genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58882113--58882170	20	3.1	20	78	19	79	36	13	0	50	1.42
58882026--58882274	138	1.8	137	92	0	426	30	13	4	51	1.61
58882059--58882334	138	2.0	137	79	6	299	31	14	5	48	1.66
58889485--58889519	17	2.1	17	100	0	70	48	11	17	22	1.79
58911489--58911549	31	2.0	31	96	0	113	42	21	11	24	1.86
58916264--58916317	25	2.4	21	77	19	63	38	18	20	22	1.93
58916268--58916333	24	2.7	25	92	2	107	42	18	19	19	1.90
58916834--58916863	7	4.3	7	100	0	60	56	0	0	43	0.99
58917847--58917883	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
58918245--58918287	5	8.8	5	80	14	54	55	0	2	41	1.12
58918244--58918287	9	5.1	9	86	13	58	54	0	2	43	1.12
58919874--58920125	40	6.3	40	94	0	425	26	25	22	25	2.00
58923508--58923534	13	2.1	13	100	0	54	48	14	7	29	1.71
58926209--58926260	22	2.4	22	80	6	61	38	19	25	17	1.93
58926784--58926832	7	7.1	7	78	21	50	57	0	2	40	1.10
58926800--58926836	10	3.7	10	100	0	74	59	0	0	40	0.97
58946903--58947758	427	2.0	427	100	0	1712	35	18	18	27	1.94
58952109--58952144	17	2.1	18	89	5	56	55	13	2	27	1.52
58957734--58957763	15	2.0	15	93	0	51	10	20	30	40	1.85
58962135--58962218	24	3.5	23	72	13	62	17	27	22	32	1.97
58962334--58962380	18	2.6	18	82	0	58	29	25	38	6	1.81
58964321--58964605	48	5.8	49	82	2	333	24	28	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58964324--58964605	96	2.9	97	86	2	377	23	29	19	27	1.98
58966195--58966270	25	3.0	25	71	9	73	19	28	21	30	1.97
58966574--58966649	40	1.9	40	100	0	152	21	7	26	44	1.79
58967755--58967781	14	1.9	14	100	0	54	40	22	7	29	1.81
58994213--58994277	21	3.1	21	73	8	69	40	16	24	18	1.91
58998372--58998421	26	1.9	26	87	0	73	62	22	0	16	1.33
58999718--58999770	27	2.0	26	85	3	70	43	0	5	50	1.25
58999709--58999766	26	2.3	25	80	11	64	41	0	5	53	1.23
59001362--59001438	18	4.3	18	72	8	68	62	1	0	36	1.04
59001420--59001453	11	2.8	12	86	13	52	64	0	0	35	0.94
59011329--59011353	13	1.9	13	100	0	50	16	0	28	56	1.41
59016421--59016445	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
59028353--59028619	38	6.9	38	87	3	279	28	23	22	24	1.99
59028353--59028619	114	2.3	117	84	8	339	28	23	22	24	1.99
59031527--59031564	19	2.0	19	94	0	67	15	10	23	50	1.75
59044698--59045173	154	3.1	154	99	0	934	39	18	6	35	1.78
59058863--59058975	58	1.9	58	96	0	208	25	11	12	50	1.73
59085894--59085920	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
59089824--59090007	67	2.8	64	73	8	167	30	16	28	23	1.97
59092695--59092751	26	2.2	26	83	3	69	24	19	21	35	1.96
59094985--59095046	25	2.4	26	81	5	72	54	4	1	38	1.31
59097778--59097829	27	1.9	27	84	7	70	19	21	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59105649--59105701	27	1.9	28	88	3	81	33	22	18	24	1.97
59122874--59123326	40	11.4	40	76	11	252	30	27	21	21	1.98
59122879--59122985	39	2.7	39	85	1	133	33	24	20	21	1.97
59122959--59123333	40	9.5	40	79	9	385	28	28	22	21	1.99
59122959--59123332	79	4.7	81	80	10	389	28	28	22	21	1.99
59122959--59123341	119	3.2	117	89	4	545	28	27	21	21	1.99
59126328--59126458	6	21.3	6	73	16	99	47	14	18	19	1.83
59126328--59126455	19	6.9	18	73	12	82	46	14	18	19	1.83
59126340--59126458	31	3.9	31	89	1	168	47	14	18	20	1.83
59126888--59127424	27	19.9	27	88	2	724	26	18	18	36	1.94
59127420--59127492	27	2.7	27	80	0	83	31	8	19	41	1.81
59127416--59127504	27	3.3	26	72	14	74	28	7	24	39	1.83
59135434--59135475	21	2.0	21	100	0	84	42	9	14	33	1.78
59136701--59136744	23	1.9	23	85	0	61	36	22	2	38	1.67
59149195--59149283	43	2.1	43	85	8	119	25	19	26	28	1.99
59156761--59156800	14	2.7	14	84	7	53	80	0	5	15	0.88
59156762--59156800	20	1.9	21	89	5	62	79	0	5	15	0.90
59162613--59162694	42	2.0	42	100	0	164	19	25	28	26	1.99
59168568--59168601	17	1.9	18	94	5	61	11	35	32	20	1.89
59170998--59171296	45	6.7	45	85	3	354	26	21	15	36	1.93
59170998--59171296	89	3.3	89	84	4	345	26	21	15	36	1.93
59171223--59171294	24	3.1	24	69	18	71	26	23	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59171921--59171965	16	2.9	16	81	15	58	26	17	4	51	1.65
59186570--59186601	15	2.2	14	94	5	55	37	0	31	31	1.58
59194452--59194705	125	2.0	125	83	1	321	30	17	18	33	1.94
59201347--59201455	55	2.0	54	96	0	191	34	27	12	23	1.92
59202814--59202860	23	2.0	23	100	0	94	17	29	0	53	1.44
59202819--59202871	23	2.4	23	87	6	74	18	30	0	50	1.47
59210696--59210747	20	2.6	20	87	0	68	38	15	5	40	1.71
59211026--59211053	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
59223118--59223149	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
59224888--59224936	20	2.5	20	80	9	64	38	4	14	42	1.64
59226020--59226056	19	1.9	19	88	0	56	16	5	35	43	1.71
59235913--59235971	31	1.9	31	85	0	82	25	33	32	8	1.86
59238316--59238350	12	2.9	12	91	0	52	65	0	17	17	1.27
59242973--59243039	26	2.6	26	79	13	84	38	10	11	38	1.77
59255040--59255132	37	2.5	37	87	5	136	15	12	30	41	1.84
59275457--59275558	51	2.0	51	90	0	159	29	12	19	38	1.89
59275681--59275757	40	1.9	40	84	5	102	25	16	23	33	1.96
59276301--59276775	118	4.0	118	99	0	914	29	8	19	42	1.81
59280070--59280167	23	4.3	23	83	6	112	33	19	20	26	1.96
59280070--59280217	45	3.2	45	81	11	156	35	18	20	25	1.96
59285089--59285273	40	4.6	39	83	6	212	23	22	28	25	1.99
59285089--59285271	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59285126--59285306	79	2.3	78	79	12	208	26	20	27	25	1.99
59289709--59289797	45	2.0	45	97	0	169	31	15	15	37	1.90
59305286--59305339	14	4.1	13	83	11	56	20	7	9	62	1.48
59305285--59305329	12	3.5	13	85	8	65	15	11	11	62	1.55
59306920--59307104	40	4.6	40	85	2	228	38	18	27	15	1.91
59306863--59307104	20	12.1	20	65	8	80	37	18	28	15	1.91
59308310--59308356	14	3.1	14	75	24	51	46	0	0	53	1.00
59319016--59319041	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
59323772--59323851	40	2.0	40	90	0	124	45	0	41	13	1.44
59327492--59327517	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
59336225--59336388	42	3.9	42	79	1	193	28	23	17	31	1.97
59349794--59349922	47	2.7	47	83	5	161	20	14	29	34	1.93
59351929--59352009	41	2.0	41	87	0	117	33	25	14	25	1.95
59356001--59356043	21	2.0	21	95	0	77	27	13	16	41	1.86
59361838--59361881	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
59370896--59371770	41	21.3	41	98	0	1669	31	16	24	27	1.97
59383806--59383845	21	1.9	21	85	10	55	30	30	17	22	1.97
59387768--59387880	55	2.1	55	81	0	127	31	27	23	16	1.96
59387892--59387990	52	1.9	52	93	0	171	27	21	39	12	1.88
59396221--59396260	20	2.0	20	85	9	55	27	25	20	27	1.99
59396873--59396902	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
59398780--59398835	3	18.7	3	89	7	78	28	0	3	67	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59399704--59399737	18	1.9	18	88	5	52	44	0	23	32	1.54
59400240--59400309	27	2.6	27	82	8	81	21	5	35	37	1.77
59408437--59408584	73	2.0	73	97	0	278	20	21	27	31	1.98
59412977--59413096	29	4.2	29	84	1	152	29	14	29	27	1.95
59414793--59415012	40	5.4	40	84	5	282	27	25	23	23	2.00
59414793--59415012	83	2.7	80	85	4	291	27	25	23	23	2.00
59416328--59416373	22	2.0	23	84	12	60	21	19	0	58	1.39
59418100--59418139	21	1.9	21	85	10	55	47	15	17	20	1.83
59418102--59418231	65	2.0	64	96	1	242	42	17	15	24	1.88
59418234--59418290	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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