genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63377274--63377494	46	4.7	47	80	13	219	20	20	30	28	1.98
63380582--63380654	36	2.0	36	100	0	146	26	30	19	24	1.98
63387446--63387583	35	3.9	35	76	11	122	31	10	17	41	1.82
63387446--63387583	70	2.0	70	81	5	163	31	10	17	41	1.82
63388991--63389218	46	5.0	46	93	1	359	22	23	14	39	1.91
63391351--63391398	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
63391345--63391400	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
63397627--63397746	35	3.4	34	78	11	127	31	8	17	42	1.79
63397628--63397774	70	2.1	70	79	5	154	31	10	17	41	1.82
63413229--63413271	20	2.0	20	82	8	50	58	4	20	16	1.56
63417214--63417240	6	4.5	6	100	0	54	81	0	0	18	0.69
63420281--63420376	48	2.0	48	100	0	192	33	14	12	39	1.84
63420282--63420400	48	2.6	45	88	9	136	32	15	12	39	1.85
63425149--63425208	31	1.9	31	89	0	93	48	6	5	40	1.51
63440927--63440989	27	2.4	25	77	15	65	63	0	1	34	1.04
63450629--63450717	30	3.0	30	91	0	151	24	50	3	21	1.64
63451278--63451339	25	2.5	25	83	0	88	33	3	0	62	1.11
63451267--63451339	25	2.8	26	79	4	78	34	4	1	60	1.24
63451356--63451414	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
63451372--63451420	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
63451400--63451455	19	2.8	20	75	8	60	32	7	5	55	1.50
63451572--63451619	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63451572--63451623	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
63453196--63453231	12	3.0	12	91	0	54	27	22	5	44	1.75
63461515--63461689	70	2.5	70	85	4	212	28	14	22	34	1.93
63462062--63462089	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
63462096--63462360	72	3.5	72	80	10	278	32	15	19	32	1.93
63462076--63462360	80	3.7	78	83	8	345	32	15	18	32	1.93
63462168--63462385	80	2.8	80	84	6	282	33	14	19	33	1.92
63462518--63462730	72	3.0	72	95	1	374	22	15	23	38	1.92
63462741--63463151	73	5.5	73	81	10	416	28	15	22	33	1.94
63462813--63463111	160	1.9	158	87	1	436	27	16	22	33	1.95
63462491--63463205	233	3.1	229	82	6	836	25	15	21	37	1.93
63463171--63463212	14	2.9	15	85	7	59	14	14	7	64	1.48
63463174--63463223	14	3.6	14	81	7	57	20	12	4	64	1.43
63465504--63465533	15	1.9	16	93	6	53	33	10	0	56	1.32
63466301--63466334	17	2.0	17	88	0	50	64	0	2	32	1.08
63466752--63466814	30	2.1	30	96	0	117	26	3	12	57	1.51
63472052--63472270	116	1.9	116	99	0	429	27	12	25	35	1.91
63472255--63472284	14	2.1	14	100	0	60	26	13	26	33	1.93
63472733--63472783	19	2.6	19	84	3	66	39	7	1	50	1.42
63473652--63473897	131	1.9	130	90	2	395	26	19	19	34	1.96
63484799--63485020	122	1.8	120	90	1	354	35	24	11	28	1.90
63489664--63489714	24	2.1	24	82	7	59	39	5	7	47	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63489963--63490006	19	2.2	20	84	4	54	11	20	0	68	1.20
63491118--63491159	21	2.0	22	85	4	59	45	0	2	52	1.13
63491169--63491220	17	2.9	18	81	18	56	36	3	0	59	1.16
63491606--63491661	26	2.2	26	86	0	76	50	3	1	44	1.29
63492323--63492384	30	2.1	30	90	0	97	27	3	11	58	1.48
63492680--63492730	24	2.1	24	82	7	59	39	5	7	47	1.57
63492979--63493022	19	2.2	20	84	4	54	11	20	0	68	1.20
63494134--63494175	21	2.0	22	85	4	59	45	0	2	52	1.13
63494185--63494236	17	2.9	18	81	18	56	36	3	0	59	1.16
63494622--63494677	26	2.2	26	86	0	76	50	3	1	44	1.29
63495339--63495400	30	2.1	30	90	0	97	27	3	11	58	1.48
63497084--63497122	19	2.1	19	85	9	53	56	0	2	41	1.13
63497232--63497282	21	2.4	21	83	0	57	64	5	1	27	1.27
63499702--63499738	19	2.0	19	89	5	58	45	0	0	54	1.00
63500549--63500638	44	2.0	44	100	0	180	38	6	21	33	1.79
63502037--63502092	28	2.0	28	82	10	69	55	5	3	35	1.40
63508626--63508659	13	2.8	12	86	8	50	61	2	0	35	1.11
63509464--63509506	17	2.5	17	81	11	52	48	6	0	44	1.29
63509843--63509876	3	11.3	3	87	0	50	58	0	5	35	1.22
63510141--63510187	21	2.2	22	85	11	62	31	0	2	65	1.04
63510199--63510235	20	1.9	18	89	10	56	70	2	2	24	1.14
63510249--63510336	5	16.2	5	76	15	61	70	0	4	25	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63510279--63510324	6	8.5	6	84	15	57	71	0	0	28	0.86
63510249--63510324	16	4.6	16	70	19	59	71	0	2	26	1.00
63510278--63510323	21	2.4	19	86	13	67	71	0	0	28	0.86
63510249--63510322	28	2.7	29	76	19	77	70	0	2	27	1.01
63510249--63510336	11	8.1	10	74	17	61	70	0	4	25	1.06
63525111--63525162	24	2.3	22	83	12	61	67	0	1	30	1.02
63529048--63529092	22	2.0	22	83	8	56	28	13	20	37	1.90
63530132--63530189	29	2.0	30	83	10	75	24	15	25	34	1.95
63553598--63553654	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
63558577--63558626	22	2.3	22	82	6	57	60	4	0	36	1.16
63564989--63565017	13	2.1	14	93	6	51	51	0	0	48	1.00
63565301--63565333	8	4.1	8	96	0	57	63	3	0	33	1.10
63565282--63565319	13	3.0	13	84	3	51	57	0	0	42	0.98
63571887--63571931	21	2.1	21	91	0	72	37	20	24	17	1.93
63579638--63580257	133	4.7	133	92	0	1003	28	21	24	25	1.99
63589107--63589299	47	4.0	48	80	8	187	23	17	29	29	1.97
63595422--63595535	44	2.6	44	83	6	142	19	20	31	28	1.97
63595418--63595895	43	11.2	42	77	7	299	21	20	26	30	1.98
63595611--63595921	85	3.6	84	76	11	215	22	22	25	29	1.99
63595657--63595901	127	1.9	128	82	8	304	21	20	26	31	1.98
63596181--63596217	18	2.0	19	85	15	51	54	8	0	37	1.30
63602428--63602552	28	4.6	27	94	1	196	32	28	12	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63602428--63602552	55	2.3	55	91	2	198	32	28	12	27	1.92
63608574--63609525	40	23.8	40	98	0	1764	24	20	29	25	1.99
63611325--63611374	24	2.1	24	100	0	100	42	26	12	20	1.86
63612584--63612616	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
63612897--63612921	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
63616422--63616463	20	2.0	21	90	4	68	14	40	21	23	1.90
63617728--63617817	6	15.2	6	78	11	87	15	5	0	78	0.92
63617728--63617817	22	4.1	22	75	13	87	15	5	0	78	0.92
63617734--63617804	16	4.6	16	83	11	85	15	5	0	78	0.92
63619306--63619571	40	6.7	40	91	3	358	27	27	21	23	1.99
63623904--63623936	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
63628226--63628266	19	2.2	19	90	0	64	51	0	9	39	1.35
63630251--63630463	39	5.5	39	98	0	399	17	23	30	27	1.97
63636243--63636376	39	3.5	39	94	2	234	17	22	31	29	1.96
63643325--63643374	15	3.3	15	88	0	73	10	18	14	58	1.63
63658408--63658571	82	2.0	82	97	0	310	42	9	18	29	1.81
63659483--63659547	21	3.2	20	74	12	71	10	26	21	41	1.86
63659465--63659553	39	2.3	39	98	0	169	12	24	23	39	1.89
63665748--63665804	15	3.9	15	86	2	80	35	0	10	54	1.35
63666189--63666270	21	3.8	21	90	3	119	13	24	28	34	1.93
63666176--63666283	21	5.0	21	81	8	110	15	22	25	36	1.94
63666176--63666283	42	2.5	43	83	3	146	15	22	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63669067--63669324	126	2.0	128	96	1	484	44	9	18	26	1.80
63672800--63672926	42	3.0	42	85	6	161	29	26	13	29	1.94
63673033--63673212	31	5.8	31	90	2	272	26	27	18	26	1.98
63673202--63673316	50	2.3	51	87	6	171	26	23	13	36	1.92
63673432--63673460	14	2.0	15	93	6	51	55	17	6	20	1.65
63676670--63676753	38	2.2	38	81	6	91	41	4	8	45	1.55
63683686--63683754	28	2.5	26	74	21	68	53	10	2	33	1.49
63684502--63684659	79	2.0	79	98	0	307	43	18	13	23	1.86
63685889--63685932	22	2.0	22	86	0	61	50	9	2	38	1.47
63689241--63689494	47	5.3	47	83	5	269	25	16	27	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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