genome.fa.s13.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102024878

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72219136--72219205	27	2.6	27	84	4	88	47	21	4	27	1.69
72219309--72219382	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
72219322--72219386	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
72220197--72220266	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
72220196--72220279	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
72220414--72220505	42	2.2	42	98	0	175	30	14	21	33	1.93
72220529--72220643	31	3.7	31	90	1	178	29	17	26	26	1.97
72227803--72227867	27	2.4	27	85	7	80	26	24	7	41	1.82
72227786--72228069	134	2.1	134	100	0	568	35	20	10	33	1.88
72227937--72228001	27	2.4	27	85	7	80	26	24	7	41	1.82
72228033--72228156	27	4.6	27	70	15	87	44	20	8	27	1.79
72227786--72228129	134	2.6	134	89	2	379	36	20	11	32	1.88
72228094--72228379	56	5.1	55	70	10	179	41	18	8	31	1.79
72228105--72228439	168	2.0	168	97	0	634	40	17	9	31	1.82
72228302--72228387	27	3.1	27	76	17	86	39	15	9	36	1.79
72228574--72228625	27	1.9	27	84	7	70	38	23	21	17	1.93
72228400--72228682	142	2.0	142	96	0	521	34	20	19	25	1.96
72229441--72229533	42	2.2	42	100	0	186	31	13	21	33	1.93
72237651--72237742	5	17.2	5	70	23	55	19	2	4	73	1.10
72237897--72237947	12	4.2	12	87	0	66	13	13	0	72	1.12
72239395--72239428	5	6.6	5	90	6	50	32	0	0	67	0.91
72239394--72239429	11	3.4	11	88	7	56	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72239425--72239479	26	2.2	24	84	12	67	14	1	9	74	1.14
72241321--72241400	18	4.3	18	73	17	58	32	3	3	60	1.32
72241304--72241402	27	3.6	27	74	16	78	33	4	5	57	1.39
72243404--72243468	32	2.1	32	85	5	89	26	0	13	60	1.34
72243795--72243839	22	2.1	21	87	4	63	46	0	0	53	1.00
72258509--72258545	17	2.2	17	90	0	56	51	10	18	18	1.75
72258970--72259004	17	2.0	18	88	5	54	20	25	5	48	1.71
72259422--72259492	24	3.0	24	95	0	124	35	1	38	25	1.65
72261606--72261788	46	4.0	46	94	0	294	24	31	8	34	1.86
72261762--72262046	47	6.1	47	88	0	383	26	28	10	34	1.89
72261802--72262046	94	2.6	94	94	0	427	25	27	11	35	1.90
72261899--72261973	22	3.3	21	70	23	62	24	28	13	34	1.93
72261825--72261952	25	5.4	25	61	23	69	26	26	10	35	1.90
72264355--72264380	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
72271148--72271181	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
72276358--72276426	24	2.9	24	88	0	102	36	2	36	24	1.71
72277845--72277954	27	4.0	28	82	6	111	17	23	21	37	1.94
72277860--72277954	27	3.5	26	84	8	127	14	23	22	40	1.91
72279993--72280043	23	2.2	23	96	0	93	19	21	13	45	1.85
72287742--72287799	23	2.7	23	77	17	63	27	15	25	31	1.96
72293350--72293521	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
72293374--72293545	67	2.7	64	78	6	202	28	16	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72297636--72297708	36	2.0	36	86	5	103	36	13	19	30	1.90
72314478--72314595	59	2.0	59	95	3	211	43	16	25	15	1.86
72317821--72317854	2	17.0	2	87	0	50	47	2	2	47	1.32
72318304--72318454	28	5.4	28	94	1	241	27	11	27	33	1.92
72332646--72332707	27	2.3	27	86	5	90	48	22	14	14	1.80
72336512--72336543	16	2.0	16	93	0	55	53	0	6	40	1.26
72342483--72342525	17	2.4	18	80	7	61	53	0	4	41	1.21
72343501--72343532	6	5.3	6	92	0	55	21	18	12	46	1.82
72346261--72346360	43	2.3	43	96	3	182	29	21	23	27	1.99
72351094--72351131	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72351361--72351531	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
72351356--72351528	46	3.7	46	77	10	181	30	27	19	23	1.98
72351406--72351547	46	3.1	45	73	18	123	28	27	19	23	1.99
72351951--72352010	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
72358687--72358724	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
72358953--72359119	46	3.6	45	77	12	169	29	28	19	22	1.98
72358954--72359124	93	1.8	93	89	0	270	29	28	19	22	1.98
72362085--72362196	27	4.2	26	83	7	134	37	23	22	16	1.94
72362085--72362196	54	2.1	54	86	3	154	37	23	22	16	1.94
72363606--72363652	24	2.0	24	86	0	67	23	38	4	34	1.74
72365589--72365764	46	3.8	46	80	8	212	28	29	21	21	1.98
72365597--72365769	94	1.8	93	92	1	292	27	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72365594--72365784	46	4.1	44	69	19	111	28	28	20	21	1.98
72372319--72372344	12	2.2	12	100	0	52	7	0	23	69	1.14
72392378--72392417	19	2.2	19	86	4	55	15	0	25	60	1.35
72400058--72400339	48	5.9	48	80	4	275	28	28	15	27	1.97
72400058--72400345	96	3.0	95	84	3	355	27	28	15	27	1.97
72401928--72402109	28	6.5	28	96	0	303	26	12	28	32	1.93
72410504--72410540	19	1.9	19	88	0	56	43	2	5	48	1.40
72410960--72411010	10	5.4	9	82	13	59	35	0	1	62	1.06
72410960--72411003	9	4.4	10	86	13	56	34	0	2	63	1.07
72427965--72428136	41	4.2	41	90	0	236	20	19	5	53	1.66
72428782--72428849	31	2.2	31	94	2	118	45	27	5	20	1.74
72429730--72429861	68	1.9	69	84	7	180	43	6	3	46	1.48
72433197--72433221	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
72437565--72437598	14	2.6	13	86	13	52	55	0	0	44	0.99
72440557--72440592	18	1.9	19	88	5	56	61	0	5	33	1.19
72440545--72440595	19	2.6	20	78	12	61	64	0	3	31	1.11
72442231--72442276	24	1.9	24	86	8	67	36	4	30	28	1.76
72442456--72442495	19	2.1	19	100	0	80	32	10	15	42	1.79
72442953--72443148	27	7.3	27	82	0	221	40	21	18	18	1.92
72458822--72458969	35	4.2	35	81	5	165	25	19	27	27	1.99
72460275--72460303	11	2.6	11	100	0	58	72	0	6	20	1.07
72463418--72463459	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72463427--72463468	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
72466827--72467057	48	4.8	48	98	0	453	35	7	6	50	1.55
72480233--72480417	79	2.3	81	84	7	236	25	22	26	25	2.00
72480233--72480417	40	4.7	40	82	6	216	25	22	26	25	2.00
72480286--72480450	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	25	1.99
72486363--72486409	21	2.2	21	88	0	67	14	14	44	25	1.84
72500984--72501051	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
72501158--72501225	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
72501327--72501405	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
72500873--72501374	174	2.9	174	97	0	941	30	24	14	29	1.95
72518085--72518146	31	2.0	31	96	0	115	29	27	6	37	1.82
72518179--72518222	22	2.0	22	83	16	56	36	18	9	36	1.82
72518367--72518518	3	50.7	3	98	0	295	67	0	32	0	0.96
72523737--72523792	20	2.8	20	70	5	51	19	8	5	66	1.39
72526379--72526411	6	5.5	6	100	0	66	18	0	0	81	0.68
72528132--72528185	21	2.6	21	73	2	56	51	12	1	33	1.51
72528219--72528246	13	2.2	13	100	0	56	46	21	7	25	1.76
72530137--72530185	25	2.0	25	88	8	73	51	2	0	46	1.12
72540178--72540259	28	2.9	28	82	7	96	35	14	21	28	1.93
72540222--72540296	27	2.7	27	79	6	71	29	20	21	29	1.98
72543620--72543817	50	3.8	50	81	4	216	22	28	21	27	1.99
72548329--72548368	11	3.6	11	82	0	53	25	37	2	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72557368--72557539	93	1.8	93	87	0	254	22	20	29	28	1.98
72563295--72563549	55	4.8	54	78	9	242	36	17	25	21	1.94
72563306--72563502	108	1.8	110	88	4	310	35	17	25	21	1.95
72563746--72563776	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
72567138--72567287	43	3.5	42	76	12	121	30	26	18	24	1.97
72568385--72568472	42	2.1	42	95	2	160	56	10	2	30	1.45
72568906--72569155	75	3.3	76	81	3	283	24	22	18	34	1.96
72568923--72569192	150	1.8	150	80	1	326	24	21	20	34	1.96
72573014--72573055	11	3.9	11	78	6	50	35	2	21	40	1.66
72574239--72574498	50	5.2	50	78	4	254	25	18	25	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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