genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71177258--71177305	20	2.5	20	76	13	55	58	4	0	37	1.18
71179736--71179768	13	2.4	14	90	10	50	60	0	27	12	1.32
71187042--71187073	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
71187098--71187127	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
71187685--71187728	1	44.0	1	81	0	52	0	9	0	90	0.44
71187686--71187728	8	5.5	8	97	2	79	0	9	0	90	0.45
71187702--71187750	21	2.4	21	83	10	57	10	6	0	83	0.80
71188660--71188697	15	2.6	14	84	15	51	78	0	0	21	0.74
71192396--71192427	10	3.3	10	95	4	57	62	0	6	31	1.20
71192452--71192481	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
71193851--71193890	21	1.9	21	94	0	71	32	37	15	15	1.88
71199532--71199571	20	2.0	20	100	0	80	30	45	5	20	1.72
71199841--71199878	15	2.5	15	100	0	76	39	21	10	28	1.86
71203351--71203679	177	1.9	177	97	1	624	32	19	14	33	1.91
71204020--71204067	18	2.7	18	93	0	78	20	25	10	43	1.83
71204020--71204074	18	3.1	17	86	5	65	21	21	12	43	1.86
71210888--71210933	22	2.1	22	87	0	65	58	4	4	32	1.37
71210967--71210997	16	1.9	16	93	0	53	48	9	6	35	1.62
71216207--71216255	25	2.0	25	87	0	71	38	14	10	36	1.80
71223813--71223899	21	4.0	23	72	10	65	37	24	21	16	1.93
71224173--71224213	22	1.9	21	90	5	64	31	24	0	43	1.54
71224274--71224313	15	2.7	14	85	11	53	52	12	0	35	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71225039--71225067	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
71235206--71235251	19	2.3	20	88	3	67	30	0	17	52	1.45
71239778--71239817	20	2.0	20	85	9	55	37	0	15	47	1.45
71246642--71246690	20	2.5	20	78	12	57	48	6	0	44	1.27
71255332--71255372	5	8.2	5	100	0	82	39	0	0	60	0.96
71263293--71263330	19	2.0	19	94	0	67	21	23	26	28	1.99
71265261--71265314	26	2.1	26	96	0	99	40	20	3	35	1.70
71267536--71267644	56	1.9	56	85	7	150	24	17	28	29	1.97
71276954--71276995	18	2.3	19	80	12	52	50	14	2	33	1.56
71281870--71281909	21	1.9	21	100	0	80	27	30	7	35	1.84
71295310--71295492	48	3.8	48	76	10	158	25	30	19	24	1.98
71295266--71295669	46	8.5	48	72	13	191	24	29	18	26	1.98
71302979--71303158	46	3.9	46	75	7	159	22	28	19	30	1.98
71311239--71311295	20	2.8	20	78	7	62	40	12	7	40	1.70
71313362--71313452	46	2.0	47	82	6	114	36	7	20	35	1.82
71322546--71322597	24	2.2	23	82	6	59	42	21	21	15	1.89
71322553--71322643	24	3.8	24	78	11	98	40	20	21	16	1.91
71322577--71322641	23	2.8	23	84	11	87	41	21	21	15	1.90
71325690--71325727	11	3.4	11	80	20	51	81	2	2	13	0.90
71327605--71327633	5	5.8	5	100	0	58	79	0	20	0	0.74
71335063--71335127	23	2.8	23	79	11	69	38	24	23	13	1.91
71335081--71335274	73	2.7	73	85	3	212	35	22	24	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71336307--71336331	13	1.9	13	100	0	50	24	16	4	56	1.57
71336911--71336995	13	6.5	13	72	5	55	45	2	17	34	1.61
71336921--71337018	26	3.8	25	75	5	79	45	2	17	34	1.60
71336921--71337011	13	7.1	13	74	7	69	45	2	16	36	1.60
71336921--71337029	52	2.1	52	81	6	123	45	1	18	33	1.60
71342989--71343015	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
71349720--71349934	108	2.0	109	85	4	292	33	27	17	21	1.95
71362919--71362965	18	2.5	19	86	6	69	70	0	2	27	0.99
71365262--71365295	12	2.8	12	90	0	50	14	14	44	26	1.84
71366964--71367005	21	2.0	21	95	0	75	54	4	21	19	1.62
71367760--71367791	14	2.2	15	94	5	57	62	3	12	21	1.43
71370176--71370278	50	2.1	50	98	0	197	24	1	22	51	1.58
71377910--71377950	14	2.9	14	85	0	64	21	7	31	39	1.81
71382486--71382526	14	2.9	14	85	0	64	21	7	31	39	1.81
71384755--71384781	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
71386992--71387017	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
71389331--71389384	28	1.9	28	96	0	99	24	18	27	29	1.98
71393177--71394227	49	21.6	49	98	0	1997	32	9	28	28	1.89
71394346--71394424	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
71395721--71395766	24	1.9	24	82	8	58	30	30	15	23	1.95
71398131--71398255	40	3.1	40	71	15	112	37	21	20	20	1.94
71400154--71400231	40	2.0	40	84	0	102	19	15	33	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71408343--71408546	7	28.1	7	72	15	78	46	30	0	22	1.58
71408405--71408840	109	4.1	109	71	16	295	48	28	1	20	1.60
71408250--71408528	73	3.8	73	95	0	477	44	29	2	24	1.65
71408444--71408624	22	8.3	22	66	11	86	46	29	2	21	1.63
71408574--71408709	58	2.4	58	83	10	156	47	27	2	22	1.66
71408656--71408714	7	8.3	7	85	7	57	50	28	0	20	1.48
71408699--71408770	22	3.3	22	90	0	108	54	33	0	12	1.38
71409135--71409172	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
71409282--71409637	115	3.1	114	81	6	396	33	18	18	29	1.95
71409282--71409557	117	2.4	114	86	4	374	32	17	19	30	1.95
71409282--71409590	117	2.6	116	83	8	317	33	18	19	29	1.95
71409350--71409659	117	2.7	111	79	8	325	35	18	18	28	1.94
71412028--71412216	9	21.0	9	76	11	165	46	20	1	32	1.58
71412069--71412130	21	3.1	21	75	13	60	46	14	0	38	1.45
71412028--71412148	38	3.3	39	77	16	127	47	17	0	35	1.48
71414600--71414654	27	2.0	27	100	0	110	32	7	7	52	1.56
71417221--71417249	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
71420962--71420991	13	2.3	13	100	0	60	60	13	6	20	1.55
71421283--71421329	21	2.2	21	92	0	76	12	38	12	36	1.82
71435123--71435195	38	1.9	38	91	0	119	42	16	10	30	1.82
71436225--71436304	34	2.4	35	89	8	130	42	32	11	13	1.80
71436935--71436964	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71452519--71452606	45	2.0	45	95	2	160	37	3	7	51	1.48
71454451--71454505	22	2.5	22	81	0	65	54	1	1	41	1.21
71454481--71454520	16	2.5	16	87	0	53	50	2	7	40	1.44
71454509--71454714	68	3.1	66	93	4	333	39	4	9	46	1.57
71454593--71454620	9	3.1	9	100	0	56	32	0	10	57	1.33
71456609--71456780	90	1.9	90	86	2	247	38	21	11	29	1.88
71456804--71456918	9	12.4	9	71	14	83	64	0	2	32	1.13
71456814--71456874	26	2.2	28	83	13	74	63	0	1	34	1.04
71457014--71457094	17	4.4	18	74	17	69	28	6	1	64	1.25
71457044--71457111	8	7.9	8	76	9	55	27	2	1	67	1.13
71457188--71457380	89	2.2	88	85	3	257	34	9	17	38	1.83
71457190--71457408	89	2.5	88	82	6	248	33	9	16	40	1.81
71458828--71458860	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
71459035--71459076	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
71459044--71459085	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
71461950--71461985	15	2.4	15	100	0	72	44	11	8	36	1.70
71462196--71462221	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
71462664--71462688	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
71463177--71463244	29	2.3	29	95	5	120	38	22	10	29	1.87
71464332--71464360	15	1.9	15	100	0	58	62	24	6	6	1.45
71468685--71468725	21	2.0	21	90	0	64	24	2	24	48	1.63
71470618--71470957	39	8.6	39	91	4	485	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71478749--71478971	79	2.8	78	82	9	265	24	27	22	25	2.00
71478749--71478971	39	5.7	40	86	8	266	24	27	22	25	2.00
71481625--71481667	23	1.9	23	90	4	70	16	0	9	74	1.06
71496460--71496484	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
71498327--71498365	20	2.1	17	86	13	51	69	2	15	12	1.30
71498592--71498688	47	2.1	47	96	0	176	22	15	15	46	1.83
71512261--71512294	17	1.9	18	94	5	61	5	26	17	50	1.69
71514458--71514498	13	3.2	13	75	25	50	0	31	21	46	1.52
71514656--71514680	12	2.1	12	100	0	50	24	16	8	52	1.70
71517943--71518114	72	2.4	72	84	4	242	26	6	12	54	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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