genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15882328--15882586	44	5.5	46	77	13	198	27	19	29	23	1.98
15882366--15882586	94	2.3	94	79	9	236	26	19	29	23	1.98
15887185--15887209	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
15891173--15891219	23	2.1	22	92	4	76	40	0	17	42	1.49
15919201--15919378	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
15919202--15919357	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
15919198--15919378	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
15921723--15921790	25	2.7	24	77	11	64	32	11	16	39	1.84
15924583--15924739	40	3.8	42	84	9	200	23	13	28	34	1.93
15924580--15924729	82	1.8	79	86	8	196	22	13	28	36	1.91
15931697--15931745	24	2.0	24	100	0	98	36	0	20	42	1.52
15932236--15932419	40	4.6	40	82	4	199	25	14	26	34	1.94
15932236--15932419	80	2.3	81	82	1	235	25	14	26	34	1.94
15942309--15942395	44	2.0	44	97	0	165	32	13	14	39	1.86
15944181--15944346	46	3.6	45	77	4	136	30	20	27	22	1.98
15944366--15944493	49	2.6	49	80	2	141	28	21	28	21	1.99
15945225--15945352	66	1.9	66	98	0	247	44	12	8	34	1.73
15951249--15951351	47	2.1	48	85	5	136	26	19	27	27	1.99
15952974--15953032	30	2.0	30	96	0	109	33	13	28	23	1.93
15953027--15953152	32	3.9	32	89	1	171	30	11	21	36	1.88
15969100--15969155	24	2.2	24	87	12	76	16	8	10	64	1.49
15974337--15974387	20	2.4	21	83	6	59	47	3	0	49	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15977801--15977837	20	1.9	19	89	10	58	45	10	0	43	1.39
15982367--15982403	20	1.9	19	89	10	58	45	10	0	43	1.39
15997126--15997164	15	2.6	15	95	0	69	46	10	10	33	1.72
15997844--15997905	31	2.0	31	96	0	115	30	25	11	32	1.91
15998507--15999026	125	4.2	125	87	2	677	29	16	15	38	1.90
15998507--15999026	251	2.1	250	86	3	724	29	16	15	38	1.90
15999115--15999189	33	2.3	32	88	9	107	40	10	1	48	1.46
16003425--16005308	942	2.0	942	100	0	3768	37	14	11	36	1.82
16005565--16005589	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
16007991--16008042	24	2.1	24	85	3	68	48	0	3	48	1.20
16015018--16015083	17	3.9	17	83	15	75	22	1	4	71	1.13
16022939--16023303	49	7.6	49	95	2	625	32	8	29	29	1.86
16023869--16023932	32	2.0	32	90	0	101	34	26	12	26	1.92
16024237--16024303	27	2.5	27	92	0	107	29	17	14	37	1.91
16024237--16024316	27	3.0	27	87	3	90	30	17	17	35	1.93
16035602--16035639	19	2.1	19	90	5	60	28	18	36	15	1.92
16035717--16035808	28	3.3	27	80	6	96	27	14	32	26	1.94
16043898--16044061	43	3.8	43	73	13	131	26	16	24	32	1.96
16044689--16044762	34	2.2	34	100	0	148	20	2	29	47	1.64
16050964--16051141	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
16050965--16051120	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
16050961--16051141	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16057864--16057914	25	2.0	25	85	7	68	29	21	19	29	1.98
16057958--16057992	10	3.4	10	88	7	52	34	17	14	34	1.90
16057953--16057992	21	1.9	21	89	0	62	37	17	12	32	1.87
16057952--16058004	21	2.5	20	78	3	61	37	16	11	33	1.85
16058303--16058381	31	2.5	31	93	0	131	31	18	26	22	1.97
16061179--16061318	48	2.9	47	74	12	140	22	14	18	44	1.86
16064905--16064952	9	5.6	9	78	9	55	18	10	10	60	1.57
16064907--16064952	17	2.7	17	89	0	74	17	10	10	60	1.57
16064907--16064951	8	5.4	8	79	10	54	15	11	11	62	1.55
16065641--16065698	18	3.2	18	75	22	50	31	0	3	65	1.09
16065647--16065698	18	2.8	19	77	8	54	32	0	3	63	1.12
16069768--16069825	10	5.8	10	81	6	73	65	1	12	20	1.34
16070469--16070505	16	2.3	16	90	0	56	8	16	0	75	1.02
16070462--16070498	8	4.8	8	96	3	67	8	13	0	78	0.96
16070532--16070715	99	1.9	99	90	0	296	33	25	14	26	1.94
16073260--16073352	25	3.5	26	84	8	84	29	8	3	59	1.43
16073285--16073352	25	2.7	25	86	6	102	32	5	4	57	1.43
16073362--16073415	24	2.3	24	80	3	65	35	3	3	57	1.34
16073488--16073529	22	1.9	22	85	0	57	33	7	4	54	1.49
16073487--16073536	22	2.3	22	78	0	55	32	6	4	58	1.41
16073367--16073638	26	10.5	25	71	16	135	28	5	4	61	1.37
16073525--16073638	50	2.2	52	82	3	151	28	6	3	62	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16075544--16075711	47	3.6	47	86	2	232	25	28	16	30	1.96
16075398--16075715	93	3.4	92	79	7	298	22	27	18	30	1.97
16075394--16075714	46	6.8	47	75	9	251	22	28	18	30	1.98
16080249--16080405	79	2.0	78	97	1	296	45	13	13	28	1.81
16089623--16089683	30	2.0	30	83	0	77	37	4	24	32	1.77
16090015--16090342	104	3.2	104	96	0	586	18	19	31	31	1.96
16090261--16090412	71	2.1	72	91	1	243	23	16	29	30	1.96
16097676--16097942	103	2.6	104	89	4	423	19	20	30	30	1.97
16105161--16105384	104	2.2	104	91	3	362	17	19	31	31	1.95
16105303--16105455	71	2.1	72	92	1	254	22	17	29	30	1.97
16113877--16113947	36	2.0	35	94	0	115	33	16	28	19	1.94
16116472--16116566	47	2.0	47	91	0	154	44	21	18	15	1.87
16118413--16119446	50	20.9	50	74	9	902	32	21	20	25	1.98
16118513--16119453	198	4.8	197	92	2	1478	32	21	20	25	1.98
16118413--16119468	99	10.6	100	86	4	1342	32	21	20	25	1.97
16118412--16119446	248	4.2	249	76	6	1068	32	21	20	25	1.98
16121071--16121127	29	2.0	29	96	0	105	47	19	21	12	1.81
16121822--16121860	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
16123801--16123839	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
16124640--16124901	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
16128762--16128805	21	2.1	21	87	8	63	40	11	11	36	1.77
16131143--16131456	46	6.6	46	75	10	228	27	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16131143--16131506	46	7.7	50	75	17	194	28	19	29	23	1.98
16131324--16131505	96	1.9	98	85	7	255	26	18	29	25	1.98
16134269--16134378	42	2.6	43	77	13	120	27	19	24	29	1.98
16134228--16134386	43	3.7	44	72	10	123	27	18	25	28	1.98
16149053--16149207	43	3.6	43	76	8	136	30	24	18	27	1.98
16151439--16151511	18	4.1	17	77	13	58	2	20	4	72	1.14
16151449--16151525	6	13.0	6	72	13	61	2	18	3	75	1.07
16153563--16153621	14	4.5	13	73	12	50	28	5	5	61	1.39
16153565--16153622	26	2.3	25	88	5	89	29	5	5	60	1.40
16154783--16154855	37	2.0	37	97	0	137	57	12	2	27	1.49
16154794--16154857	19	3.4	19	68	12	60	60	14	1	23	1.42
16156686--16156817	50	2.6	51	82	3	176	34	15	12	37	1.85
16164552--16164583	8	4.0	8	95	0	55	12	3	0	84	0.74
16164557--16164599	6	7.5	6	86	5	54	13	2	0	83	0.74
16166741--16166796	28	2.0	28	100	0	112	46	32	7	14	1.71
16167550--16167578	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
16167958--16168251	38	7.0	38	70	19	192	30	15	23	30	1.95
16167988--16168244	38	5.8	48	75	17	254	30	15	22	30	1.95
16167995--16168202	47	4.6	47	80	11	245	30	15	23	30	1.95
16168038--16168244	85	2.4	85	95	0	360	30	15	23	30	1.95
16169360--16169393	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
16171717--16171776	29	2.1	29	96	0	111	28	16	13	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16184386--16184488	51	2.0	51	94	0	179	34	26	9	29	1.88
16190687--16190909	39	5.7	40	86	7	273	25	22	27	24	2.00
16190687--16190909	79	2.8	81	85	8	282	25	22	27	24	2.00
16190687--16190942	79	3.3	79	82	9	224	26	21	27	24	1.99
16198658--16198762	40	2.6	41	80	8	126	23	23	27	24	2.00
16200687--16200716	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
16200921--16201102	48	3.7	48	76	8	177	31	25	15	26	1.96
16200921--16201103	99	1.8	101	89	2	289	31	26	15	26	1.96
16200914--16201154	51	4.8	50	77	5	200	32	26	14	26	1.95
16201025--16201154	52	2.6	50	83	2	152	33	28	14	23	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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