genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   

This is table  204  of  310  ( 37082 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66745821--66745860	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
66746049--66746300	55	4.8	53	80	7	185	21	25	18	35	1.95
66755329--66755369	21	1.9	22	85	5	57	41	4	12	41	1.64
66764712--66764752	21	2.0	21	90	4	66	41	14	14	29	1.86
66768962--66768992	12	2.6	12	94	0	53	6	29	41	22	1.78
66775632--66775665	6	5.7	6	92	0	59	55	0	29	14	1.40
66781595--66782023	108	4.0	108	97	0	786	28	10	17	43	1.82
66787961--66788002	22	1.9	22	85	0	57	40	19	4	35	1.72
66788462--66788510	16	2.9	17	77	19	57	26	46	8	18	1.76
66794005--66794201	68	2.9	67	82	5	227	39	21	10	28	1.86
66795557--66795602	23	2.0	23	82	0	56	30	2	13	54	1.50
66795833--66795871	19	2.1	19	90	0	60	43	2	2	51	1.29
66799611--66799682	2	36.0	2	91	0	117	47	0	51	1	1.09
66800608--66800646	15	2.5	15	83	8	51	33	5	2	58	1.33
66802821--66803026	47	4.4	47	94	0	367	29	30	10	30	1.90
66804638--66804869	56	4.1	56	98	0	446	22	21	9	45	1.81
66808154--66808200	6	7.7	6	83	4	58	17	2	2	78	0.94
66810933--66810984	19	2.8	18	77	13	61	73	5	1	19	1.14
66811958--66811997	20	1.9	22	85	10	57	22	2	7	67	1.28
66813355--66813438	33	2.5	33	82	0	114	34	17	27	20	1.95
66813615--66813660	24	1.9	24	86	8	67	13	6	10	69	1.35
66818368--66818454	43	2.0	43	82	12	108	22	19	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66823398--66823473	37	2.1	37	97	0	143	30	32	6	30	1.83
66825052--66825078	11	2.5	11	100	0	54	11	7	14	66	1.43
66830222--66830258	6	6.5	6	84	9	51	16	0	2	81	0.81
66830222--66830258	11	3.3	11	88	3	56	16	0	2	81	0.81
66830222--66830258	17	2.2	16	95	4	65	16	0	2	81	0.81
66836260--66836414	43	3.6	43	94	0	265	32	32	23	10	1.90
66861357--66861454	49	2.0	49	97	0	187	26	24	5	43	1.75
66861474--66861533	25	2.4	25	75	8	70	35	11	6	46	1.67
66868834--66868925	46	2.0	46	97	0	175	43	18	15	22	1.87
66872015--66872045	4	7.8	4	92	0	53	22	3	0	74	0.96
66874395--66874443	25	2.0	25	87	0	71	51	20	16	12	1.76
66879720--66879759	20	2.0	20	90	4	64	42	0	0	57	0.98
66884272--66884305	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
66884272--66884319	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
66884389--66884422	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
66884204--66884559	117	3.0	117	96	0	667	41	2	3	51	1.32
66884506--66884539	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
66884506--66884553	15	3.0	15	81	9	51	41	2	0	56	1.11
66884687--66884791	44	2.5	41	77	20	126	37	30	2	29	1.72
66884703--66884793	46	2.0	44	91	8	148	39	30	3	26	1.72
66884773--66884841	16	4.3	16	94	0	120	21	33	5	39	1.77
66888340--66888379	20	2.0	20	90	4	64	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66893244--66893347	55	1.9	54	92	2	172	37	25	19	18	1.94
66893965--66894013	24	2.0	24	100	0	98	53	0	4	42	1.20
66894593--66894631	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
66895018--66895050	17	1.9	17	93	0	57	27	33	33	6	1.81
66895208--66895255	26	1.9	24	87	8	69	29	0	6	64	1.18
66900429--66900469	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
66900621--66900669	26	2.0	23	88	11	71	28	8	6	57	1.52
66900649--66900707	28	2.1	28	84	6	75	28	6	5	59	1.45
66900699--66900808	48	2.4	48	82	7	122	30	20	23	26	1.98
66903819--66903878	27	2.2	27	80	14	70	45	0	1	53	1.10
66907544--66907616	33	2.1	35	87	7	105	28	2	8	60	1.40
66917069--66917450	196	1.9	196	96	0	710	33	23	13	29	1.93
66917436--66917557	42	2.9	42	85	0	163	30	27	14	27	1.95
66925174--66925388	46	4.6	45	79	8	191	29	19	28	22	1.98
66925176--66925435	140	1.9	140	81	4	319	29	18	28	23	1.98
66931404--66931663	47	5.6	48	80	8	245	29	19	28	22	1.98
66931404--66931663	140	1.9	141	86	5	375	29	19	28	22	1.98
66945094--66945137	20	2.2	20	91	0	70	25	27	31	15	1.96
66946200--66946236	19	1.9	19	88	0	56	43	29	10	16	1.82
66946639--66946663	13	1.9	13	100	0	50	8	28	0	64	1.22
66954818--66955004	49	3.8	49	78	5	214	28	25	18	26	1.98
66954822--66955009	100	1.9	100	94	0	331	28	25	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66958122--66958154	17	1.9	17	100	0	66	18	12	6	63	1.48
66962636--66963165	265	2.0	265	95	0	961	35	17	12	34	1.88
66965224--66965263	21	1.9	21	94	0	71	32	10	20	37	1.85
66978320--66978445	63	2.0	63	90	0	198	29	21	20	28	1.98
66991839--66991907	25	2.9	24	82	16	81	62	0	1	36	1.04
66991853--66991892	19	2.1	19	85	4	53	60	0	0	40	0.97
66992454--66992487	16	2.1	16	89	10	52	35	0	0	64	0.94
66992465--66992618	10	15.9	10	64	15	56	29	1	2	65	1.17
66992465--66992560	29	3.4	29	69	17	85	31	2	2	64	1.16
66992434--66992513	17	5.0	17	72	18	64	38	0	0	61	0.96
66992427--66992608	55	3.4	52	78	15	176	32	1	2	63	1.16
66993712--66993759	15	3.3	15	73	5	53	29	0	27	43	1.55
66993706--66993749	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
66993706--66993767	29	2.1	29	93	0	106	29	0	29	41	1.56
66997585--66997627	14	3.1	14	79	0	50	18	4	9	67	1.36
66997621--66997647	11	2.5	11	100	0	54	0	7	7	85	0.75
66997853--66997896	14	3.1	14	74	6	52	27	0	34	38	1.57
66997853--66997912	29	2.1	29	90	0	93	30	0	28	41	1.56
66998886--66998930	14	3.3	14	78	6	56	48	15	0	35	1.45
67004432--67004470	17	2.3	17	86	8	53	53	5	15	25	1.62
67014807--67014842	6	6.2	6	87	6	56	16	13	0	69	1.19
67017632--67017678	11	4.1	11	78	10	58	29	6	12	51	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67026202--67026257	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
67026382--67026537	30	5.2	30	89	3	242	35	10	1	51	1.47
67026630--67026732	28	3.6	28	71	15	93	10	53	3	32	1.54
67026637--67026726	21	4.4	21	62	27	50	10	54	4	31	1.53
67026718--67026755	6	6.2	6	93	6	67	15	47	0	36	1.46
67029062--67029112	26	2.1	25	82	10	61	43	0	1	54	1.11
67032350--67032404	16	3.4	16	92	0	92	40	7	25	27	1.82
67032386--67032479	44	2.1	46	86	7	131	34	5	26	34	1.79
67033479--67033642	60	2.8	59	80	10	169	53	3	0	42	1.20
67038011--67038062	24	2.1	25	92	3	88	42	0	11	46	1.40
67039537--67039604	24	2.8	23	77	22	68	42	0	7	50	1.30
67042930--67042981	24	2.1	25	92	3	88	42	0	11	46	1.40
67044456--67044523	24	2.8	23	77	22	68	42	0	7	50	1.30
67049962--67050002	20	2.0	20	85	0	55	63	0	26	9	1.25
67052540--67052572	16	2.0	17	88	5	50	72	3	3	21	1.11
67053004--67053049	22	2.0	23	91	4	76	47	4	6	41	1.49
67061421--67061464	24	2.0	22	86	13	63	27	27	29	15	1.96
67064808--67064884	11	6.9	11	70	24	54	40	1	2	55	1.22
67065117--67065165	23	2.0	25	84	11	66	40	6	14	38	1.71
67067223--67067254	16	2.0	17	88	11	50	34	6	6	53	1.51
67080392--67080666	46	6.0	46	86	3	329	21	23	15	39	1.91
67081982--67082033	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67085387--67085427	21	2.0	20	85	4	55	4	24	12	58	1.53
67087187--67087453	94	2.9	91	80	8	306	25	28	17	28	1.98
67087201--67087464	46	5.7	46	73	12	182	25	28	17	28	1.98
67089267--67089297	12	2.6	12	94	0	53	70	9	0	19	1.14
67091003--67091054	21	2.5	21	81	12	63	42	19	7	30	1.79
67092996--67093023	14	2.0	14	100	0	56	50	0	35	14	1.43
67097692--67097869	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
67097713--67097868	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
67099705--67099793	43	2.1	43	100	0	178	33	20	11	34	1.88
67125514--67125623	22	4.6	25	78	15	101	39	17	21	21	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310