4	12	37	1.62
8175414--8175465	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8177376--8177427	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
8178777--8178821	17	2.6	18	85	7	65	13	6	2	77	1.05
8178772--8178843	9	7.9	9	76	7	74	12	4	2	80	0.96
8178777--8178843	34	1.9	34	82	14	84	13	4	2	79	1.01
8178869--8178929	22	2.8	22	78	9	63	39	0	1	59	1.08
8178887--8179028	36	4.0	35	76	11	139	40	0	3	55	1.22
8179002--8179028	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
8178982--8179028	22	2.2	23	85	11	64	46	0	0	53	1.00
8179080--8179126	21	2.4	19	82	10	58	21	8	0	70	1.14
8179185--8179310	67	1.9	67	80	6	148	51	7	4	36	1.50
8179293--8179401	37	3.1	37	76	12	122	61	2	1	33	1.21
8179264--8179352	24	3.7	24	68	21	60	56	5	1	37	1.30
8179293--8179402	33	3.2	37	80	13	110	60	2	1	34	1.21
8179444--8179517	36	2.1	36	85	10	98	72	2	4	20	1.13
8179439--8179491	18	2.9	18	77	5	54	71	1	1	24	1.06
8179494--8179546	18	2.8	19	74	8	63	75	1	7	15	1.11
8179628--8179674	20	2.3	20	86	13	62	70	0	6	23	1.10
8179726--8179752	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
8179726--8179868	37	4.0	36	76	8	141	56	2	1	39	1.20
8180003--8180058	17	3.5	17	76	18	75	76	1	8	12	1.08
8180033--8180075	22	2.0	22	81	9	52	79	6	6	6	1.07
8189819--8189863	23	2.0	23	82	8	56	51	0	4	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8197460--8197510	19	3.0	17	78	15	52	47	1	1	49	1.24
8202250--8202274	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8203203--8203259	30	1.9	29	89	10	89	36	8	21	33	1.84
8203576--8203763	48	3.9	48	82	2	243	23	19	30	25	1.98
8203589--8203763	96	1.8	96	93	0	305	24	20	30	24	1.98
8203733--8203796	33	1.9	33	87	6	94	29	20	28	21	1.98
8203684--8203832	81	1.8	81	85	2	210	26	21	29	22	1.99
8203765--8203875	48	2.3	46	83	9	125	30	19	27	22	1.98
8203637--8203875	129	1.9	129	87	0	352	28	20	28	23	1.98
8205515--8205662	77	1.9	77	91	0	242	41	18	13	25	1.87
8206542--8206581	19	2.0	20	85	4	55	62	0	0	37	0.95
8208193--8208309	59	2.0	58	98	0	216	38	13	27	19	1.90
8214842--8214934	18	5.2	18	85	0	132	32	17	23	26	1.96
8219875--8219933	16	3.7	16	73	15	50	15	3	13	67	1.35
8219856--8219887	16	2.0	16	93	0	55	15	0	21	62	1.32
8222079--8222182	47	2.2	47	89	1	156	16	14	16	52	1.74
8224696--8224795	30	3.3	30	67	25	91	19	17	23	41	1.90
8224678--8224798	62	2.0	62	100	0	242	17	18	23	41	1.90
8243083--8243115	18	1.9	18	88	11	52	33	0	0	66	0.92
8244610--8244637	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
8248732--8248770	14	2.7	14	80	4	51	48	0	5	46	1.24
8253002--8253039	19	2.0	19	100	0	76	36	15	21	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8267894--8268050	53	3.0	52	79	6	172	43	19	21	15	1.88
8269244--8269329	43	2.0	45	81	9	106	33	13	29	23	1.93
8269242--8269543	163	1.9	163	85	4	421	33	17	23	25	1.96
8269869--8269929	13	4.7	13	76	10	54	78	9	1	9	1.03
8269882--8269929	13	3.8	13	78	13	55	79	12	0	8	0.94
8276756--8276852	32	3.2	32	63	16	87	47	15	11	25	1.79
8276753--8276873	60	2.0	60	98	0	233	47	14	11	27	1.78
8283314--8283353	21	1.9	21	89	0	62	32	35	5	27	1.79
8290623--8290665	17	2.4	19	85	11	56	37	2	0	60	1.10
8293845--8293908	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
8294102--8294269	25	7.0	24	83	6	189	27	22	21	28	1.99
8294123--8294268	23	6.1	23	85	7	184	28	21	21	28	1.99
8294327--8294383	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
8294315--8294385	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
8294320--8294374	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
8295616--8295711	27	3.6	28	84	8	112	26	25	18	30	1.98
8295628--8295711	27	3.1	27	87	3	116	25	26	17	30	1.97
8295753--8295985	27	8.7	27	80	5	204	30	8	20	41	1.81
8295751--8295985	81	2.9	81	81	8	282	30	8	20	41	1.81
8295752--8295985	54	4.4	53	80	6	229	30	8	20	41	1.81
8295977--8296107	27	4.9	27	85	0	154	40	8	22	29	1.83
8295763--8296026	81	3.3	81	81	6	223	32	8	19	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8300589--8300646	23	2.5	23	91	0	89	13	18	15	51	1.76
8300766--8300933	84	2.0	84	97	0	318	51	4	10	33	1.58
8311746--8311794	22	2.2	23	79	17	59	44	16	20	18	1.86
8311753--8311795	22	2.0	22	86	9	61	41	16	20	20	1.90
8311979--8312012	2	17.0	2	100	0	68	0	0	50	50	1.00
8313175--8313226	24	2.0	27	85	10	74	73	0	23	3	1.00
8314098--8314130	12	2.6	13	85	9	50	27	21	33	18	1.96
8314963--8315124	41	4.0	41	67	6	103	33	27	20	17	1.96
8317431--8317464	14	2.2	16	90	10	54	41	11	17	29	1.85
8318001--8318042	14	3.2	13	77	16	50	38	9	0	52	1.34
8318572--8318616	17	2.6	17	78	0	63	2	28	0	68	1.01
8322616--8322707	46	2.0	46	84	0	121	39	18	9	32	1.84
8330608--8330639	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
8330689--8330718	5	5.8	5	96	4	51	76	0	0	23	0.78
8343781--8343815	17	2.1	17	100	0	70	11	28	5	54	1.59
8344273--8344312	10	4.1	9	87	12	53	55	2	2	40	1.27
8349496--8349560	34	1.9	33	87	6	87	13	24	13	46	1.80
8351439--8351473	18	1.9	18	88	0	52	5	22	8	62	1.45
8368123--8368151	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
8368870--8368921	24	2.1	25	85	3	70	67	3	0	28	1.08
8370303--8370346	10	4.4	10	83	11	54	65	6	0	27	1.17
8370275--8370317	19	2.2	20	84	12	54	60	2	2	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8372593--8372676	42	2.0	42	97	0	159	48	19	13	19	1.80
8373632--8373691	19	2.8	22	78	19	72	26	10	16	46	1.78
8373641--8373678	19	2.0	19	100	0	76	21	10	21	47	1.80
8377585--8377631	20	2.3	20	85	7	60	44	19	10	25	1.82
8383553--8383594	22	1.9	22	95	0	75	45	7	16	30	1.74
8383639--8383706	27	2.5	27	80	4	75	22	25	38	14	1.92
8384205--8384253	17	2.9	17	87	0	71	20	0	6	73	1.04
8384375--8384443	27	2.6	27	78	0	75	11	34	28	24	1.91
8384457--8384509	26	2.0	27	92	3	90	24	18	7	49	1.74
8384496--8384530	14	2.6	14	90	4	54	25	5	2	65	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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